一名國家鍊金術師，在伊修巴爾內亂後和政府有不同政見，而叛逃的男子冰凍之鍊金術師艾薩克・馬爾哥度加魯。艾克薩潛入中央市，目的是要殺死布拉多萊大總統。大總統要焰之煉金術師馬斯丹抓住他，而機械鎧男孩鋼之鍊金術師愛德和他的鎧甲弟弟艾爾也加入任務。但艾薩克在中央市各地畫鍊成陣，他的目的？
愛德和艾爾為了再次看到母親特蕾莎·艾力克的笑容，於是他們犯了煉金術最大的禁忌人體鍊成，但是，等價交換太偉大了。有一天，一名士兵見艾力克兄弟，還建議他們成為國家鍊金術師。愛德要收回失去了的，這樣就開始了漫長的旅程！
愛德和艾爾來到里奧爾城市，這裏雷特教教主柯奈洛無需執行等價交換的原則。所以艾力克兄弟要尋找這真相，愛德還指出一女孩的希望的真相。
萊·馬斯丹介紹綴命之鍊金術師修·塔卡給愛德和艾爾調查。他在兩年前，成功將動物能夠慬聽和說人語的合成獸。艾力克兄弟在書房認識了塔卡的女兒妮娜，他們還成為朋友。但在國家鍊金術師每年一次評核前一天，塔卡將他的女兒成為……
在東城區出現一名专門殺害國家鍊金術師的男子，而他殺人的手法非常神秘和可怕，這男子名叫斯卡(傷疤人)。愛德和艾爾還在街上遇到斯卡。斯卡還和他們戰鬥，但艾力克兄弟被打敗，正當愛德華準備被殺時，阿姆士唐少校出現……
愛德和艾爾為了修理被破壞的身體，他們確定和阿姆士唐少校回里正布爾。到期中一個火車站期，阿姆士唐看到一名男子。這男子名叫馬爾哥醫生。以前他在第三研究所研究應用在醫學的鍊金術，在伊修瓦爾內戰中，他被命令將研究成的賢者之石用在內戰，但他反對愛德造賢者之石，因為這是一個……
愛德和艾爾來到國立中央圖書館第一分館調查賢者之石的文件。 但他們只看到完全燒毀的圖書館。而上級派了瑪麗亞少尉和布羅修中士來保護艾力克兄弟，瑪麗亞介紹了非常熟悉這館的謝茜嘉，她將文件背默了一次，但他們看到文件的內容，驚呀的是……
在廢棄的第五研究所真的製造賢者之石？愛德和艾爾來到研究所調查賢者之石的真相。但這時，一名自稱48號的鎧甲男子出現，還和愛德戰鬥。與此同時，艾爾在研究所外等待愛德，但一名自稱66號的鎧甲男子突然攻擊他。並在戰鬥中發現48號和66號也是將靈魂固定在鎧甲中！
在第五研究所戰鬥後，設施被破壞，而愛德嚴重受傷。雲尼從里正布爾來到中央市修理愛德的機械鎧。就在那時，艾爾有一種不安的心情，他說出了忠於說內心的說話：「我的靈魂和記憶，可能全部都是創造出來的！」兄弟的感情又會變得怎樣呢？而雲尼也告訴了[艾爾凡斯·艾力克
愛德和艾爾在醫院病房裡談論愛德之前在第五研究所的所見所聞。人柱、賢者之石、擁有蛇型紋身的神秘人物，令一切更加複雜。大總統布拉多萊突然出現，告介他們要審慎行動，因為惡勢力的權利可能比他更高，必須把軍部所有的人都假設為敵人。
艾力克兄弟和雲尼來到機械鎧的聖地“拉修山谷”，一個女孩帕妮孃了愛德用來證明國家鍊金術師身分銀懷錶。但艾力克兄弟和雲尼發現，她的雙腳是機械鎧。原來她在一次意外中失去雙腳，後來多米尼克看到帕妮孃時，便強行帶去她和製造機械鎧給她。突然多米尼克兒子的妻子要分娩，雲尼以自己看過醫生書的知識來幫助。
愛德和艾爾來到達布里斯見佷久沒有見的泉師父。愛德還在泉師父口中得知，在中央他的父親班·賀恩漢非常熟悉賢者之石。在那天晚上，愛德想起他和艾爾在母親去世後不久，第一次見到泉師父，他們希望泉師父收他們成為徒弟，教他們煉金術。兩人要在荒島上生活一個月，邏要在一個月後告訴她「一即是全，全即是一」的意思。究竟這兩句的意思是...？
馬斯丹終於調回中央。在那時，愛德和泉談到回復身體時，他們都記得看過真理之門，而且在門內知道很多知識，但艾爾全都沒記得。後來格利特捉了艾爾，還希望艾爾教他靈魂固定的方法，就在這時，愛德和泉分別來到救艾爾，但格利特變成一個碳人！
愛德和泉與格利特苦戰。另外，大總統親自帶領部隊，攻入酒吧捉犯人。格利特知道部隊攻入，他與其手下逃到去水道時，與到大總統，還與大總統戰鬥。在戰鬥中，格利特發現大總統的眼上有蛇型紋身！與此同時，艾爾再次記起在真理之門裏所發生的事
一從新國來的神秘女孩，她來是尋找非常出名的愛德，還被斯卡所收留。與此同時，愛德和艾爾再次來到拉修山谷，目的是要修理機械鎧。他們在那裡認識一個新國人，其目的是要尋找賢者之石，但他們表示不知道。突然，有兩個這新國人的手下出現，還和艾力克兄弟戰鬥。
馬斯丹開始調查修茲真相的死因，而行動已經被人造人所察覺。在那個時候，軍部指羅斯少尉是殺修茲的最大可疑人，而愛德和艾爾回到中央市，還去找修茲，但可怕的事實令他們自責。艾力克兄弟不知道前路是怎樣，但已經不可回頭！
軍方高調指羅斯是殺死修茲的兇手，還會處決羅斯。後來，巴利襲擊監獄，協助羅斯和逃獄。中央司令部命令軍人殺害她，巴利他們在街上見到愛德和艾爾，他們分開逃走，羅斯逃到令一小街時，被馬斯丹發現，當愛德來到時，只見羅斯被燒成灰的屍體。
馬斯丹命令阿姆士唐強行要愛德離開中央市。他們越過沙漠來到傳說中的克塞爾克爾斯國王廢墟，是煉金術的發源地！他們和沒有死的羅斯少尉會合。後來，羅斯少尉和他們分別往新國。突然愛德被伊修巴爾人擊，他還知雲尼的父母是斯卡所殺！
馬斯丹進行一個捉人造人計劃，巴利為殺自己的身體走到第三研究所馬斯丹和他的部下也走到這裏。他們分為兩組，馬斯丹和夏卜在一房中和戰鬥，馬斯丹還造成巨大爆炸將她和賢者之石燒成塵，而且他們發現了一個有製造賢者之石陣鍊成門，但是巴利在這裏死了和馬斯丹及他的部下也身受重傷。
愛德在母親的墓前再見到父親賀恩漢，愛德感到非常仇恨。賀恩漢:他們只是逃避事實，還提出“我兒子鍊成的東西，那真的是特蕾莎?!”。賀恩漢離開後，愛德和雲尼的婆婆為尋找真相，掘起鍊成失敗的母親，但發現它的頭髮顏色不同，他們鍊成的到底是誰？艾爾失去的身體和愛德的右手左腳豈不是白白失去！
愛德和艾爾與馬斯丹討論，在第三研究所地下所發現，印上製造賢者之石陣鍊成的門。他們還發現這門可能位於離一公里的大總統府。另外，馬斯丹為令在戰鬥中變成雙的夏卜，派人去找馬爾哥醫生幫助，但是人造人已經先行一步，促了他。突然艾力克兄弟收到消息，斯卡到了中央市，艾力克兄弟和馬斯丹利用斯卡，再次進行捉人造人計劃。
布拉多萊打傷蘭芳，姚林立即帶她離開，但布拉多萊和桂杜尼趕到，他們形勢非常危險。另一方面，雲尼去完修茲的墓地後，在回程的路上遇到斯卡和艾力克兄弟正在戰鬥。她走進戰場，還在無意之中，知道她的父母是斯卡所殺。
蘭芳為了令姚林能逃走，將自己的手割了，愛德和艾爾再次與斯卡戰鬥。姚林走到戰場拹助艾力克兄弟。最後，他們成功捉了桂杜尼，但褔艾協助姚林逃離戰場時，被布拉多萊的最強之眼發現。他們在中央市郊的小屋再次會合，但其間桂杜尼腹部打開了，肚中間出現了一個.....
布拉多萊知道艾力克兄弟和馬斯丹的位置後，派了安比。同時，桂杜尼失控，從腹部打開真理之門，而且要吞馬斯丹，後來，安比到來和停止了桂杜尼的攻擊，艾力克兄弟和姚林在這時再次攻擊他們，但其間安比、愛德和姚林被桂杜尼吞了，另外，馬斯丹向上級報告工作表演時，發現上級原來已經被人造人所控制，並且他......
桂杜尼吞了愛德和姚林，他們被帶到奇怪的黑暗空間和一望無際的大血海。他們賞試各方法離開都不成功，最終他們再次見到安比，還從安比得知是“父親大人”製造真理之門失敗，造成了煉金術世界和真理之門之間的空間，是沒有辦法離開。另外，布拉多萊將馬斯丹的部下派到不同的地方，目的是要控制他。
桂杜尼帶艾爾往父親大人的所在地，斯卡和張梅也追入地下設施。同時，愛德和姚林正與變回原形的安比戰鬥，他們最後和安比約定一同合作離開這空間，愛德將真理之門打開，他發現原來有兩度門，而且在兩度門之間坐了一個人，他是！他是艾爾的肉身！！！
在某處村落的慶祝活動中，一年輕女子走到獨自的賀恩漢面前，她名叫。 他們在喝酒時，談到這個國家、民族和艾力克兄弟，四周充滿了節日氣氛，一個女孩出現在賀恩漢的臉前。而有一個人的外貌和賀恩漢一樣出現，同時四周的環境都變得異常，原來這是....
桂杜尼帶艾爾到達父親大人的所在地。突然桂杜尼的腹部撕裂，愛德、安比和姚林從腹部出來。感到驚訝的事，父親大人的外觀和艾力克兄弟的父親非常相似。奇怪的是，父親大人令煉金術封印。另外，姚林背叛艾力克兄弟，成為人造人，但靈魂已是格利特，而他的記憶已被刪除，隨著斯卡與張梅的到來情勢一度混亂。
愛德和艾爾被抓住，還帶他們在上方的中央司令部，見拉斯（布拉多萊大總統）。當時馬斯丹已經在這裏，他告訴愛德，他的部下全被調走。愛德更一度放棄國家煉金術師的資格，但是，，人造人現在已經掌握馬斯丹和艾力克兄弟的弱點。後來愛德發現偉大之術和鍊丹術，是和煉金術有些特別，艾力克兄弟再次調查。
愛德為還搶給莉莎，到她的家中。其間，愛德和莉莎談到伊修巴爾內亂的事。莉莎說她當時任部隊的狙擊手，只要一開槍就必有人死。而她一直都問自己，要在伊修巴爾戰鬥的原因。與此同時，中央的布拉多萊大總統在開會，已決一個對伊修巴爾的可怕軍事方案。
愛德離開莉莎家和返回酒店。在伊修巴爾內亂，莉莎和馬斯丹沒有放棄的希望“他的一個目標”，而他希望的決心，使愛德再次努力。後來，愛德和艾爾發現煉金術和鍊丹術有一些不同的地方，可以用另一方法他們身體復完。煉金術煉金術立刻知道，但第二天早晨發現張梅失蹤了......
馬斯丹和古拉曼墓前見面，馬斯丹說了很多國家秘密和爭取與他合作。與此同時，阿姆士唐要找愛德，指是他和艾爾去北方尋找張梅，還給了一封命令信和要他們去這國家的最北方的布里古茲要塞，找這裏的最高司令奧莉薇·米拉·阿姆士唐。當他們準備立即前往北方時，他們與到大総統的兒子塞利姆，還到了大総統俯作客。
金布利i和專責部隊前往西部捉斯卡，但出現非常多互相矛盾的消息。金布利認為斯卡往北部逃走，所以他們往北部去。那天晚上斯卡正剩軍方的物支火車往北方，突然，金布利出現，還和斯卡戰鬥i。因為金布利殲滅伊修巴爾和殺了斯卡的哥哥，使斯卡殺他的心情達到了高峰，他就立即......
愛德和艾爾終於來到布里古茲，但奧莉薇要他們說來這裏的目的和他們的秘密，才和他們合作。後來奧莉薇比他們留在這裏和工作，他們發現奧莉薇的副官是流伊修巴爾族的血液，奧利弗可使他留下的原因是這裏是非常重要的，沒有時間討論他是否應留下。原來法爾曼被派到布里古茲要塞和升了職。這時，令人不安的聲音已經從要塞的地下接近。
斯洛司人造人突然到來襲擊，奧莉薇開始以布里古茲作風向他反擊。利用這裏寒冷的氣候，將他冰封。第二天，奧莉薇的部下去了附近醫院，並見了金布利。同時，愛德和艾爾在斯洛司造成的隧道內向奧莉薇，說了真話。其後他們發現了這個國家立國的真正目的是......
在郊野生活的賀恩漢，突然他站立和用手指插入胸前，他的胸釋放出大量血，並在頭腦中回憶過去家庭生活人的日子。這時，奧莉薇和雷文談天關於兩人合作的事，忽然奧莉薇將雷文殺死，而在神秘管道的調查小隊，被「驕傲」所殺害。
金布利帶雲尼到布里古茲。他以雲尼作人質，並要求愛德在巴茲庫爾進行屠殺。與此同時，調查小隊和要塞失去聯絡，而以巴卡尼亞的調查隊進入神秘管道，並開始尋找失蹤的調查小隊。後來，他們找到失蹤的調查小隊兩名隊員和其他隊員四支，而從黑暗陰影的背後...... 同時，莉莎在大總統的養子塞利姆，身上有一種異常感覺，但......
為了捉斯卡，金布利和艾力克兄弟來到巴茲庫爾。艾力克兄弟成功逃離金布利的監視，還帶了雲尼，他們在鎖裏尋找斯卡等人。後來，張梅和馬爾哥等人（當中沒有斯卡）出現。在同一時，斯卡被中央的合成獸軍人發現，並進行戰鬥。艾力克兄弟到來，還控穿了斯卡和合成獸，其間艾力克兄和斯卡交談，但突煞斯卡突擎，還捉了雲尼。
斯卡与爱德和阿尔战斗时被抓捕。他杀害了温莉父母，但温莉为斯卡医瘵伤口和说“我原谅你”。而迈尔斯就说他以伊修瓦尔民族的血来“来改变这个国家”，要留在军队里改变。马可要求爱力克兄弟不杀斯卡，以他来翻译书本。他们谈论到要设法逃篱金普利监视，他们一同去到安全的布里克斯，也要计划一个战略，以使金普利意想不到......
奥莉薇被大总统命令返回中央司令部，她对大总统表是效忠，以得到更高级，但她不可再指挥布里克斯。与此同时，莉莎和马斯坦古在司令部餐当相与，莉莎在交谈中以暗号说给马斯坦古，大总统儿子的真正身份。同时，在司令部地下的父亲大人回想起过去。父亲大人在克塞尔克尔斯生，因为他是得到23号奴隶的部分血液，而诞生的，所以他为了布确23号，就教给23号知识和改名叫冯·霍恩海姆！
邁爾斯計劃要殺害金布利，而愛德建議將他抓住，並利用他覺得更多情報，但邁爾斯就對愛德說「你（愛德）不要忘記布里古茲的法則」。邁爾斯就照計劃，當金布利單獨時用狙擊手叛殺害他。但金布利注意到他們的計劃，並佐止他們的計劃，愛德就和合成獸獸戰鬥。後來，愛德試圖抓住金布利，但不成功與......
阿爾突然失失知覺了，斯卡等人就將他的鎧甲分散帶到安全的地方。後來，張梅看到阿爾分散後再在組含的身體，她突然將斯卡哥哥的研究書分開，並將一些關連字連接，這就畫成了國家鍊成陣，而反面是亞美斯多利斯的國土鍊成陣。另一方面，霍恩海姆進入隧道挖與普萊德會見。而金普利利用藉口，使德拉古馬派出大軍進攻布里克斯。
马可等人躲在“亚斯培克”这伊修瓦尔人的贫民窟，恩維从桑巴诺口中得知这个消息后也随即前往。虽然马可与杰尔森等人试图反击，但马可仍被巨大化的恩維抓住。恩維一一说出马可过去犯下的罪行，并慢慢地加以折磨。不仅如此，恩維还透露马可过去的部下，已经全被做成贤者之石之事。马可在得知此事之后…。
阿尔一行在里欧尔与霍恩海姆重逢，阿尔也告诉霍恩海姆至今发生的事，以及爱德目前下落不明。此时，塔利乌斯出现在北都的银行，并领走爱德户头的钱。他在领完钱后就回到镇上的医院，没想到却被军方人士暗中跟踪…。另一方面，彼得为寻找古利德而潜入中央军司令部的地底，在那里遇见外表已变成麟的古利德。
返回西国而来到尤斯威尔这东部城镇的梅，受到当地居民的热情款待。这也让原本对自己要抛下亚美斯多利斯的人们，独自回国而犹豫的梅内心更感到挣扎…。另一方面，爱德与塔利乌斯为寻找阿尔而来到罗伊在中央的藏身之处，结果再次遇见暂时取回身体主导权的麟。麟向爱德传达父亲大人将在“终将到来之日”当天开启真理之门的事。
在“约定之日”的前夕，温莉回到了利塞布尔的老家，没想到却意外地与爱德重逢。另一方面，与迈尔斯一起暗中来到东部的阿尔，在藏匿处再度发生灵魂与肉体拉扯回的感觉。由于这种感觉发生的间隔越来越短，也让阿尔感到相当不安。在那时候，阿尔的行踪居然被库拉托尼发现了。虽然阿尔想要逃走，但此时灵魂又开始遭到肉体的拉扯，终于陷入昏迷。
爱德一行在卡纳马这个部落与霍恩海姆重逢，霍恩海姆也告诉爱德关于他身体的秘密，以及父亲大人打算在隔天发生的日蚀开启真理之门等事。其后，爱德也将比拿可要他转达母亲朵莉夏的遗言给霍恩海姆。听到这番话，霍恩海姆的反应是…。休息过后，爱德等人正打算启程前往中央，突然阿尔出现在面前。虽然爱德很高兴能与阿尔重逢，但古利德体内的麟却察觉到一股异样的气息。
爱德等人在重新复出的兰芳的帮助下，一下子就反转战局。但在此刻，在另一地点与普莱德对战的海因凯尔，却因不论怎么攻击都无法击倒普莱德而陷入苦战。不久周围的灯光也渐渐亮起，让原本被封住的普莱德的影子得以复活。另一方面，在圣诞节夫人的协助下，罗伊查出了杰利姆的真实身份。可是在他的背后，居然出现军方的密探。
普莱德以无情的手段取得库拉托尼的能力，爱德等人也对那种能力束手无策，一转眼就被逼到无路可退。此时，被带到其它地方醒来的阿尔，当知道哥哥等人是因自己而身陷险境时，向霍恩海姆提出一个计划。霍恩海姆为执行这项计划，独自前往挑战普莱德。当他对普莱德发动攻击的瞬间，绕到普莱德背后的阿尔也同时向前狂奔，试图压制普莱德。没想到在最后一刻，反过来被普莱德抓到…。
罗伊挟持布拉德雷夫人做为人质，对中央司令部燃起反叛的狼烟。原以为这场叛变会马上遭到镇压，没想到在罗伊一行人的巧妙攻击，以及出乎意料的查理小队等布里克斯军助阵下，形成扩及中央全域的激烈巷战。此时，罗伊等人与协助策划这场叛变的某个人物相遇。这个人也告诉罗伊，其实还有一名暗中提供支援的意外协助者。
军部上层终于解放出大量的人偶兵们，他们不怕死，更不屈不挠，也咬死了本来应该遵从军部上层的人。同时，一群人偶也朝着爱德他们袭来。另一方面，公然对军部上层引起叛乱的奥莉薇前方，出现为了杀掉她而来的斯洛乌斯，挡住了她的去路。而杰利姆和阿尔一起被关在圆顶物内，留在村落附近的海因凯尔，听到圆顶物里有连续的敲击声，才发现杰利姆是有意图的。但是为时已晚，金普利已经出现在他背后…。
因为海因凯尔的话，阿尔终于决定使用贤者之石。充分利用被关在石头里灵魂们的力量，以普莱德和金普利两人为对手，阿尔势均力敌且展开愤怒的战斗。另一方面，由于阿姆斯壮的参战，缓和了奥莉薇与斯洛乌斯的苦战。但是没多久，斯洛乌斯拿出了“认真”的力量，所谓那个被隐藏的力量…。
普雷达叛乱军占领了中央广播电台。他们借由广播，向国民捏造事实，说明引起政变的其实是中央军上层，而他们会采取行动去阻止。另一方面，爱德和斯卡们在中央司令部的地下和大量人偶兵战斗，罗伊和霍克爱也赶到现场。之后，梅也和恩維一起出现了。第一次见到恩維的罗伊寻问“杀了休斯的是谁？”，而恩維展现的回答是…。
恩維使用卑鄙的圈套，始终还是被罗伊和霍克爱识破。已经到极限的恩維，又再次变回小蜥蜴般的身体。怒火充斥的罗伊，打算给恩維最后一击。这时，霍克爱举枪制止了罗伊的行为。同时，担心罗伊而急忙赶到的爱德和斯卡，也告诉他“不能因赠恨和复仇而迷失自我”。看着眼前寻找多年的仇敌，最后罗伊找回了理智而没有杀它。
帕卡尼亚们和布里克斯军终于占领了中央司令部。当时，还生存的中央军士兵们共同和大量的人偶兵作战，阿姆斯壮和奥莉薇也在其中。但是，原本已经不能动的斯洛乌斯却又再度开始活动，使他们受了重伤。虽然士兵们已经帮阿姆斯壮和奥莉薇争取逃跑的机会，可是他们仍然选择不逃跑，在那样紧急的情况下，意想不到的人物现身解危了。
父亲大人和霍恩海姆正对峙著。霍恩海姆使用庞大的时间，已经与自己体内53万6329人的灵魂完成对话，并使用这些灵魂，打算从内部来破坏父亲大人的身体。另一方面，返回到中央司令部正门口的布拉德雷，被布里克斯军一齐射击，不过，布拉德雷仅一个人就完全击破了防守线。帕卡尼亚也受到重伤。尽管如此，法尔曼还是抱着必死的决心，害怕的架起枪对着大总统。而原本下落不明的古利德突然现身，帮忙拦阻了。
为了找到父亲大人而延着地下道前进的爱德和罗伊们，在中途的大厅遇到了金牙医生。那个医生介绍自己是“制作了金格‧布拉德雷的人”，他看到罗伊也在场，于是叫出了“说不定能变成布拉德雷”的男人们，向爱德他们袭来。另一方面，在中央司令部入口和布拉德雷作战的古利德和胡爷爷，就算两人联合也无法打倒布拉德雷，结果最后反倒是胡爷爷牺牲了。
由于胡爷爷和帕卡尼亚先前拼命的奋战，再加上布里克斯兵帮助古利德，终于从城墙上成功打掉布拉德雷。而麟听了帕卡尼亚的最后请求，借助古利德的力量，一个人开始向中央兵猛攻。同时，爱德、阿尔和伊兹米的脚下，出现了无数的影子手将他们拖入真理，最后一起出现在父亲大人的面前。
在金牙医生和罗伊激战的地方，梅和桑巴诺们的援助攻击一瞬间袭来。一下子就让情势使之反转，然时此时，杰利姆和浑身是血的布拉德雷却突然出现。布拉德雷取剑袭击罗伊，刺穿了他的手并且固定在地上，之后，杰利姆以金牙医生作为牺牲品，开始进行强制的人体炼成。
五个人柱在父亲大人的面前全部到齐。但是爱德和阿尔们不放弃，和梅一起，打算在国土炼成阵发动之前击败父亲大人和杰利姆。同时，在另一地，布拉德雷和斯卡的战斗也开始了。虽然布拉德雷背负重伤，不过，攻速仍然凌驾斯卡，终于在决定性的一剑即将逼近斯卡时；突然，斯卡左手练成的光芒出现，从地板冒出的刺石柱将布拉德雷弹飞。
父亲大人使用亚美斯多利斯全体国民的生命，获得了天上具有强大力量的门。他称呼那个是“神的力量”。当时，所有人以为一切都已经没有希望了；突然地，霍恩海姆在各地植下的贤者之石，使炼成阵开始发动了…。此外，斯卡和布拉德雷在另一地的战斗也即将迈入结束。
由于霍恩海姆的策略，使父亲大人失去了身体里全部的亚美斯多利斯国民的灵魂，不过，为了能使自己继续保有神的力量，而开始袭击周围的人类，打算得到灵魂。幸存的布里克斯兵、罗伊和阿姆斯壮们，为了耗尽父亲大人体内剩余的贤者之石，而奋力展开攻击。但是，父亲大人的反击破坏了阿尔的身体和爱德右手的机械铠。父亲大人不断的迫近爱德，打算取他的灵魂。这时，为了拯救哥哥，阿尔下定决心牺牲自己，结果是…。
赌上亚美斯多利斯命运的最终决战！
爱德、阿尔长久以来的旅途现在将迈向结束。