世紀の大怪盗ジゴマが世間を騒がせていた。刑事を父に持つ辻タカシは同じクラスのトシカズ、ノボル、ゲンタ、カオリとともに探偵団を結成する。彼らにとっての心の拠り所は、いつも相談に乗ってくれる自称・推理作家の「シャーロックおじさん」。タカシたちはおじさんに「ジゴマに会う方法」についてのアドバイスを求めた。
探偵団を結成したタカシたちにとって、当面の悩みは自分たちだけが使える秘密のアジトがないことだった。途方に暮れる５人だったが、諦めずに探していく中で、ついにうってつけの場所を見つけた。それは、なぜか河原の埋め立て地に埋まっていた、第２次世界大戦で使われたと思われるドイツのＵボート（潜水艦）だった。
町の焼肉屋にジゴマが現れ、白昼堂々、カルビを食い逃げした？ この事件の推理で辻刑事と息子・タカシは真っ向から対立。結局、焼肉屋の主人の狂言だというタカシの推理に軍配が上がった。しかしメンツをつぶされた辻刑事は激怒。タカシに対して「探偵団などやめてしまえ」と告げる。これに激しく反発したタカシたちは……。
タカシたち４人はまた篠塚先生から放課後、呼び出された。そのため彼らは探偵団のアジトであるＵボートの掃除をカオリひとりに押しつける。納得がいかないながらもアジトへとやって来たカオリ。すると、そこへジゴマからＦＡＸが送られてきた。「オランダのモリノメガミ」と書かれたそれは、ジゴマからの挑戦状に違いない！
音楽においては日本一の伝統と権威を誇る大日本芸術大学には、古今の名楽器の数々が集められていた。その中には、時価２億円と言われる名器・ストラディヴァリウスもあったが、ジゴマはこれをまんまと盗んでしまう。この事件を受け、ゲンタは「ジゴマ探知器」を完成させると宣言。しかし、そんなものが本当にできるのか？
タカシたちのクラスには、大金持ちの息子・満男がいた。満男から父親がやっている寿司屋のことをバカにされて、怒るノボル。だが、そんなとき、ジゴマが満男の家に行くと予告してきた。満男の家ではその日、全日本グルメ選手権なる催しが開かれることになっていたのだ。ジゴマが目をつけたのは、3000万円のキャビアだった。
Ｄｒ．ジゴマがフランケンシュタインを使って「少女の夢」を集めていた。魔隣組のカオリの夢も、フランケンによって奪われてしまう。
ある神社から「明日香の古文書」が盗まれた。辻刑事はジゴマを追うが、激しい歯痛のために逃がしてしまう。辻刑事は治療を担当したトシカズの両親に対し「こんなに痛むなんて話が違う」と激怒。一方トシカズの両親もまた「言いがかりだ」と辻刑事に腹を立てていた。このままではタカシとトシカズの仲にも影響しそうで……。
ゲンタが完成させた高性能の録音機がジゴマに奪われた。返してほしければ、青ミドロ町の墓場まで取りに来いという。だが、取りに行ったゲンタはジゴマによって、大正時代へとタイムスリップさせられてしまった。ジゴマは、ゲンタがこの時代で友達を作ることができれば、いつでも元の時代へ戻してやると言ったのだが……。
タカシの母・春江がくじ引きでＰＴＡの新しい広報委員に選ばれてしまった。あまりの忙しさに最初は苦しんでいた春江だったが、あるときから急に楽しそうな様子を見せるようになる。怪しく感じたタカシが春江を尾行してみると、その謎が判明した。春江は「ＰＴＡカンパニー」という会社に自分の「替え玉」を頼んでいたのだ。
カイロのエジプト美術館からツタンカーメンのミイラが盗まれた。しかも、その現場にはなぜか、カオリが録音した詩の朗読テープが残されていた。このことから辻刑事は、カオリたちの担任である篠塚を重要参考人として連行する。だが、本当に篠塚がジゴマなのだろうか？ カオリはある「別の可能性」に賭けて、行動を開始した。
あまりの成績の悪さに「偏差値の高い寿司屋になれ」と父・誠から言われたノボルは、意味がわからず困っていた。そんなとき、誠に異変が。ノボルが外人墓地で十字架を折ってしまったことで、若いドイツ人将校の魂が誠に宿ってしまったのだ。そのドイツ人将校の目的は、自分を騙した謎の貿易商・ミスター珍への復讐だった。
ゲンタは、酒ばかり飲んでいる父親から怒られ、その理不尽さがたまらず、家出した。シャーロックおじさんに「早く大人になって父親のように威張りたい」と本音をつぶやくゲンタ。そんな彼の願いは突然叶った。ジゴマによって、ゲンタと父親の立場が入れ替わった世界が創られたのだ。果たして大人になったゲンタの運命は？
カオリがＵボートの中で狼男のような怪物と遭遇した。最初は信じられなかったタカシたちだったが、確かにＵボートの奥のほうには自分たちがまだ確認していない部屋があったため、探検してみることに。すると、そこには軍服姿の骸骨と狼男が！ 今、あまりに悲しい現実とともに、埋められたＵボートの謎がついに明かされる。
トシカズが、ジゴマを倒すための秘密兵器を完成させた。その名はキラー・プレーン。翼がナイフになっている模型飛行機だ。しかし、この兵器の実験の様子をたまたま目撃した男たちが、トシカズからキラー・プレーンを奪い取ってしまう。そして彼らは、これを使って金儲けを始めた。魔隣組は、この卑怯な男たちの行方を追う。
ノボルは、いつもケンカばかりしている両親に嫌気が差していた。そんなとき、手伝いで寿司の出前に行ったノボルはなんと室町時代へタイムスリップ。そこには両親にそっくりな夫婦がいたが、ふたりは自分の両親とは違い、労り合いながら暮らしていた。ノボルはそんなふたりに、上等の寿司を食べさせてあげたいと願うが……。
絶対に攻略不可能、などと謳われた新ゲームソフト「ジゴマⅢ」が発売された。ゲンタは徹夜で店に並び、ソフトを手に入れるが、本来ならアジトの掃除当番だったゲンタがサボったことで、他の探偵団メンバーたちは怒ってしまう。そしてリーダーであることに自信をなくしたタカシはシャーロックおじさんに相談してみたが……。
タカシが謎の怪人たちに襲われた。そこへやって来たチャイナドレスの少女は、見事なカンフー技で怪人たちを追っ払う。タカシは「排排（ぱいぱい）」と名乗った少女の可憐さに惹かれ、後を追った。すると排排は、森の中にある謎の館へ。中へと入ったタカシは地下室のカプセルに閉じ込められた。果たして排排とは何者なのか？
魔隣組はマリンコマンダーを使ってジゴマを追いつめようとしたが失敗。捜査の邪魔をしたと、辻刑事も息子のタカシに対してご立腹だ。ゲンタが責任を感じる中、タカシやカオリたちが行方不明になってしまった。ゲンタは今度こそと、マリンコマンダーでメンバーの行方を捜す。そこに立ち塞がったのは、他ならぬジゴマだった。
タカシたちの学校に、新しい校長先生が赴任した。この校長、いきなり教室に現れたと思ったら、男子生徒全員に「明日までに丸刈りにせよ」と強制する。この命令を時代錯誤だと感じた篠塚は早速、校長室へ行って直談判。だが校長は、これは自分が新しく決めた校則であり、反対すれば篠塚の将来にも影響する、などと脅迫した。
母の日がやって来た。父親のいないカオリはシャーロックおじさんに、一日だけ父親になってほしいと頼む。この日だけは母に少しでも楽をさせてあげたかったのだ。そしてカオリ自身にも普通の家族のような雰囲気を味わいたいという気持ちがあった。だが雨宮タロウはそんなカオリの気持ちを見透かしたような言葉を投げかける。
カオリはタカシのリーダーとしての資質に疑問を抱いていた。そんなときタカシは、チンピラたちに絡まれていた老婆を見事に助ける。すると、老婆は自分が魔女であり、お礼に何でも願いを叶えるとタカシに伝えた。半信半疑ながらも老婆が渡した名刺の住所を訪ねるタカシ。彼が魔女に「欲しい」と訴えたのは「指導力」だった。
ゲンタは赤ちゃんがなぜ生まれてくるのかを知りたかったが、篠塚先生や両親に聞いてみても誰も教えてくれない。だが、あまりにもゲンタがこだわるので、ゲンタの父は苦し紛れに「自動販売機で買った」などと言い出した。もちろんゲンタには信じられなかったが、いつの間にか公園に「赤ちゃん販売機」が設置されていて――。
タカシの母・春江は最近、バザーにハマっていた。そのハマり具合は尋常ではなく、ついに辻家はほとんど不要なものばかりの倉庫のような状態になってしまう。当然、夫の雄二は文句を言うが、春江は「家が狭いのが悪い」とまで言う始末。困ったタカシがシャーロックおじさんに相談すると、おじさんは画期的な対策を提案した。
トシカズはトマトが嫌いだった。そのため給食に出てきたときは、うまく誤魔化して捨てたりしていたが、ついに篠塚先生に見つかって、呼び出しを食らってしまう。なんとか逃げてきたトシカズはタカシたちと空地でサッカーを始めたが、ボールは雑木林へ。拾いに行ったトシカズの前に出現したのは、なんとトマトの怪物だった。
カオリは雨の中を歩いているとき、一匹の蛙を助けた。その夜、眠っていたカオリは、蛙の鳴き声で目覚める。ガラス戸越しに映る、蛙の影。だが、カオリが追っていくと、そこにはひとりの美剣士が立っていた。「蛙ノ介」と名乗る美剣士は、カオリが助けた蛙が変身した姿だという。蛙ノ介の美しさに、魅せられたカオリは……。
ノボルは、ひとみという美少女と出会った。翌日、ひとみが転校生だったことを知ってノボルは喜んだが、成績も良く、ピアノや絵も上手いということを聞いて、引け目を感じるのだった。ノボルの思いに気づいたシャーロックおじさんは、素直に自分の気持ちを伝えてみてはどうかとノボルにアドバイスしてみたのだが――。
あの排排が、またタカシたちの前に現れた。排排といえば、ジゴマと関係が深いと思われる人物だ。そこでタカシたちは排排を追跡するが、逃げられてしまう。だが当の排排の目的は、ジゴマの居場所を突き止めることだった。ジゴマが排排の名を騙って、願いごとがなんでも叶うといわれる「中華の剣」を霊界から手に入れたのだ。
ドラキュラがタカシを襲ったが、血を吸うどころか、逆に苦しんで倒れてしまった。どうやらドラキュラは、化学調味料が好きな人間の血が苦手らしい。しかも、この一週間、誰の血も吸えていないのだ。ドラキュラによれば「血の気の多い人間」――すなわち「やくざ」の血なら吸っても誰にも迷惑がかからないと言うのだが……。
魔隣組は夏休みを利用してキャンプ場で合宿をしようと決めたが、いかんせん、決めた時期が遅かった。どこのキャンプ場も夏休みが終わるまで満杯で、予約が取れない。タカシたちが困っていることを知ったシャーロックおじさんは「良いキャンプ場を紹介してやろう」と約束。その言葉通り、キャンプ場は見つかったのだが……。
辻刑事は兄であるシャーロックおじさんのだらしなさに呆れていた。そんな「弟の苦悩」を息子のガールフレンドであるカオリに吐露した辻刑事。やがて彼は年齢差を越えてカオリに惹かれていき、ついに妻・春江に対して離婚話を切り出した。実家へ帰る母と、これからカオリにプロポーズするという父の間で、タカシはどうする？
流れ星が落ちたのを目撃したノボルは、落下地点と思われる場所で一体の汚れた人形を拾った。その夜、人形は美しい少女へと変身する。ノボルは、この少女こそ、南十字星伝説に出てくる「夏少女」だと確信。だがノボルはまだ知らなかった。「夏少女」とは、男の精気を吸い尽くしてしまう、恐ろしい魔物だということを……。
間もなく、魔隣組の夏休みが終わろうとしている。この夏は、ジゴマとの戦いに明け暮れた、忘れられない夏になりそうだ。今日もジゴマを捕らえるチャンス！ 逃がしてしまったが、ジゴマは一冊のファイルを落としていった。それは、魔隣組とジゴマが初めて出会った日からの、戦いの記録。タカシたちも、激闘の日々を振り返る。
新学期が始まった。しかし魔隣組のメンバー（カオリを除く）は案の定、宿題をやっておらず、篠塚先生から怒られる。その帰り道、タロウがタカシに「キミの家が火事だ」と言ってきた。タカシは信じなかったが、それは事実で、危ういところで消火に成功する。だが、なぜタロウにはタカシの家の状況がわかったのだろうか？
ゲンタの失敗で魔隣組はジゴマ捕獲に失敗し、ノボルが軽いケガをした。そのことで責められたため、ゲンタは魔隣組からの脱退を考えるようになる。そんなときゲンタは「神様募集中」という広告を発見。神様になればメンバーを見返してやれると、広告に示されていた神社を訪れた。そこには怪しい支配人が待っていて……。
トシカズは授業中に居眠りをして篠塚先生から怒られた。そこへやって来たシャーロックおじさんも巻き添えで怒られる羽目に。さらに篠塚先生は、教師の大変さをわかってもらおうと、おじさんに臨時教師の役目を頼んだ。翌日、おじさんは野球の試合の後、熱心に片付けをしていたトシカズを褒める。喜ぶトシカズだったが……。
ノボルは、ひょっとしたら自分は、この家の子どもではないのかもしれないと疑問を抱き始めた。そんなある日、帰宅したノボルは両親から、自分が「かぐや姫」だと聞かされる。しかも、今年の中秋の名月の晩が来れば、月よりの使者がノボルを迎えに来るのだという。驚くノボル。そもそも自分は男の子だったはずなのだが……？
タロウは父・雨宮博士の指令を受け、「美しい少女の血」を手に入れることになった。薔薇の花を使って、カオリの血を手に入れたタロウは早速、父に渡す。雨宮博士はその血によって魔女の屍を復活させることに成功した。だが魔女はホーキがなければ空を飛べないと言い出す。そこで博士が代わりに魔女に差し出したものは……。
ゲンタはラーメン屋で暴れている男を中華鍋で叩き、他の客たちの危機を救った。男はゲームクリエイターの山川一夫。本人は「天才」を自負していたが、期限までに新しいゲームソフトを開発できなかったため荒れ狂っていたのだ。そんな山川の前に悪魔が現れて「契約」を迫る。悪魔が言う条件を飲み、「契約」した山川は――。
トシカズは母親に成績のことで酷く怒られ、もはや人間として生まれてきたことを後悔するレベルに達していた。シャーロックおじさんはトシカズを励ましてやろうとするがうまくいかない。だが、そんなとき雨宮博士が現れ、トシカズの劣等感を払拭し、自信を持たせると宣言した。果たして博士が考えた方法とは、どんなものか？
カオリはタロウにピアノを教えてもらうことになった。タロウの厳しさの中に、優しさを感じ始めるカオリ。だがタロウとカオリが仲良くしていることで、嫉妬心にかられたタカシはカオリに辛くあたってしまう。一方、タロウも父・雨宮博士から、カオリとの交際のことで注意されていた。親子の目的はあくまで打倒ジゴマなのだ。
カオリは、タカシが魔隣組のリーダーとして恥ずかしくない成績が取れるよう、みんなで費用を出し合ってタカシに家庭教師をつけようと言い出す。腹立ちを隠せないタカシだったが、その夜、彼の寝室に突如、「紅葉の御方」と名乗る美女が現れた。紅葉は「女のジェラシー」について語ると、枕元から去って行く。彼女の目的は？
ゲンタは、シャーロックおじさんからもらった腹痛の薬を飲んだ。すると周囲の様子が一変する。目の前の公園でゲートボールをしているのは、なんと73歳になった魔隣組のメンバーたち。ゲンタは一瞬にして、2050年という未来の時間へとタイムスリップしてしまったのか？ さらに、そこへもうひとりの怪老人がやって来て……。
タカシたちのクラスメート・マサルが、叔父に買ってもらった犬を自慢した。ノボルは悔しがるが、自分の両親には頼めそうもない。だが、その夜、ノボルの家に突然、ひとりの紳士がやって来た。この紳士、生き別れになっていたノボルの父の兄だという。紳士は今では、大手不動産会社を経営していた。ノボルの目が輝いて……。
ある夜、ジゴマが出現した。ふだんは芸術を否定していたゲンタだったが、ジゴマが奏でるヴァイオリンの美しい音色に衝撃を受ける。その瞬間、ゲンタの胸からハート形の何かがジゴマのほうへ飛んで行ったのだが、ゲンタは気がつかなかった。そしてジゴマは魔隣組に、「私が今、盗んだものを当てろ」というクイズを出した。
著名な考古学者・ジョイナー博士は「キムチの遺跡」から「唐辛子で真赤に染まり輝く漬物土器」を発掘しようと、日々調査を続けていた。博士の目標は２年後。魔隣組は２年後に必ずジゴマが漬物土器を狙ってくると推理し、対策を立て始めた。だが、カオリだけはあまり気が乗らない。２年後の自分たちは、もう中学生なのだ。
トシカズの母・和子は相変わらず、息子の成績が悪いことに苛立っていた。シャーロックおじさんは和子に、そんなにトシカズに歯科医院を継いでほしければ「十三夜の梅干様の丑三つ参り」をしてみてはどうかと告げる。最初は半信半疑だった和子だが、あまりに情けないトシカズの様子に、ついに決断。丑三つ参りを始めた！
ジゴマが「失われた両眼のバビロンの獅子像」を盗んだ。この像に「失われた両眼」、つまり２個の赤いダイヤを戻せば世界を征服できるという言い伝えがある。しかし、これまでナポレオンやヒットラーも失敗したという。なぜなら赤いダイヤはすでに１個しか現存していないからだ。だが不可能を可能にする男、ジゴマなら……。
今日はクリスマスイブ。ゲンタの父はケーキを買ってきたが、うっかり箱の上に座ってしまう。ゲンタは仕方なくケーキを捨てようとしたが、何度捨てても、ひとりの少女が投げ返してきた。少女の名は、ネグロスから来たイーダ。ジゴマによって日本へ連れて来られたのだという。だとすればイーダは、ジゴマの秘密を知っている？
ゲンタの証言から、シャーロックおじさんがジゴマである可能性が極めて高いことがわかった。しかし、この１年にわたってジゴマを追い続けてきたタカシたちは、親に見張られて、魔隣組としての活動が自由にできなくなってしまう。あまりに厳重な監視体制に、ジゴマの追跡を諦め始めた魔隣組。だが、そんなときジゴマが……！
