Ｄ２との停戦を告げた『ザーガン宣言』から４年。未だ世間では『音楽』はタブー視されており、旋律は途絶えたままであった。荒廃したアメリカで、音楽を知らずに育った少年は、ある日ピアノの旋律を耳にする。奏でるのは、黒髪の青年――『タクト』。そして、彼の音色に引き寄せられるように、異形の怪物Ｄ２と、剣を手にした少女『運命』が現れる。
ムジカート『運命』へとその身を変えたコゼット。運命は自分を『Ｄ２を倒す為の存在』と語る。運命から指揮棒を託されたタクトは、『コンダクター』として初めてその力を振るう。そんなタクト達の前に現れる二人の人物――『レニー』と『巨人』。彼らは対Ｄ２戦略拠点『ニューヨーク・シンフォニカ』に所属する正式なコンダクターとムジカートであった。
タクトと運命は、レニーと巨人から『正しい戦い方』についてレクチャーを受けながら、ニューヨークを目指して旅をしていた。だが、相変わらず息の合わないタクトと運命。そんな時、偶然レニーの古い知り合いである『ジョナサン』と再会する。ジョナサンは、タクト達を自分達が住む『ラスベガス』へと案内する。
レニー、巨人と別れたタクト一向は、太陽照り付ける荒野を進んでいた。その中、Ｄ２との戦闘の余波で大陸横断鉄道を急停車させてしまう。鉄道から出てきたのは、白き甲冑のムジカートと、妖艶な笑みのムジカート。二人のムジカートを連れた男『シントラー』は、自らをニューヨーク・シンフォニカのトップコンダクターである『首席指揮官』だと名乗る。
とある街へと立ち寄ったタクト達。そこは若者たちがいなくなり、年老いた人々だけが住む町であった。アンナと運命は、ひょんなことから彼らに助けを求められる。一方、一人街をぶらつくタクトは、古びたバーから隠れ響く音色を耳にする。それは間違いなく『音楽』であった。
旅の途中で破壊された町を目にするアンナと運命。次々と目覚め始めたＤ２によって襲われる町や人々。再び世界は４年前の『ザーガン宣言』以前の状態へと戻りつつあった。増大しつつあるＤ２の脅威の中、タクトは一人何かに没頭していた。白紙の五線譜を前に、必死に何かを生み出そうと虚空の鍵盤を叩くタクト。
目覚め始めたＤ２。襲われたタクトの故郷と、コゼットの死。全てはシントラーが画策したことであった。疲弊した世界の為に下等な者を切り捨てようとするシントラー。コゼットの死の真相を知ったタクトは、怒りのままにシントラーに向かう。だが、『地獄』によって傷を負うタクト。血を流すタクトの姿を見た運命、その心にこれまで感じたことのなかった感情が湧き上がり――。
運命とは、なんと残酷なものか。だが、神々がどれほどの不幸をもたらそうと、私は運命に立ち向かう。その為に戦って、戦って、戦い続け――その果てに私は『答え』を得た。歓喜は、苦悩の先にこそあったのだ。さあ、開演の時は来た。今こそ運命の喉首を締めあげてやろう。《ある男の手記より》
