The movie reveals the events before Ge Nie and Tianming defeated 300 soldiers at Huangyang Chuan right at the start of season 1. The events will retell how Tianming and Ge Nie met. A new character and her relations to the Western Regions will be introduced as well.
秦国三百铁骑追杀身怀帝国巨大机密的剑客盖聂和天明未果。为将其抓捕，相国李斯请盖聂的师弟——流沙组织首领卫庄出山相助。与此同时，结束战斗的盖聂身受重伤，在亡命途中昏厥。天明为照顾受伤的盖聂意外点燃林中报警的烟火，引来了楚国项氏一族。就在项氏一族少主项少羽擒住天明的时候，众人遭到了一名力士的攻击。
聚散流沙四天王排名第四的韩国力士无双击退了护卫，和项少羽展开搏斗。可是项少羽始终不敌无双，被抓住。天明灵机一动，用装有火流星的烤山鸡解救了项少羽。就在无双再次发起攻击时，盖聂及时苏醒使用飞剑（并非百步飞剑）击杀了无双。项少羽、项梁、范增立即组织族人和盖聂、天明一同迁移，但还是被卫庄从留守士兵的口中打听到了盖聂一行人的逃亡路线。卫庄派出聚散流沙四天王排名第三的苍狼王继续追击。
苍狼王召唤狼群包围了盖聂一行人的马车，盖聂负重伤同天明、项少羽合作击退了苍狼王，却因失血过多再次倒下。此时，一位自称“墨家弟子高月”的女孩及时出现，带领大家去镜湖医庄请“医仙”端木蓉出手相助。尽管众人尽力劝说，但端木蓉却坚定的秉承“三不救”的原则拒绝治疗盖聂。危急时刻，渊虹出现改变了端木蓉的决定。盖聂和天明留在医庄，项氏一族则前往墨家机关城。
天明在医庄通过自己的劳动获得食物，并且在和高月的聊天中得知她也是一个孤儿。盖聂虽然脱离生命危险，但是伤还没有痊愈。平静的生活过了不久，秦国的爪牙就已经伸到了太湖，盖聂被迫带着天明等人逃离医庄。谁知白凤凰的鸟羽符遍布医庄各处，甚至出现在马车下面，这使马车遭到白凤凰控制的鸟类的袭击，为了能够成功逃走，众人只能弃车保命。
高月对天明坦白自己是燕国公主的身世。可是高月中了流沙四天王第二赤练的火媚术，产生幻觉，误以为是盖聂杀死自己的父亲燕太子丹，于是吸引赤练蛇的跟踪，并伺机对盖聂下西施毒，希望能为父报仇。赤练控制了高月，并用蛇阵攻击盖聂一行人，逼端木蓉杀死盖聂。当丧失战斗力的盖聂束手无策的时候，班大师出现，并放出机关兽，击散蛇阵。可是机关兽受公输家族影响，突然失控，高月掉下了悬崖。
高月被天明和盖聂救下，并从火媚术中苏醒，发觉当年杀害自己父亲的人居然是卫庄。而盖聂和端木蓉也道出了当年燕国刺秦失败背后的隐情。原来刺秦失败后，燕王喜为了逃避责任就让燕太子丹背负了全部的罪，为了保护家人，高月的父亲只好壮烈赴死。
众人虽然逃脱了赤练的攻击，可是在飞行的途中，却遭到流沙四天王之首白凤凰的袭击。他召唤带有毒的鸟群对盖聂一行人攻击。班大师因受毒鸟袭击无法操作机关朱雀，只得指示高月操纵机关朱雀躲开鸟群攻击。没想到开启加速的机关朱雀还是不能避开鸟群的追击。关键时刻，班老头利用机关朱雀，击退了鸟群。众人终于进入墨家机关城……
进入机关城，盖聂和天明结识了墨家神偷盗跖。就在天明惊叹机关城的神奇时，碰到了前来迎接他们的墨家铸剑师徐夫子，徐夫子告诉盖聂，渊虹是自己母亲所铸。
凭借惊人力量的项少羽在和墨家锻造部首领大铁锤的比试中获得胜利，却遭天明暗算。因为墨家做事秉承光明正大的原则，使大铁锤忍不住出手教训天明。尽管天明凭借自己的小聪明多次躲开了大铁锤的攻击，可终究还是被大铁锤逮住，就在天明无处可逃的时候，墨家头领雪女出现，说服大铁锤放了天明。而在一片融合的气氛中，盖聂却从暗处感觉到了来自墨家头领高渐离浓烈的杀气……
白凤将逆流沙成员隐蝠带到机关城后离开。与此同时，秦国宫殿中，护国法师月神算出了危害帝国存亡的孩子就在机关城，并预言这个孩子未来会杀死盖聂，而且机关城中的各大门派会产生内斗。此时，机关城中，大铁锤在带领士兵巡逻，却发现一处血腥十足的地方，抬头一看，居然满树都是死去猴子的尸体……
天明从噩梦中惊醒，他的身体情况令盖聂十分担忧，而乐观的天明却毫不畏缩。 大铁锤与他的两个弟子在机关城外巡逻，遇到了卫庄手下暗杀集团的隐蝠，隐蝠的袭击悄无声息，大铁锤几人不得不提高警惕，同时，卫庄派出另一位高手悄悄潜入机关城。 天明睡不着来到房外，遇到路过的少羽和高月，少羽提议让月儿为他们介绍下机关城。
大铁锤与隐蝠展开了激烈的交战，但很快大铁锤就被隐蝠制服，紧要关头，高渐离出现解救了大铁锤，雪女亦随之而至，令整个局势大变。 少羽、天明和高月来到墨家禁地前，少羽与天明不听月儿的劝阻，二人刚准备进入就被徐夫子挡在了门外。 机关城内，小高与盖聂擦肩而过，一时间剑拔弩张，班大师急忙出面阻止二人。
卫庄统领下的秦兵想要攻入机关城，却被城外密布的陷阱、机关阻碍。加入卫庄阵营的公输仇以机关蛇逼退了墨家的机关白虎，并与卫庄商议攻占墨家机关城的办法。 天明赴少羽之约出去找他，却在路上遇到了高渐离和雪女，两人的对话令他越发迷惑自己的身世。 天明、少羽、高月三人闯入墨家剑池，天明的咒印突然发作。
卫庄得到了机关城的设计图，公输仇断言可凭此进入机关城内，并找到瓦解机关城的弱点。高月想要压制天明身上的咒印，却差点被反噬昏迷了过去，端木和徐夫子及时赶来救助天明，徐夫子将他们赶出炼剑池，对少羽的疑问避而不答。徐夫子在巡视机关城重地中央水池时遭到暗算，小高断言是盖聂所为，两人发生冲突之际，端木蓉挺身而出。
盖聂被软禁，天明要进去却被阻拦在外，天明十分生气，大闹着指责端木蓉几人，最终被雪女点穴安静了下来。高渐离发现机关城内可能潜伏着危险的敌人，然而中央水池经过检验竟无丝毫异样，令众人颇感蹊跷，机关城内加强了防守。另一方面，秦始皇等待墨家灭亡，而卫庄已下令准备行动，一场杀机浓厚的阴霾正向机关城席卷而来。
机关城内迎来三百年来最大的一次浩劫，迅速扩散的毒性令整个机关城陷入危机中。少羽和高月前去寻找天明，却在途中遇到了潜入机关城的敌人，危急时刻，幸好端木蓉及时赶来帮助他们。另一方面，天明从自己房间逃出，盖聂告诉他，要靠自己的力量度过危险，于是天明在盖聂的指导下，沿着藤蔓爬过悬崖峭壁。
少羽几人救了天明后正打算离开，却路遇秦兵，四人迎战之际，苍狼王忽然现身，众人难以抵挡他的攻击，处境陷于危机之中，这时高渐离及时赶来，迅速击溃一众秦兵，并打败了苍狼王。不料，卫庄竟突然出现，与小高展开了一番激烈鏖战。端木蓉带天明几人离开，面对追击而来的隐蝠，她做出了孤注一掷的抉择。
班大师和高渐离几人进入墨核密室，卫庄及其手下一时间无法攻入中央大厅。公输仇送给了卫庄一份“神秘大礼”，并且凭借此物攻入了中央大厅，而卫庄竟以墨家弟子作人质要挟密室中人，局势陷入僵持状态。天明、少羽和高月在墨家禁地内齐心协力度过危险重重的“虎跳”，然而在前方等待他们的是更危险的机关。
墨家禁地内，天明、少羽和高月三人将通过机关“猿飞”，天明首个挑战，却在途中遇到危险，少羽仿佛心中有事，令天明和月儿险些丧命。面对万丈深崖的“猿飞”，少羽最终克服了自身恐高的心理，与天明、高月一起度过了危机。三人在禁地内看到了当年荆轲刺秦的壁画，心中不禁疑惑丛生。与此同时，公输仇再次使出机关兽，准备闯入禁地。
“龙喉”机关中，高月认出了三人面前的那个音盒是赫赫有名的幻音宝盒，这时在三人上方出现了黄道星图。密室中众人得知三人到达了“龙喉”都十分担心，然而高月仔细地观察密室，从中获得线索信息，她以过人的见识和冷静的头脑最终解开了幻音宝盒的奥秘，令三人脱离险境。接下来，出现在三人面前的是两条不同的道路。
天明、少羽和高月在禁地中面临侠道、王道之择，忽然出现的危急状况让三人不得不分头行动。踏入王道之室的少羽面剧情介绍对的是一副棋盘，却不是围棋，而是与围棋棋理相反的墨攻棋阵，整个棋局瞬息万变，令少羽措手不及。另一方面，班大师为众人介绍墨攻棋阵，少羽能否赢得这盘特殊的棋局牵动着众人的心弦。
在王道之室中赢了棋局的少羽得到了破阵霸王枪，满意的继续前进，另一边，踏上侠道之路的天明和高月面前出现了众多铜人，天明大步走上前，高月随后跟上提醒他小心，高月感觉情况不对，却没有注意到二人走过地板时已经触发了机关。侠道上巨大的青铜人居然动了起来，天明和高月被铜人阵困住，险象环生。
高月发现天明从铜人身上拿下的钥匙就是墨家历代相传的至尊武器非攻，二人继续前进，却不慎落入了一个神秘的地方，他们在这里遇到了同样被机关困住的公输仇，公输仇告诉了他们墨家禁地的真正意义，并为他们讲述了渊虹与残虹的渊源，以及荆轲刺秦王的过程，天明不相信公输仇之言，急于出去寻找盖聂，而公输仇利用这点准备继续他的计划。
听了公输仇的话，天明为了解救众人，决定下水打开玄武水阀，按照公输仇的嘱咐，天明屏息游向玄武水阀，而在牢室的高月发现了公输仇的身份，处境变得危险起来。玄武水阀被天明打开，机关城注入了纯净的水源，与此同时，班大师突然醒悟到卫庄的真正意图，为了阻止他的阴谋得逞，盗跖以神行术突破重围，离开了中央大厅。
天明被机关玄武缠住不得脱身，颈上的阴阳咒印起了反应，天明挣扎着陷入了昏迷。天明在梦境中看到了过去所经历的事情，他梦到月儿为他讲述燕国的故事，梦到他和聂大叔一起启程踏上荆棘之途，盖聂大战三百秦兵，以及之后与少羽等人的相遇。昏迷中的天明感到呼吸痛苦，过去的回忆让他发现了自己的渺小，这段漫长的旅途就像一场噩梦。
梦境中的天明仿佛身处在他所不知道的世界，周围一片战争的残骸，天明乘坐的马车一路向前，正当他疑惑之际，掉入到了一片冰天雪地中，他远远地看到了月神的影子，却突然被不知哪里冒出的蛇群困住，天明从梦中惊醒，逃出了玄武的束缚，并从公输仇处救走了月儿。而从密室中冲出的盗跖被白凤缠住，难以脱身。
高月操纵白虎带着天明和少羽离开，却在途中遇上了公输仇的机关蛇，月儿告诉二人，白虎原本是由两位成年人操作，于是在高月的指挥下，天明和少羽一起帮助操作白虎，三人配合逃脱公输仇的追击。另一方面，赤练和无双打算攻入墨核密室，高渐离施展易水寒阻止了蛇群的攻击，而正当班大师命令关闭密室大门之时，大铁锤被机关无双抓了出去。
在卫庄将要杀害端木蓉的紧要关头，盖聂忽然现身。鬼谷派每代只收两个弟子，一纵一横只能有一人胜出成为下一代掌门，一场命中注定的生死对决在二人之间拉开。危急关头，端木蓉挺身而出，却没有躲过白凤的攻击，端木蓉此举深深震撼了盖聂，也燃起了他更加炽烈的怒意。二人再度交战。此时，“天明”出现，盖聂让“天明”站在自己身后，“天明”却拿起剑刺伤了盖聂……
两千多年前中国正处于战国时代，秦王政使秦国成为战国七雄中的最强者，而挡在他吞并六国的征途上的最顽强的对手就是南方的楚国。公元前222年，秦国派出名将王翦和蒙武率领60万大军进攻楚国，而以楚国大将军项燕为首的项氏一族也率领了40万军队迎击，这场战斗决定了100万人的生死。项燕的孙子项少羽也投入到了这场战斗中，奋勇杀敌。
秦楚之战，项燕兵败阵亡后，其孙少羽率领的项氏军队与秦国名将蒙恬的黄金火骑兵交锋于战场上。少羽虽然年少，但是英勇善战，令蒙恬刮目相看，蒙恬提及项燕之死，激起了少羽的怒火，二人激烈交战，然而还是无法改变项氏军队被困的处境，这时墨家出手援助，高渐离、雪女、大铁锤、盗跖的到来，解救了项氏一族。
背景回到机关城中央大厅内，易容成天明的黑麒麟从背后偷袭盖聂，黑麒麟露出了真面目，盖聂要杀黑麒麟，被卫庄拦下，黑麒麟退下，盖聂和卫庄再次展开了激烈的决斗。盖聂回忆起年少时与卫庄同在鬼谷门下的往事，师父鬼谷子给二人安排了一场从玄虎口中救人的考验，这场考验也是对两人修业的考量。卫庄迅速完成了考验报告师父，而盖聂却迟迟未归…
盖聂使出绝招百步飞剑，正当墨家众人认为局势已定时，卫庄竟然也使出了一模一样的百步飞剑，盖聂对此惊讶不已，很快便猜测到师父鬼谷子定是已经遭卫庄毒手。卫庄终于胜过盖聂，渊虹剑被鲨齿斩断。看着断剑在空中飞舞，盖聂回想起少年时的两人，他曾说过不要被鬼谷纵横弟子注定要一决胜负的宿命所左右……
端木蓉的回忆里，师父向还是少女的她说起盖聂这个孤独的剑客，师父告诫她不要爱上一个以剑为生的男人，然而端木蓉的心早已隐隐偏向这个以剑为生的男人了。多年后，秦皇为了抓捕带着天明逃亡的盖聂，不惜放出了死牢深处的危险囚犯前往追捕。逃亡中的天明，自从遇见盖聂后就不停地被追杀，因此对盖聂很不信任，并处处与他作对。
盖聂带天明一路逃亡，秦始皇派出的杀手都被盖聂一一消灭，天明对盖聂很是崇拜，希望能变得跟他一样强，而盖聂则是认真地向天明讲解了侠之为侠的真正含义。机关城大厅内，盖聂身负重伤，不支倒地，天明赶来豪言不会放过卫庄，激动之余，阴阳咒印隐隐要发作。赤练趁机对天明使用火魅术挑拨离间，令他将矛头指向墨家众人。
秦始皇一边动用无数劳工营造万里长城，一边进行着更为精密的计划。这边由公输家族和阴阳师合作的 “蜃楼”也已经完工，各路力量汇聚桑海城，在海边逗留的天明和项少羽恰巧目睹了五百仙童仙女登上蜃楼的场景。此时机关朱雀为墨家送来张良传递的情报：见龙在田。盗跖和大铁锤根据情报出动，截获了帝国最高级别机密——黑龙卷轴。
身不由己的奴隶，只有梦是自由的，哪怕是噩梦。
我曾有机会改变这一切，但我决定把选择的权利给你。
她用言辞剜刺人心，削的玲珑剔透，却没有一滴血。
打开尘封的秘密之盒，在窥见真相前总会掉落一阵掷地有声的微尘。
夜行者在无尽梦魇中征伐，不问归途，不晓绝路。
每一场残局，都在等待着解开它的弈手。
梦境无法拼凑完整的故事，无论是噩梦还是美梦。
每一块柴都是独立的，但燃起的火却不分你我。
隔墙细密的低语，却是明日杀戮号角的序奏。
看似是对垒的棋局，却不止两个人在博弈。
设局的人，早就不知不觉地把自己当做了棋子，而且是利用价值最高的一枚。
用一个合乎情理的推测，去执行一个不合实情的决策，将会付出致命代价。
怒而克强是为勇武，怒而凌弱是为怯懦。
会当凌绝顶，千山万水，千军万马，一览不过弹指言语间。
龙潜于渊，于风暴中咆哮；三尺长剑，于黑夜中出鞘。
格局落于眼前，便看不到背后的锋芒。
真正的危险往往不在眼前，不在身后，而在于脚下的方寸之地。
士卒可以从容赴死，将帅必须死里求生。
胜败难知的战争中，除了对胜利的渴望，也需反败为胜的准备。
计行之始，注定步步皆是陷阱。
须根藏于大地而不见，却在交织中运转整片森林。