Eggman erschleicht das Vertrauen der Metarex, um heraus zu bekommen, was sie vorhaben. Und in der Tat: Als nächstes wollen sie das Universum aufräumen und alles tierische Leben vernichten. Sonic X und seine Freunde überlegen, wie sie die Metarex davon abhalten können, das Universum aufzuforsten.
Blue Typhoon heads to the coordinates (0,0,0), leaving planet Green Gate behind. There, they find planet Aquarius which requires Chaos Emeralds and a giant Planet Egg. They finally break into the final showdown with the Metarex armada.
Cuando Bokkun les muestra a todos el mensaje de Eggman (diciendo que los Metarex están comenzando a reunirse en las coordenadas galácticas (0-0-0) debido a una profecía de mil años), la pandilla comienza a despegar para vencer a los Metarex de una vez por todas.
