볼트가 게임에 돈을 다 쓴 탓에, 밥값을 위해 가사노동을 하게 된 새미,루시,맥스. 집안일 중에도 게임을 하려는 볼트와 다투는 새미. 한편, 서로 싸우는 생명체끼리 붙게 만드는 자석 외계인 에스엔이 지구에 침입해 소동을 일으키고. 출동해 에스엔과 대적하는 중에도 다투던 볼트와 새미는 서로 몸이 붙어버린다.
몸이 붙은 채 생활하며 더욱 최악으로 치닫는 볼트와 새미. 그러나 재등장한 에스엔에게 맥스와 루시가 당할 뻔한 위기의 순간, 서로 붙은 채 출동한 볼트와 새미는 환상의 호흡으로 적을 무찌른다. 우정을 확인한 볼트와 새미의 몸이 떨어지고, 미니특공대는 힘을 모아 에스엔을 물리친다.
댄스파티 날 신을 수지의 구두를 망가트린 볼트는 똑같은 디자인의 구두를 저렴히 구해 수지에게 준다. 한편, 자신이 만든 구두를 신은 이들은 모두 자신의 생각대로 춤추게 하는 댄스 외계인 슈는 지구에 침입해 한창 작전을 진행하고 있었다. 외계인이 만든 새구두 때문에 짝사랑 상대인 테리와의 댄스를 망치게 된 수지. 레인저로 변신한 볼트 일동이 슈를 무찌르고 소동은 일단락된다.
사실 외계인 슈는 쌍둥이였다. 슈 형제는 더욱 광범위하게 혼란을 일으키려 한다. 한편, 다시 열린 댄스파티에서 수지가 테리와 춤출 수 있게 '사랑의 댄스 작전'을 펼치는 볼트일동. 그런데 모든 이들이 갑자기 이상한 춤을 추기 시작한다. 출동한 미니특공대는 거대화한 슈 형제를 물리친다. 구두를 주러 온 테리가 실은 볼트일동을 보러 왔음을 알게 돼 실망한 수지를 격려하는 루시.
엄마 친구의 아기를 돌보는 수지와 볼트 일행. 쉬울 줄 알았던 아기 돌보기.. 이거 너무 힘들잖아! 한편, 사람들을 아기로 만들어버리는 마녀 외계인 헤라가 나타나 어른들을 아기로 만들며 소동을 일으킨다. 이를 막기 위해 출동한 미니특공대! 그런데… 맥스마저 아기가 되어버렸다!
수지와 볼트 일행은 아기들을 돌보느라 정신 없다. 한편, 마녀 외계인 헤라는 도시를 더욱 아수라장으로 만든다. 본부 덕에 잠시 어른으로 돌아온 맥스! 하지만, 전투 중 또 다시 아기가 되어버리고 마는데.. 지금부터 아기 맥스의 뜻밖의 활약이 시작된다.
불량과자 외계인 쿠키킹과 단단단이 블루시티에 『쿠키 단단』을 오픈한다. 천국의 달콤함을 자랑하는 단단 쿠키에 열광하는 사람들, 그러나 그들을 기다리고 있는 건, 지옥 같은 치통! 쿠키킹을 막기 위해, 대원들이 출동한다. “불량과자 단속이다!”
더욱 강해진 쿠키킹. 쿠키킹은 충치 과자를 앞세워, 거리의 모든 가게들을 『쿠키 단단』으로 바꿔나간다. 이내, 할아버지의 수제과자점까지 위기에 놓이고, 대원들은 할아버지의 정성 가득 쿠키를 지키기 위해, 힘을 모아 쿠키킹을 물리친다.
블루시티를 강타한 무더위! 대원들도 예외일 순 없다. 냉장고 안으로, 얼음 속으로.. 자신만의 피서를 즐기는 대원들 사이, 내색 않고 묵묵히 더위를 참는 새미! 열 광선 외계인 히트웨이브는 인공태양을 만들어 하늘 위로 쏘아 올리고, 블루시티는 더욱 더 뜨겁게 달아오른다. 엎친 데 덮친 격으로, 믿고 있던 새미마저, 히트웨이브의 열 광선에 직격 당해 정신을 잃고 쓰러지는데..!
블루시티 곳곳 일사병 환자들이 속출한다. 새미 없이 힘겨운 싸움을 이어나가는 볼트 일행. 히트웨이브의 초고열 장막이 대원들을 덮치고, 볼트 일행은 큰 위기를 맞이하는데.. 위기에 빠진 대원들을 구출할 수 있는 건.. 오로지 새미 뿐이다!
투명 외계인 카멜레온이 쇼핑몰에 나타나 소동을 일으킨다. 미니특공대는 루시의 활약으로 카멜레온과 단단단을 쫓아내는데.. 도망치는 단테와 단쵸, 실수로 카라를 놓고왔다?! 지구에 홀로 남아 거리를 전전하던 카라는 제노스와 처음 만났던 그날을 회상한다.
블루시티 곳곳을 정처 없이 떠돌아다니던 카라. 굶주린 그녀 앞에 수제과자점 할아버지가 나타나, 말없이 쿠키 바구니를 건넨다. 모든 소동이 일단락되고, 다시 우주선으로 복귀한 카라는, 수제과자점 할아버지의 쿠키를 보며, 말없이 생각에 잠긴다.
루시가 사랑에 빠졌다. 수지네 학교의 로이 선생님이 바로 그 주인공. 정성 가득 수제 초콜릿으로 로이 선생님께 마음을 표현하려는 루시. 하지만, 초콜릿 외계인 카카오의 등장으로, 루시의 초콜릿엔 큰 위기가 찾아오는데..
전보다 강해진 적을 상대하기 위해, 비장의 무기 ‘슈퍼 엑스 디스크’를 준비했지만, 심란해하는 루시 때문에 난항을 겪는 대원들. 한편, 루시는 레인저로 변신해 로이 선생님과 즐거운 시간을 보낸다. 과연 루시는 외계인을 물리치고, 로이와의 사랑을 쟁취할 수 있을 것인가!
어둠의 킬러 다크나이트의 등장. 다크나이트는 대원들을 차례차례 암흑 이차원의 감옥 속으로 가둬버린다. 위기에 빠진 블루시티를 지키기 위해, 전설의 대원, 블랙레인저 레이가 출격한다!
달빛 아래, 어둠의 킬러 다크나이트와 어둠 속 레인저 레이의 진검승부가 펼쳐진다. 실체가 보이지 않는 다크나이트의 공격에 일방적으로 당하는 레이. 과연, 레이는 다크나이트를 물리치고, 대원들과 블루시티를 구해낼 수 있을 것인가!
외계 악당의 압도적인 힘에 패배를 맛보는 미니특공대 X 앞으로 어떤 방법으로 외계 악당들을 물리칠 것인가
압도적인 힘의 차이를 보이며 패배한 대원들은 큰 충격에 빠진다. 그 때, 미니특공대의 괴짜 박사 라이트가 나타나, 빅 다이노를 무찌를 유일한 해결책 ‘특공X봇 합체’에 대해 일러주는데.. 완성되지 않은 합체시스템 탓에, 주저하던 대원들, “용기를 내면 어떤 두려움도 이겨낼 수 있어!” 진심이 담긴 볼트의 말에 용기를 내어 본다. 과연, 그들은 특공X봇 합체에 성공하여, 빅 다이노를 무찌를 수 있을 것인가!
제노스는 미니특공대를 제거하기 위한 회심의 작전을 감행하는데.. 호출을 받고 현장으로 출동한 미니특공대! 그런 그들을 기다리고 있는 것은.. 또 다른 미니특공대? 가짜 미니특공대의 공격에 속수무책으로 밀리는 진짜 미니특공대! 과연 가짜 미니특공대는 누구인가!
가짜 미니특공대를 무찌른 진짜 미니특공대. 하지만 더스트롱과 단단단의 거대로봇인 단봇의 협공이 그들을 기다리고 있다! 위기에 몰린 미니특공대!
가까스로 도망친 미니특공대. 그런 그들을 더욱 좌절케 만드는 것은, 더 이상 특공엑스봇을 조종할 수 없다는 것. 설상가상으로 외계 군단의 수장이자, 진정한 원흉 제노스가 지구에 직접 발을 딛는다. 대원들의 얼굴엔 절망이 어리는데..
슈퍼엑스디스크에 의해 제노스는 타격을 입고 물러나지만, 아직 거대 더 스트롱이 남아있다! 미니특공대는 지구를 지키기 위해 특단의 조치를 감행한다. 거대 더 스트롱과 함께 장렬히 산화하는 특공엑스트론! “안녕, 특공 엑스트론..”
최강 엑스 파워!
한번 더 '수지 시험 100점 작전'에 돌입한 볼트,새미,루시,맥스. 볼트일동은 수지가 컨닝을 하도록 돕던 도중 다시 침입한 U2를 무찌르기 위해 출동한다. 거대화 한 U2에 특공엑스봇으로 맞서 승리하는 미니특공대. 하지만 컨닝때문에 0점을 받은 수지에게 볼트는 응징 당한다
볼트를 무한히 좋아하고 존경하는 후배 대원 재키는 여느 때처럼 수지의 집에서 볼트의 방송출연 VOD를 시청하다 쫓겨난다. 한편, 거짓말을 하게 만드는 거짓말쟁이 외계인 라이어가 지구에 침입해 소동을 일으키고. 그 영향으로 재키도 거짓말로 수지를 골탕 먹인다. 출동한 미니특공대가 라이어를 무찌르고 소동은 일단락된다.
더욱 광범위하게 거짓말을 하게 만들어 도시 전체에 혼란을 일으키는 라이어. 자신의 거짓말 때문에 경찰에게 잡힌 미니특공대를 돕고자 고군분투하는 재키. 무사히 출동한 미니특공대는 거대화 한 라이어를 물리친다. 하지만 미처 수습 못한 거짓말 때문에 재키는 수지에게 응징 당한다.