Eine Juwelendiebin plant, den "Chaos Emerald" zu stehlen, ein Stein mit der Gabe, alles um sich herum ins Chaos zu stürzen. Sie geht dabei sehr geschickt vor: Zunächst gibt sie nämlich vor, der Regierung zu helfen, indem sie die Festung von Eggman ausspioniert - in Wahrheit will sie auf diese Weise jedoch nur an den "Chaos Emerald" gelangen ...
Due to Chaos Control that happened in episode 1, Rouge the Bat is warped into this world as well, where she continues to be a jewel thief. Soon after, in order to defeat Dr. Robotnik, the office of the President sets up a plan to get Sonic and his friends on their side. Then, they attempt to capture Sonic by making up a hoax about a Chaos Emerald making an appearance. Rouge ends up falling into that trap. The government tells Rouge to become the President's agent, and to infiltrate Dr. Robotnik's base. Rouge, however, finds a (cyan) Chaos Emerald inside the base and fights against a Badnik while trying to rob it.
Il presidente cerca di catturare Sonic usando un finto Smeraldo del Caos, ma è Rouge a cadere nella trappola e a finire alla base del dottor Eggman assieme a Topaz.
Rouge roba una valiosa joya y el gobierno decide tomar medidas debido a los robos que ha cometido. Mientras tanto, el Sr. Steeward le dice a Chris que encontraron una esmeralda del caos en una vieja fábrica, engañándolo para atrapar a Sonic, Rouge lo escucha y se le adelanta a Sonic.
Rouge begår indbrud i en smykkeforretning, hvor hun stjæler mange ting, selv om det faktisk kun er kaos-smaragden hun kom efter. Præsidenten vil gå til angreb på Dr. Eggman og ønsker hjælp af Sonic. De må dog først prøve at fange ham i en fælde. De fanger ikke ham men Rouge, der slipper for at komme i fængsel, hvis hun vil være hemmelig agent og hjælpe med at fange Dr. Eggman.