Anno 2116. Il solito misterioso sogno continua a tormentare il sonno di X1, e neanche il suo clone X2 riesce a tranquillizzarlo. Le giornate continuano a trascorrere nella normalità, fino a quando la tensione e la preoccupazione spingeranno X1 verso un'azione disperata.
X2 capisce che il suo clone è misteriosamente scomparso. Viene a conoscenza di un video in cui un misterioso uomo gli annuncia di essere il "Prescelto", l'unico in grado di salvare le sorti dell'umanità. X1 e X2, riescono finalmente a mettersi in contatto grazie al prezioso aiuto di Alice.
X1 racconta finalmente la sua storia ad Alice, e la ragazza decide di aiutarlo nella sua missione. Per sfuggire ai continui controlli, X2 scappa nel bosco, dove si imbatte nell'Uomo senza doppio.
L'uomo senza doppio rivela a X1 ed X2 il vero compito della loro missione. Hanno però poco tempo per portarla a termine. Nel 2016, Alice e X1 riescono a rintracciare il loro obiettivo.
X1 e Alice sono a un passo dal portare a termine la loro missione e cercare di riportare i sentimenti al centro della vita dell'uomo.