Eggman entdeckt eine Metarex-Festung im All, auf der sich die beiden letzten Emeralds befinden. Noch bevor er sie entwenden kann, taucht der Blaue Taifun auf. Sonic ist erstaunt, dass Dr. Eggman eine Zusammenarbeit vorschlägt. Doch der Friede ist nur kurz. Heuschrecken-Metarex in unglaublicher Zahl bedrohen Sonic, Amy und Cosmo. Da zeigt sich der Anführer der Metarex: Dark Oak will seinen Kampf gegen Sonic fortsetzen.
Dr. Eggman discovers that the last two Chaos Emeralds (Cyan and Yellow) are located inside a huge Metarex fortress. The Crimson Egg and the Blue Typhoon arrive on location at the same moment. Eggman suggests Sonic to put their efforts together in order to enter inside the fortress. His plan: a little group will enter first and disconnect the fortress' security system, so the other ones could penetrate. Eggman sends Shadow and Rouge while Chris volunteers to accompany them. They enter with the help of Chaos Control. Rouge tries to get away from Shadow and Chris to get the Chaos Emeralds for herself. She reminds Shadow of the ARK and Maria, which causes Shadow to drop his guard as he has a sort of 'meltdown'. Rouge tries to escape, but is ambused by a Metarex. Shadow saves her and tells her not to run off. Chris finds the control room and they succeed in their job. Sonic & Knuckles penetrate in the fortress aboard the X-Tornado, Amy & Cosmo follow them and Eggman, Bocoe & Decoe are right behind. However, Eggman secretly installed a special device on each ship and he can take control of Sonic and Amy's ships. Eggman almost succeeds, but Sonic finds the emeralds first. The only thing: he is welcomed by an entire army of Metarex, led by Dark Oak, the Metarex leader, and the battle is about to begin.
Eggman découvre que les deux dernières Emeraudes du Chaos (cyan et jaune) se trouvent à l'intérieur d'une énorme forteresse Metarex. L'Œuf cramoisi et le Typhon bleu arrivent en même temps sur les lieux. Eggman suggère à Sonic de faire un effort pour entrer dans la forteresse.
El Dr. Eggman descubre que las dos últimas Chaos Emeralds (cian y amarilla) se encuentran dentro de una enorme fortaleza de Metarex. El Crimson Egg y el Blue Typhoon llegan al lugar en el mismo momento. Eggman le sugiere a Sonic que se esfuerce para entrar a la fortaleza.
Доктор Эггман обнаруживает, что последние два Изумруда Хаоса — голубой и жёлтый — находятся внутри огромной крепости Метарексов. Кримсон Эгг и Блу Тайфун прибывают на место одновременно, и Эггман предлагает Сонику объединить усилия, чтобы проникнуть внутрь. Его план: небольшая группа сначала пробьётся в крепость и отключит систему безопасности, чтобы остальные смогли войти. Эггман отправляет Шэдоу и Руж, а Крис добровольно сопровождает их; с помощью Chaos Control они проникают внутрь. Руж пытается вырваться, чтобы заполучить изумруды себе, и напоминает Шэдоу об ARK и Марии, изза чего тот теряет концентрацию; когда Руж попадает в засаду Метарекса, Шэдоу спасает её и приказывает не убегать. Крис находит комнату управления, им удаётся выполнить задачу. Соник и Наклз проникают в крепость на Икс-Торнадо; за ними следуют Эми и Космо, а Эггман с Боко и Деко идут по пятам. Однако Эггман тайно установил на каждом корабле специальное устройство…
残るふたつのカオスエメラルドがメタレックスの要塞の中にあることを知ったソニックたちとエッグマンが、互いに手を組んで要塞への侵入を試みる。そして、カオスエメラルドとプラネットエッグを発見するが…。
