児童養護施設で過ごしていた双子の少年ミギとダリは、ある日裕福で穏やかな老夫婦、園山夫妻に養子として迎えられる。しかしそれはふたりの少年「ミギ」と「ダリ」としてではなく、ひとりの少年「園山秘鳥」としてだった。 二人は正体を隠し、園山秘鳥を演じながら、園山夫妻を取り込もうと画策する。結果は上出来、一日で園山夫妻の懐に入り込んだ二人は、部屋のテントの中で不敵な笑みを浮かべるのだった。
すっかり園山家の一員として受け入れられたミギとダリ。 まるで本物の親子のように振る舞う二人だが、しかしパパとママがどこかよそよそしい態度を取っていることに気が付く。園山夫妻が何か隠し事をしているのではと怪しんだ二人は、こっそりと家の中の探索を開始すると、夫妻の思わぬ秘密を発見してしまう。 騙されていたのかと愕然とする二人。だがこのままでは終われないと、二人は園山夫妻へ反撃するべくある作戦を決行する。
母の死の真相を知るために、ミギとダリはいよいよ本格的に動き始める。手掛かりとなるのは、幼い頃に母と一緒に暮らしていたときの部屋の記憶である、薄暗いベッドの下とミジンコ模様の壁紙。その部屋を探し出す方法として、友達として家に呼んでもらう方法を思いつく二人。友達作りのために早速ボーイスカウトに参加するも、ボーイスカウトのメンバーからは友達になるためのある条件を突きつけられる。
家政婦のみっちゃんから、一条家にミジンコ模様の部屋があったことを教えてもらうミギとダリ。一条家の息子である瑛二と仲良くなるために、二人は学校へ通い始める。しかし瑛二と近づくためにはテストでいい点数を取り、優秀なクラスへ入る必要があった。なんとか成績を上げるために勉強を開始する二人だったが、なんとミギは図書室でとある女子生徒に一目惚れをしてしまう。
引き続き一条家の探索を続けるダリ。ミギは乳飲み子を完璧に演じることで、一条家の秘密を引き出そうとする。見事五歳児になりきることに成功したミギだったが、唐突に矯正プログラムは終了し、次の日には園山家に帰ることになってしまう。 このままでは一条家の捜索を続けることはできなくなると焦る二人。だが諦めはしない。まだ今晩やれることはあるはず。二人は考えた末に、一条家の心情を揺さぶるある作戦を思い付く。
自分たちの母親を殺したのは瑛二だった！？その真相を確かめるため、ダリはサリーに変装をし、単独で瑛二に近づき始める。予想通り瑛二から情報を入手していくダリ。一方の瑛二は自分がサリーに心惹かれていくことに戸惑いを覚えるのだった。 そのころミギはサリーに渡したイルカのペンダントの片割れを偶然見つけ、この学校にサリーがいることを確信する。恋心に動かされたミギは、サリーを見つけるべく校内の捜索を開始する。
サリーの正体がダリであったことを知りショックを受けたミギは、ダリから逃げるように秋山の家に転がり込む。ダリは復讐のためにミギを連れ戻しに来るが、ミギは復讐にとらわれずに自由に生きることを決意する。すれ違っていくミギとダリ。残されたダリは一人でも復讐を果たすことを亡き母に誓い、ハロウィンの仮装大会を復讐の舞台にすることに決める。
瑛二はなぜ自分を助けたのか？その理由を知るため、今度はミギがサリーの変装をして瑛二の家を訪れる。瑛二はサリー（ミギ）に屋根裏部屋を案内し、怜子や瑛二自身の秘密について、そしてそのせいで秘鳥に身の危険が迫っていることを伝える。だが二人が話している様子は怜子にも見られていた！怜子の異様な雰囲気に思わず後ずさりするミギ。その瞬間、ミギは怜子の恐るべき本性を目の当たりにする。
怜子によって殺人犯に仕立てられてしまったミギとダリ。このまま姿を現すわけにもいかず、秋山に協力を求めることにする。 秋山の呼びかけで丸太も集まり、秘鳥秋山丸太の三人で「BEAVERS」を結成する。最初は丸太を信用していなかったミギとダリだが、丸太の必死の行動に心を動かされ、初めて自分たちが双子であることを明かす。華怜の協力も得られ、いよいよ一条家への侵入を試みる。一条家の闇を暴き、再び園山家に帰るために。
ミギとダリに追い詰められた怜子。ついに怜子の口から、ミギとダリの母親であるメトリーのことが語られ始める。そしてそれは二人の出生の物語でもあった……。 全てを話し終え、瑛二を連れ戻しにミギとダリ達を襲い始める怜子。二人の反撃もむなしく、怜子は瑛二に接近し両手を広げ瑛二を迎え入れようとする。しかし瑛二は思わず怜子を突き飛ばしてしまう。そのとき、瑛二の幼い頃の記憶がはっきりとよみがえる。
監禁部屋に閉じ込められてしまったミギとダリ達。瑛二の起こした火事の煙が次第に部屋まで漂ってくる。絶体絶命かと思われたが、秋山の活躍により一条家から脱出することに成功、一同は歓喜する。しかし秋山の口から瑛二がまだ中にいることを聞かされる。一条家から聞こえてくるミギとダリの母との思い出の曲。その曲を聞きながらダリは、瑛二とのこれまでのことを思い出し、瑛二が自分と似た存在であることに気が付くのだった。
