The Maihama server resets and the summer school term starts again; Ryoko returns to the server, but is hospitalized and comatose. Kyo discovers that Ryoko can only exist as herself within the Altair, which causes pain for them as well as those around them.
8月31日―――舞浜サーバーの全データーがリセットされ、総てが149日前に戻る当日。キョウはシマから数々の事実を告げられる。舞浜の仮想世界は破綻を起こす前に定期的にリセットされること、人類は無限ループする世界で生き続けていること、機械であるサーバーはいつか壊れること、そしてリョーコはリセットと同時に舞浜サーバーに組み込まれること…。異様な喪失感に打ちのめされたキョウには、ルーシェンたちの慰めの言葉も届かない。自宅に戻ったキョウは、自分あての小包を受け取る。中身は前バージョンのキョウが書いた日記で、それを読んだ瞬間、今までの謎のメッセージは前バージョンのキョウが自分にあてた警告だったことを理解する。そこへ、セレブラントとして半覚醒し、世界がリセットされることを理解したトミガイ&ハヤセが訪れ、最後の時をキョウと一緒に迎えたいと告げる。
31 августа — все данные сервера Михама сбрасываются, и всё возвращается на 149 дней назад. Кё получает от Симы множество откровений. В виртуальном мире Михама происходят регулярные сбросы перед тем, как он потерпит крах, человечество продолжает жить в бесконечном цикле, серверы, будучи машинами, когда-нибудь сломаются, а Рёко будет интегрирована в сервер Михама одновременно с сбросом... Поражённый странным чувством утраты, Кё не может воспринять слова утешения от Рушена и других. Вернувшись домой, Кё получает посылку, адресованную ему. Внутри находится дневник, написанный предыдущей версией Кё, и в тот момент, когда он его читает, он понимает, что все загадочные сообщения были предупреждением от предыдущей версии Кё. В это время к нему приходят Томигаи и Хаясе, полувосставшие как Селебранты, осознавшие, что мир будет сброшен, и сообщают, что хотят провести последние мгновения вместе с Кё.