悪の組織・海底帝国ザブーンが木更津の街を襲い始めた!街の青年・大和タケルは不思議な石の力で変身し、ヤツルギとなって街を守るために戦う!
ヤツルギへと姿を変え深海獣を倒したタケル。八剱神社に戻ると元治から過去から続いているザブーンとの関係、そして、ヤツルギの使命を伝えられる。そして決意を新たにし、木更津各地に散った封印の剱を探し始める。一方ザブーンでは新たな深海獣、トビウオカメラが誕生し、ヤツルギを狙っていた！
剱を奪われたことに責任を感じるタケル。一方ザブーンも剱探しに本腰を入れ、アクマリンが地上に向かう。タケルはザブーンとの戦いを自分一人で背負おうとし、マリ達の助言も聞かない。そんな時、新たな深海獣ナマコロケットが現われ、街を襲い始めた！
より強くなっていく深海獣。これに対抗するためにはヤツルギの力を使いこなせないとならない。そんなタケルに待っていたのは元治との剣の修行であった。そんなある日の夜、街の狸像が次々と切り裂かれる事件が起こる。ザブーンが生み出した深海獣、デバヤシガニの仕業であった。事件を聞いて回るマリだったが、運悪くザブーンに見つかってしまう。
マリの弟、カズがやってきた。タケルとマリはザブーンとの戦いにカズを巻き込まないように、ヤツルギの情報をひた隠すのに必死になる。ザブーンは新たな深海獣、ウツボタイヤーを生み出し、剱の捜索に当たらせるが、その様子をカズが偶然見かけてしまう。
マリは剱に触れたときに謎の戦士の幻を見る。それからというもの、不安な毎日を過ごすマリ。その頃ザブーンではファンガーク取って置きの素材から作られた深海獣、タコサンダーが誕生していた。街中の電気を吸収したタコサンダーにヤツルギが挑むが、苦戦を強いられてしまう。その時、マリに新たな力が降臨する！
キサラになったことでタケルと共に戦う決意をするマリだったが、誰一人危険な目にあわせたくないというタケルから戦うなと釘を刺されてしまう。しかしザブーンは新たな作戦を仕掛けヤツルギとキサラを分散しようと目論む。新たな深海獣、クラゲシャワーにより分散され、一人になったキサラに、クラゲシャワーの特殊能力が襲い掛かる。
クラゲシャワーの戦い以降、ギクシャクしていたタケルとマリだったが、互いの思いをぶつけ合い、二人で協力して戦うことを誓う。一方ザブーンは地上のあらゆる地点にギョジーン兵を配置し、剱が現われるのを待ち続けていた。剱を巡り、ザブーンとヤツルギ・キサラとの戦いは更に激化していく。
数々の深海獣を打ち破られたアクマリンはついに自ら行動を起こす。ヤツルギの関係者として目をつけていた、マリの弟、カズを尾行し、さらってしまう。偶然現場を見かけた靭だったが返り討ちにあってしまう。アクマリンにさらわれた事を知り、カズを救うため戦うマリだったが、アクマリンの毒攻撃にやられてしまう。更にカズと引き換えに、マリ達が持つ封印の剱を要求されてしまう。カズと剱、マリの決断は・・・！？
激闘の末、アクマリンを打ち倒すヤツルギとキサラ。だが、相棒をやられて激怒するファンガークは、最後の一本を巡ってヤツルギとの決闘を申し込み、ヤツルギはそれを承諾してしまう。何故、探知機を持つ有利な状況を捨てタケルは決闘を選んだのか？そしてファンガークの思いとは？やがて最後の封印の剱が地上に現われ、二人の戦士による、意地と意地のぶつかり合いが始まろうとしていた！！
封印の剱をかけぶつかりあうヤツルギとファンガーク。ついにファンガークが真の姿を見せ、どちらも一歩も引かない木更津を揺るがす激しい戦いが繰り広げられる。果たして勝つのはどちらか？最後の封印の剱を手にするのはヤツルギか、それともファンガークか！？
遂に復活した海底帝国ザブーンの王、キングオーガ！ヤツルギとキサラが挑むものの、その圧倒的な力によって敗走してしまう。キングオーガを倒す術も分からず心が折れかける二人だったが、元治の力強い言葉で戦意を取り戻す。ヤツルギとキサラは再びキングオーガの前に立つ。果たして、木更津の運命は？
平和が戻った木更津の街を、新たな敵・地底帝国アングラーが襲ってきた!タケルの熱く強い思いを受けて、失われていたヤツルギの力が復活する!
アングラーの戦士・ブルドリラーに敗れたヤツルギ。おまけにザブーンも復活。ふたたび闘いを挑むヤツルギ。その身体に大きな変化が起こる!
復活したザブーンはアングラーと同盟を結ぶ。タケルたちは恵美と共に、ヤツルギの新たな力の謎を調べていた。だが間髪入れずエレキバットが襲い掛かる。
タケルたちは鳳凰変幻が一つではないことを突き止める。そしてアングラーのゲンワクアゲハが剱を集めようと恐ろしい術で木更津を混乱させる。
恵美を不思議に思ったマリはその正体を突き止めようとする。ヤツルギはアングラー一忠誠心を持つガゼルランサーとの決闘に挑む!
マリと恵美はアングラーのコルコンドルに捕らわれてしまう。手出しできないヤツルギ。恵美の呼びかけに応えたマリに再びキサラの力が降臨する!
恵美から自らの正体と敵の目的が告げられる。出かけた先で様々な不幸に見舞われるタケルたち。その元凶は、アングラーのワザワイカブトだった!
業を煮やしたウルブレードは牢獄からベアックスを解放し、ヤツルギに仕向ける。圧倒的なパワーを持つ強戦士にヤツルギとキサラはピンチに!
ついに三幹部の一人、ソニクジャクと対決!圧倒的な超スピードは蹴速フォーム以上!追い込まれたヤツルギ!そして全てを凌ぐ超パワー戦士が誕生する!
ソニクジャクの仇を討つため、ウルブレードがヤツルギとキサラに戦いを挑む!スキのないウルブレードの激しい攻撃にかつてない大苦戦を強いられる!
ノロイムカデの魔力で誕生したキングオーガシャドウが野獣のような獰猛さでヤツルギを襲う!そこに現れた強力な助っ人とは?最強コンビの誕生だぜ!
いよいよ皇帝ダークザウラーと激突!絶対にあきらめない!タケルとマリ、そして木更津のみんなの思いは、大きな力となって再び奇跡を起こす!
木更津生まれの熱いバンドマン・大和タケルの正体は、人知れず千葉を守る金色の戦士・鳳神ヤツルギだ!今日も平和を乱す悪いヤツらを蹴散らすぜ!
ヤツルギの圧倒的な強さを目の当たりのし、カッパちゃん達では力不足と見た鬼丸と罰天狗は新たな戦士を生み出そうと恐ろしい計画を進めていた!
妖怪軍団のボスは美しいが残忍な伽孤姫。その迫力に鬼丸と罰天狗もタジタジ。そしてついに誕生した敵の新戦士がヤツルギに襲いかかろうとしていた!
新たな敵、あやかしぶんぐはヤツルギと互角、いやそれ以上のパワーの持ち主だった!ピンチに立たされるヤツルギ!その窮地を救ったのは・・・?
あやかしぶんぐに敗れ、かえでから厳しくも優しく諭されるタケル。ドローンは新戦士・あやかしかたしで街を襲う!マリとカイトが駆けつけるが・・・。
ようやく現場に着いたタケル。決意も新たにヤツルギに変身しあやかしかたしに立ち向かう!ヤツの強風は何でも吸い込む!気をつけろ!
ヤツルギの正体がタケルだと知ってしまったカイト。自分も何か力になりたいと覚悟を決めたカイトは、極秘であるものを開発しはじめていた。
路上ライブが決まったタケルだち。大喜びも束の間、新たな戦士・あやかしてぃーぶいが襲い掛かる!手下の忍者軍団にタケルとカイトの超ファイトが炸裂!
罰天狗が、あやかしぶんぐを率いてきた!タケルはすぐさま応戦するが、それは罰天狗の策略だった!そのスキに大量のカッパちゃんが街に向かう・・・!
街に向かうカッパちゃんをマリが迎え撃つ!しかしその戦いに謎の蒼き戦士が現れる!その名はガイオン!その強さは計り知れない!ヤツは味方なのか?
失態が続く鬼丸と罰天狗。まだ不完全ながらも、真のボス・妖怪神が目をさます!ドローンが人間達を襲う本当の理由が明かされようとしていた・・・!
あやかしがさを率いて鬼丸がやってくる。ヤツルギも傘を駆使したトリッキーな攻撃に苦戦!そこにまたガイオンが現れる!さあ、反撃開始だぜ!
タケルに追いつこうと、みんなに内緒で身体を鍛錬していたマリ。それを秘かに見守っていたかえでから、マリは不思議な石を託される・・・。
大変だ!街のみんながぬいぐるみにされてしまった!これはやはりドローンの仕業だ!タケルはヤツルギに、そしてマリは天神キサラへと招来を遂げる!
カイトが街ですれちがった不思議な少女。なんと神社に居候にやってきたのだそう。カッパちゃんに襲われていたところを見ると何か事情がありそうだ・・・。
あやかしどけいが昼と夜をあべこべにしてしまい、街が大混乱!ガイオンとキサラがタッグを組んで、あやかしどけいに挑む!この難敵を倒せるのか?
突然、これまでとはケタちがいの、ものすごい妖気が街中にただよいはじめた!駆けつけたタケルの目の前には、ドローンの大幹部・伽狐姫が・・・!
あやかしれいこの冷凍攻撃に苦戦するヤツルギ。キサラのおかげで何とかその場は切り抜けたが、その冷気はタケルに想像以上のダメージを与えていた・・・。
冷凍攻撃のせいで心までも凍り付いてしまったタケル。あやかしとの戦いに迷っていたタケルはかえでの言葉で再び闘志を取り戻す・・・!
あやかしれいことのリベンジに挑むヤツルギ!その闘志に応えるかのように新たな武器・ヤツルギターが招来!爆熱サウンドで一気にブッ飛ばすぜ!
テレビゲームの世界にひきずりこまれたヤツルギたち!まるで格闘ゲームのような、あやかしげえむとのバトルの勝者となれるか?
タケルが街ですれ違った女の子からなぜか妖気が・・・。なんとか浄化しようとタケルは試みる。が、女の子は急に泣いたり怒ったりするばかりで・・・。
残り少なくなったあやかしの素材を求めて、変装し地上にやってきた鬼丸と罰天狗。偶然すれ違ったマリは、二人のただならぬ妖気に戦慄する・・・!
異変に気付いたカイトが鬼丸に挑む!力を持て余した鬼丸はついに本気を出す!が、ガイオンの攻撃が全く歯が立たない!絶体絶命のガイオンの運命は?
ヤツルギと鬼丸の一騎打ち!しかし底知れぬ鬼丸のパワーにヤツルギも押されていく!逆転のチャンスは果たしてあるのか!?
久々にバンドの練習に励むタケルたち。なぜだかカイトはいつも以上にゴキゲン。そこに珍しくかえでが現れ、カイトにあるものを託す。
鬼丸とあやかしぐるまが人々の悲鳴を集め始めた!なにやら自信に満ちたカイトは早速戦いを挑む!ガイオンランサーを封じられたガイオンだが・・・!
伽狐姫が新たな幹部を西から呼び寄せた。その名は鈴猫。罰天狗と調査に出かけた先で、未来とかえでが狙われる!鈴猫の目的はかえでにあるようだが・・・。
看病の甲斐もあってなんとか意識をとりもどしたかえで。ドローンでは鬼丸が再び動く。そんな中、かえではタケルとマリに大事な話を告げる。
かえでの決断を知り、覚悟を新たにするタケル。その折、鬼丸が作り出したあやかしきものが悪さを働き出した!さあ妖怪退治だぜ!
何やら怪しげな雰囲気が漂うかえでの意外な一面が…!鬼丸と鈴猫は酔っぱらったあげくにお互いにダメ出し。つかの間の穏やかな時間だが…。
お互いに打ち明けられない悩みを抱えるカイトとタケル。そこへ罰天狗の作ったあやかしきんこが現れた!現場へ向かうタケルを見届けたカイトは…。
あやかしきんこと戦うヤツルギだが、特殊能力によってあやかしきんこの体の中に閉じ込められてしまった!外に出る方法はあるのか?
暗闇の中で力を奪われていくタケル。そこにヤツルギの化身が現れ、タケルが戦う理由を問う。そして、新たな力がタケルに奇跡をもたらす!
新たな力を手にしたヤツルギに追いつけなくなるのではと焦るカイト。乱れた心のままであやかしに戦いを挑んでしまい、ガイオンスーツがズタボロに!
正体を知られたカイト。どうやってもヤツルギにはかなわないと、タケルにつっかかる。タケルもカイトの力になれればと思うが、すれ違うばかりで・・・。
再び現れたドローンに単身立ち向かうヤツルギ。その頃カイトはラボで悩み続けていた・・・
苦戦するヤツルギの元に現れたカイト。新たな決意で妖怪軍団に立ち向かう!
失敗続きで伽狐姫の怒りをかった鬼丸達はあらたな妖怪「あやかしてきすと」を生み出し、打倒ヤツルギに燃える!
あやかしてきすとの特殊空間に閉じ込められたヤツルギは問題が答えられず、なすすべが無い。そこに飛び込んできたガイオンだが・・・
あやかしチームとヤツルギチームで野球対決!激しい点の取り合いとなった試合の結果は・・・?
苦しむ未来の中にあった奇跡の種が芽生え始めた!その波動はドローンの伽狐姫にも伝わり、その存在が把握されてしまう。
自分がいたら神社が妖怪に襲われると思いこんだ未来は一人神社を飛び出してしまう。
あやかしでぃっしゅに苦戦するヤツルギは、カイトが作ってくれた新武器を試してみることに。その名はホウジンロッド!!
未来を庇い、傷ついて行くカイトとかえで。二人をこれ以上傷つけないため、未来は自ら伽狐姫の元に行くことを選択する。
未来を救うべく走るタケルと碧生。二人の前に鬼丸が現れる。鬼丸は妖怪神復活の為に、ヤツルギに向かってくる!
激闘を続けるヤツルギ達と鬼丸。そこに罰天狗と鈴猫が現れ、戦いを止めてしまう。その理由とは・・・?
ついに真の妖怪神が復活してしまう!ヤツルギ達は力を合せ立ち向かうが、強大な力に歯が立たない!?
妖怪神を倒すため、人々の希望の力を集めるヤツルギ。そして、ついに長い戦いに終止符が打たれる!?
戻ってきた日常。そして、タケル達からのメッセージとは?
木更津の海に封印されていた悪の軍団、恐怪帝国が復活した！ 彼らはまず戦力を整えるために、人間の科学者をさらうべく地上へ侵攻を開始した。 恐怪帝国の復活を知った八剱神社の宮司である大碓マコトは、大和タケル、橘マリにそれぞれ戦士の資質があることを伝え、鳳神ヤツルギ・天神キサラを招来するためのアイテムを授ける。アイテムを受け取ったタケル達は、親友である獅子堂カイトが科学者・穂積太郎と共に恐怪帝国に襲われていることを知る。タケルとマリはカイトを救う為、神社を飛び出していく。
ヤツルギとなって恐怪獣タートルフィアーを倒したタケル。 タケルは同じく戦士としての資質を持つマリに、一緒に戦おう、と誘うも、マリはそんな力は自分にはないと、タケルの前から逃げてしまう。 一方恐怪帝国はさらってきた穂積博士を脅し、恐怪獣製造マシーンの修理を始めさせる。そして、新たな恐怪獣フィアーウルフが誕生し、再び地上に侵攻を始める！
キサラに覚醒したマリだったが、力が足りず体に大きな負担がかかり、一時的に戦えなくなってしまう。マリはマコトと相談し、これからも戦いを続けることを決意し、神社で修業を始めることとなった。 そんな時、カイトが一人の少女を連れて八釼神社へやってくる。彼女の名は穂積ヒメ。恐怪帝国にさらわれた科学者・穂積博士の一人娘。これから神社で預かることとなるのだった。 恐怪帝国は新たな恐怪獣・イカフィアーを誕生させ、再び地上の人間たちの心を惑わせ始めた。タケルが駆けつけ戦う中、自信に満ち溢れたカイトが現れる。ブレスレットをかざし、カイトは叫ぶ。「ガイオン・ミッションスタート！」
ガイオンという新たな味方を得たタケル。そして、マリもまた再び戦える時が近づきつつあった。そんな中、タケルとカイトの元にマコトから緊急の知らせが！？ 一方恐怪帝国ではあらたな恐怪獣、フィアーラビットが誕生。怠けを司るフィアーラビットの力によって、街中の人々がだらけ、働かなくなってしまう。 駆けつけたタケルとカイトはそれぞれヤツルギとガイオンに変身し、フィアーラビットに挑むも敵の術中にはまり大ピンチに陥る！？
銚子電鉄のヒーロー、ゴーガッシャーがはるばる木更津までやってきた。その理由は、ヤツルギに会う為だと言う。何でも恐怪帝国の影響で、乗車マナーを破る人間が多くなってきていると言うのだ。タケルとゴーガッシャーは力を合せ、恐怪帝国と戦うことを誓い合う。 一方恐怪帝国にも動きがあり、穂積博士が隙を見て脱出し逃亡していたのだ。それを知った獅子堂カイトは一人穂積を保護しに向かう。しかし責任を問われたヤジューロウが恐怪獣フィアーバイソンと共に地上に向かっていたのだった！
タケルは一人、木更津のたぬき像の導きで、勇気の試練に挑戦していた。 過去に払拭できないある事件から、タケルは自身の勇気の無さを明るさと元気だけでごまかしてきていたのだった。 恐怪帝国では、再び囚われの身となった穂積博士に釘を刺し、新たな恐怪獣が生み出された。その名は、フィアークック。臆病を司る彼は勇気の心を吸い込む力を持っていた。 勇気を取り戻そうとするタケルと勇気を奪うフィアークック。タケルが試練を乗り越えた時、紅き龍の戦士が蘇る！
勇気を取り戻したタケル。マリは喜ぶものの、事前の連絡もなく起こしたタケルの身勝手な行動に獅子堂カイトは怒っていた。謝るタケルだったが、カイトは冷たく突き放してしまう。そんなカイトに同僚である七海碧生が釘を刺すも、カイトは効く耳を持たない。 一方恐怪帝国では、穂積が何故人間と話し合うことが出来ないのかと幹部達を問いただしていたが、ヤジューロウは怒りを覚え、そんなこと無駄だと言い放し、新たな恐怪獣、スネイクフィアーを誕生させる。不信を司る恐怪獣の力は、タケルとの信頼関係が崩れかけていたカイトに影響をもたらしてしまう！
三つ目の宝玉を手にし、またカイトと本当の意味で共に戦う仲間となったタケル達。一方恐怪帝国では以前ジャンクーガが持ち帰ってきた黒い結晶に皇帝が力を注ぎこみ、黒き鳳凰、黒ヤツルギが誕生してしまう。黒い結晶の正体は、フィアークックがヤツルギから吸い込んだ心が結晶化したものだったのだ。更に新たな恐怪獣イーグルフィアーも誕生し、地上に進軍していく。 地上に出た黒ヤツルギ達は強力な力を発し、タケル達がすぐに察知し現場に向かう。果たしてタケル達はこの凶悪なコンビに勝てるのか！？
黒ヤツルギによって傷ついたマリを連れて神社に戻ってきたタケル達。しかし、マリは意識が戻らず眠った状態が続いていた。そんな中、恐怪帝国は攻撃の手を緩めず新たな恐怪獣・フィアーパンダを作り出し、街を混乱に陥れる。前回の戦いでのダメージで、ガイオンも戦うことが出来ず、たった一人で恐怪帝国と戦うヤツルギ。 苦戦するヤツルギの前に小さな希望が現れる。それは・・・？
未だ意識が戻らないマリ。そんな中、カイトは七海の協力もあり、恐怪帝国の目的が何か、その答えに近づきつつあった。 眠り続けるマリは、夢の中で謎の声を聞く。恐怪帝国の封印について語る、謎の声の主とは？そして、ついに黒ヤツルギが痺れを切らし、再び地上に現れ、ヤツルギとの戦いを求めていた！ぶつかり合う光と闇の鳳凰！勝つのはどっちだ！？
ヤジューロウ達の度重なる失敗に怒る恐怪帝国皇帝は、ヤジューロウとウシオラを恐怪獣製造マシーンに放り込み、二人を一体の恐怪獣、デモンフィアーに姿を変え、地上に放ってしまう。 一方タケル達はマリが夢の中で見たメッセージについて考え、何かヒントはないかと探し始め、ある手がかりを見つけていた。 そしてジャンクーガは穂積博士を連れて地上に向かっていた。果たしてその目的とは・・・
恐怪帝国が何故生まれたか？どうして人間を敵視するか？様々な謎が判明していく中、ヤツルギとジャンクーガが宝玉を賭けて一騎打ちを行う！戦いの末、復活してしまう恐怪帝国皇帝ディスカード！圧倒的な力で絶望を広める皇帝に立ち向かうヤツルギ達。果たして勝負の行方は？木更津の運命は？
タケルたちの活躍によって滅んだはずの恐怪帝国が復活した。ヤジューロウたち三幹部は、ちょっと間抜けな新幹部を仲間に加え、皇帝・ディスカードの復活を企む。一方、その動きに気づいたタケル、マリ、カイトは、野望を阻止するため、再び鳳神ヤツルギ、天神キサラ、哮神ガイオンになり立ち向かう。そんななか、恐怪帝国とは別の敵の影が。今、木更津の地で熱い戦いが始まる！
謎の人物によって襲撃を受けた木更津の巨大企業・獅子堂重工。カイトは監視カメラに映った犯人の姿を見て驚く。なぜかガイオンが映っていたのだ。マリはカイトを疑うが、カイトは否定する。だが、ガイオンの姿が映っている以上、完全に否定することはできなかった。その時、再び恐怪帝国が現われた。タケルたちはヤツルギになり立ち向かうが、そんな彼らの前に、謎の人物が現われる！
カイトがブラックガイオンの正体を調べるなか、ヒメは道端でかわいいヌイグルミを拾った。しかしそのヌイグルミは何かがおかしい。その頃、恐怪帝国では、ヤジューロウがキッキーと怪人たちを連れ、新たな宝箱を探しに行こうとしていた。やがて、宝箱の場所を見つけ出すヤジューロウたち。彼らはなぜかヒメを狙い始める。ヒメはミニキサラとなり応戦するが、ピンチに陥ってしまう！
カイトはブラックガイオンの秘密を知るために、七海に会うことにした。そのなか、タケルの前にひとりの男が姿を現す。それはブラックガイオンのレイジである。レイジはある理由からカイトに強い怨みを持っていたのだ。やがて、七海を連れ去り、カイトと対決しようとするレイジ。しかしそこにウシオラがキッキーと怪人たちを連れて現われ、三つ巴の戦いになってしまう！
皇帝・ディスカードを復活させるために宝箱を探すキッキーのもとに、フィアーパンダとフィアーラビットが相談にやってきた。彼ら旧怪人は、ガチャガチャで生まれた新怪人たちの活躍を尻目に、影の薄い存在になってしまっていたのだ。キッキーはそんな彼らに同情し、ある作戦を考え、実行することにした。それは憎きヤツルギを捕らえることができる画期的な作戦だった！
ついに、鍵が最後の１本となり、ヤジューロウたちは大喜びしながら宝箱探しを開始する。そのなか、タケルとマリはレイジを見かけ、跡をつける。やがて、レイジの隠れ家にやって来るタケルたち。レイジと対峙するが、その時、恐怪帝国が現われたことを知る。タケルたちは休戦し、恐怪帝国のもとへ向かうが、レイジは納得できず、怒りをあらわにしてタケルたちを追いかけるのだった！
タケルは恐怪帝国のアジトから姿を消したキッキーと出会う。悪の皇帝ディスカードの息子でありながら、争いを好まないキッキー。そんなキッキーとなら、一緒に平和な世界が作れるかも知れないと思うタケルだったが……。そこに、人間に扮してキッキーを探していたヤジューロウたち三幹部、応援に駆けつけたドライザーとゴーガッシャーが現れ、事態は思わぬ展開を見せてしまうのだった！
恐怪帝国をまとめようとするキッキーのために、ヤジューロウたち三幹部は新たな助っ人を連れてくる。その助っ人とは、カイトへの復讐に燃えるレイジだった！ しかし、レイジは恐怪帝国の言いなりになるような男ではなかった。思惑が外れた恐怪帝国は、反旗をひるがえすブラックガイオンに騒然とするが……。そのレイジの行動こそが、悪の超皇帝ディスギルド降臨の鍵になってしまうのだった！
目覚めた超皇帝ディスギルドの力を授けられたブラックガイオンが、カイトの討伐に出撃する。折しも、その時にタケルとマリは更なる強さを求めて修行に出かけてしまっていた。カイトは獅子堂重工の未来のために、ただ一人、ブラックガイオンを迎え撃つ！ 正義の戦士として、カイトは命をかけてレイジの目を覚まさせようとする！
ヤツルギ討伐をもくろむ超皇帝ディスギルドのために、ヤジューロウとジャンクーガは自ら強力な怪人となる決意をする。迎え撃つタケルとマリは修行の成果を見せようとするが、怪人化した幹部二人の強さの前に大苦戦。そして、超皇帝ディスギルドの仕掛けた卑劣な罠に、タケルは次々に仲間を失っていくことに……！だがそんな中、絶体絶命のヤツルギに大いなる覚醒が！
超皇帝ディスギルドとヤツルギの一騎打ちが始まる！ タケルはディスギルドとなったキッキーの目を覚まさせ、ともに平和な世界を作る夢を実現させようとする。仲間たちの応援を受けて、タケルは全身全霊でディスギルドにぶつかっていく。しかし、ディスギルドの強さは、覚醒したヤツルギシャドーをも凌ぐものだった。ヤツルギに勝機はあるのか？ そして、謎の『三鳳凰の伝説』とは!?
ディスギルドに圧倒的な力の差を見せられ、絶体絶命のピンチを迎えるヤツルギ……。だが、諦めないタケルに『三鳳凰の伝説』が奇跡を起こす！ 大激戦の末に、タケルはキッキーの目を覚まさせることが出来るのか!? 恐怪帝国とともに平和な世界を作る夢の結末はいかに……。ヤツルギ５、堂々ここに完結！！
ある日、高校生の大和タケルは、親が世界旅行に出かけてしまい、八剱神社に居候することになった。そんなタケルの前に謎の怪人たちが現れる。絶望と恐怖をふりまく極悪結社ゼッツボーンの怪人たちである。ピンチにおちいるタケル。しかしその時、大昔から木更津の街と千葉県を守ってきた正義の神々の力を得て、タケルは鳳神ヤツルギに変身した。今、正義と悪の戦いが始まる！
八剱神社の巫女・橘マリはタケルがヤツルギになったことを納得していなかった。そのなか、ゼッツボーンのＤｒ．ハブルとスマッシュ、グレイ、デイビーたちは次なる怪人を町へ送り込む。タケルはヤツルギに変身し、戦うが、敵のひきょうな手によってピンチにおちいってしまう。その時、マリと妹・ヒメの指輪が輝き、ふたりは天神キサラとミニキサラに変身した！
タケルの自称ライバル・獅子堂トウマは、タケルたちの活躍を見て親戚の獅子堂重工社長・カイトにあるものを貸してくれるよう頼む。一方、タケルとマリは、ゼッツボーンの怪人たちとそうぐうし、ヤツルギ、キサラに変身して戦い始める。しかしふたりは怪人のワナにはまり、攻撃をくらってしまう。そこへトウマが現れた。トウマは吼神ライトニングガイオンに変身した！
タケルたちのもとに、獅子堂重工が開発した人工知能を持つロボット・ホープくんがやってきた。リトルヤツルギ団のみんなはホープくんに興味津々、すぐに仲良くなった。そのなか、ゼッツボーンの秘密の研究所へと続く亜空間の入り口があることが分かり、タケルたちはそれを探しに行くことにした。するとそこで、ゼッツボーンの３幹部と出くわす！
グレイのひきょうな手によってヒメを傷つけられたタケルは、ゼッツボーンに強い怒りを感じる。そのなか、リトルヤツルギ団は、パトロール中に怪人を発見する。なんと怪人は担任の先生だった。緊急連絡を受けたタケルはすぐに現場へ向かい、ヤツルギに変身し怪人と戦おうとする。しかし怒りに任せて戦ってしまい、とんてもない失敗をしてしまう！
タケルは自分勝手な行動のせいでトウマをケガさせてしまったことを反省する。そのなか、壊れれてしまったライトニングガイオンを修理していたカイトと助手の久遠ケンジは、ゼッツボーンの怪人が現れたことを知る。ふたりは自分たちも変身することを決意。吼神ガイオン、吼神ブラックガイオンとなり、怪人と戦うのだが……。
打倒ヤツルギに燃えるデイビーは、新しく怪人にするために連れてこられた女性に声をかけられる。なんと、アイドル時代の知り合いだというのだ。しかしデイビーは自分が人間だった頃の記憶を完全に失っていた。デイビーは怪人となったその女性とともにヤツルギに戦いを挑む。しかしその時、キサラとミニキサラが立ちふさがった！
デイビーがもともと自分たちは人間だったのではと悩むなか、グレイが新しい怪人を連れて町へと向かう。一方、八剱神社にやってきたケンジは、マリに一目ぼれした。同じくマリのことが好きなトウマとライバル関係になるケンジ。タケルをも巻き込み、ゼッツボーンの怪人を倒した男こそがマリに相応しいと勝負をすることになるのだが……。
どんな手段を使ってでもヤツルギたちを倒そうと思うスマッシュは、下校途中のマリを捕らえた。マリが捕らえたれたことを知ったタケルたちは、ゼッツボーンのひきょうなやり方に怒りを感じ、マリを助けに向かう。一方、ゼッツボーンの秘密の研究所に連れてこられたマリは、Ｄｒ．ハブルと対面し、その恐ろしさに恐怖するのだった！
デイビーたち３幹部は自分が何者だったのか悩む。そのなか、Ｄｒ．ハブルは最強の怪人を作り出した。その頃、トウマはライトニングガイオンになることをためらっていた。スマッシュに攻撃を受けたさい、恐怖を感じ、戦うことが怖くなったのだ。その時、リトルヤツルギ団が怪人に襲われたという報せが入る。トウマはタケルたちとともにみんなを助けに行くのだが……。
八剱神社に眠る正義の力によって鳳凰剣がパワーアップした。タケルはマリ、ヒメ、トウマ、ケンジともに、ついに３幹部との決戦を決意する。一方、あとのない３幹部も決死の覚悟でヤツルギたちと戦うことを決意していた。ひきょうな手を使ってでも勝とうとする３幹部。しかしヤツルギはそんな彼らのやり方を否定するのだった！
Ｄｒ．ハブルによって３幹部は３体のニセヤツルギと化した。その力は強大で、カイトとケンジがやられてしまう。ニセヤツルギの存在を知ったタケルたちは、リトルヤツルギ団に危険を報せようとした。その時、タケルたちの前にニセヤツルギたちが現れる。タケルたちは変身し、ニセヤツルギたちを倒そうとするのだが……。
ニセヤツルギたちの圧倒的な力の前になすすべのないヤツルギ。しかしそんなヤツルギの前に、２人の青年が現れた。なんと、２代目ヤツルギと３代目ヤツルギである。さらに、マリ、ヒメ、トウマ、ケンジもヤツルギのことを応援する。果たして、ヤツルギはニセヤツルギを倒すことができるのか？今、最後の決戦が始まる！
今から10年前、木更津の地で戦う一人の戦士がいた。 彼の名は、羽生 シュウジ。 熱き正義の心を持ったシュウジは、若き日の獅子堂 カイトを助手に自ら電装マデラスに変身し悪と戦い、人々の平和を守っていた。 そして時は流れ―――
ゼッツボーンが消えて平和が戻った木更津の町。大和タケルは八剱神社の巫女・橘マリやヒメ、ライバルの獅子堂トウマたちとのんびり過ごしていた。 そこへ、久遠ケンジがやってきた。カイトがいなくなったというのだ。その時、タケルたちは邪悪な気を感じ取る。 なんと、極悪結社ゼッツボーンが復活したのだ。 現場にむかったタケルたちは、そこで最悪の人物と遭遇する。
カイトがＤｒ．ハブルの仲間になってしまった！？一体どうういうこと？ 動揺するタケルたちだったが、その時、ゼッツボーンの怪人が人々を襲いはじめた。 タケルはヤツルギに変身して怪人と戦うが、以前より力が増しているゼッツボーンの敵たちに焦りを隠せない。 怪人の攻撃を受けたヤツルギは変身が解け、さらに変身ができなくなってしまう。 絶体絶命のタケルに敵の攻撃が迫る、その時！ キサラの愛の力が炸裂する。
最大のピンチに陥ったタケルを自らの命を賭けて救ったマリは、その戦いから目を覚まさない。 トウマとケンジがゼッツボーンに怒りを感じるなか、タケルはマリを救えなかったことに悩み続ける。 そこへ、ゼッツボーンが現れたという連絡が入った。 タケルはヤツルギに変身できないまま、戦いの場に向かう。
タケルはみんなの希望の力を受け、グレンカムイヤツルギにパワーアップした。 トウマはそんなタケルを見て自らもパワーアップしなければと思い、ケンジとともにガイオンスーツの改良をはじめる。 一方、ヒメはマリになんとか目を覚ましてもらおうと全身全霊をかけて必死の祈りを捧げていた。 再び現れたゼッツボーンの怪人のもとにタケル、トウマ、ケンジが駆けつける。
みんなの思いが通じ目を覚ましたマリは、ゼッツボーンとの戦いに苦戦するみんなのもとに駆けつける。 みんなを助けるために変身したその姿はなんと！ 新たな力を身に纏ったシルフィー・キサラだった。 シルフィー・キサラはヤツルギたちとともに戦い、デイビーを追いつめるのだが……。
Ｄｒ．ハブルは世界を闇に包み込む『絶望計画』を実行しようとしていた。 一方、タケルは、カイトが本当に悪になってしまったのか疑問をいだいていた。 そんな中、八剱神社ではトウマやケンジ、それに子供たちがコミックボーンの漫画を読んで絶望を感じていた。 ヒメは、八剱神社に現れたグレイの後をつけ、単身ゼッツボーンのアジトにのりこんでいく。
カイトは異形の戦士・シャドウ・ハウンドとなり、ヤツルギたちの前に立ちふさがった。 カイトが悪になるはずがないと思っていたタケルたちは強いショックを受ける。 一方、ヒメはドクター・ハブルがかつてヒーローだったことを知り、子供たちと各他のヒーローたちがなにか知っていないか情報を集めることに。 しかし、そんなヒメたちの前にスマッシュとダンシングボーンが現れて……。
タケルたちは、Ｄｒ・ハブルの過去を知っているというライデンマルに話を聞くことにした。 ライデンマルがいうには、Ｄｒ．ハブルは昔、マデラスというヒーローだったのだという。 それを聞いたタケルは大きなショックをうける。 Ｄｒ．ハブルの衝撃の過去が明かされる！
Ｄｒ．ハブルが何をしようとしているのか分からず戸惑うタケルたちのもとにカイトがやってくる。 『絶望計画』が発動されれば世界は終わる。 あまりにも危険な計画にカイトは最後の望みをかけるのだった。 しかし、タケルたちは絶望計画を阻止するため、最後の決戦に挑む！
ついに、ヤツルギたちｖｓゼッツボーン最終決戦の火蓋が切って落とされた！ 三幹部が絶望計画の力によってパワーアップし、シャドウハウンドも参戦。 さらに、Ｄｒ．ハブルまでもが真の力を発揮する。 ヤツルギたち5人ｖｓゼッツボーン5人の究極の大決戦！！ 最凶軍団ゼッツボーンの圧倒的な力の前にヤツルギたちが苦戦を強いられる。
ヤツルギたちは、絶望の化身ハブルカイザーになったＤｒ．ハブルと激しい戦いを繰り広げる。 しかし、絶望計画を発動しているゼッツボーンは強く、ヤツルギたちは悪の力を止めることができない。 それでも決してあきらめないヤツルギたち。絶望計画を止めるため、悪を倒すため、ヤツルギたちは何度でも立ち上がる！！
最凶最悪の敵を前に、ヤツルギたちは苦戦を強いられる。 ハブル、カイト、そしてマリたちは決してあきらめないヤツルギと共に最後の力をふりしぼり、ハブルカイザーとの戦いに挑む。 勝つのは、正義かそれとも悪か？ヒーローたちの熱き戦いの結末は！？
野菜の楽園”べじわーるど“が支配された！？奇跡の種“ゴールデンベジシード”を守るため人間界へ逃れたトマ太郎に、悪の集団ザンパーの幹部ジークとベティが迫る。八剱神社で神職につきながら動画投稿に夢中の大和タケル。保育士の橘マリ、IT 企業御曹司の獅子堂カイト、それぞれが何かの力に引き寄せられ集結。タケルのヤツルギ覚醒に遭遇する。
自らのパワーに惑いダクック兵”トマクラッシャー”に苦戦するヤツルギ。トマ太郎からアドバイスを受け反撃開始するもジークとベティに邪魔され大ピンチ！その時、マリが飛び出し盾となってヤツルギを守ろうとする。君は！？と驚くヤツルギ、トマ太郎。何も見えてないカイト。巨大ハンマーがマリに向かって猛然と打ち降ろされた！！
どんな世界でも思いのままに出来るというベジシードの秘密と魔力を知るタケルたち。今度はダイコンがその魔力を得たダクック兵が出現！その強力なミサイル攻撃にさすがのヤツルギも大苦戦。その隙にジークとベティがトマ太郎を襲い嘲笑う。ついにヤツルギがぶっ飛び倒された！怒り心頭のマリの瞳に正義の炎が燃え滾る！！
ヤツルギとトマ太郎の大ピンチ！怒りに燃えるマリにもヤツルギの力が覚醒！天神キサラが颯爽招来！ザンパー兵たちを次々と成敗。驚くジークとベティがダクック兵ダイコンミサイルを嗾ける。その攻撃には流石のキサラも苦戦を強いられてしまう。いよいよ追い詰められてしまうヤツルギとキサラに容赦なく最終ミサイル猛攻撃が発射される！！
“べじわーるど”から突如やって来た妖精のカスミちゃんが仲間に加わり皆大喜び。しかし、いまひとつ頼りないタケルに呆れ気味。それに目を付けたベティがベジシードの力でタケルの心を操作してマリたちを襲わせる。さらに呆れるカスミちゃん。自分を責め悔しがるタケル。変身アイテムの野菜を持って駆けつけるカイト。邪悪なヤツルギが招来！？
ベジシードの力で強制操作され大暴れのヤツルギ。必死に止めるキサラとミニキサラだが、ヤツルギの強大なパワーを抑えることが出来ない。一発奮起に燃えるヤツルギが自ら奇跡を起こす。苦難を乗り越えダクック兵キャベシールドとの大決戦。すると今度は戦いの余波で全員を巻き込む巨大なトラブル発生！！カイトの心にも正義の炎が燃え上がる！
ヤツルギたちの勇姿に感動したカイト。世界最先端技術の粋を結集して完成させた強化アーマー=ガイオンシステムを装備してザンパーたちを裁くため独り勢い勇んで立ち向かってゆく。だが、何故か今回は２体のダクック兵が同時に…。しかも強力な武器の使い手ホウレンアクス、オニオンスラッシャーたちの前に大苦戦。ガイオン絶体絶命の大ピンチ！！
カイトの危機を察知したタケルたちが救出に駆けつける。だが、待っていたかのように余裕を見せるジークとベティ。またもやベジシードの力を使い２体のダクック兵を分身させて増殖！？マリは苦手なホウレン草、タケルは苦手なタマネギに翻弄されてしまう。独りガイオンを助けるミニキサラも苦戦。ヒーローたちはそれぞれ苦手を克服出来るのか！？
マリのスマホで動画を楽しむカスミちゃん。藪の中に隠れて泣いているダクック兵カボチャチェーンソーと遭遇。どうやらザンパーたちから逃げてきたらしい。励まして元気付けるカスミちゃん。そこへ現れるジークとベティが魔力で逃亡兵を再び悪の心に戻してしまう。凶暴化してカスミちゃんを襲うカボチャン退治にヤツルギたちが参上してしまう！！
いよいよ痺れを切らしたジークとベティが悪の妙案最終作戦を実行する。これまで倒されたダクック兵たちの言霊を密かに集めていたジーク。それをベジシードの力で再生させてダクック兵軍団を組織。タケルたちが何とかジークとベティを説得して皆で仲良くする方法を考えていた矢先、悪の猛威軍団が八剣神社に攻め込んで襲来！！
“べじわーるど”と人間界の未来を懸けた決戦の火蓋がついに落とされた！ザンパーの魔力で意思を削がれたダクック兵たちにいくら説得しても届かない。ヤツルギたちは辛く苦しい戦いに身を投じるしかなかった。倒しても倒しても次々に湧いてくるダクック兵たち。夜が明けても続く戦いに、やがてヒーローたちの力は底をついてしまうのだった…。
ジークとベティに異変が起きた。悪の権化の姿と化す二人に対抗するため、トマ太郎の掲げたベジシードの力を使ってタケルたちは再びヤツルギ招来に大成功！いよいよジークとベティが凶暴化した戦闘態と、互いの正義をぶつけ合う大決闘が始まる！！果たしてヒーローたちの想いは二人に届くのか！？
本当の敵、本当の悪が姿を現した！これまでの闘いにすべての力を使い果たしてしまったヒーローたち。もはや立ち上がることすら出来ない。悪の超巨人グランガービッジが、容赦なくヒーローたちを襲い苦しめる。ついにトドメの一撃。もうゴールデンベジシードを諦めるしかない…。その時、最後の力を振り絞って皆の攻撃を一斉に受けたのは…！！！
おもちゃメーカーの営業マンである大和たけるは、顔なじみのフウカと一緒にいる時に人々を襲うボウガングと遭遇する。 神の使いであるチビキサラの声で、鳳神ヤツルギへと変身したたけるは、人々を守るためボウガングと戦うことを決意する。
おもちゃの人形から人間の姿になったヤマトタケルも、鳳神ヤツルギへと変身しボウガンブロックンと戦い圧倒する。 しかし、突如上空よりボウガングの3幹部ナイツ、チャーリー、ヴァイオレットが現れピンチになるヤツルギ達。 この危機を救ったのは、なんと・・・。
おもちゃ工場の社長、獅子堂カイトは誰よりもおもちゃを愛する好青年。 そこで働く亀山シロウや、コスプレイヤーの早乙女シュン達も加わり、にぎやかなたける達だったが、再びボウガングが現れヤツルギ達は苦戦を強いられる。 カイトはヤツルギ達と共に戦うため、青い戦士へと変身する！
人間の生活を満喫しているマリは、いつか本当に人間になりたいと願うようになる。 それを聞いて笑うたけるとタケルに、傷つくマリは一人その場から去ってしまう。 そこへ人間を強く憎んでいるヴァイオレットが新たな怪人を2体引き連れて現れ、最大の危機が訪れる。
一向にお互いを認め合わないたけるとタケルは、どちらがヤツルギにふさわしいかの勝負を続けていた。それを見かねたチビキサラは、人間とおもちゃは仲良くするべきだと諭すが、聞こうとしない二人。そんな中、ナイツが現れ大変なことに！
とうとう本気を出したボウガング3幹部達はたける達に挑戦状を叩きつける。 さらわれたチビキサラを救うべく、たける、タケル、マリ、カイト、フウカ、シュン、ダンダンは 決死の覚悟で決戦場へと向かう。 壮絶な最終決戦の幕が切って落とされる！
ボウガング３幹部との闘いを終え、たけるとフウカはナイツ達に、おもちゃと人間は友達なんだと告げる。 しかし、それを絶対に許さない復讐神ラビーの衝撃波は次々とヤツルギ達を襲う。 圧倒的な強さのラビーの前に、ヤツルギ達は手も足も出ないのか・・・。
おもちゃと人間の心は一つになれると強く信じたたけるとタケルは、遂にヤツルギの真の姿、デュアルライジングヤツルギへと変身する。 果たして、人間を許さないおもちゃ復讐神ラビーと、強い絆で結ばれた人間とおもちゃデュアルライジングヤツルギの死闘の行方は？！