Ein Konflikt bahnt sich an, als der Müllner-Peter, der in München auch etwas von der ärztlichen Kunst gelernt hat, einem Holzknecht das Leben rettet, der beim Wilddiebstahl vom Jagdvogt angeschossen wurde. Zwar kann der Müllner den Alois vor dem Tod und dem Gericht retten, aber er gerät dafür selbst in die Mühle der fragwürdigen Justiz des Landrichters von Prien. Diesem Richter ist ein Bauer von der Bildung und Intelligenz des Peter Huber unerwünscht. Ursprünglich als Zeuge vorgeladen sieht er sich plötzlich in der Rolle des Angeklagten und wird unter der altertümlichen Anschuldigung der Hexerei nach Burg Grünwald, dem Sitz des Femegerichts, gebracht. Es gelingt Terry von Lilien, bei der Peter Huber in seiner Münchner Zeit Hauslehrer war, ihren Einfluss am Hofe geltend zu machen und ihn aus der Haft zu befreien. Im Frühjahr 1792 kehrt er nach Sachrang zurück.
Der zweite Teil der Sachranger Chronik beginnt 1796. Österreich liegt mit Frankreich im Krieg, die Bayern sind Napoleons Verbündete. Durch einen Irrtum französischer Truppen, die Sachrang für österreichisches Gebiet halten, wird das Dorf verwüstet. Dabei wird die junge Marei von den Soldaten missbraucht. Marei liebt den Müllner-Peter, der in ihr aber nur eine kleine Schwester sieht. Das wird von bösen Zungen falsch gedeutet und führt zu neuen Feindseligkeiten. Seit der Vergewaltigung hasst Marei ihr Frausein, sie trägt nun Männerkleidung und hat sich entschlossen das Schreinerhandwerk zu erlernen. Der Besuch der Baronesse Terry von Lilien beim Müllner-Peter vertreibt Marei aus Sachrang. Sie sieht in der Adeligen, die tatsächlich seine Jugendliebe ist, eine unbesiegbare Konkurrentin. Sie wandert nach Tirol, wo sie in die Befreiungsbewegung um Andreas Hofer gerät. 1806 kehrt Marei nach neunjähriger Abwesenheit nach Sachrang zurück, auf dem Wagen des Müllner-Peter, der im Auftrag des Pfarrers zwei Wagenladungen unersetzlicher Handschriften und Bücher aus dem von der Säkularisation zerstörten Kloster Benediktbeuern gerettet hat.
1810 – Peter Huber setzt sich in Sachrang mit aller Kraft für Gerechtigkeit und Fortschritt ein. Nach und nach beugt man sich seiner geistigen Autorität. Er wird sogar Amtsvorsteher von Sachrang. Der Aufstieg in dieses Amt, das ihm erlaubt, seine Vorstellungen in der Gemeinde zu realisieren und in den Hungerjahren nach den napoleonischen Kriegen Entscheidendes für Sachrang zu tun, steht im Gegensatz zu seinem privaten Scheitern. Seine Ehe mit Marei entwickelt sich unglücklich. Zu verschieden sind Charaktere und Lebensziele. Die leidenschaftliche und hoffnungslose Liebe des reifen Mannes zu einem jungen Zigeunermädchen stürzt ihn ins Unglück. Verzweifelt und zutiefst verletzt zündet Marei das elterliche Gehöft an und kommt dabei ums Leben. Schon am nächsten Tag zieht der Müllner-Peter bis nach Italien – immer auf der Suche nach Rosanna. 1814 kehrt er, ausgebrannt, schweigsam und ruhig geworden, nach Sachrang zurück und führt ein unauffälliges Leben als Müller bis zu seinem Tod