ウィリアムズ・アリシアは７歳のある朝、突然気づく。「この世界、私が前世でプレイした乙女ゲームだわ！」そして自分が前世で憧れていた悪役令嬢だと知った彼女は決意する。 「私、歴史に残る悪女になってみせるわ！」
「歴史に残る悪女」になるため、たゆまぬ努力を続けるアリシア。知識だけでなく実地での経験も大事だと、魔法で隔離されたロアナ村へと赴く。そこでアリシアは、人生を大きく左右する出会いをする……！
乙女ゲームの中では悪役令嬢に冷たかったはずのデュークが、なぜか「歴史に残る悪女」を目指す自分に興味を示すことに戸惑うアリシア。しかし、恋にかまけてる暇はないアリシアは魔法学園へ密かに潜入する。
その能力の高さを見込まれたアリシアは、聖女リズの監視役を引き受けることになる。『聖女のライバル』という最高の悪役令嬢の立場を得たアリシアは、リズの通う魔法学園に特別入学を果たすが、そこは敵地であった。
魔法学園で鮮烈な悪役令嬢デビューを果たしたアリシア。学園で順調に嫌われていく中、国王からお茶会の招待状が届く。主要キャラクターが揃った席を前にアリシアはひらめく。「これって『悪役令嬢試験』に違いないわ！」
何者かの罠にはまり、危機に陥るアリシア。自力で脱出をはかろうとするが、思わぬ人物の登場がさらなるピンチを招く。ジルの悲痛な叫びが響く中、アリシアの前に現れたのは……!?
リズの監視役を続ける条件として、魔法のレベルを90まであげると父と約束したアリシア。現実的ではないそれを達成するため、アリシアは小屋に籠もり、修行をはじめる。そんな彼女をジル達は待ち続ける。
修行を終えたアリシアは１５歳となり、美しく成長していた。魔法の腕をあげたアリシアはロアナ村へ向かい、驚くべきことをなしとげる。やがてそれはデュークの心を波立たせ、まわりまわってアリシアへ……。
デュークから強い想いをぶつけられ、とっさにそれをはねのけてしまったことに戸惑うアリシア。改めて自分にとってデュークはどんな存在かを考え始める。そしてアリシアは、『悪女』らしい自分を目指して行動に出る。
ロアナ村でウィルが語りはじめたのは、自分の過去――若き日の悔恨と陰謀にまつわる物語であった。話を聞き終えたアリシアが学園へ戻ると、またも不穏な動きをする生徒の姿があり、新たな策略に巻き込まれ……？
隣国ラヴァールに興味を抱くアリシア。「歴史に残る悪女」になるためにも、ゲームシナリオの外へ出ることを考えるが、そのためのハードルは高く難しい。一方リズは、アリシアとデュークの関係に不安を覚えていて……。
メルの地道な調査により、ついには聖女の秘密が明らかになる。それは学園の歪な状況に大きく関係していた。監視役として聖女を正しい道へといざなうため、悪役令嬢・アリシアは正ヒロイン・リズとついに対決する。
アリシアに『おまえは誰だ？』と冷たく言うデューク。何者かがデュークにアリシアとの記憶を消し去る魔法をかけたらしい。その犯人がアリシアであると疑いがかかり、彼女は王宮へと呼び出される。果たして、アリシアの運命は――？
