Professor Itsuki divides the students into two groups for the creation of different fermentation products. Oikawa discovers a secret entrance which is later no longer there. She begins to suspect that the others are hiding something from her.
農大1年生、沢木惣右衛門直保は菌が見える特殊な能力をもっている。
収穫の季節を迎え、沢木は同級生の及川葉月、先輩の美里薫、川浜拓馬、ミス農大の武藤葵、そして院生の長谷川遥とともに樹ゼミの発酵蔵を運営することになった。
同じく1年の結城蛍は大学を休学し日吉酒店を手伝い始めるが、沢木たちと共に発酵蔵で念願の酒造りに参加することに。
樹教授の指導の下、初めての味噌作り、酒造りに没頭する樹ゼミメンバー。
そんな中、及川が発酵蔵に不思議な穴があることに気づく。
Первокурсник сельскохозяйственного университета, Савуки Соэмон Наохо, обладает уникальной способностью видеть микробы. С наступлением сезона сбора урожая, Савуки вместе с однокурсницей Оикавой Хадзуки, старшекурсницей Мисато Каору, Такумой Кавахамой, мисс университета Мутой Аой и аспиранткой Хасэгава Хару начинают управлять ферментационным складом под руководством профессора Дзю. Тем временем, первокурсник Юуки Хотару решает приостановить учебу и начинает помогать в магазине Хийосидзё, но вскоре присоединяется к команде Савуки для участия в долгожданном производстве саке. Члены семинара Дзю погружаются в процесс создания мисо и саке. В это время Оикава замечает странное отверстие в ферментационном складе.
