Die "Nautilus" taucht unter und landet auf dem versunkenen Kontinent Atlantis. Hier werden die drei Männer beerdigt, die ums Leben gekommen sind. Jean erhält die traurige Nachricht, dass sein Vater gestorben ist. Nadia macht Captain Nemo wie eh und je Vorwürfe wegen des sinnlosen Mordens. Beide, Jean wie auch Nadia, müssen dabei erfahren, dass niemand seinem Schicksal entrinnen kann. Trotzdem beschließen sie, auf der "Nautilus" zu bleiben.
The victims of Gargoyle's latest attack are taken to the long-forgotten underworld of Atlantis to be buried. While there, Jean discovers that his father's ship was sunk by the Garfish. Nadia also learns that she must keep the Blue Water at all costs, no matter what pain or damage it may cause.
Le combat sous-marin a couté la vie à des membres de l'équipage du Nautilus. Une étrange cérémonie se prépare pour leur rendre un dernier hommage.
L'equipaggio del Nautilus sbarca su Atlantide per seppellire i tre compagni morti. Là Jean scopre che suo padre, che era comandante di una nave, è stato ucciso da un attacco del Garfish.
全ての争いの元となっているブルーウォーターを持つ自らの運命に悩み苦しむナディア。一方、船体修理中に機関部で漏れた有毒ガスにより犠牲となったフェイトたちを埋葬するため、ノーチラス号は「沈める寺院」と呼ばれる海底遺跡へ向かう。遺跡に着き弔いを始める乗組員たち。そんな中、ジャンはあるものを目にする。
이 모든 것의 원인이 되는 블루워터를 지닌 자신의 운명에 대해 고민하며 괴로워하는 나디아. 한편 선체수리 중에 기관부에서 새어나온 유독가스에 의해 희생된 승무원들의 묘를 만들기 위해 노틸러스호는 '가라앉힌 사원'이라 불리는 해저유적으로 향한다. 유적에 도착해 장례를 거행하는 승무원들. 그런 와중에 쟝은 무언가를 보게 된다.
