肉眼で菌が見える能力を持つ沢木惣右衛門直保は東京にある某農大の1年生。入学早々、沢木は先輩の美里薫・川浜拓馬に倉庫に連行される。そこで目にしたのは大量に噴出する日本酒の敵・ヒオチ菌と、グロテスクな物体をむさぼる菌まみれの樹慶蔵教授の姿だった！
沢木は樹教授から院生・長谷川遥を紹介されるが、長谷川は沢木の能力を信じられず質問攻めに。そこへ新入生・及川葉月が異臭を放つ発酵食品「ホンオフェ」を抱えて現れる！オリエンテーションで0-157を発見する沢木の姿を目の当たりにした長谷川は愕然とする。
半年がすぎ季節は秋。樹教授の田んぼに巨大ミステリーサークルが出現する！ミス農大・武藤葵を会長と崇めるUFO研究会の仕業だった。落胆する樹教授。その頃、薄汚れた格好の女性が樹ゼミに現れる。それは海外の探索旅行から戻った武藤の変わり果てた姿だった。
樹ゼミの発酵蔵が始動。美里・川浜も手伝いに借り出されるが、貧乏生活に拍車がかかるばかり。金儲けを企む美里の頭に浮かんだのは古代から伝わるロマンあふれる酒造りの方法。彼らは沢木を巻き込み樹教授が栽培する酒造好適米「山田錦」を手に入れようとするが。。。
日増しに忙しくなる樹ゼミ。樹教授は発酵蔵に集中するためにこれで煩悩を振り払えと沢木たちに小瓶を渡す。それは特製の媚薬だった。どう使おうかと沢木達は色めき立つ！その頃沢木の元に、入学と同時に休学していた幼なじみ・結城蛍から復学すると連絡がはいる。
突然の出来事に動揺し、蛍との約束を破ってしまった沢木。翌朝、発酵蔵では様々な人間模様が繰り広げられていたことが明らかに。大騒ぎになる樹ゼミ。混乱の中、長谷川は沢木の菌が見える能力がなくなっていることを見抜いて・・・。
菌が見えなくなってしまった沢木に焦り、理由を問いつめる長谷川。長谷川は沢木を道具のように扱ってしまった自分に苛立ちを感じ、ひとり研究室を後にする。沢木は、必要とされているのは自分ではなく、菌が見える能力だけなのではないかと、蛍に悩みを打ち明ける。
収穫祭まであと一週間。樹ゼミは発酵食品と酒を販売することに。長谷川の指揮で準備は順調に進められていく。思わず笑顔を見せる長谷川に驚く沢木たち。樹は少女時代の長谷川と初めて出会った日を感慨深く思い出す。しかしもう彼女に残された時間はなかった。 レンタル可能
収穫祭が開幕。野菜の無料配布やアイドルのライブが大いに盛り上がる中、リーダーをなくした樹ゼミの出店は大混乱。そんな彼らに樹は長谷川の退学届を見せ、挙式のためフランスへ旅立ったと告げる。長谷川なしの樹ゼミはありえない！沢木たちは奪還を決意する。
フランスへの渡航費用を稼ごうと奮闘する沢木たちだが、裏目に出るばかり。万策尽きたとき、ミス農大コンテストで優勝すればどんな願いでもひとつだけ叶えられることを知る。及川を筆頭に沢木たちはミス農大コンテストに出場し、農の精神を体現する過酷な審査に挑む。
ミス農大に選ばれた及川は全学生の前で長谷川の奪還を願う。長谷川の元へと駆け出す農大生たち。立ちはだかるボディーガードを必死に振り切りながら沢木はようやく長谷川の元にたどり着くが引き離されて声が届かない。沢木は自分にしかできない「ある方法」を思いつく。
