荒廃した近未来。不当に奪われた品を取り返す“盗み屋”ギアの元に、謎の少女から大仕事が舞い込む。
天神ポールから依頼品を盗み出したギア・シロクマ・Qu-0213は、街中のお尋ね者となっていた。
殺し屋軍団から逃走の末、廃墟に辿り着いたギアは、殺し屋たちを一網打尽にする、とある作戦を思いつく。
ノアから依頼を受けたギアたちは、世界を救う鍵になるという『カセットテープ』を首都まで運ぶことに。
殺し屋クック兄弟にノアを攫われたギア。一方、誘拐されたノアはクック兄弟から「取引」を持ち掛けられる。
警察官リンに導かれ、謎の組織のアジトに案内されたギアたちは、そこでこの世界の衝撃の真実を知る。
レジスタンスから真実を聞き、衝撃を受けたギアたちは、政府の秘密を世界に暴くための作戦に参加する。
ノアたちの犠牲によってバレルの脅威から逃れたギアは、『政府の真実』を荒野の人々に向けて発信するが―。
刑務所に収監されたギアたち。そんなギアの元を訪れたバレルは、自身の過去を語り始める。
脱獄に失敗したギア・シロクマ・Qu-0213は、収監先の監獄島で殺し屋たちと再会する。
首都に向かうギア、殺し屋軍団、レジスタンスの大連合チーム。首都の警察部隊との大規模な戦闘が始まる。
激しい闘争の末、ついに首都の地下エリア最深部に辿り着いたギアたち。そこでギアはこの世界の成り立ちを知る。
