Gurgoile zeigt Nadja das Raumschiff "Red Noah". Dabei erfährt sie auch von ihm, dass die Menschen von Atlantis erschaffen wurden. Als ihr in einem sogenannten "Museum" die missratenen Versuche vorgeführt werden, ist sie tief erschüttert. Sie wird mit Kaiser Neo bekannt gemacht, und es stellt sich heraus, dass er ihr Bruder ist. Gurgoile und Neo setzen alles daran, sie zu überreden, mit ihnen zusammenzuarbeiten. Aber Nadja weigert sich standhaft. Da sein neues Raumschiff noch nicht einsatzbereit ist, kann Kapitän Nemo vorerst nicht eingreifen. Als es endlich soweit ist, beschließt er, allein zu starten, um seine Besatzung nicht weiter in Gefahr zu bringen. Doch alle finden sich an Bord ein, lediglich Ayerton, die Krankenschwester, Mari und King bleiben zurück. Gurgoile indes ist dabei, sich die Welt zu untertan zu machen. Er hat sich vorgenommen, London zu zerstören. Rechtzeitig taucht Kapitän Nemo auf und kann den Plan vereiteln. Jedoch stehen sich die beiden Raumschiffe nun über Paris gegenüber. Der letzte große Kampf beginnt.
Gargoyle takes Nadia before the puppet leader of Neo-Atlantis, Emperor Neo, who reveals that he has a strong connection with both Nadia and Nemo. Eight time zones away, Nemo and the others plan to fight Gargoyle in a final duel. Throughout, both Jean and Nadia learn about the origins of the Atlanteans.
Argon détient Nadia à présent. Grâce à sa Pierre Bleue, il va pouvoir prendre le contrôle de la Noa Pourpre, un énorme vaisseau conçu jadis par l'ancien peuple de l'Atlantide.
Il capitano Nemo ed Electra raccontano a Jean che la razza umana è stata creata dagli Atlantidi a partire dalle scimmie con la manipolazione genetica.
ネオ･アトランティスの攻撃により消滅したと思われたN−ノーチラス号は、アフリカ大陸の地下トンネルを使って空中戦艦の攻撃を回避していた。一方、ネオ皇帝の力によりブルーウォーターが発動し、レッドノアは完全復活した。ネオ皇帝に出会ったナディアは、ふとしたことから彼が何者であるかを知る。そしてネオ・アトランティスは世界各国に対して宣戦布告をする。
네오 아틀란티스의 공격으로 소멸됐다고 생각했던 뉴노틸러스호는 아프리카의 대륙의 지하 터널을 사용해 공중전함의 공격을 피하고 있었다. 한편 네오 황제의 힘에 의해 블루워터가 발동되고 레드노아는 완전 부활한다. 네오 황제와 만난 나디아는 그가 어떤 자인지 알게 된다. 그리고 네오 아틀란티스는 세계 각국에 선전포고를 한다.
