ドクターヘルの機械獣軍団の破壊と殺戮のせいで、炎に包まれる都市。だが、そこに巨大な腕・ロケットパンチが飛んできて機械獣に命中!! 駆けつけたマジンガーＺだ。そしてもちろん操縦は兜甲児。さらに剣鉄也のグレートマジンガーも加わって、ダブルマジンガーの攻撃で機械獣軍団と激しい戦闘を繰り広げるのだが……！
あしゅら・マジンガーと機械獣軍団をこともなく倒したマジンカイザー！ だが、さやかたちの呼びかけも空しくマジンカイザーの光子力研究所への攻撃は止まらない。鉄也とグレートマジンガーはこれを阻止しようとするが、まったく歯がたたない。Z、グレートをも凌ぐ新たなるマジンガーの出現にドクターヘルは!?
甲児の抹殺を決意したあしゅら男爵。一方、光子力研究所ではマジンカイザーの操縦テストを実行し、甲児をはじめ一同はその性能に満足する。朝の通学路、ボスは道路に金髪の美少女が三人立っているのを見つける。色気に目の眩んだボスが、自分は「兜甲児だ」と名乗ると、三人は突然ボスに襲いかかってきた！
海水浴にやってきた甲児、さやか、シロー、ボスたち。些細な事で甲児と口論したさやかは、沖に出たところをあしゅら男爵に捕らわれてしまう。マジンカイザーで救出に向かった甲児だったが、水中戦用の機械獣に苦戦し、さらに海底要塞ブードからの攻撃をも受け、カイザーと共に敵につかまってしまう！
ドクターヘルの怒りを怖れたあしゅら男爵は、光子力研究所の研究所動力炉の爆破のために自ら教授に変装して研究所に入り込んだ。だが、研究所では弓教授の誕生日を祝う会が準備されており、その展開にあしゅらはついていけない。だが、爆破計画は甲児たちに弓教授の偽者であることを気づかれて失敗に終わるが……。
不気味な波動で機械獣を粉砕した妖機械獣が市街地を襲った。迎え撃つマジンカイザー、ビューナスA、そしてボスが撃退し、光子力研究所でくつろいでいると、格納庫から爆音が!! なんと格納庫を破壊していたのはビューナスAだったのだ！ もちろんさやかは操縦していない。甲児はパイルダーの格納庫へ向かうが……。
破壊されつくした光子力研究所をさらに襲う妖機械獣軍団。絶体絶命の弓教授たち。間一髪のところに現れたのはグレートマジンガーだった。奮戦するも数に押され、次第に劣勢になっていくグレート。その時、富士山火口に飛来する巨大な物体が……。何とそれはカイザースクランダーだったのだ！
突如として現われ、世界を一瞬にして恐怖に陥れたミケーネ帝国の首領・暗黒大将軍。機械獣を遥かに凌駕する戦闘獣を率いて現れた七大将軍の前に、マジンガー軍団は倒れていく。だがその頃、兜甲児はゴーゴン大公から執拗に狙われ、身動きが取れずにいた。富士の樹海に一条の光が差し込む時、史上最大の戦いが始まる！
