江戸の大店・長崎屋の跡取り息子である一太郎は体が弱く外出もままならない。ある日、幼い一太郎を心配した祖父・伊三郎は二人の子供を一太郎の兄やとして連れてくる。仁吉と佐助と名乗る二人の正体は、白沢と犬神という妖だった。時は流れ、数えで17歳となった一太郎はお目付け役二人の目をかいくぐり独りで遠出をするのだが…。
あやしい男をなんとかやり過ごした一太郎は、長崎屋へと帰る道すがら殺人現場を目撃してしまう。さらには待ち構えていた仁吉と佐助に他出の理由を問い詰められ、下手人が捕まるまで外出を禁じられてしまい……。
長崎から届く特殊な品の管理を任された一太郎。着荷を待つ一太郎と手代二人の前に、妖の野寺坊と獺が現れる。一太郎たちに頼まれて下手人の手がかりを探していた野寺坊と獺は、意気揚々と報告を始めるが……。
屏風のぞきの一件から一夜が明け、何事もなかったかのように一太郎に接する仁吉と佐助。一太郎のことになると、とりわけ息の合った掛け合いを見せる手代二人の姿を見て、女中のおくまは二人が長崎屋に来たばかりのころに思いを馳せる。
不老長寿と言われる薬を求め薬種問屋に男が訪ねてきた。男のただならない様子に、一太郎と仁吉は木乃伊を売るため蔵へと男を案内する。しかし、木乃伊をみるなり男の様子が豹変し……。
連日の疲れがたたり寝込んでしまった一太郎。苦い薬を飲むことを嫌がる一太郎に、佐助は「薬が飲めたら仁吉の取って置きの話を聞かせる」と提案する。千年前、平安の御代に仁吉が出会った吉野という女性にまつわる昔ばなし。
長崎屋では行方知れずとなった一太郎をめぐって大騒ぎに。事情を知っている様子の栄吉を仁吉と日限の親分が問い詰めるも、栄吉は何も話さない。さらには長崎屋からほど近い場所で薬種問屋が刺されたと報せが入り……。
松之助が働く東屋の近くでは猫殺しが相次いでいた。犯人と疑われ、東屋の女将であるお染に問い詰められる松之助だったが、娘のおみちの機転で難を逃れる。おみちは松之助に気があるそぶりをみせるが……。
長崎屋のはなれを訪れた栄吉。町では相次いで起こる薬種屋殺しにまつわる話題で持ちきりだという。瓦版に描かれた下手人の絵を見た栄吉の一言をきっかけに、一太郎は事件解決への糸口を見つけだす。
一太郎の頼みで松之助の元に向かった栄吉が、道中で武士に襲われ刺されてしまった。一太郎は、栄吉が自分と間違われて襲われたのではないかと疑問をもち、あらためて事件の整理を始める。そこにとある客人が一太郎を訪ねてきて……。
