私立各務台学園２年生の瓜生新吾は、自分の通う学園が同じ街の名門女子校「結姫女子学園」と統合されることになり、 試験的に設けられた仮統合の期間、結姫女子学園へ通うことになった。 転入の前日、雨上がりの公園で新吾は結姫女子学園の生徒・瀬名愛理と出会った。
「私はあなた方を歓迎していません！」 男子の入学を拒否する愛理の言葉に教室の雰囲気は重苦しい。 状況を変えようと新吾は行動を起こすが、すべてが裏目にでてしまい空気は悪くなる一方。 そんな折、調理実習が行われ、男子たちにも名誉挽回のチャンスがやってくる……。
愛理と共にクラス委員となった新吾は、クラスの雰囲気を良くしようと奮闘していた。 だんだん仲良くなっていくクラスメイトたち。しかし愛理だけは新吾から距離を置こうとする。 夕暮れの教室、クラス委員の仕事が終わらず焦る愛理に、新吾は一つ提案をした。
スーパーで偶然にも愛理と出会った新吾や桜乃たち。 そのままなし崩し的に愛理の家に押しかけていくと、そこには彼女の意外な生活が……。 隠し続けてきた秘密を知られて心配していた愛理だったが、普段と変わらない新吾たちの姿を見て少しずつ素直になっていく。
他の男子たちとは違う新吾の気配りや心遣いに触れて、愛理はだんだんと新吾のことが気になっていく。そんな中、自分のことよりも周りのために気を遣う新吾を見て感銘を受けたアンジェは、新吾こそがメイドとしてお仕えする旦那様だと確信するのだが…。
押しかけメイドとしてやってきたアンジェに瓜生家は騒然。翌朝、ぬこ部に廃部の危機が訪れ新吾は部員になることをみうに申し出る。廃部を避けるためにはさらに部員が必要。そんな中、帰宅中に突然の雨に降られた新吾は、成り行きから愛理の家で雨宿りすることに…。
ぬこ部が正式な部活動として学園に認められた。備品を買いにみうと買い物に出かけることになった新吾だったが、待ち合わせの場所には紗凪の姿もあった。冷たく当たりながらも新吾を部員として認める紗凪の姿に、小さな誤解が生まれてしまう…。
部室の前に置かれていた小さな箱には、捨てられた子猫が二匹入っていた。子猫たちが反応した名前はそれぞれシンゴとミウ。心ない行為にやるせなさを感じつつ、里親を探す部員たち。しかし里親は見つからず…。
バイト中に倒れてしまったみうは新吾の介抱もあり翌朝には元気になっていた。看病してくれたお礼にと、新吾はみうの家に招かれることになった。一方、里親が見つからない子猫のシンゴを紗凪は引き取ると言い出すのだが…。
怪我の治ったハトを自然に帰すため、裏山に向かうぬこ部のメンバーたち。普段通り新吾に接しようとする紗凪を、愛理は複雑な想いで見つめていた。休み明け、引き取られた子猫の様子がおかしいことに気づいた紗凪は…。
クリスマスイブ、通りは明るい音楽が鳴り響いている。新吾とみうは二人きりのクリスマスを過ごす約束を交わしていた。一方桜乃たちは愛理の家でパーティ。空から舞いおりる雪は静かに街を包み込んでいた…。
ぱんにゃによく似た動物の目撃情報を聞いた新吾たちは、裏山へ真相を確かめに行くことに。そこで目にしたのは、ぱんにゃの家族の姿だった。その様子を見たみうは、ぱんにゃを自然に帰すことを部員たちに告げるのだった…。
アナザーストーリー
