500カラットのダイヤ“ナイルの涙”を盗み出すため、地球の古代火星美術館に忍び込んだコブラ。時を同じくして、ジプシードック率いる海賊ギルドの一団が攻め込んでくる。彼らの狙いは化石虫の研究者ユートピア・モア博士と“化石虫”の標本だった。偶然にも海賊ギルドの手からユートピアを救い出したコブラだが…。
火星でユートピアと再会したコブラは、彼女に誘われるまま“化石虫”の調査に同行する。巨大な砂クジラの中に寄生する“化石虫”を持ち帰ったコブラたち。しかし、そこに海賊ギルドの殺し屋クリスタル・ボーイが現れ、ユートピアを捕らえようと、キャンプを襲い始める。コブラたちはキャンプから何とか脱出するのだが…。
クリフ・ボールド伯爵の城の中で、大量のロド麻薬と海賊ギルドのマークを見つけたコブラは、ユートピアを連れ、城から逃げ出そうとする。追っ手を振り切ったコブラたちがたどりついた先は、ジプシードックのアジトであった。コブラはユートピアを引き渡すことで、ジプシードックの仲間になったと見せかけるのだが…。
傷を負ったコブラを窮地より救い出したレディは、ダックたちの力を借りて、ボールド伯爵の後を追う。宇宙創造の力を海賊ギルドの手に渡してはならないと、不屈の精神力で立ち上がるコブラであったが、そこに宿敵クリスタル・ボーイが立ちはだかる。コブラVSクリスタル・ボーイ…。宿命の戦いが幕を開ける！
“時のひずみ”に入り込んでしまい、存在そのものが消えかけているレディを救うため、時の宮殿を訪れたコブラ。シェラザードの力を借りて、レディの時間の中へ潜ったコブラであったが、時間の渦の中にのまれてしまう。気がつくと、そこは20年前の過去の世界。コブラとレディが初めて出逢った城の前であった…。
エメラルダをギロスの城から救い出したコブラは、パロマに連れられ、酒場に身を隠した。しかし、そこには奴婆の魔の手が迫っていた。そして、さらに消えていくレディの体。果たしてコブラはレディを救えるのか。現在と過去が交差して、今、全ての謎が明らかになる…！
金星-。クリスマスイヴにのんびりと車を走らせていたコブラの前に、海賊ギルドに追われて疾走するトラックが衝突する。トラックに乗っていたのは、かつてのコブラの恋人・ドミニクに生き写しの美女・シークレットだった。彼女から“シバの鍵”をガロン星に届けて欲しいと言われたコブラは、海賊ギルドの飛行メカをサイコガンで撃破するが、破片の下敷きになり、重傷を負って病院に運ばれてしまう。そこへ一緒に運び込まれたシークレットと“シバの鍵”を狙って、海賊ギルドの女戦士・ブラックボーンが襲ってくる。シークレットを狙っているのが宿敵・海賊ギルドだと知ったコブラは、彼女を守って戦うことになるのだが・・・・・・。
ガロン星が太陽に衝突するまで、あと1週間にせまっていた。コブラたちは、トポロ教授から、ガロン星の推進器が、何者かによって動かされたことを知る。推進器を止めるためには、“シバの鍵”だけが開けることのできる“黄金の扉”の先へ行かなければならない。しかし、コブラたちの前に再び海賊ギルドが現れ…。
“黄金の扉”を開け、推進器のコントロールスイッチに近づいたコブラだったが、落とし穴に落ち、記憶を失ってしまう。ガロン星の地下都市で目を覚ましたコブラは、そこで男たちに絡まれていた少女のボニーを助ける。そして、その腕を見込まれ、賞金を賭けたストリートファイトに出場するのだが…。
ボガードの罠で体が痺れたコブラに、ガルシアの容赦のない攻撃が降りそそぐ。どうにか記憶を取り戻し、ガルシアを倒したコブラは、重力壁に捕らわれていたシークレットを助け出す。推進器を破壊するため、制御中枢部にやってきたコブラたちだったが、突如あたりに黒雲が渦巻き、奇怪な女の笑い声が響き渡る…。
親友のジョニーから連絡を受け、約束の場所にやってきたコブラ。なかなか姿を現さないジョニーを心配したコブラは、漁師たちから彼がバロン島の近くの海で、宝探しをしていたことを聞く。そこは美女の亡霊が海底をさまよっているという伝説のある場所だった。コブラは酒場で出会ったエリスとバロン島へ向かうのだが…。
20トンの金塊を積んだ飛行機が何者かに爆破され、墜落した。それから数日後、雪原の渡し場に船を待つ数人の男女が集まっていた。彼らの目的は、この地方に10年に一度、カゲロウのごとく現れるというまぼろしの山“カゲロウ山”に登ること。そこへ自らをジョンソンと名乗り、素性を隠したコブラがやってくるのだが…。
カゲロウ山を登るコブラたちを襲う氷塊と雪崩。コブラによって危機を脱したのも束の間、山の存在を疑ったバッキーは足場を失い、落下してしまう。洞窟で一夜を過ごすコブラたちだが、夜が明けるとデイジーが凍死しているのを見つける。彼女は事故に見せかけ殺されたのではと疑うコブラ。彼らの中に潜む犯人の正体とは…。
エリザベスと名乗る美女から、マンドラドという人面草の種子を手に入れて欲しいと依頼されるコブラ。マンドラドの若木は、人間の顔の形をしており、その歯の部分はダイヤモンドで出来ているという。シークレットを人質にされ、依頼を断ることのできないコブラは、マンドラドの親木がある惑星にやってくるのだが…。
メテオレースの売上金を狙い、レースに参加したコブラは、前年度のワールドチャンピオンであるパメラと知り合う。ホテルのラウンジに姿を現したコブラに、パメラは「黒い弾丸をとめて」と涙を流す。その頃、“黒い弾丸”と呼ばれるマシンの暴走によって、街中は火の海となっていた。果たして、“黒い弾丸”の正体とは…。
トランプのスペードのカードが同封された謎の案内状により集められたコブラと義勇兵たち。その目的は、カオス軍によって滅ぼされたシバの一族の城、シバ城を奪回すること。コブラの機転により、カオス軍が率いる機械獣の群れから逃れたコブラたちは、城への抜け道を知る最後の義勇兵“キング”の元へ向かうのだが…。
シバ城への抜け道を知る最後の義勇兵“キング”を探し出すために、奴隷商人ザールの館に忍び込んだコブラたち。だが、金庫破りのセブンのミスによって、コブラはザールの前で格闘試合に出場することになってしまう。初戦の相手を圧倒的なパワーで倒したコブラの前に、無敵の格闘王として最後の義勇兵キングが現れる…。
サルドーラの“妖精の森”にたどり着いたコブラたちは、カオス軍と戦うロッグ人たちに出会った。彼らの情報でサルドーラの神殿の下にあるシバ城に繋がる地下水道の入り口が閉ざされていることを知ったコブラたち。入り口を開けるため、神殿へと潜入したエリスだったが、逆にカオス軍に捕らわれてしまい…。
朦朧とする意識の中で、キングは失っていた記憶を取り戻す。キング自身がシバ大王であること、左腕に銃を持つ男によって最愛の妻を失い、自らも重傷を負ったこと。クイーンはキングが逆光の中で見たという左腕に銃を持つ男がコブラではないかと疑う。キングもまたコブラが妻を奪った仇敵だと確信し、戦いを挑むのだが…。
