新たな仲間を迎えようとする、ある日のA-TEC。しかし、火星へ向かう途上で転校生が誘拐されてしまう事件が発生。この難局を乗り切れるのは自分たちだけだと判断した室長の瀬良カイトは、A-TECのメンバーたちと共に前代未聞の救出作戦に乗り出す。 しかし、遂に姿を現した転校生・霧羽ナギサの正体は、実は自分たちの上司だった。ナギサはA-TECがこのまま高コストのお荷物部署であり続けるようならばメンバーをリストラし、部署を解散させると宣告する――。
遅れてきた転校生・霧羽ナギサ。創業者一族の名を冠するこの男は、先行技術開発部部長に就任するやいなやA-TECの面々に、リストラを宣告。動揺する生徒たちを尻目に早速、A-TECを臨時休業にしてしまう。そんな中、テレビではA-TECを取り扱うドキュメンタリー番組が放送される。 追い詰められた瀬良カイトは自分も出演したドキュメンタリー番組内の自身の言葉に激励され、反撃の狼煙を上げようとナギサのオフィスへと向かうのだった―。
ナギサの兄であり、専務取締役・霧羽ユウジはA-TECの予算カットを宣告。 ユウジの動きを不審に感じたナギサは自身の懐刀である経理のプロ、アンジェリーナを呼び寄せる。 彼女の徹底した財務管理でA-TECはさらに追い詰められていく――。 だが、それは同時にA-TECの財務を改善する延命措置でもあった。 はたしてナギサの真の目的とは？ そして、居場所を失ったA-TECメンバーは一人また一人とカイトの元を去っていく――。
ファクトリーもない、金もない、仲間もいない―。完全に追い詰められたカイト率いるA-TEC。 だがそんなカイトに霧科コーポレーションの労働組合が救いの手を差し伸べる。 カイトは組合に対し、経営陣からA-TECを守ってもらうよう嘆願し、組合も全面協力を約束する。 しかし、ミズキにはナギサからの忠告「組合は君たちが想像するほど清くも正しくもない」という一言が気にかかっていた。
ナギサとアンジェリーナも引き連れ、A-TECは修学旅行へと旅立つ。 海、そして温泉と束の間の休息を満喫するA-TECの面々。 しかし、ナギサのタブレットが壊れてしまうトラブルが発生。 しかもナギサには今日中にやり遂げねばならない業務があり……。
