ラピスの街に住む見習い魔女メグ・ラズベリーは17歳の誕生日に、師である『永年の魔女』ファウストから余命1年の呪いを宣告される。助かる方法が不可能に近いことに不貞腐れていると、とある少女から母親が眠ったまま起きない話を聞く。
メグの親友の学生、フィーネが魔女の館へ相談に訪れる。彼女のお願いは、祖父の形見である古い腕時計を直すこと。動かなくなった腕時計は、時計に宿る精霊が弱っているようで――
ファウストが家を空け、留守番をするメグのもとに、東洋からきた七賢人の一人『英知の魔女』祈が訪れる。祈は会話を重ねていくうちに、メグの余命が短いことを見抜いてきて――
