İki düşman aile, Furtunalılar ve Koçarililerin bitmek bilmeyen savaşı yıllardır sürüp gitmektedir. Geçmişte çok büyük bir sevda yaşayan Adil Koçari ile Esme Furtuna kan hakkı yüzünden karşı karşıya gelirler, Esme Adil’i vurur. Aralarındaki tüm düşmanlığa rağmen Adil KoçariEsme Furtuna’yı ele vermez ve “ben kendimi vurdum” der. Tam o sırada çok uzaklardan gelen Yunan bir Doktor Adil’in hayatını kurtarır. Yunanlı bir anne ve İstanbul Rum’u bir babanın kızı olan bu kız büyük bir sırrın peşine düşüp Trabzon’a gelmiştir. Eleni’nin gelişinden sonra ne Adil için ne de Esme için hayat aynı olmayacaktır.
Kaza yapan Adil ve Eleni, ölüm kalım mücadelesi verirken Gökhan ve adamlarının kurduğu pusunun tam ortasında kalır. Kurşunların arasında hayatta kalmaya çalışan ikilinin yardımına Esme yetişir. Adil, Eleni’ye saldıranların hesabını sormaya kararlıdır. Köyde “Yunan doktorla Koçari birlikte” dedikodusu büyürken, Oruç’un Sevcan’la nişan hazırlıkları da hız kazanır. Ancak köyde barınmasına izin verilmeyen Eleni, yorgun düşüp hastalanır. Sahilde Eleni’yle karşılaşan Oruç, ona yardım eder ve Esme’ye emanet eder. Esme, tüm köyün tepkisine rağmen Eleni’yle “kızı gibi” ilgilenir. Öte yandan, nişan töreni sırasında Adil’in “kan hakkıyla” kendisine bırakılan araziyi geri almak için gelmesi, Esme ve Adil’i burun buruna getirir. Bu sırada Şerif, cezaevindeyken Eleni’nin ölüm emrini verir. Eleni ise kendisini bekleyen tehlikenin henüz farkında değildir.
Eleni, uğradığı saldırı sonrası denize düşer. Onu kurtaran Oruç, Eleni’yi Esme’nin pansiyonuna getirir. Saldırganı göremeyen Eleni, kimseye güvenemez ve yalnızca Adil’i görmek ister. Adil, Esme ve Eleni pansiyonda yeniden bir araya gelirken; Eleni’ye saldıranın kim olduğunu bulmak için harekete geçerler. Bu sırada Adil, Fadime’nin kaybolduğunu öğrenir. Zarife bir takas önerir: “Araziyi geri ver, kardeşini al!” Ancak bu pazarlık, Furtunalılar’ın bir kez daha “Koçari adaleti”yle karşı karşıya kalmasına neden olacaktır. Şerif Furtuna’nın beklenmedik dönüşü ise tüm dengeleri altüst eder.
Şerif’in hapisten çıkışıyla birlikte tüm taşlar yerinden oynar. Furtunalar cephesinde gerilim yeniden tırmanırken, Adil geçmişin izlerini silmeye karar verir. Eleni’yi denize atanı açıklamayan Esme’ye rest çeker. Eğer susmaya devam ederse, pansiyonunu ve tüm Furtuna’yı yıkacaktır. Oruç’un amcasına olan güveni, Melina’nın “Amcan Eleni’yi sattı.” sözleriyle sarsılır; bu kez hesap sorma sırası Oruç’tadır. Behçet ise Eleni’yi yardım bahanesiyle kandırarak yaylada kurduğu tuzağa düşürür. Eleni’nin ölüm haberini alan Oruç, onu koruyamamış olmanın acısıyla yıkılır.
Adil, Esme’nin pansiyonunu yıkar, geçmişi yok eder. Esme ile olan davasını kapatır ama Furtunalılara karşı çok büyük bir dava başlatır. Esme’nin tüm engelleme çabalarına rağmen oyununu çeşitli hamlelerle sürdürür ve sonunda köylülerin Şerif’e ve Furtuna ailesine karşı güvenini yıkmayı başarır. Ancak aynı anda Şerif de ona karşı çok acımasız bir plan başlatmıştır; araziyi ve parayı geri almak için on binlerce hayvanlık keçi sürüsünü zehirlemek! Bu arada Melina’nin Oruç’a verdiği fotoğraf, Eleni’nin bebekken İstanbul’da satıldığını ortaya çıkarır. Eleni, annesini bulmak için Oruç’la birlikte İstanbul’a gitmeye karar verir. Eleni’nin Adil’i dinlemeyip onu geride bırakması, Adil’i derinden sarsar. Esme ise keçiler için Adil’le omuz omuza mücadele ederken, Eleni’nin annesini aradığını ve annesinin bir Furtunalı olduğunu öğrenince çok sarsılır.
Adil, Eleni ve Oruç, Eleni’yi satan Sultan Ebe’yi bulmak için Koçari Jet’le İstanbul’dan Karadeniz’e doğru yola çıkarlar. Daha uçak kalkmadan Adil’in Oruç’u jet motorunda parçalamaya kalktığı maceralı bir yolculuk geçirirler. Sultan Ebe’nin izinden gitmelerini engellemek için Şerif’in kurduğu pusu, Adil ve Gezep’i ölüm tehlikesiyle karşı karşıya getirir. Esme’nin Şerif ile bir otel odasında kaldığını zannetmesi Adil’i daha da sarsar. Şerif ise Adil’i durdurmak için onun arazilerinde çalışan köylülere ve Koçarilere saldırarak zarar verir; çok sayıda yaralı vardır. Eleni bir yandan annesinin izini sürerken, diğer yandan Oruç’un yakında evlenecek olmasıyla yüzleşir. Esme ise Şerif’in aksi yöndeki tüm çabalarına rağmen Eleni’nin kızı olduğuna emin olmak üzeredir, DNA testi yaptırmaya karar verir. Adil, Oruç’a gün doğana kadar süre verir: Eleni’nin annesini getirmezlerse, tüm Furtuna’yı yerle bir edecektir! Gerçeği öğrenen Oruç, Eleni’nin annesini Koçari’ye götürür.
Oruç’un Eleni’nin annesini Koçari’ye getirmesinin sonuçları büyük olur. Adil Furtunalara çok büyük bir ceza keser. Çay fabrikalarını yakar, tırlarını patlatır, adamlarını çay kesme makinesine atar. Tüm bu kaosun ortasında Esme, Oruç’a büyük bir rest çeker ve Eleni onun kızıysa Şerif’i boşayıp Furtunaların en büyük düşmanı olacağını ilan eder. Esme’nin gemileri yakmış tavrı, Adil’i delirtici bir şüphenin içine sokar. Adil sadece kendilerinden birine güvenecektir; aynı gün Gezep’in biyolog ikizi İlve’yi DNA testi için Koçari’ye getirtir. İlve, geçmişte Adil-Esme sevdasının hem tanığı hem mimarıdır, Adil için de Esme için de candır. Sevcan’ın nişan bohçası açılmak üzereyken Zarife fenalaşır ve felç geçirir. Felcin nedeni bulunamaz ve Zarife’nin durumu hızla kötüleşir. Eleni’nin annesini açıklamak için pazarlık yapan Oruç, Koçari’ye gidip Eleni’den yardım istemek zorunda kalır. Oruç, düğün tarihini erkene çekmeye karar verir ve bütün Furtuna’yı düğününe davet eder.
Esme ile Adil’in bebeklerinin olduğunu öğrenen Eleni, Esme’nin bütün bu yükü tek başına taşımasına çok üzülür ve Esme’ye Adil’le paylaşması için baskı yapar. Ama Esme kabul etmez. Adil harekete geçer. Esme’nin babasının Esme’yi atmaya çalışırken uçurumdan düştüğünü öğrenince, Esme’nin de hesabını sorar. Hicran’ı o uçurumun kenarına götürür ve Şerif’in Eleni’yi öldürmeye çalıştığını Şirin Furtuna’nın duymasını sağlar. Kan hakkı olarak da Şirin’den üç ağır bedel ister: Çay fabrikasının arazisi, Furtuna Konağı ve tüm Furtuna Ailesi’nin Çakır’la Akça’nın evleneceği Koçari düğününde hazır bulunması. Eleni, Esme’nin acısına bir türlü çare bulamayınca, uçağa binmek üzereyken Adil’e Esme’nin toprağa gömdüğü büyük sırrı açıklar: Toprakta yatan sır, Adil ve Esme’nin kızı Aleyna’dır. Adil bu gerçekle yıkılırken, Eleni ardında büyüyen bir fırtına bırakır. Eleni’den helallik almayı başaramayan Oruç ise Eleni’nin gidişini uzaktan, yapayalnız ve çaresizce izleyerek kahrolur.
Adil gerçekle yüzleşir. Esme ile ikisinin bir bebekleri olmuştur ve o şimdi mezardadır. Adil, yirmi yıl boyunca bu acıyı tek başına yaşayan Esme için kahrolur. Sevdalarını yaşayamayan iki âşık yaslarını birlikte yaşarlar. Hem yüzleşirler hem de ağlaşırlar. Eleni Yunanistan’dan Amerika’ya gitmek üzereyken beklenmedik bir misafir kapısı çalar: Oruç! Adil ve Esme, Furtunalılara en büyük cezayı keserler; sürgün! Yirmi gün içinde Karadeniz’den defolup gideceklerdir. Zarife’nin bu sürgüne karşı bulduğu çare ise Eleni’nin dönüşüne bağlıdır. Madem Koçariler İso’ya Fadime’yi vermemişlerdir, öyleyse Oruç Eleni’yi alıp düşmanlığı bitirecektir. Şerif ise Esme’yi tehdit eder. Koçarilerden bir can almak üzeredir. Şerif’in yaptıklarını öğrenince Adil’in gözü döner ve Furtunalıların konağını patlatır. Ancak, Esme’nin konakta olduğundan ve tam da o sırada Eleni’nin kızları olduğunu öğrendiğinden haberi yoktur.
Koçari ile Furtuna arasındaki çatışma, Adil’in konağı patlatmasıyla çok büyük bir krize dönüşür. Patlamanın ortasında kalan Esme ölümden dönerken uzun zamandır aradığı gerçeğe, yani Eleni’ye kavuşur. Esme bir yandan mutluluktan çıldırır, bir yandan Furtunalarla hesaplaşır. Şimdi net bir hedefi vardır, kızı ona anne, Adil’e baba diyecek midir? Oruç, ailesini korumak için gereken her şeyi yapmaya odaklanırken, Koçarilerin dur durak bilmeyen hamleleriyle baş etmekte zorlanır. Adil’in kendisini her yerde aradığını bilen Şerif ise Esme’yi kaçırır. Koçari cephesini alarma geçiren bu hamle, Adil’i zamanla yarışan bir kurtarma operasyonuna sürükler. Ancak Şerif’in son acımasız hamlesi ile işler iyice karışır ve Esme’yi hayatının en zor kararıyla karşı karşıya bırakır. Şerif’in bu hamlesi ne olacaktır? Esme nasıl bir karar alacaktır?
Şerif, kendisinden boşanacak olursa Ballı cinayetini mahkemede Adil’in üstüne yıkmakla Esme’yi tehdit eder. Esme bu tehdide boyun eğmemeye ve susmamaya kararlıdır. Oruç ise konağı patlattığı için Adil’i ihbar eder ve Adil tutuklanır. Boşanma davasına sadece iki gün kalmıştır ve Esme sevdiği adamı kurtarmak için Fadime ve Eleni ile birlikte zamana karşı bir mücadeleye girer. Eleni’nin bulduğu kritik çözüm herkes için çok büyük sürpriz olur. Bu arada Oruç, ipleri eline almış ve amcasına savaş açmıştır. Gözlerinin önünde düğün hazırlığının sürmesi, Eleni’yi deliye çevirir. Adil’le Esme’ye yapılanlar da canına tak etmiştir. İlk büyük cezasını kesmeye karar verir ve kına gecesinde Sevcan’ın ipliğini pazara çıkarır. Şerif’in yaptıkları Adil’i de çılgına çevirir ama Esme kararlıdır. Bu sefer Adil’le birlikte mücadele edeceklerdir. Ondan kızını almak isteyen Melina’ya da söylediği gibi bu cehennemi cennete çevirmeye yemin etmiştir. Esme bunu başarabilecek midir?
Esme’nin boşanma davasına bir gün kala, Adil Esme’nin yeniden o konağa dönmesinin kendisine vereceği acıyı Esme’ye anlatabilmek için Hicran ve Eleni’yi yemeğe çıkarır. Ama Esme’nin bu harekete hiç beklenmeyen cevabı, Adil’i kalbinin tam ortasından vuracaktır. Eleni’nin kalbi ise, Oruç’un Sevcan’la nikah masasına oturmaya karar vermesiyle paramparça olur. Ama nikâh masasına oturmadan önce Oruç’un yaptığı bir şey, ikisini de çok sarsar. Şimdi nikâh masası, Oruç için bir kader anıdır. Ya ailesini korumak için Eleni’nin katiliyle evlenecek, ya da Eleni’nin ailesine kavuşmasına izin vermek için kendi ailesini ateşe atacaktır. Esme, ailesinin kavuşacağı gün gelsin diye canını dişine takar. Şerif’i alt edebilmek için konağa döner. Şerif hem Adil’e hem Oruç’a karşı büyük bir zafer kazanır. Adil, Şerif’e bu zaferi canıyla ödetmeye kararlıdır. Ama o nikâh, hepsi için bir kader anı olacaktır.
Şerif’in vurulmasıyla Furtuna adeta mahşer yerine döner. Esme’yi hapse göndermeye niyeti olmayan Adil, suçu üstlenmeye çalışır. Esme ise Adil’in yeniden hapse girmemesi için teslim olmaya kararlıdır. Bu çıkmazda suçu kimin üstleneceği ise büyük bir merak uyandırır. Öte yandan zehirlenme şüphesiyle sağlık ocağına kaldırılan Sevcan için Eleni ve Oruç zamana karşı amansız bir mücadeleye girişir. Sevcan’ın kurtulup kurtulamayacağı ise büyük endişe yaratır. Adil ve Oruç, Şerif’in karanlık işlerini sona erdirmek için gizli bir anlaşma yapar. Bu plana göre İso, amcasına en yakın isim olarak kilit bir rol üstlenecektir. Ancak Şerif’in İso’ya güvenmek için istediği bedel son derece ağırdır. İso ve Fadime ise beklenmedik bir anda el ele ortaya çıkarak bombayı masaya bırakırlar. Bu birliktelik, iki düşman ailede nasıl bir fırtına koparacaktır?
İso ve Fadime’nin ani evliliği her iki ailede de büyük bir şok etkisi yaratır. Adil bu evliliği kabul etmez; Fadime’yi zorla Koçari Konağı’na götürürken İso’yu da alıkoyar. Taş Köprü’de Koçariler ve Furtunalar karşı karşıya gelir; çıkan büyük çatışmada Oruç vurulur. Adil, Fadime’nin Esme gibi kendisini korumak için evlendiğini düşünerek bir an önce boşanması için harekete geçer. İso ve Fadime ise Adil’i evliliklerinin gerçek bir aşka dayandığına inandırmaya çalışır. Diğer yandan Oruç’un ağır yaralandığını öğrenen Eleni sarsılır. Eleni, onu kurtarabilmek için annesi Melina’dan yardım ister. Kızını kurtarmak için savcıyla iş birliği yapan Melina için ise beklediği fırsat ayağına gelmiştir. Adil, herkesi şaşırtan bir hamle yaparak Fadime’yle olan evliliği kabul ettiğini açıklar ve Furtunalıları istemeye çağırır. Ancak Koçari Konağı’na Esme’nin Şerif’in kolunda girmesi, Adil’i can evinden vurur. Fakat Adil'in de Furtunalara büyük bir sürprizi vardır.
Adil Koçari’nin Şerif Furtuna’nın önünde Esme’nin elinden tutması, Şerif’i deliye çevirir. Esme’yi hapseder, kızı ile görüşmesini de yasaklar. Şimdi Esme konakta, Eleni ise Emniyet’te bir sorgu odasında hapistir. Üçü, tüm zorluklara rağmen birlikte olmanın yolunu bulmaya çalışırlar. Oruç, Eleni’yi ailesinden ayırmanın acısının üstüne, kızın mesleğinden olmasının yükünü de sırtlanır. Amcasının yengesini hapsettiğini öğrenmek ise hayatını tehlikeye atmasına yol açacaktır. Fadime ile İso, Furtuna Konağı’na bir can daha vermemeye yemin eden Adil ile Fadime’yi konağa gelin almaya ant içen Zarife’nin arasında kalır. Eyüphan’ın Fadime’yi kaçırması, beklenmedik bir sürprize sebep olur. Kız alma sırasında abisiyle yaşadıkları anlar, Fadime’yi de Adil’i de iyice sarsar. Kırılgan bir barış ortamında gerçekleşen düğünde herkes her an patlamaya hazır bir bomba gibidir. Ancak bombanın pimini çeken isim Eleni olacaktır.
Düğün sonrası İso ve Fadime olanlardan habersiz yayla evindeki zoraki balaylarında birbirlerini daha yakından tanımaya başlarlar. İso, Fadime’nin örüğündeki boncukların anlamını öğrenir ve kahrolur. Kız kardeşini tam evlendirmişken barışı bozacak bir sır olduğunu öğrenen, üstelik bu sırrı Esme’nin de bildiğini anlayan Adil’in kalbinde kırılacak yer kalmamıştır. Adil, gemileri yakar, silahın bulunmasını beklemekten vazgeçer ve Esme’ye resti çeker. Ancak Şerif’in Adil’i ihbar etmesi Adil’i zora sokar. Tam o sırada Hicran’ın kendini tehlikeye atarak yaptığı bir hamle, sır sakladığı için Esme’ye çok kırılan Eleni’yi Hicran’la yakınlaştırmaya başlar. Adil’in Şerif’i tamamen ortadan kaldırmak için yaptığı planın ilk aşaması, Eleni’ye olan aşkı ile ailesi arasında kalan Oruç için yolun sonunu getirir. Eleni bu cezaya kahrolur. Oruç’a çok büyük bir bedel ödeten Adil’in hedefinde şimdi Esme vardır. Ya yan yana yakacaklardır, ya ayrı ayrı yanacaklardır.
Esme, ayrılığın acısını Fırtına Konağı’ndan çıkarır ve silahı bulmaya odaklanır. Sevdaluk denizin dibine batsın; Esme bir an önce silahı bulup Şerif’ten boşanmayı, Şerif’ten de Hicran’dan da kurtulmayı ister. Adil ise aynı acıyı, keçilerini aç bırakan çobanlarından çıkarır ve Şerif’i yok etmeye odaklanır. Oruç’u ve İso’yu bu yolda, canlarıyla sınandıkları bir imtihana sokar. Fadime, İso’nun hayatı için abisine yalvarırken ilk kez duygularıyla yüzleşir. Birlikte eğlendiklerini fark etmeleri, ikisinin de duvarlarında çatlaklar oluşturmaya başlar. Oruç, mesleğini kaybetmenin ve yeni hayatıyla yüzleşmenin eşiğindeyken, Eleni’nin tüm varlığıyla onun yanında durmasıyla sarsılır. Bir yandan da Adil’le birlikte amcasını yönetimden indirmek için bir hamle yapar. Ancak Şerif’in Eleni’ye yaptığı teklif, ikisini de büyük bir şaşkınlığa sürükler. Esme ise hem Eleni’nin hem de Fadime’nin doldurmasıyla Adil’in randevusunu basar; ancak gördüğü manzara onu can evinden vurur.
Adil ve Esme ile kurduğu hayal dünyası sarsılan Eleni, gerçeklerle yüzleşmeye karar verir ve hayatında önemli bir değişimin eşiğine gelir. Bu adım, hem Esme’nin hem de Adil’in kendilerini sorgulamalarına neden olur. Diğer yandan Esme Oruç’a hesap sorar. Fadime ve İso, silaha yaklaştıkça, Şerif hapse girdiğinde boşanacakları gerçeğiyle de yüzleşirler. Şirin Furtuna’nın düzenlediği aile kahvaltısında, düşman çocukları olmanın ne demek olduğunu anlarlar. Oruç, bir yandan Eleni’ye karşı artık direnemediği duygularıyla savaşırken, diğer yandan da başkan olarak ailedeki ve fabrikadaki krizlerle yüzleşir. Zarife’nin Eleni ile evlilik konusundaki baskısı da dayanılmaz hale gelir. Hem Esme’yi hem başkanlığı kaybeden Şerif ise kontrolden çıkar. Adil’in silahını cesedin yanına gömdürüp polise ihbar eder. Şimdi herkes için oyunun sonu gelmiştir.
Adil endişeden ve panikten delirirken, Esme yirmi yıl sonra Şerif’ten kurtulmanın o eşsiz özgürlük hissini tatmakta, bir yandan da büyük savaşı için güç toplamakta ve plan yapmaktadır. Adil Esme’nin “Ramazan’da sofrasına oturacak bir Müslüman tanımadığı” için gittiğini öğrenince kahrolur ve yaylaya gidip sevdiğinin kapısına kamp kurar. Zarife ise bu ikiliyi evlendirme çabasını kararlılıkla sürdürür ama büyük bir sürprizle karşılaşır. Şerif’in hapse girmesiyle İso ve Fadime boşanmaya karar verirler. Ama bu kararla birlikte birbirlerinden kopmanın ne kadar zor olduğunu fark etmeye başlarlar. Eyüphan, tehlikeli bir plan yaparak İso’nun pikabının frenlerini bozar. Ancak o pikaba İso değil, ilk iftarlarını Esme ile yapmak isteyen Eleni ve Fadime biner. Frenleri tutmayan pikapla kaza yaparlar. Bu feci kazadan kimin sağ çıkacağı, artık sadece bir mucizeye bağlıdır.
Eleni ve Fadime, karların içinde donmak üzereyken bulunurlar ve kendileri için büyük bir yaşam mücadelesi başlar. Bu mücadele, Adil’in Oruç’la ve İso’yla ilişkisinin derinleşmesine yol açar. Esme ve Adil de bu süreçte anlaşmazlıklarını bir kenara bırakırlar. Birbirlerine sarılarak Eleni ve Fadime’yi kurtarmaya çalışırlar. Eleni’nin hayatla ölüm arasında gidip gelmesi, Oruç’a onsuz ne kadar yalnız olduğunu fark ettirir. Oruç ve Adil Eleni hakkında çok içten bir konuşma yaparlar. İso ve Fadime ise birbirlerine ne kadar değer verdiklerinin farkına varırlar ve çekinerek de olsa ilk defa hisleri ifade etmeye başlarlar. Pikabın freninin kesildiğini anlayan Şerif ve Zarife, bunu Fadime’yi Furtuna Konağı’na getirmek ve Esme’yi konakta tutmak için kullanırlar. Ancak Adil’in onlara büyük bir sürprizi vardır. Şerif Esme’nin peşine düşer. Esme ise Furtuna’nın sonunu getirecek depremi başlatır, her şeyi Gezep’e anlatır. Ama anlattığı tek kişi Gezep değildir.