Сюжет разворачивается в двух временных пластах — в блокадном Ленинграде 1941–1942 годов и в мирном городе 1965-го. В прошлом партизанка Зина чудом спасается от карателей благодаря неожиданному поступку предателя Строганова по прозвищу Граф. Спустя годы КГБ получает сведения, что Граф жив и скрывается под чужим именем, и за его квартирой устанавливают слежку. Но Строганов уходит из-под наблюдения и направляется в больницу, где лежит Зина.
В больнице Зина в панике уверяет Широкова, что видела Строганова, и опознаёт его по характерному жесту руки, который Михаил тоже помнит со времён войны. Опасаясь за её жизнь, он прячет Кожину на конспиративной квартире, а молодой стажёр Маслов расспрашивает его о схватке с Графом в годы блокады. В феврале 1942 года Широков уже служит в НКВД и расследует деятельность банды «ЗИГ ЗАГ», тогда как сержант Михайлов самовольно устраивает засаду на уголовников. В декабре 1965-го Широков подозревает, что Граф — шпион, и действительно Строганов встречается с американским резидентом, обсуждая похищение известного физика-ядерщика Вайнера.
В январе 1942 года каратель Мирыч, давний соратник семьи Строганова, готовит Графа и Берга к заданию — проникнуть в блокадный Ленинград и устроить теракты. В феврале на допросе уголовника Фёдорова Широков с Еремеевым находят улики, выводящие их на Анну Чекур. В декабре 1965-го Маслов беседует с женой Строганова Лорой, понимая, что она лишь прикрытие для мужа, но замечает в доме странную деталь. Тем временем Граф похищает профессора Вайнера, усыпив его инъекцией после отказа покинуть страну.
В феврале 1942-го чекисты выходят на Анну Чекур и во время обыска находят у неё тайник с продуктами и поддельными документами, после чего получают адрес подпольной типографии, но приходят слишком поздно — там уже пусто. В декабре 1965-го слежка за домом Строганова приводит к неожиданному нападению Лоры, которая тяжело ранит Цветкова и скрывается. Тем временем Широков везёт продукты на склад НКВД и сталкивается с бандой беспризорников, делясь с ними хлебом. От них он узнаёт о таинственных исчезновениях детей в блокадном городе.
В декабре 1965-го Лора заставляет механика Гурвича подготовить самолёт для побега, но тот предупреждает, что это возможно только к понедельнику. В феврале 1942-го Еремеев через искусствоведа Пирогова выходит на след художника Кошарного и его связей с уголовниками, поручая Широкову изучить архивные материалы. В те же дни пропадает мальчик Витька Воронов, похищенный загадочным Людоедом, оставив в снегу свистульку — ключ к его поискам. В настоящем Воронов-чекист хранит такую же игрушку, напоминая о страшных событиях детства.
В декабре 1965-го Зина признаётся Широкову, что Строганов сделал её соучастницей взрыва пленных партизан, а Лора через Гурвича передаёт ему сообщение о профессоре. В феврале 1942-го Строганов встречается с Крутецкой и Кругловским, планируя теракты против ключевых символов Ленинграда. Для их исполнения собирают группу «Спящих», куда входит и Пифагор. Тем временем Базанов под видом «мента» внедряется к Бергу и Кириллову, получая документы на взрывчатку, а Кириллов отправляется убить Кошарного.
В декабре 1965-го Широков узнаёт в отце парня своей дочери нелюдя из блокадного прошлого, а Маслов и Воронов попадают в поле зрения Лоры. Тем временем Строганов прячет у Гурвича похищенного профессора Вайнера и решает немедленно вылетать. На семейном застолье отец Маслова собирается на смену на аэродроме. В 1942-м Еремеев и Широков узнают в морге, что Кириллов погиб от пули, а в его книге «Ад» Данте находят библиотечный штамп, ведущий их к новой ниточке.
В декабре 1965-го Широков и Еремеев расследуют исчезновение физика Вайнера, подозревая в похищении Строганова. Тем временем Лора, Гурвич и Граф прорываются на аэродром, убивая сторожа и готовя самолёт к вылету. В 1942-м Строганов и Базанов с «Спящими» планируют серию терактов, но Еремеев и Широков находят следы заговора в библиотеке. В финале 1965-го Маслов и Воронов видят преступников в ангаре, начинается схватка, но Строганов вновь ускользает.