異世界からやってきた青年・ショウマ。 ショウマは一人の少年と出会い、初めて見る世界に心を躍らせる。 そんな中、異世界のモンスター・グラニュートの危機が迫る。 彼らは”闇菓子”を得るために、幸せな人々を狙い密かに襲っていた。 お菓子を食べたことで力を覚醒させたショウマは、 自らの眷属「ゴチゾウ」と共にグラニュートの脅威に立ち上がる。 「大好きなお菓子の力で、大切な人々を守る」 ショウマの決意により、『仮面ライダーガヴ』の物語は動き出す！
ショウマが人間界に来てから一週間。 空腹で行き倒れてしまったショウマは一人の女性に拾われる。 彼女の名は甘根幸果。 なんでも屋「はぴぱれ」のギャル社長。 ショウマは幸果に恩返しをするために、はぴぱれの仕事を手伝う事に。 はぴぱれの初仕事にショウマが奮闘する裏で、グラニュート界では暗雲が立ち込める。 グラニュート界の大手お菓子会社・ストマック社。 社長のランゴ・ストマックを筆頭に、闇菓子の製造で私腹を肥やしていたストマック家はある人物を追っていた。 平和な日常は束の間、またしても幸せな人間を狙うグラニュートが現れ、再びショウマは戦いに身を投じることになってしまう…。
幸果の友人をグラニュートから救い出したショウマ。 しかし、化け物と怖がられてしまい、正体を隠すためにも幸果の元から去ることに。 次の新天地を探す中で、今度はコワモテのおじさんにショウマは拾われる。 なんだか訳アリの様子なおじさんと共に行動するショウマに、グラニュートの魔の手が差し迫る。 一方、母親の仇を探す絆斗も独自に調査を進め、意外な人物の元を尋ねることになる。 ショウマと絆斗。歯車が動き出した二人の運命は、少しずつ交錯していくのだった。
ソーダパンチでコワモテおじさんを救ったショウマはまたしても１人になる。 孤独なショウマは心優しい老夫婦に人里離れた田舎道で拾われる。 亡くした息子に瓜二つのショウマを本当の息子のように可愛がる老夫婦と幸せな時間をしばらく過ごす。 しかし、仮面ライダーの存在が徐々に明るみに出たことで、 シータとジープにショウマの生存が気づかれてしまい、ついに両者が対峙することに…！ マシュマロの力でショウマは強敵に立ち向かう！
ショウマはシータとジープのエージェントを見事に撃破して老夫婦を救う。 しかし、自分の周りの幸せな人間に危険が及ぶのを危惧し、人との関わりを断つ事を心に決める。 孤立したショウマは山奥で巨体のグラニュートに拾われる。 彼の正体はショウマの大叔父であるデンテ・ストマック。 グラニュート界から離れて人間界に隠居していた。 ショウマはデンテから思いもよらぬ真実を告げられ、ヒリつく過去と向き合うことに。 一方、仮面ライダーの存在に近づく絆斗にもグラニュートの脅威が差し迫る…！
大叔父デンテから自らの過去を聞いたショウマ。 葛藤の末、グラニュートの悪事から人間を守ると決意を胸に動き出す。 ショウマは暫く場所を転々としていたが、 幸果の元に再び戻り人々の幸せのため働く事を決める。 一方、ショウマの知らないところで絆斗に大きな危機が迫っていた。 絆斗のライターの師匠・塩谷がグラニュートに狙われてしまうのだった。 残酷な運命に抗う絆斗は、仮面ライダーになる決断を迫られる。
グラニュート研究家・酸賀の手によって生体改造を受けた絆斗は、仮面ライダーヴァレンへと変身する。 自分の母親だけではなく師匠の命も奪ったグラニュートに復讐を誓い、グラニュート殲滅を目的に行動を始める。 そんなヴァレンは、お互いに正体を知らない状態でガヴと初めて対面することに。 一方でショウマと幸果は、幸果の大叔母・雅子の仕事の依頼で芸術家の卵が生活するアトリエを訪れる。 そこで、グラニュートの魔の手から芸術家の卵を守るべく、ガヴもチョコのゴチゾウの力で対抗する！
突如として人間界に現れたストマック家長女・グロッタ。 グロッタの圧倒的な力を前にヴァレンは追い込まれる！ グラニュートを狩る仮面ライダーの存在はストマック家長男ランゴの耳にも入り、5人が集う家族会議が開かれる。 一方ショウマは、パトロンに扮したグラニュートを倒し、立体造形アーティストの珠希を救った。 しかし、倒したはずのグラニュートが再び芸術家の卵を狙い、宝屋敷低に危機が迫る。 ガヴはヴァレン、二人はチョコゴチゾウの力で初めて共闘することに！ チョコまみれのタッグマッチが始まる！
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ガヴとヴァレンは共闘の末、芸術家の卵をグラニュートから救った。 宝屋敷邸の危機を乗り越え、はぴぱれ仕事も一件落着。 芸術の秋に続き、今度は「ハロウィン」がやってくる！ 仮装をすればお菓子がたくさんもらえるという、ショウマにとって夢のようなハロウィン。 そんな幸せムードのハロウィンを狙いグラニュートが動き出す。 一方、絆斗はダンス教室に通う少女・きらりと出会い、行方不明者が続出している噂を耳にする。 ストマック社をクビになったシータとジープも暗躍して、幸せのハロウィンが脅かされる！
子供達を狙うグラニュートの影を追う絆斗。 グラニュートが落とした手がかりをもとにケーキ屋にたどり着くが、グラニュートどころか店ごと消えていた。 そんな中、絆斗と親交を深めた少女・きらりにグラニュートの魔の手が差し迫る。 キャンディの力でシータ・ジープの作戦を打破したショウマも、絆斗と共に消えたケーキ屋の謎を追う事になる。 お互いが仮面ライダーである事を隠す２人はきらりを救う事ができるのか！？
子供たちを狙うグラニュートを倒したガヴとヴァレン。 ひょんなことからショウマは、何やら訳アリな美人姉妹と出会う。 ネットで知り合った男に恋する姉の栄美と、ロマンス詐欺だと疑ってやまない妹の葉奈。 困っていた二人をショウマは助けようと、はぴぱれに連れていく。 話を聞いてみると、栄美が恋したその相手は驚くべき人物だった。 ありえない事態の真相を突き止めるためショウマと幸果は行動に出る。 そんな中、失態を重ねるシータとジープを見限ったランゴはついに自らが動き出す。 ランゴが向かった先は人間界だった。
グラニュートの激しい一撃をくらい倒れるヴァレン。 ショウマはヴァレンの正体が絆斗であることを初めて目撃する。 境遇は違えど似ている過去を持つショウマと絆斗。 二人の思いは初めて交わり、物語は大きく動き出すことになる。 一方、幸果はロマンス詐欺の犯人を突き止めるために奮闘する。 ショウマはある作戦を実行し、犯人であるグラニュートをおびき寄せることに。 グラニュート界に戻ったランゴは、ショウマの成長ぶりからガヴが脅威になりうると考え、新たな計画を始動させる。
お互いの正体が仮面ライダーである事を知ったショウマと絆斗。 しかし、グラニュートに恨みを持つ絆斗に、ショウマは自分もグラニュートである事を打ち明けられなかった。 その頃、失態を重ねストマック社をクビになったシータとジープは、拠点を追い出され露頭に迷う羽目になる。 怒りの矛先は全てショウマに向けられ、自らの手でガヴを始末するため動き出す。 そんな危機的な事態を露知らず、ショウマは幸果と共にクリスマスのケーキづくりをすることに。 ショウマにとってケーキは特別な思い入れのあるものだった。
シータとジープとの直接対決に臨むショウマ。 ガヴはブッシュドノエルの力で対抗するも、 怒り狂った二人の圧倒的な力を前に敗れてしまう。 トドメを刺しそびれたシータとジープは、 ショウマをおびき寄せるために罪のない人々を巻き込んだ作戦を実行する。 一方、一緒にケーキを食べる約束をした幸果はショウマの帰りを待ち続ける。 ショウマは幸果の元へ帰り、約束を果たすことができるのか。 次回、ガヴの強大な力が覚醒する！ ショウマVSシータ・ジープ、因縁の兄弟決戦がついに決着する！？
ケーキングの力を覚醒させたショウマは、シータ・ジープに見事勝利する！ 強敵を倒したのも束の間、生き残ったジープの行方や酸賀とニエルブの会合など、 ショウマの知らないところで各々の暗躍は続く。 その後、はぴぱれの依頼で行ったクリスマスの福引で、 ショウマと絆斗はグラニュート可児を目撃し後を追う事に。 「ストマック社を抜けたい」 可児からまさかの一言を聞いたショウマは、信じるべきか葛藤する。 一方、ストマック社に採用されたグラニュート・ラーゲ９は改造手術を終え、 ついに闇バイトとして動き出す。
路上ミュージシャン・可児に扮するグラニュート・ロジョーは、 「ストマック社を抜けて罪を償いたい」とショウマたちに訴える。 しかし、それは可児の嘘で追い詰められた絆斗は捕らわれてしまう。 ショウマは消えた絆斗の行方を探しながら、絆斗との間にできたわだかまりに悶々とする日々を送る。 ラーゲ９がアルバイトとしての仕事を着々とこなす一方で、 ニエルブは酸賀にもらった情報を元に新たな研究に本格的に取り組むことになり…
ショウマと絆斗は協力してケーキの力でグラニュートを倒すことに成功する。 クリスマスが終わり、季節はお正月へ。 幸果と一緒に参加した町内会の餅つき大会で、ショウマはご近所のタケシ君が行方不明になっていると耳にする。 さらに、ラーゲ9が密かに行っていた大量失踪事件の噂も聞いて、絆斗と共に手分けして調査をすることに。 そんな中、ニエルブはラーゲ９に接触し、開発した新しい変身ベルトを授ける。 ラーゲ９はショウマ達と初めて対面し、新しい力で仮面ライダーへと変身する！ 謎に包まれたグラニュート・ラーゲ９がついにそのベールを脱ぐ時！
ショウマたちの前に現れたグラニュート・ラーゲ９は仮面ライダーヴラムへと変身する。 ヴラムの絶大な力を前にガヴとヴァレンは圧倒され、追っていた赤いスカーフの女性に扮するグラニュート・チョールをとり逃してしまう。 ヴラムによって難を逃れたグラニュート・チョールは、自らの力を使い人間狩りを再開する。 ショウマと絆斗は再びグラニュート探しに奔走するも、ニエルブよりグラニュートハンター始末の命を受けたラーゲ９が、再び二人の前に立ちはだかる。
グラニュート・ラーゲ９が変身した仮面ライダーヴラムの強烈な一撃がヴァレンを襲う！ ショウマは標的のグラニュートを倒すことに成功するも、幸果のご近所の御手洗タケシ君のヒトプレスを見つけ出すことはできなかった。 ショウマと絆斗はヴラムの圧倒的な強さを思い知る事となるが、諦めることなくタケシ君のヒトプレス探索に臨む。 一方で、ヴラムはランゴから命じられたヒトプレス集めの任務を遂行するため、次の標的となる場所に狙いを定め、そこで再びショウマとヴラムは再会を果たす。 二人は真っ向から激しくぶつかり合い、ショウマはヴラムの本当の目的を聞き出そうとする。
ショウマは再びヴラムと対峙し、彼の本当の目的を知る。 ヴラムは闇菓子によって亡くなった弟の仇を討つために、ストマック社に潜入していたのだった。 戦いの中で二人の思いはぶつかり合い、 ショウマはヴラムに「ストマック社に力を貸すのではなく、共に戦おう」と強く訴えかける。 ヴラムは答えなく去って行くが、一人思い悩むヴラムの元にショウマは再び現れる。 果たしてヴラムが出した答えとは？ そして、取り戻せなかったヒトプレスを追い求め、グラニュート界の闇菓子工場への潜入が始まる！
３月といえば卒業式。卒業式といえば楽しかった学園生活。ということで、『仮面ライダーガヴ』のキャラクターたちがもしも学園生活を送っていたら？をテーマに６本のショートコントを作っちゃいました！ その名も『仮面ライダーガヴ ＧＲＡＤＵＡＴＩＯＮＳ おかしなスクールデイズ』！
ショウマとラキアは共にグラニュート界の闇菓子工場に潜入！ 見事、大量失踪事件の被害者として捕らわれていたヒトプレスを全て奪還することに成功する。 しかし、グロッタとの戦いの中でショウマがストマック家の末っ子で、グラニュートである事が絆斗に知られてしまった。 ショウマの正体が、自らの仇であるグラニュートだと知った絆斗は激しく怒り、ショウマを問い詰める。 ずっと打ち明けられなかった秘密が思わぬ形で発覚したことで、2人の間には大きな溝ができてしまう。 そんな中、飲食店で客が何者かに襲われる事件が発生する。その人物の正体は、黒い装束に身を包んだショウマだった。
絆斗はショウマの秘密を知り、一時的に2人は関係性を悪化させてしまう。 そんな中、絆斗はショウマと同じ見た目の「ビターガヴ」が人間を襲う姿を目撃し、ヴァレンに変身してビターガヴと激戦を繰り広げる。 ビターガヴに圧倒される絆斗は危機を迎えるが、そこにラキアが現れ今度はヴラムとビターガヴが激突することになる。 一方、絆斗の口からショウマがグラニュートであることを聞いた幸果は、絆斗と同様にショウマの姿をした人物が人間を襲っている事実と向き合う。 ビターガヴの脅威にショウマと絆斗は再び手を取り合って立ち向かう事はできるのか…！？
ショウマは絆斗に自らの過去全て話し、2人の間にできていたわだかまりは解消された。 2人は再び手を取り合ってビターガヴを倒すことに成功する。 しかし、戦いの中でショウマは忘れていた絆斗の母との記憶を蘇らせる。 かつてショウマは絆斗の母と出会っていたのだった。 「俺、絆斗のお母さんにあった事がある」 この一言から2人は残酷な事実と向き合うことになる。 一方、倒したはずのビターガヴが再び現れ、人々を襲い始める。 ショウマとラキアは、ビターガヴを止めるため応戦するも…！？
止まらぬビターガヴの脅威！ 倒したはずのビターガヴがさらに強くなり再び立ちはだかる。 ラキアと共にショウマは応戦するも、不調のため苦戦を強いられる。 一方、絆斗は幼馴染の加太郎に呼び出される。 厄介ごとに巻き込まれた絆斗は、酸賀にもらった黒いチョコゴチゾウで変身する。 酸賀から授けられた新しいヴァレンの力とは？ ビターガヴを前にショウマはピンチを迎える。 そこに現れる幸果がまさかのアシストを？ 勝利の鍵は「アイスクリーム」だった！
しばらく体調不良に悩まされるショウマだったが、 幸果の助けもあってアイスクリームで新しい力を手にして、 見事ビターガヴを撃破するのだった。 ある日、ショウマに招かれ「はぴぱれ」にラキアがやってくる。 幸果からバイトの誘いを受けたラキアは、 最初は断るも渋々何でも屋の仕事に取り組むことに。 そんな中、ラキアと幸果はスイーツ好きの少年・浩二の依頼を受ける。 浩二がファンであるバーチャル配信者「カブトダンシ」に 会いに行くからついてきて欲しいという依頼内容だった。 スイーツ紹介で絶大な人気を誇る「カブトダンシ」に会いに行く事になったラキアと浩二。 その裏にはグラニュートの影が…！？
バーチャル配信者の「カブトダンシ」の正体はグラニュートだった。 依頼人の浩二を守るために連れ添ったラキアは行った先で弟コメルの噂を耳にする。 亡き弟を侮辱してきたグラニュートに対し、ラキアは怒りの変身をして立ち向かう。 アカウントを乗っ取られた浩二は、一度はラキアによって助けられるも、再びグラニュートからカブトダンシを取り返そうと危険を顧みず進もうとする。 浩二の身を案じたラキアは止めようとするが、聞く耳を持たず浩二は行ってしまう。 一方、新たな力でビターガヴを倒した絆斗は、身体の不調を感じ酸賀の元を訪れる。 酸賀はニエルブと通じ着々と”ある計画”を進めていたが、絆斗はそれを知る由もなかった。
以前に増して身体の不調に悩まされる絆斗は、限界を感じ酸賀の研究所を再び訪れる。 そこで、ダークショウマに「御主人様」と呼ばれる酸賀の姿を目撃してしまう。 一方ショウマは絆斗との関係を改善できず、不調の絆斗を心配していた。 絆斗の危機的状況を知り、幸果と共にデンテのもとへ助けを求めることに。 酸賀はついに本当の目的を告白し、ショウマ達の前に立ちはだかる。 「ショウマ君、俺と戦おうよ」 新たなゴチゾウを手にした酸賀は仮面ライダーへと変身し、ショウマ達に襲い掛かる。
Hanto blames himself for the death of his mentor Shioya. Shoma finds Hanto in a state of exhaustion and tries to help him get back on his feet.
ショウマと絆斗の絆から生まれた新たなゴチゾウの力で変身したヴァレンは酸賀を倒し因縁に決着をつける。 ラキアはビターガヴを一掃し、酸賀によって引き起こされた一連の騒動も集結する。 それから１か月、ストマック社の手先を倒しながら各々は比較的平和な日常を送っていた。 そんな中、しばらく消息を断っていたジープが一人の少女を連れてストマック社に戻ってくる。 彼女の名は「リゼル・ジャルダック」。グラニュート界の大統領の一人娘だった。 リゼルの登場がストマック社に激震をもたらし、その影響はショウマ達がいる人間界にも…！
突如としてショウマ達の前に現れた大統領令嬢のリゼル・ジャルダック。 彼女の存在が今後どのように人間界に影響を及ぼすかショウマ達は不安視するも、一先ずはバスケの試合で出没したグラニュートの足取りを探る。 試合の会場に残ったグラニュートの痕跡を元に、絆斗がライターの手腕を見せながら、人間に扮したグラニュートの居場所を突き止めるため4人で奔走する。 一方、グラニュート界でランゴたち兄弟を集めたリゼルは衝撃の一言を告げる。 彼女のその一言でストマック社に激震を走らせ、物語に大きなうねりを生むことになる！
ショウマたちはチームワークを発揮してグラニュートを倒し、攫われた人々を無事取り戻すことに成功する。 グラニュート界では、ジャルダック家が権力を振りかざし、ストマック社を支配下に置く。 その結果、リゼルがストマック社の社長に就任し、ランゴは社長の座を奪われ仕入れ担当に降格してしまう。 そんな中、絆斗とラキアは偶然同じとあるグラニュートの失踪事件にたどり着く。 なにかと馬が合わない2人は、なかなか同じ方向を向く事ができず、グラニュートを追い詰めようにもうまくいかず… 一方、リゼルは再び人間界に現れる。彼女の目的は一体？
同じ失踪事件を追う絆斗とラキアの２人は、 なんとかグラニュートを追い詰めるも直前で逃してしまう。 そこでグラニュートの斬撃跡を見たラキアは、 弟コメルを手にかけた犯人への復讐心に駆られ冷静さを失う。 ラキアと絆斗が奮闘する一方で、 別の場所でも不穏な出来事が起こっていた。 リゼルと対面したショウマは、彼女の目的も分からぬまま連れ添うことに。 そこでショウマはストマック社の現状を聞く事になる。 ニエルブはついにデンテの居場所を突き止めデンテのもとを訪問する。 かつては師弟関係だった二人は果たして何を語るのか？
傷ついたハントがハピパレに現れる。腹に黒いガヴを持つ男に襲われたハントだが、一体誰がこんな改造を…？ 翔真はそれがニェルフだと推測する。 黒いガヴを持つ男はラキアに襲いかかり、ビターガヴ・ブレアクッキーフォームへと変身する。翔真は苦戦するヴラムを助けに駆けつけるが、そこにニェルフも現れる。ニェルフは、ビターガヴの正体がビジネス界の巨頭、マゲンであることを明かす。彼らの目的とは？
デンテの新発明「ゴチポッド」でゴチゾウの力を集約したショウマは新たな姿のガヴへと変身する。 ビターガヴとなり猛威をふるっていたマーゲンだったが、新たな力を得たガヴの強烈な一撃によって倒したかに思えた。 …が、生き延びていたマーゲンは再び人間を襲うため動き出す。 ショウマたちはマーゲンの襲来に備えて、再びゴチポッドの力に頼ろうとする。 しかし、ゴチポッドの力を解放するためには大量のゴチゾウが必要だった。 ショウマ・絆斗・ラキア・幸果は大量のゴチゾウを生み出すために、4人で協力して奮闘する。 お菓子をたくさん食べて大量のゴチゾウを集める「100匹ゴチゾウ大作戦」が始まる！
みんなの協力あって「ゴチポッド」の力でマーゲンを倒したショウマ。 一方グラニュート界で1000万個の闇菓子の発注を受けたランゴが動き出す。 はぴぱれに、幸果の友人・律が久しぶりに訪問する。 推し活の手伝いを依頼された幸果とショウマはグッズ作りに奔走。 そんな中、今までに類を見ない規模の集団を狙った大量失踪事件が立て続けに発生する。 大規模な闇菓子量産作戦の首謀者は他ならぬランゴだった。 人間界に降り立ち作戦を先導するランゴと対峙するショウマ達。 因縁の兄弟対決の火蓋が切って落とされる！
ランゴの計画によって、大規模な失踪事件が一夜にして巻き起こる。 ついにランゴと直接対決するショウマ・絆斗・ラキア。 ランゴの圧倒的な力の前に、ゴチポッドで変身したオーバーガヴでも歯が立たず敗れてしまう。 敗北を喫した3人は、次の戦いに備えてそれぞれ動き出す。 そんな中、幸果の友人・律が推すバンド『U・M・A』のライブが次の標的にされている事が判明する。 ショウマたちは参事を食い止めるため、ライブ会場に潜入することに。 再びショウマの前に立ちはだかるランゴ。 ショウマの決意に応えるように、ゴチポッドの隠された力が覚醒する！！
ランゴの大規模な計画を止めるため、再び直接対決を挑んだショウマ。 新たに覚醒させたマスターガヴの力で見事ランゴに勝利する。 絆斗がグラニュートの情報を世間に知らせたことで、人々はグラニュートと仮面ライダーの存在に気づき始める。 そんな中、和菓子屋「あんどう」の一人息子である安藤寛人がはぴぱれに依頼を持ちかける。 経営不振の和菓子屋を再建してほしいという依頼だった。 ショウマ達と共に和菓子屋再生のために協力する絆斗は、因縁深いある人物と再会を果たすことになる。 ランゴが敗れたことで、少なからずストマック家に軋轢が生まれることになる。 亡きシータの復讐にかられたジープが動き出す…！
はぴぱれの依頼を受けて和菓子屋の再建に挑むショウマたち。 そこで出会った和菓子職人の健二は、絆斗の仇のグラニュートだった。 長年追い続けずっと憎んでいた相手だったが、思いがけない出会いに絆斗は複雑な思いを抱く。 和菓子屋の一人息子・寛人から慕われる健二の姿を見て、復讐を遂げるかどうか絆斗の心は揺れ動き、選択を迫られることになる。 一方、ショウマに敗れたジープもまた、復讐心に駆られて葛藤していた。 そんなジープに対して、ニエルブは「ビターガヴ」の力を使わないかと近づく。
絆斗は母親を攫ったグラニュートを見逃し、自分の過去と区切りをつける。 ジープは復讐のため自ら望みビターガヴの移植を行った。 強力な力を手にするも、マスターガヴを前に敗れてしまう。 ストマック家が崩壊しつつあることにグロッタは焦りを感じ、怒りの矛先は人間界に向かっていた。 グロッタは自らの力を行使して、次々にヒトプレスを量産していくのだった。 そんなことを知らず、久しぶりにデンテのもとを訪れたショウマ達は、デンテの願いによりプリンアラモードをつくることに。 最高のプリンアラモードをつくるため、ショウマ・絆斗・ラキア・幸果の4人が奮闘する！
デンテの願いを叶えるためプリンアラモードを手作りすることに。 しかし、デンテのもとを訪れたショウマたちはグロッタの刃によって手にかけられたデンテの姿を目にする。 ラキアは自らの弟だけではなく、デンテの命まで奪ったグロッタに対して怒りをぶつけるも、圧倒的な力のグロッタに敵わず敗れてしまう。 大切な存在を亡くしたことでショウマたちは悲しみに暮れるが、グロッタは勢力範囲を広げ、ますます多くの人々をヒトプレスにしていくのだった。 ラキアは自分の無力さに打ちひしがれ、一人怒りに駆られてしまう。 危機的な状況だったがデンテの残したあるモノが状況を大きく変えることに。 想いの詰まったプリンアラモードが奇跡を呼び、新たなヴラムの力が覚醒する！
覚悟を決めたラキアはプリンアラモードのゴチゾウ「プリンテ」の力を使って宿敵グロッタを倒すことに成功する。 一時的に平穏を取り戻したと思われたが、原因不明の事件が発生する。 町中で奇妙な行動をする人々が現れ、ショウマたちは捜索を続けると、どうやら現場付近で目撃された黒ずくめの男が怪しいと判明する。 謎の事件にはニエルブが関わっているようで、新たなビターガヴと共にショウマ達の前に立ちはだかる。 さらに、その裏側には大統領ボッカ・ジャルダックの大きな計画が…！？
街の人々が奇妙な行動をする姿が連続して目撃される。 その事件の犯人はニエルブに操られた酸賀だった。 ニエルブは酸賀の身体をグラニュートに改造して自らの操り人形として使っていたのだった。 そんな中、絆斗もまた洗脳を受けて、ショウマ達に襲い掛かってくる。 ニエルブの計画はさらに規模を拡大し、今度は町中の人々をまとめて操る計画を実行に移す。 ショウマは身の回りの大事な人々が危険に遭うことを阻止するため、ラキアと協力してニエルブに立ち向かう。 果たしてショウマ達は人々を救えるのか！？そして、操られてしまった絆斗の運命や如何に！
ニエルブの実験で揺れ動いた人間界。 グラニュートになり果ててしまった酸賀との戦いに終止符が打たれ、ニエルブは意味深な一言を残しその場を去る。 絆斗はお菓子屋「ひだまり」の店主がショウマの叔父である事に辿り着き、悩んだ末にショウマにその事実を告げる。 自分の肉親が思ってもいない身近な相手だと知ったショウマは、どうするべきか悩み複雑な心境を抱く。 そんな中、ニエルブの実験の裏で糸を引いていたグラニュート界の大統領ボッカはリゼルと共に人間界に降り立ち、人間の世界を視察する。 初めて直接対峙するショウマ達は、その絶大な力を前にボッカの脅威を知ることになるのだった。
超ハイパーバトルDVD
本日３月２日（日）９時３０分より配信の第１話「おいしいひなまつり！？」では、ショウマ（声：知念英和）、絆斗（声：日野友輔）、幸果（声：宮部のぞみ）、ラキア（声：庄司浩平）が、商店街のひな祭りイベントの準備をお手伝いするとこに。 しかし、はしゃぐショウマに、ボケる絆斗、シレッと混ざるラキアにと、雛壇を飾るだけでもトラブル続発！ さらに、お雛様とお内裏様を持って来たと言うショウマたちの手には、とんでもない物が！ 果たして幸果はショウマたちをまとめて無事に雛壇を飾れるのか！？
第3話では、ニエルブ、シータ、ジープが登場。 ショウマに負けてボロボロのシータとジープは、ショウマを倒したいとニエルブに助けを求める。すると、ニエルブが様々な“発明品”を貸してくれることに。 しかし、それらの“発明品”には使用上の注意事項があり、次から次へとトラブルが発生してしまう！ 二人は“発明品”の力を駆使してショウマを倒せるのか！？
