Yuya, Gong und Sylvio treffen in der XYZ-Dimension auf Kite Tenjo. Der hat sich seit ZeXal-Tagen jedoch sehr verändert und ist voller Zorn. Es kommt zum Duell zwischen ihm und Sylvio und Gong, das Kite mühelos gewinnt. Als er dann auch noch Yuya droht, ihn in eine Karte zu verwandeln, kommt es zum Showdown.
Yuya and his friends cross paths with a mysterious duelist who is set on destroying every enemy in the galaxy.