Yuya, Sylvio und Gong sind in der XYZ-Dimension gelandet. Dort begegnen sie den Schergen der Duell-Akademie und im Verlauf des unvermeidlichen Duells fasst Yuya noch einmal die Ereignisse der letzten Staffel zusammen. Nach dem ebenso unvermeidlichen Sieg der drei Lancer begegnen sie einem alten Bekannten aus ZeXal-Tagen: Kite Tenjo. Doch der scheint nicht besonders freundlich gesinnt zu sein …
Yuya is transported to a strange world that's been decimated by Duel Academy.