西暦300X年、マルガリータ帝国皇帝ツル・ツルリーナ4世は、毛狩り隊による毛狩りを開始した。毛の自由と平和を守るため、ボーボボが立ち上がる！
毛狩り隊と間違われたボーボボとビュティは、ハジケ組に襲われる。ボーボボは、首領パッチとのハジケ勝負・上級者ルールに挑む。
ハジケ村主催“ハジけっぱなしハジけ祭”で、ボーボボが村人全員を「くすぐりてぇー」と暴れ出す！
今日はハジケ学校の卒業式だった。“卓球便”でハジケ村に届けられた卒業生の首領パッチは、ギリギリ教室へ。ボーボボは首領パッチの弁当を手に、ママチャリで校内へ突入する！
誰かにつけられている恐怖を感じるビュティをよそに、ボーボボと首領パッチは見事に『ラブ★ラビリンス』の第二幕までを成功させる。そこへ、お茶漬け星人が現れた！
ビュティが、ゲチャッピの“毛抜きビーム”を浴びてしまった！ あとわずか10時間で、全ての毛が抜け落ちてしまう。ボーボボをかばって、首領パッチも浴びちゃった。
ビュティが浴びた、ゲチャッピの“毛抜きビーム”の解毒剤を求めて、ボーボボたちは毛狩り隊Ｃブロック基地に乗り込んだ！
Ｃブロック基地を勝ち上がるボーボボたちの前に、ソフトンが立ちはだかる！ ソフトンは先にビュティに解毒剤を渡し、正々堂々とボーボボに勝負を挑む。
ついに、疾風のゲハが待つ最上階へ。ボーボボに押されるゲハがビュティの髪を刈ろうとする！ そこへ、ヘッポコ丸が姿を現した！
ヘッポコ丸を追って、壁の中から壁男が現れた！ しかし怒っているのはヤツだけではない。地球ボーボボも、ヘッポコ丸に怒っていた。
故郷を救うためボーボボの力を借りたいと、ヘッポコ丸は頼む。そこへ、毛狩り隊Ｌブロック隊員のパピットマンが挑んできた！
ボーボボたちは田舎へ帰省していた。まごころ込めて植えた割り箸畑から、メルヘンチック遊園地が獲れたが、それは毛狩り隊Ａブロック基地となっていた。
ところ天の助を探す首領パッチの前に、コーヒーカップの守護神６が現れる。だがヤツはパチ美のかつての恋人・Ｕくんだった！
ヘッポコ丸がおばけ屋敷に入ると、なぜかそこはボーボボとの結婚披露宴の会場だった。そこへ突然、毛狩り隊Ａブロックの副隊長カツが襲いかかってくる！
カツに倒されたヘッポコ丸が、再び立ち上がった。しかし、なぜか赤ちゃん言葉を話し、ビュティにオナラで愛を告白する。
プルプル真拳奥義「オロチ拳」を放つ最強の敵・ところ天の助の前に、ボーボボと首領パッチ最強の融合技、鼻毛真拳究極奥義「聖鼻毛融合」がベールを脱ぐ！
ボーボボたちの前に現れた、マルガリータ帝国四天王の一人・軍艦！ なんとヤツは、ボーボボと同じ鼻毛真拳の使い手だった!? そしてヘッポコ丸の故郷・プップーシティを壊滅させた張本人だったのだ。
軍艦の部下・ドールマンのビームで、ビュティが人形にされてしまった！ ボーボボたちはソフトンをスカウトし、天の助を10円で買い、５人で軍艦の待つポマードリングをさがす。
ボーボボたちと軍艦五人衆の戦いが始まった！ 一番手に名乗りを上げたヘッポコ丸の相手は、かつて共に軍艦と戦った先輩・ふんどし太郎だった！
ソフトンはボーボボの弱点を発見した。このまま軍艦と戦ったら、確実に死ぬと考えた彼は、バビロン界へボーボボたちを送り込み、弱点を克服させようとする。
ボーボボたちがバビロン界から帰ってくると、ヘッポコ丸とソフトンが、軍艦となかよく家を建てていた。しかしそれは、軍艦がしかけた恐ろしい罠だったのだ！
ボーボボを捜していた、カギ真拳の使い手・破天荒。彼もボーボボと同じ、毛の王国の生き残りだという。しかも首領パッチの子分だった！
ボーボボたちは破天荒に案内されて、邪血館に向かっていた。しかしそれは、ツル・ツルリーナ４世が仕掛けたワナだった！ やつは最強の刺客・グリンとグランを送りこむ！
ボーボボたちは、毛狩り隊Ｚブロック基地に到着した。扉を開けると、何とそこは海！ 首領パッチはロボットにナンパされてしまう。
実はバンパイアだったボーボボが、ショウ・メイの光を浴びて灰になってしまう。その時、ヘンな人が現れた！ その名は、ボボボーボ・ボーボボＷＴマークⅡセカンド!!
ついに現れたＺブロック基地のリーサルウェポン・田楽マン！ その実体は、ボーボボたちに勝るとも劣らないハジケリストだった！ 壮絶なハジケ合戦が、今、始まる!!
ツル・ツルリーナ４世はボーボボたちを倒すために、伝説のハジケブロック基地を開放する！ その頃、産卵の季節を迎えた破天荒は、仲間とともに南へ飛びたっていくのだった。
ハジケブロック基地のハジケリストを、次々と倒したボーボボたちは、ついに隊長の部屋にたどり着いた。そこには、キング・オブ・ハジケリストを名乗るライスが待ち受けていた！
ライスの目的は、かつてキング・オブ・ハジケリストの称号を蹴った首領パッチを倒すことだった！ ６時からのディナータイムに、ヤツが最高のハジケを披露する!!
ボーボボたちの前に、ＯＶＥＲに仕える忍・おちょぼ口君が現れた。ヤツの忍法“口バキュームの術”で、ボーボボたちはＯＶＥＲの城の近くにワープさせられてしまう！
ＯＶＥＲ城２階・ジャングルステージにたどり着いたボーボボたちに、クサリガマを使う必殺五忍衆第２の刺客・無限蹴人が襲いかかる！ ヤツの激しい攻撃で首輪が取れ、ヘッポコ丸が赤ちゃんモードに!!
迫り来るインダス文明、メソポタミア文明、黄河文明を倒すため、ボーボボ、首領パッチ、ところ天の助がついに「聖鼻毛融合」する！ その名はボボパッチの助！ 必殺技“Ｍ・Ｔ”が炸裂する!!
ＯＶＥＲ城最上階にたどり着いたボーボボたちは、リーゼントを狩られ鎖につながれた、軍艦を発見する。それはまぎれもなくＯＶＥＲの仕業！ ついにボーボボと直接対決だ!!
ボーボボたちとの戦いの中で、怒りのパワーをためたＯＶＥＲは、真の姿・魚雷ガールに変身する！ ヤツはどんなおふざけも許さない、伝説の“ボケ殺し”なのだ!!
どんな攻撃も通用しない魚雷ガールに対抗するため、ボーボボは“聖鼻毛領域”を発動！ “ボケ殺し”の能力を封殺する世界で、ボーボボは反撃を開始する!!
ボーボボ抹殺の命を受け、四天王最後にして最強の男・ハレクラニが毛狩り隊に帰ってきた！ それを知ったボーボボたちは、ヤツの基地であるテーマパーク・天国広場を目指す。
ボボボーボたちが入るアトラクションが、次々に爆発していく！ ハレクラニが、金にならないアトラクションを吹き飛ばしたのだ。しかしボーボボたちは、はいつくばってもちびっ子エリアに突入する。
ボーボボたちは遊びを後にして、ハレクラニがいるマネーキャッスルへ向かう。その時突然、首領パッチが叫び出した！ 遊べないと分かったショックで、おかしくなってしまったのだ!!
ボーボボたちの前に、ハレクラニの部下・獄殺３兄弟が現れた。ヤツらはビュティ、スズ、田楽マンを人質に取り、ボーボボに迫る！ 絶体絶命のその時、ソフトンが颯爽と登場した！
獄殺３兄弟の長兄・覇王が、兄弟最終奥義“弟から力結”でパワーアップ！ すさまじいオーラを放つ覇王に対抗するために、ボーボボは、鼻毛真拳の真髄“聖鼻毛回転板（ボーボボ・ルーレット）”を発動させた！
マネーキャッスルにたどり着いたボーボボたちの前に、ついにハレクラニが姿を現した。鼻毛真拳とゴージャス真拳の死闘が始まる！ ボーボボ劇場も、久しぶりに開演するぞ！
ハレクラニが創造した“デスマネー・スゴロク”に入りこんだボーボボたちは、永久にゴールできず、現実世界に戻れなくなってしまう。そこでボーボボたちは、鼻毛真拳究極奥義“おもしろスゴロク”を出現させた！
ハレルヤランドの金の力すべてを吸収して、ハレクラニがパワーアップ！ ボーボボは、鼻毛真拳超絶奥義“鼻毛７ＤＡＹＳ”を発動する！ 平凡な日常は金に勝ると叫び、ハレクラニに素晴らしき日常を体感させる!!
ヘッポコ丸が、サイバー都市帝王・ギガの部下に捕らえられた。助けようとするボーボボたちを、サイバー都市護衛部隊が襲う。そこへ、魚雷ガールが現れた!!
マルガリータ帝国一凶悪な街“サイバー都市”で電脳６闘騎士の一人・バナを倒したボーボボたち。その時、上空に出現した５つの巨大モニターに残りの６闘騎士が映し出された！ そして次なる敵・ソニックとのバンジーバトルに突入する!!
ヘッポコ丸が、ギガのオブジェ真拳を食らってしまった！ 怒りに震えるボーボボの元に、ウェディングドレスを着た魚雷ガールが、ソフトンの足をロープでしばって引っぱりながら急降下してきた！
電脳６闘騎士総長・詩人（しびと）のゴシック真拳最大奥義「記憶破壊陣」を受けて、天の助と魚雷ガールは、記憶すべてを破壊され、戦闘不能におちいってしまう。だが、元々記憶のない首領パッチには無効。反撃開始だ！
ソフトンを破ったＪを倒すため“聖鼻毛融合（ボーボボ・フュージョン）”！ ところが突然現れた田楽マンが、首領パッチを押しのけボーボボと融合してしまう！ 最強女（？）戦士・田ボちゃんの誕生だ!!
ボーボボたちは、ギガが送ってよこした棺桶に乗り、ギガ・ステーション最上階を目指す。ついにたどり着いた彼らに、無数の鉄球がいっせいに襲いかかる！
ギガは、奥義を駆使するボーボボたちと、互角の戦いを繰りひろげていた。しかしヤツは、まだ奥義を使っていないと言う。驚くボーボボたちに、ついに“オブジェ真拳”奥義が炸裂する！
ギガがオブジェのパワーを吸収して、恐怖の帝王に変身した！ 怒りに震えるボーボボは、ついに鼻毛真拳の封印を解く！ 破天荒は、電脳６闘騎士・王龍牙（ワンロンガ）と激闘中！ 今、サイバー都市での死闘に決着がつく！
ボーボボの激進を止められないツル・ツルリーナ４世のもとに、驚愕のニュースが届く。ツルリーナ３世世代が、100年間の封印から目覚めたのだ。旧毛狩り隊が、毛の王国の生き残り・ボーボボをねらう!!
ボーボボたちは、旧毛狩り隊５人を奥義で撃破した！ しかしソフトンは、「ヤツらはただの隊員だ」とつぶやく。ボーボボたちは激しくなる戦いに備えて、真拳使いをパワーアップさせる聖地エターナルへ向かう。
旧Ｇブロック隊長・薔薇百合菊之丞が、巨大な薔薇で相手を喰らう「薔薇喰蛇」で襲いかかってくる！ 免許皆伝の証、黒いジャンパーをまとったスーパーボーボボが、今こそ愛の力で反撃する!!
旧Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｅ、Ｆブロックの隊長たちが目覚めた！ それを機に無数の旧隊員たちが出撃する!! しかし、破天荒を加えたボーボボたちは強すぎた。なぜなら３つの派に分かれ、力を競っていたからだ！
“３狩リヤ”の戦闘態勢でボーボボたちと闘う、旧Ｆブロック隊長・宇治金ＴＯＫＩＯたちは、鼻毛真拳究極奥義・超常現象７トラベラーで、世界各国の超常現象を体験する！
トラップ真拳がボーボボに全く通じない、旧Ｅブロック隊長のコンバット・ブルースは、世界最強の武器が入る、武器ボックスを手にする。しかし、その中から出てきたのは魚雷先生だった！
旧Ｃブロック隊長・風神のジェダの攻撃を受けて、天の助が氷の中に引き込まれてしまった。ボーボボは、首領パッチとの聖鼻毛融合を発動！ しかし首領パッチは、ボーボボの体内の司令室を乗っ取る！
首領パッチが、ボーボボのボボパッチシステムを、勝手に動かして誕生した、パッチボボ！ “物質ハジケ融合”で、強力な武器を造り出す。風神のジェダも、仲間の覇凱王と合体して戦う！
旧Ｚブロック隊長・泡玉のルブバの罠にかかり、ビュティはボーボボたちと離ればなれになってしまう。彼女を助けるため、ボーボボは二人の助っ人を呼び出す。一人目は、元キング・オブ・ハジケリストのライスだ!!
ひとりぼっちになってしまったビュティの前に、爆睡真拳を操る、旧Ｄブロック隊長・レムが現れた。その時、２人目の助っ人・サービスマンが参上！ サービスと爆睡真拳の激闘が始まる！
レムの「レム・スリープワールド」を受けて、ボーボボたちは、夢の中の世界に引き込まれた！ 一方の現実世界では、首領パッチと旧Ｒブロック隊長のイシカワ・ゴエモンが、死闘を繰り広げていた。
旧Ｄブロック隊長・レムの最大奥義を破り、ボーボボは、鼻毛真拳奥義「聖鼻毛悪夢領域」を発動！ 愛とロマンの超次元感動空間で、レムの汚れきった邪悪な精神を浄化する！
ボーボボの「レトロ・ゲーム・プレイング」で、旧Ｂブロック隊長・ランバダがドット絵になった！ ポリゴン真拳を封じられたランバダは、レトロゲームのきびしさを体感する！
次のバトルステージを目指すボーボボたちの前に、旧Ａブロック隊長・ハンペンが現れた。その巨大な姿に、ボーボボはビビリまくり！ そこへ魚雷先生にかつがれた、破天荒が現れた!!
天の助は、旧Ａブロック隊長・ハンペンに食バトル頂上対決を挑むが、１秒で倒されてしまう。天の助が沈むおでん鍋に飛び込むボーボボ！ 突然パクパクと天の助を食べたかと思うと、融合してしまう！
人を傷つけることなんてできない、と言いながら、天ボボはハンペンを思いっきり傷つける。そして奥義「平和願望７条約」を投げかけ、すさまじい攻撃を、次々と繰りだしていく！
先代皇帝ツル・ツルリーナ３世が目覚めてしまった！ さらに今まで協力していた魚雷ガールが、ボーボボの敵、ＯＶＥＲに戻ってしまった！ ３大真拳使いの激闘が始まる！
ツル・ツルリーナ３世の青藍の手品真拳を受けて、精神を破壊されたボーボボは、アフロをちぎりだす。勝利を確信したツル・ツルリーナ３世のまわりで、ちぎられたアフロが、ボーボボの姿に変化していく！
人間をゴミ呼ばわりするツル・ツルリーナ３世に、鼻毛真拳超絶奥義「鼻毛発人間超特急」を発動！ それにより、人間の一生を目撃することになった彼は、人生が作りだす無限の力を思い知る！
50年に1度の、新皇帝を決める頂上バトル・マルガリータ帝国新皇帝決定戦が開催される！ ボーボボたちは、大会をぶっつぶすべく、会場があるエジプトへ向かう！
暗殺部隊総隊長・ねんちゃくのＳＴＯＰ真拳を受けて、ボーボボ、首領パッチ、天の助が溶けてしまう。しかし３人は合体して、変な生き物になった！ 幻のチェーンソー真拳で反撃開始だ！
ギガやハレクラニなど、かつて戦った戦士も集まり、ついに、マルガリータ帝国新皇帝決定戦が始まった。１次予選の相手は、マルガリータ帝国最高幹部・闇夜叉！ ドクロ刀から放たれるドクロ真拳が、ボーボボたちをねらう!!
裏マルガリータ四天王・ハロンオニの闇力を注入されて、ヘッポコ丸が巨大化してしまった！ さらにハロンオニの部下・スリムが、ボーボボたちを襲う！ その時、旧Ａブロック隊長・ハンペンが現れた!!
ツルリーナ４世は、新皇帝決定戦にそなえて、妻のマコちゃんから宇宙エネルギーを吸収していた！ その頃、地底にある裏マルガリータ帝国では、闇皇帝ハイドレートが立ち、地上侵攻を叫んでいた！
ボーボボと田楽マンが、スーパー田ボに聖鼻毛融合！ 裏マルガリータ四天王・３ぶくろ２と死闘を繰りひろげる。その頃マルガリータ城内では、決定戦参加者たちが、裏の四天王・クリムゾンとＬＯＶＥに襲われていた！
