Nel regno Yamatai un nuovo mostro viene preparato per affrontare Jeeg ma anche una nuova arma viene installata sulla nave: il Super Assorbitore Magnetico, in grado di assorbire energia magnetica da Jeeg per ritorcerla contro il robot stesso. La missione viene affidata a Flora, comandante supremo dell'esercito imperiale. Anche alla base ci si attrezza con un nuovo propulsore per la navetta, il Motore agli Ioni, che permetterà alla navicella di spostarsi orizzontalmente. Flora, grazie ad appostamenti, scopre la base di realizzazione dei componenti di Jeeg e subito il mostro Aniba attacca le fabbriche. Jeeg interviene con i componenti subacquei per intercettare i mostro ma trova la nave di Flora. Lo scontro ritorna in superficie: Miwa in difficoltà contro la nave aliena mentre Hiroshi deve tenere a bada il mostro che sta distruggendo le fabbriche. Vengono lanciati gli Astrocomponenti ma viene subito catturato dai draghi sputafuoco: Jeeg non può nemmeno difendersi, altrimenti il mostro distruggerà il reattore nucleare causando milioni di morti. Il super assorbitore magnetico compie il suo lavoro e Jeeg, prosciugato dalle sue energie, viene malmenato a morte. Miwa è piombata sul fondo del lago e il prof Shiba decide di partire con la navetta della base per intervenire e aiutare Jeeg. Miwa riprende conoscenza e la capsula riesce a mettere in difficoltà la nave nemica che si trova costretta alla ritirata, nonostante la vittoria fosse così vicina. Interviene anche il Mechadon per salvare Jeeg ma è l'intervento di Miwa che è decisivo: riguadagnata l'energia e nuovi componenti lo scontro viene terminato prima che il nemico possa distruggere il reattore nucleare.
激しさを増す戦いに、司馬博士は新たな対策を練っていた。ところが宙は、ジーグの戦力がアップされたことで油断してしまう。そこを突くかのように、フローラが特殊鋼工場にロボット獣・ゴキラを差し向けてきた。原子炉が破壊されたら大変なことになってしまう。ジーグは苦戦し、司馬博士は避難カプセルを作動させる。
