異世界からやってきた青年・ショウマ。 ショウマは一人の少年と出会い、初めて見る世界に心を躍らせる。 そんな中、異世界のモンスター・グラニュートの危機が迫る。 彼らは”闇菓子”を得るために、幸せな人々を狙い密かに襲っていた。 お菓子を食べたことで力を覚醒させたショウマは、 自らの眷属「ゴチゾウ」と共にグラニュートの脅威に立ち上がる。 「大好きなお菓子の力で、大切な人々を守る」 ショウマの決意により、『仮面ライダーガヴ』の物語は動き出す！
ショウマが人間界に来てから一週間。 空腹で行き倒れてしまったショウマは一人の女性に拾われる。 彼女の名は甘根幸果。 なんでも屋「はぴぱれ」のギャル社長。 ショウマは幸果に恩返しをするために、はぴぱれの仕事を手伝う事に。 はぴぱれの初仕事にショウマが奮闘する裏で、グラニュート界では暗雲が立ち込める。 グラニュート界の大手お菓子会社・ストマック社。 社長のランゴ・ストマックを筆頭に、闇菓子の製造で私腹を肥やしていたストマック家はある人物を追っていた。 平和な日常は束の間、またしても幸せな人間を狙うグラニュートが現れ、再びショウマは戦いに身を投じることになってしまう…。
幸果の友人をグラニュートから救い出したショウマ。 しかし、化け物と怖がられてしまい、正体を隠すためにも幸果の元から去ることに。 次の新天地を探す中で、今度はコワモテのおじさんにショウマは拾われる。 なんだか訳アリの様子なおじさんと共に行動するショウマに、グラニュートの魔の手が差し迫る。 一方、母親の仇を探す絆斗も独自に調査を進め、意外な人物の元を尋ねることになる。 ショウマと絆斗。歯車が動き出した二人の運命は、少しずつ交錯していくのだった。
ソーダパンチでコワモテおじさんを救ったショウマはまたしても１人になる。 孤独なショウマは心優しい老夫婦に人里離れた田舎道で拾われる。 亡くした息子に瓜二つのショウマを本当の息子のように可愛がる老夫婦と幸せな時間をしばらく過ごす。 しかし、仮面ライダーの存在が徐々に明るみに出たことで、 シータとジープにショウマの生存が気づかれてしまい、ついに両者が対峙することに…！ マシュマロの力でショウマは強敵に立ち向かう！
ショウマはシータとジープのエージェントを見事に撃破して老夫婦を救う。 しかし、自分の周りの幸せな人間に危険が及ぶのを危惧し、人との関わりを断つ事を心に決める。 孤立したショウマは山奥で巨体のグラニュートに拾われる。 彼の正体はショウマの大叔父であるデンテ・ストマック。 グラニュート界から離れて人間界に隠居していた。 ショウマはデンテから思いもよらぬ真実を告げられ、ヒリつく過去と向き合うことに。 一方、仮面ライダーの存在に近づく絆斗にもグラニュートの脅威が差し迫る…！
大叔父デンテから自らの過去を聞いたショウマ。 葛藤の末、グラニュートの悪事から人間を守ると決意を胸に動き出す。 ショウマは暫く場所を転々としていたが、 幸果の元に再び戻り人々の幸せのため働く事を決める。 一方、ショウマの知らないところで絆斗に大きな危機が迫っていた。 絆斗のライターの師匠・塩谷がグラニュートに狙われてしまうのだった。 残酷な運命に抗う絆斗は、仮面ライダーになる決断を迫られる。
グラニュート研究家・酸賀の手によって生体改造を受けた絆斗は、仮面ライダーヴァレンへと変身する。 自分の母親だけではなく師匠の命も奪ったグラニュートに復讐を誓い、グラニュート殲滅を目的に行動を始める。 そんなヴァレンは、お互いに正体を知らない状態でガヴと初めて対面することに。 一方でショウマと幸果は、幸果の大叔母・雅子の仕事の依頼で芸術家の卵が生活するアトリエを訪れる。 そこで、グラニュートの魔の手から芸術家の卵を守るべく、ガヴもチョコのゴチゾウの力で対抗する！
突如として人間界に現れたストマック家長女・グロッタ。 グロッタの圧倒的な力を前にヴァレンは追い込まれる！ グラニュートを狩る仮面ライダーの存在はストマック家長男ランゴの耳にも入り、5人が集う家族会議が開かれる。 一方ショウマは、パトロンに扮したグラニュートを倒し、立体造形アーティストの珠希を救った。 しかし、倒したはずのグラニュートが再び芸術家の卵を狙い、宝屋敷低に危機が迫る。 ガヴはヴァレン、二人はチョコゴチゾウの力で初めて共闘することに！ チョコまみれのタッグマッチが始まる！
ガヴとヴァレンは共闘の末、芸術家の卵をグラニュートから救った。 宝屋敷邸の危機を乗り越え、はぴぱれ仕事も一件落着。 芸術の秋に続き、今度は「ハロウィン」がやってくる！ 仮装をすればお菓子がたくさんもらえるという、ショウマにとって夢のようなハロウィン。 そんな幸せムードのハロウィンを狙いグラニュートが動き出す。 一方、絆斗はダンス教室に通う少女・きらりと出会い、行方不明者が続出している噂を耳にする。 ストマック社をクビになったシータとジープも暗躍して、幸せのハロウィンが脅かされる！
子供達を狙うグラニュートの影を追う絆斗。 グラニュートが落とした手がかりをもとにケーキ屋にたどり着くが、グラニュートどころか店ごと消えていた。 そんな中、絆斗と親交を深めた少女・きらりにグラニュートの魔の手が差し迫る。 キャンディの力でシータ・ジープの作戦を打破したショウマも、絆斗と共に消えたケーキ屋の謎を追う事になる。 お互いが仮面ライダーである事を隠す２人はきらりを救う事ができるのか！？
子供たちを狙うグラニュートを倒したガヴとヴァレン。 ひょんなことからショウマは、何やら訳アリな美人姉妹と出会う。 ネットで知り合った男に恋する姉の栄美と、ロマンス詐欺だと疑ってやまない妹の葉奈。 困っていた二人をショウマは助けようと、はぴぱれに連れていく。 話を聞いてみると、栄美が恋したその相手は驚くべき人物だった。 ありえない事態の真相を突き止めるためショウマと幸果は行動に出る。 そんな中、失態を重ねるシータとジープを見限ったランゴはついに自らが動き出す。 ランゴが向かった先は人間界だった。
グラニュートの激しい一撃をくらい倒れるヴァレン。 ショウマはヴァレンの正体が絆斗であることを初めて目撃する。 境遇は違えど似ている過去を持つショウマと絆斗。 二人の思いは初めて交わり、物語は大きく動き出すことになる。 一方、幸果はロマンス詐欺の犯人を突き止めるために奮闘する。 ショウマはある作戦を実行し、犯人であるグラニュートをおびき寄せることに。 グラニュート界に戻ったランゴは、ショウマの成長ぶりからガヴが脅威になりうると考え、新たな計画を始動させる。
お互いの正体が仮面ライダーである事を知ったショウマと絆斗。 しかし、グラニュートに恨みを持つ絆斗に、ショウマは自分もグラニュートである事を打ち明けられなかった。 その頃、失態を重ねストマック社をクビになったシータとジープは、拠点を追い出され露頭に迷う羽目になる。 怒りの矛先は全てショウマに向けられ、自らの手でガヴを始末するため動き出す。 そんな危機的な事態を露知らず、ショウマは幸果と共にクリスマスのケーキづくりをすることに。 ショウマにとってケーキは特別な思い入れのあるものだった。
シータとジープとの直接対決に臨むショウマ。 ガヴはブッシュドノエルの力で対抗するも、 怒り狂った二人の圧倒的な力を前に敗れてしまう。 トドメを刺しそびれたシータとジープは、 ショウマをおびき寄せるために罪のない人々を巻き込んだ作戦を実行する。 一方、一緒にケーキを食べる約束をした幸果はショウマの帰りを待ち続ける。 ショウマは幸果の元へ帰り、約束を果たすことができるのか。 次回、ガヴの強大な力が覚醒する！ ショウマVSシータ・ジープ、因縁の兄弟決戦がついに決着する！？
ケーキングの力を覚醒させたショウマは、シータ・ジープに見事勝利する！ 強敵を倒したのも束の間、生き残ったジープの行方や酸賀とニエルブの会合など、 ショウマの知らないところで各々の暗躍は続く。 その後、はぴぱれの依頼で行ったクリスマスの福引で、 ショウマと絆斗はグラニュート可児を目撃し後を追う事に。 「ストマック社を抜けたい」 可児からまさかの一言を聞いたショウマは、信じるべきか葛藤する。 一方、ストマック社に採用されたグラニュート・ラーゲ９は改造手術を終え、 ついに闇バイトとして動き出す。
