麻醉醫師蕭政勳堅持先完成急診手術，延誤了VIP病患的麻醉工作，因此得罪醫院高層，時值示範刀前夕，將親自執刀的院長陳顯榮要求他千萬別再出問題。但示範刀的術前會議上，連日失眠的蕭政勳卻恍神了……
示範刀手術中病患併發罕見的惡性高熱，蕭政勳及時投藥也沒能救回，術後所有的矛頭都指向精神不濟的他身上，受精神問題折磨的他一度誤以為真是自己失誤，直到負責保險理賠的葉建德出現，指出了手術報告中的問題，有人故意把責任推到麻醉醫師身上……
蕭政勳與葉建德攜手調查，果然查出問題出在藥物上，醫院為了節省開支使用過期藥物，出事後才將錯推到他身上。得到證據後，蕭政勳沒有立刻替自己平反，因為事情一曝光，不只高層整個醫院都會出事，陷入掙扎的他心理壓力越來越大，不得不向心理醫師楊維瑜求救…
替蕭政勳諮商後，楊維瑜發現另有原因壓垮了他，問題出在過去。宋邵瑩是病患的家屬同時也是蕭政勳的國中同窗，兩人過去的事才是壓垮他的主因，找出壓力來源後，蕭政勳選擇了面對，同時醫院發現醜事曝光也將還他清白，問題看似都解決了，這時卻跑出了一張死亡報告，併發症不是單純的意外……
醫院在歷經風波後，院長陳顯榮選擇下台負責，但同時宋邵瑩意外發現死者父親的死亡報告，證明遺傳的併發症事前有人知曉刻意安排手術，接著相關人一一遇害，蕭政勳還被指控串謀詐領保險金，成為殺人疑兇，只剩楊維瑜還相信他的清白......
躲藏一段時日後，蕭政勳在楊維瑜的協助下逐漸拼湊出真相，兇手指向同一個人，但卻找不到他行兇的動機。所有證據指向保險員葉建德，他串謀病患家屬計畫了整起手術，但醫院卸責給蕭政勳卻在他意料之外，他的矛頭只有一個人，院長陳顯榮……
故事发生在《麻醉风暴》之后五年。康联医院的胸腔外科医师熊崽（李国毅饰）资历不深就有精湛的技术，但他经常不按SOP作业，也不在乎科内总额和绩效点数，让奉命施行撙节政策的外科部主任谢腾丰（蓝正龙饰）和急诊室主任王晨宇（许时豪饰）十分不满。熊崽的药学系学妹沈柔伊（孟耿如饰）在毕业后成为《醒世代》杂志社的记者，她企图透过报导尽社会责任，却屡遭杜总编（刘长灏饰）以读者不爱看为由驳回。
熊崽和萧政勋在废墟般的捷运站内为大量伤患急救，两人因替下半身被压住的伤患刘家伦（贺里欧饰）做现场截肢手术而结识。为了收治伤患，离捷运站最近的康联将轻伤病患移往外面，熊崽因此与病患发生龃龉。萧政勋在康联与杨惟愉久别重逢，两人关系今非昔比。萧政勋由于人手不足而被派往支援手术，他在过程中认为熊崽自作主张的心态大有问题。
刘家伦出现咳嗽和头痛症状，熊崽推断是上腔静脉症候群，想要照电脑断层扫描（CT）验证自己的想法，却被骨科主任（刘明勋饰）以成本控管为由拒绝，但萧政勋同意了这个想法，而CT的结果也让熊崽更肯定自己的诊断，不过因为熊崽不是创伤小组的成员，没有发言的立场。此时刘家伦突然出现呼吸窘迫且需要急救，印证熊崽的诊断正确。尽管手术结果顺利，但熊崽在过程中和萧政勋对血液的运用方式有分歧，且他在术前向家属做了保证，在萧政勋提点熊崽后，熊崽以为萧政勋在贬低自己，柔伊提醒他会省钱的医生不见得是为了赚钱，可能是想将资源留给更需要的人。在熊崽向萧政勋致歉后，两人冰释前嫌，不过萧政勋仍在评估熊崽的表现。
受伤的陈显荣被送往康联，他被验出吗啡反应，且不知为何呈现不该由车祸创伤造成的僵呆状态，身为他过去的下属，萧政勋倾尽所能救治他。柔伊捡到陈显荣遗落的公事包，在偷看里面的文件后认为车祸与AM2自救会有关，更认为这起车祸和的捷运爆炸是一连串恐怖攻击。虽然柔伊和摄影记者阿永（王镜冠饰）前去自救会采访时因为说错话被自救会成员阿和（梁正群饰）赶走，但也和自救会义工邱淳（施名帅饰）搭上线。
服刑期满的叶建德出狱后被柔伊拦截，从她口中得知陈显荣昏迷住院的消息，并自她那里取走陈显荣的公事包。无处可归的他投靠萧政勋，并无意间进入萧家的婴儿房，萧政勋制止他后，忆起自己与Basem一段提及杨惟愉曾有身孕的谈话。
虽然熊崽逐渐地融入了小组，但他向家属做术前保证的行为终于有了恶果，由他主刀的伤患在术后昏迷不醒，伤患家属便在医院外聚众丢鸡蛋抗议[60]。事后柔伊勉励他“只要尽力救人，被救活的人就不会忘记你”，而刘家伦出院时也对熊崽表达感谢。
柔伊告诉叶建德自己的推理，而叶建德用蛋糕向阿永换来他拍摄的影片，再假冒记者和柔伊一起造访AM2自救会。透过与邱淳的谈话和影片，叶建德判断策划典礼爆炸案的凶手就是邱淳，他还建议萧政勋将AM2加入陈显荣的药物反应检验项目，并让陈显荣转院，避免被万大器动手脚。
十数年前，邱达一是不良药物的检验员，他发现AM2有副作用后便和立委助理熊蔚成召开记者会，当时身为《华周刊》编辑的杜总编在制作专题报导后，杂志社和印刷厂皆发生火灾。杜总编向柔伊说明了这段过去以劝她收手，但柔伊坚持继续追查。陈显荣的验血报告印证叶健德的推论，但他在转院的过程中已被史佩萱安排的专车下手导致心律不整。叶建德的狱友HANK（陈以文饰）出狱后与叶建德重逢，协助叶建德追查万大器的底细。邱淳将柔伊和叶建德约至自己的藏身处以安排专访，希望万大器的恶行能被报导。他表示万大器试图将陈显荣灭口，更施压媒体让父亲邱达一的主张不受重视，进而使父亲死谏，而自己是为报复他才设下炸弹。
杜总编向柔伊透露自己被杂志社封杀的过去，并将自己珍藏的笔传承给柔伊，允许她继续追查顶盛。叶建德发现万大器和史佩萱在饭店秘密往来，柔伊接到通知后前来偷拍，而邱淳也埋伏在饭店停车场伺机杀害万大器。在万大器和史佩萱翻云覆雨后，两人和朱院长、吴次长一同前往饭店餐厅[83]。朱院长试图询问吴次长关于突击检查的事，但不领情的次长中途离席。
柔伊清醒后，熊崽与她谈话并找回自己行医的初衷。万大器派助理警告柔伊不得声张，但坚持追查的柔伊带伤暗自离院，带走邱淳藏身处的资料，熊崽为了保护她，便将她安置在自己的家。康联医院没有通过评鉴，被降级为地区医院并面对裁员减薪的困境，朱院长和万大器翻脸，万大器安插的董事便召开临时董事会改选董事长，达到目的的史佩萱随即辞职。叶建德找上身兼康联董事的仁新总裁尹德威（陶传正饰），希望他动用人脉让朱权纲续任康联的董事长。叶建德把计划告诉朱权纲，并认为改选董事会的关键人是社员代表外科部主任谢腾丰。
萧政勋在进行开颅手术后仍未好转，不久后便与世长辞。熊仔替萧政勋收拾遗物，看到Basem眼镜臂上的话：“园丁的工作是照顾生命，而不是控制”。
HANK入侵史佩萱的电子邮箱，找到异常的资金流动资料，将该资料与杨惟愉交给叶建德的资料交叉比对，发现万大器透过康联洗钱；虽然阿永的相机拍到万大器教唆助理殴打邱淳的影片，但相机记忆卡被为了钱而听从万大器指示的阿和抢走，叶建德出面取回记忆卡后，将之做为证据并寄给升任部长的吴伟胤；陈显荣的行车记录器则拍到万大器的助理在车内动手脚的过程。
万大器大难不死，经叶建德的劝告，他向大众吐实以弥补过错。在顶盛药厂得速宁上市发表会上，HANK入侵记者会的电脑，播放万大器指控吴部长的影片，而柔伊也拿出检验报告正本，指控欧莎莉掩盖真相让AM2上市，吴部长立即遭郭检带回地检署侦讯，但案件却因罪证不足而不起诉，让叶建德决定采取法律以外的手段处理。HANK窜改部长的行事历，让柔伊借着专访部长的机会在他的办公室内安放针孔摄影机。康联的大幅改革逼得许多医护人员辞职，也让比号等医师十分不满，康联决定罢工并举办血汗医护权益抗争演唱会引起大众注意，并在各大门户网站直播。在演唱会上，熊仔演唱了为萧政勋和伙伴们写的歌，歌曲与针孔摄影机所拍到的、吴部长透露检调内也有自己人的事一同播出，而清醒的陈显荣也透露事件真相，令吴部长再次遭检方调查。
