一名國家鍊金術師，在伊修巴爾內亂後和政府有不同政見，而叛逃的男子冰凍之鍊金術師艾薩克・馬爾哥度加魯。艾克薩潛入中央市，目的是要殺死布拉多萊大總統。大總統要焰之煉金術師馬斯丹抓住他，而機械鎧男孩鋼之鍊金術師愛德和他的鎧甲弟弟艾爾也加入任務。但艾薩克在中央市各地畫鍊成陣，他的目的？
