記憶喪失の男・クナギ (猫好き) は行き倒れていたところを、ガク(猫好き) とカオル (猫好き) に拾われ、兄妹が営む猫カフェ 「メゴコロ・ネコメ」で働き始める。そんなある日、猫カフェの常連客が突如、可愛い猫になってしまう。猫に触れると猫になる“ニャンデミック”が世界中で同時発生し、街は大混乱に...!
猫に触れると猫になるNNウィルスに感染したガクは、自分を置いて逃げるようクナギに妹を託す。”ニャンデミック”に陥った街は可愛い猫で溢れ、ガクとの別れを悲しむ間もなく、クナギ、カオル、タニシは安全な場所を探し求める。なんとかスーパーへ逃げ込む3人だったが、そこにはカオルの同級生ツツミの姿が…。
”ニャンデミック”発生により、日本政府も崩壊の一途を辿っていた。一方、スーパーで救助を待つ一行はカオル特製ねこまんまを堪能し、束の間の幸せなひと時を過ごす。しかし、どこからか入り込んでいた猫により、人々はまたたく間に可愛い猫と化し店内は大混乱！猫のたまり場となった店内から脱出する作戦とは…。
”ニャンデミック”発生から数か月後。世界は猫の手に堕ち、文明は崩壊し、人類は滅亡の危機に瀕していた。"ニャポカリプス"の到来である。クナギとカオルは、ツツミを追う途中で出会った少年アラタ（猫好き）に導かれ、ヴェンデルシュタインと呼ばれる砦に身を寄せていた。一方その頃、マーロウという男もまた…。
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