幼い頃、謎の男にさらわれた母を探す風助は、友だちのペンギン・ヒロユキと旅をする途中、パン屋の娘・美香と仲良くなる。そんな中、美香が、ニセ忍空の辰巳にさらわれる。彼女を助けに向かった風助は、そこで橙次の妹・里穂子に出会うのだった。
軍政府の食料搾取に苦しむこの村では、軍が村人の忍空狩りを奨励していた。村を訪れた風助は、農家の三兄弟につかまった元仲間の藍朓を助け出すが、駐屯所所長のリーは、三兄弟を人質に、忍空たちをおびき出そうとする。
元忍空組で里穂子の兄・橙次が帝国軍に寝返った？！驚く風助たちだが、実は橙次は軍に紛れ込み、忍空狩りを指揮する幹部を探り出そうとしていたのだ。やっとのことでアジラダ大佐の名を聞き出す橙次。だが、それを知った大隊長は、忍空たちを抹殺しようとする。
カゼをひいた風助は、戦争で親を亡くした子供たちが暮らす「心の家」に泊めてもらうがそこに忍空を狙う帝国軍・バサラ大佐の精鋭部隊が襲いかかる。マザーや子供たちに迷惑がかからぬよう、風助は必死になって敵の攻撃に耐えるが……。
自分をかばい敵の銃弾に倒れたマザーに、ショックを受ける風助。干支忍が本気で戦う決意をしたときにだけその体からでるという勝身煙が、その体を包みこむ。遅れて駆けつけた橙次と藍朓も加わり、バサラ精鋭隊との決戦が始まる。
バサラ精鋭隊の生き残りから聞いた、アラシダ大佐のいる拠点をめざし砂漠を進む風助たち。たどり着いた要塞城は帝国軍の開発した陸上戦艦だった。風助たちは、激しい攻撃をかいくぐり城に侵入するが……。
アジラダの要塞城で、帝国軍バサラ大佐となった元・干支忍の黄純と再会した風助たち。風助たちを仲間に引き入れようとする黄純に納得できない三人は戦いを挑む。だが黄純は、この三年間に信じられないほど忍空力を上げていた。
空腹のため行き倒れた風助とヒロユキを助けたのは、戦時中、目の前で母親を殺されたショックで口をきかなくなった少女・結花と、兄・朱利だった。風助たちは兄妹の父親の牧場で世話になるが、そんな中、チンピラに結花がさらわれる。
風助は山道で、熱を出して倒れていた沙也香という女性を助け、看病をする。元気になった沙也香は、風助に生き別れの息子を重ね、風助もまた彼女を母のように慕う。しかし、帝国軍くノー部隊の一員である沙也香は、隊長から風助抹殺を命じられる。
風助を殺せば生き別れの息子と会わせてやる。隊長からそう言われた沙也香は、風助を殺そうとするが、屈託のない風助の姿に決心を鈍らせていた。そこへ追手のくノー部隊が現れる。風助は、沙也香を連れて逃げ出すが……。
風助と橙次たちが合流し、「忍空の里」にたどり着いた一行。だがそこで里穂子が何者かにさらわれてしまう。里穂子を探す三人は、突如襲ってきた謎の黒覆面の男たちに追いつめられ、忍空の里、最大の難所「苦狼門」に追い込まれる。
風助たちを襲ったのは、忍空の総師・麗朱の実弟・聖紫の部下だった。聖紫は、麗朱が戦争を放棄した理由、そして、黄純が心を閉ざした理由を話し、「強くなるために、大自然の中に龍を見つけ出せ」と教えるのだった。
エンストした橙次の飛行機から落ちた風助とヒロユキは、ひょんなことからホテルでアルバイトをすることになった。風助は、そこで、戦争に行った恋人を待ちつづける緑という女性と知り合うが、緑は、シラタという金持ちの息子につきまとわれていた。
風助たちは、ある村で青吉というウソつき少年と出会う。青吉は、乱暴者の喧太に殴られるのがイヤで、ウソをついては金を盗み、それを渡していた。そんな青吉を誰もが信じない中で、風助だけは彼を信じ、かばうのだった。
いつものように飛行機を墜落させ、仲間から愛想を尽かされた橙次は、晴香と大空の姉弟に出会う。強くて頼りになる橙次を尊敬した大空は、姉とむりやり結婚しようとしている大男「風神の龍」から姉を守ってくれと言う。
「龍神の森」とよばれる森に墜落した風助たちは、そこで自然を愛する老人と出会う。だが、そこへ、アジラダの兵たちが現れ執拗な攻撃を仕掛けてきた。老人は風神たちに「自然を愛する心があれば自然は必ず味方してくれる」と、湖にある抜け穴のことを教える。
空の旅のさなか、突如襲撃された風助たち。被弾したヒンデンブルグ号の不時着を燈次にまかせ、森に降り立った風助たちだが敵に囲まれてしまう。バサラ大佐の放った刺客「忍空狼」の力は干支忍をしのぐほどで、風助たちは苦戦する。
風助に忍空狼たちをまかせ、捕らわれた橙次救出に向かう藍朓に、忍空狼狼長・麒麟が襲いかかる。麒麟は、かなりの使い手であるにもかかわらず、藍朓にとどめを刺すことができない。実は、その正体は、元・酉忍隊副隊長・浜地だったのだ。
麒麟と対峙する藍朓、自力で脱出した橙次、そして風助がそろった。三人はムダな戦いをやめようとするが、麒麟は忍空狼狼長としての使命を果たすため、自殺技とも言える「忍影腹の術」を自らにかけるのだった。
海辺の町に着いた風助たちは、父のあとを継いでマリンパークを再開させようと考えている少年・潮と、イルカのクックと出会い、手助けすることに。そんな中、アジラダの部下ガウニー博士が、風助たちを研究の実験体にしようと現れる。
度重なる忍空抹殺失敗に、アジラダはついに自らの出撃を決意し、ガウニーは里穂子を人質に、罠を仕掛けた洞窟に忍空たちをおびきよせる。洞窟に入った風助たちは、雷鳴拳を使う男たちに襲われ……。
雷鳴拳使いたちを倒した風助たちの前に、アジラダが姿を現した。雷鳴拳師範代の実力を持つアジラダは、ガウニー開発の戦闘スーツを身につけ、三人を翻弄する。だがその時、雷鳴拳の力の源、雷のパワーが下がり始めた。
とある村で昔の仲間・赤雷と再会する風助たち。赤雷は、風水の谷への道案内をしていた一族の伝承者・梅千代の世話になっていた。アジラダの副官・ラムダは、風水の谷への道を聞き出そうと梅千代を捕らえる。
賞金稼ぎに狙われた風助たちとはぐれた里穂子とヒロユキは、偶然紛れ込んだ屋敷で、町長の息子・玲司と出会う。同じ頃、風助たちは、玲司の幼なじみ・朱美率いる反帝国軍の地下組織に助けられていた。
父に背き、捕らわれた朱美と里穂子たちを助けた玲司は、地下組織のアジトにやってきた。だが、組織メンバーの風当たりは強い。玲司は、父を説得に行くことを決意するが、それを追う風助たちを、レイラ少佐の術で操られたメンバーが襲う。
旅の疲れで倒れてしまうヒロユキ。一行が困っていると、そこに親切な医者の老夫婦が通りかかる。老夫婦の家で世話になる一行だが、夫婦は彼らに「ヒロユキ君をひきとりたい」と申し出て……。
吹雪の中、風水道の入口へ続く道を見付けた風助たち。一行は、用を足す風助を残して先を急ぐことにする。そんな中、一人残された風助が、バサラの放った刺客・玄武に襲撃される。
玄武、朱雀、白虎を名乗るバサラ三獣士を相手に戦う風助、藍朓、橙次だが、バサラによって心を凍らされた三獣士に歯が立たない。追い込まれた風助たち三人は、風水の谷の中心に飛び込む。
激しい竜巻をぬけ、風水の谷の中心にたどり着いた風助たちは、なおも三獣士の攻撃を浴び続けていた。そんな中、風助が不思議な光に包まれて天空に舞い上がる。驚く一同の前に再び現れた風助は、なんと天空龍の背に乗っていた。
毒キノコを食べてお腹を壊した風助たちは、ゆうじという植物好きの少年の家で世話になる。具合の良くなった風助は、ゆうじとともに遊びに出かけるが、その風助を帝国軍の特殊部隊が狙っていた。
ケチな地主の爺さんの屋敷から追い出された一行は、亘るという少年とその両親の家で世話になる。ところが、村に帝国軍が来襲。行き場をなくした村人と一行は、安全な地主の爺さんの家におしかける。だが、すっかり取り囲まれてしまい……。
風助たちは、天空龍の力を得る手がかりをつかむため、再び、梅千代のもとを訪れる。赤雷との再会を喜ぶ一行だが、赤雷はメキラ大佐の部下である双子姉妹の催眠術にかかり、風助たちの命を狙うのだった。
ガソリン代を稼ぐため、アルバイトをする一行。ところが、橙次だけはアルバイトもせず酒場で大騒ぎ。怒った藍朓はひとりで飛び出してしまう。実は橙次は、梅千代から聞いた「風水の岬」の情報を得ようとしていたのだが、一行はメキラ隊の罠にはまり……。
アイーダの幻術に苦しむ藍朓を、偶然にも救った里穂子とヒロユキ。やっとのことで逃げ出す三人だが、すぐに見つかってしまう。藍朓はひとり敵に立ち向かうが、相手はあまりに強い。覚悟を決めたその時、風助と橙次がやってきた。
町でかつて空軍のエースパイロットだったという老人・源太郎と出会う風助、藍朓、里穂子、ヒロユキ。四人は、源太郎の家を訪れるが、そこへ通報を受けた帝国軍が現れ、風助たちを彼の家族とともに捕える。源太郎は橙次と協力して家族救出に向かうが……。
将軍家のお膝元「帝都」は、まさに戦勝記念日の真っ最中。そこへ訪れた一行だが、風助がひとりはぐれてしまう。必死で探す仲間たちだが、その頃風助は、これまで一度も屋敷から出たことがないという不思議な少年・アレクと出会い……。
アレクこそ、帝国軍の最高権力者・ダイオン将軍だった。幼い将軍を利用して、権力を欲しいままにしているコウチン大僧正に怒る風助たちは、メキラの攻撃を受ける将軍城に侵入し、アレクを助け出すが……。
「風水の岬」を目指す途中、海に落ちた風助とヒロユキは、難破船の中から聞こえるピアノの音にひきよせられ岬へ向かう。だがそこは、バサラ大佐となった黄純が待ち構えていた。その頃、橙次たちは、黄純の亡き婚約者・美雪の妹、美里に出会っていた。
黄純に昔の心を取り戻してもらうため、必死に説得する美里。だが、心を閉ざした黄純はそれを受け入れない。一方藍朓は、氷付けにされた風助の姿を見て激怒。「黄純を殺す！」と息巻く。激しい戦いの中、一行の目の前で不思議な現象が起こる。
黄純から得た情報で、風助の母が幽閉されている帝国軍の秘密牢へ向かう途中、仲間からはぐれた風助とヒロユキは、山の中で小太郎という忍者と出会う。風助と小太郎は仲良くなるが、小太郎は、病気の母の薬代を稼ぐため忍空を狙っていたのだ。
今日は、橙次・里穂子兄妹の父の命日。そこで、橙次と藍朓は町へ花を買いに行く。残った風助たちは、そこで里穂子兄妹の父親そっくりの人形使い・十兵衛と出会うが、彼は、忍空の命を狙う賞金稼ぎ「ましらの兄弟」だった。
お腹をこわした風助とヒロユキは、偶然にも風助の元部下、子忍隊隊員・草太の病院に担ぎ込まれる。草太は戦うことを一切やめ、医者となったのだ。その頃、橙次と藍朓が忍空を斬りまくっている男に襲われる。許せない草太は……。
さびれてゴーストタウンとなった宿場町を訪れた風助たちは、この町にひとりで住んでいるという老婆から、町外れにある幽霊屋敷の話を聞く。一行は、早速、そこに乗り込み幽霊の正体を暴こうとするが、ひとり、またひとりと仲間がいなくなり……。
忍空を狙うシカマ流の手裏剣使いたちに襲われる風助たち。その中に、しつこく風助を追い回す少年・忠太がいた。戦いながら、友情が芽生える風助と忠太。だが、頭の虎児は忠太を裏切り者とし、殺そうとする。そんな中、カゼ気味だった風助が熱を出し……。
ヒンデンブルグ号が故障し、首都に続くたった一本の橋を歩いて渡ろうとする一行。だがそこは帝国軍の検問所になっていた。思案の末、変装することを決める一行。それも念を入れ女装、運良く帝国軍の慰問音楽団と間違われたまではよかったが……。
影の忍空・戌忍の紫雨が現れた。緊張する風助たちに紫雨は、コウチンが、風助の母・山吹の能力を使い「龍穴の塔」を完成させようとしていることを告げる。コウチンから国と山吹を守るため、戦う決意をする一行。その時、コウチンの刺客・影阿弥が現れ……。
風助たちは急ぎ首都へ向かうが、どこまでも続く帝国軍の包囲網をかいくぐるのに苦労していた。その時、後方からはアジラダの陸上戦艦が……。はさみうちにされ絶体絶命の忍空たち。だが、アジラダは双乾とともに将軍家として、コウチンに反旗を翻したのだ。
首都に進入した風助たちだが、コウチンに阻まれ山吹を救出できずにいた。その時、忍空の総師・麗朱がコウチンと戦うため現れる。風助たちは麗朱から、コウチンがかつて、麗朱とともに忍空組を作ろうとした仲間だったことを聞かされる。
麗朱に代わり、コウチンと戦う風助、藍朓、橙次。だが強すぎる相手に歯が立たない。苦戦する三人だが、そこへ赤雷と黄純が現れる。干支忍たちの必死の戦いも虚しく、龍穴の塔に集まり始めた気の力を受けたコウチンは、更に力を増してゆき……。
コウチンと風助の一騎打ちが始まった。龍の気はコウチンだけでなく、風助の中にも取り込まれてゆくが、麗朱は「龍の気を操ることは危険だ」と言う。しかし、どうしてもコウチンを倒したい風助は、それを承知で気を受け入れ戦うのだった。
ある村の食堂で食事をする一行だが、誰も金を持っていないことに気づき、仕方なく橙次と藍朓はアルバイトを探す。ところがふたりが見つけた仕事は、敵対するヤクザの用心棒。食堂の下にある石油を得るため、ふたつのヤクザは橙次たちを利用しようとする。
銀行に立ち寄った風助、ヒロユキと里穂子は、偶然、強盗事件に巻き込まれてしまう。犯人は、借金工面のため悪徳サラ金から銀行強盗をそそのかされたまじめ社長。風助の活躍で、何とか社長を取り押さえるが、その時、奇妙な仮面男たちが乱入し……。
かつて修行をし、ヒロユキと初めて会った町を訪れる一行。その町でヒロユキは、かつての相棒・サーカスペンギンのタローと再会する。ヒロユキは、昔の借りを返すためタローの願いをかなえてやろうと、夕方までの間、彼の身代わりになることを約束する。
高級ホテルに泊まることになった一行は、そこで藍朓の昔仲間・剣山に出会う。剣山は借金がもとでヤクザともめている村を救おうと、金を用意して故郷へ行く途中だった。ところが出発の朝、ホテルの金が盗まれたことが判明し……。
活動写真の撮影現場に墜落するヒンデンブルグ号。だがそのせいで大事な主役の少年・裕太がケガをしてしまう。仕方なく風助がスタントマンをすることになり、撮影が始まった。無事、撮影も終わり打ち上げパーティが始まった頃、スタジオから火事が発生し……。
