父子家庭で育った高校生の宮部新（竹内涼真）は、愛想はないが真っすぐな性格に育ち、父・宮部信二（光石研）からの教えである「信念を持って生きろ」という言葉を胸に、警察官になることを夢見ながら父と支え合い仲良く暮らしていた。そんなある日、信二が本社へ栄転することに伴って、新は転校することに。その前日、これまで信二が何かと気にかけていた養護施設に支援物資を届けるために一緒に向かった新は、信二が娘のように可愛がる楠木優香（新木優子）を紹介されるが、不愛想な性格ゆえにそっけない態度をとってしまう。そして迎えた転校初日。クラスに案内された新は、偶然にも優香の隣の席になり、気まずさを感じていると、突然、教室である事件が発生！クラスメイトの桐野雄大（矢本悠馬）が長屋龍河（早乙女太一）に使い走りにされた上、執拗ないじめを受けるのだが、なんと他の生徒だけでなく先生までも見て見ぬふりで…。
長屋龍河（早乙女太一）への殺人未遂で服役することになった宮部新（竹内涼真）のもとへ、楠木優香（新木優子）が面会にやってくる。新は服役中に長屋茂（香川照之）の自叙伝を読み始め、自分も飲食店を始めたくなったと伝える。優香から「復讐ってこと？」と思いがけず聞かれた新は、その言葉にはたと気づかされ、心が満たされるような感覚を覚える。そして「復讐」という人生の目標を見つけることに--。月日が経ち出所した新は、手紙で優香がアルバイトをしていると言っていた六本木を訪れる。ちょうどその日は夏祭りのイベントが開催されており、賑わう人に圧倒される中、新は優香と偶然の再会をはたす。2人はお互いの近況を語り合い、間もなく大学を卒業する優香は、長屋ホールディングスに就職することを伝える。
居酒屋「二代目みやべ」が未成年に酒を提供していると何者かに通報され、宮部新（竹内涼真）は、警察で取り調べを受けることに。内山亮太（中尾明慶）は、麻宮葵（平手友梨奈）や長屋龍二（鈴鹿央士）たちに騙されたと警察官に訴えるが、新は、亮太が葵たちが未成年だと気づいて接客していたことを見抜き、潔く自分たちの責任を認め2カ月の営業停止処分を受け入れる。そんな中、なんと長屋龍河（早乙女太一）が龍二の保護者として警察にやってくる…！
宮部新（竹内涼真）は麻宮葵（平手友梨奈）から「二代目みやべ」で働きたいという申し出を受けるが、ひと足先に働きたいと言ってきた長屋龍二（鈴鹿央士）を雇うことが決まっていたため、これ以上雇う余裕はないと断る。それでも食い下がる葵は、次々と「二代目みやべ」に必要な改善点を上げていき、社長＝新の隣には戦略を立てる自分のような人物が必要だとアピール。そして、最後に葵がなぜ「二代目みやべ」で働きたいのか理由を聞いた新は、葵をマネージャーとして迎え入れることに決める。
酔っぱらった楠木優香（新木優子）は宮部新（竹内涼真）にキスをしようとするが、それを麻宮葵（平手友梨奈）が阻止。酔いが醒めたという優香だったが、新が「二代目みやべ」の皆と飲み会をすると聞き、強引に参加する。その飲み会の席で、新は「二代目みやべ」をフランチャイズ化して全国展開するつもりであることを皆に伝える。「二代目みやべ」の皆がやる気を出し盛り上がる一方で、優香はひとり冷めた目で見ていて…。後日、長屋茂（香川照之）に「二代目みやべ」の状況を聞かれた優香は、繁盛している状況やその要因、そして全国展開を目標に掲げていることを伝えると、茂から「二代目みやべ」を注視するよう命ぜられる。
長屋茂（香川照之）が「二代目みやべ」にやってきた時の会話から、宮部新（竹内涼真）が長屋ホールディングスの株を買っていたことを知った麻宮葵（平手友梨奈）。しかも、新は長屋に先制パンチを食らわせると言い、何やら計画しているようだが、何も話してくれないことに苛立つ。一方、新は桐野雄大（矢本悠馬）と長屋ホールディングスの専務・相川京子（稲森いずみ）と組んで株主総会での茂の会長解任を画策するが、それを実行するには茂の支持派と比べて相川専務派の持ち株比率がまだ足りないことが判明。そこで、新は茂の支持派の結束を崩すために、ある切り札を使うと言い出す。そのために行動に出る新は、「二代目みやべ」の皆には用事があると告げ出かけていくが、葵はそんな新を追いかけ、強引について行くことに。その道中、新の過去に何があったか全部教えて欲しいという葵に、新は全てを話し出す。そうして2人が向かった先は、ある意外な人物の家で…！
長屋茂（香川照之）が「二代目みやべ」の入っているビルを買い、宮部新（竹内涼真）たちはビルからの立ち退きに追い込まれる中、長屋龍二（鈴鹿央士）が父・茂に手を引くよう取引するため、店を辞めると言い出す。それに対して手放しで喜ぶ麻宮葵（平手友梨奈）に新は激怒し、マネージャー失格を言い渡す。納得のいかない葵から代替案があるのか詰め寄られると、新はある奇策を思いつく！そして、相川京子（稲森いずみ）らと進めていた計画のために長屋に投資していたお金を回収して…！？新たな場所で「二代目みやべ」の再オープンに向けてやる気に満ちる一同が準備をしていると、店の前を通りかかったひとりの女性・田辺弘子（倍賞美津子）から、その場所に店を出すと「1年以内に必ず潰れる」と縁起でもないことを言われ、一同に不安がよぎる。一方、新の行動に茂は怒りがこみ上げる。
長屋龍河（早乙女太一）が麻宮葵（平手友梨奈）を長屋ホールディングスへスカウトするためにやって来る。「二代目みやべ」の皆が焦る中、宮部新（竹内涼真）は「葵の人生は葵が決める」と冷静さを見せるが…。龍河とカフェに入った葵は、条件の話をしながら龍河や長屋を持ち上げ、2人は盛り上がる。気分を良くした龍河は、12年前の事件のこともベラベラと話し出す。すると葵はその内容を公にすると告げ、怒って掴みかかろうとする龍河をかわして店の外に逃げ出すが、追いかけてきた龍河に襲われ…！
長屋茂（香川照之）が宮部新（竹内涼真）たちの予想を覆す行動に出た結果、大勝負に出た新たちは負けた--。それでも、相川京子（稲森いずみ）に「絶対勝ちなさい」と背中を押された新は、改めて茂への復讐を誓う。だが、この一件で茂の怒りは一線を越え、新に敵と認めると告げた上で、徹底的に叩き潰すと言い放つ。そんな中、長屋龍二（鈴鹿央士）が新にあることを伝えてきて…。
料理対決番組の結果に納得のいかない長屋茂（香川照之）は、次の勝負の結果次第では長屋龍二（鈴鹿央士）に長屋を継がせないと告げる。すると龍二は、番組の件を全て自分に任せて欲しいと申し出る。何やら「二代目みやべ」に勝つ秘策があるようで…。一方、料理対決番組の影響で、「二代目みやべ」の店内は満席、外には行列ができるほどの大賑わい！しかし、宮部新（竹内涼真）との一件をきっかけに麻宮葵（平手友梨奈）が休暇に入ってしまったうえに、さらに新たちは同時に「二代目みやべ」のフランチャイズ展開も進めていたため、てんやわんや。そんな中、フランチャイズのオーナー説明会のための準備を進めていると、突然、投資家たちから投資の話を白紙に戻したいと連絡が入る。新は、それを知ったフランチャイズのオーナーたちから「どうなるの！？」「責任取れ」などと詰め寄られ…！
麻宮葵（平手友梨奈）からの電話で背中を押された綾瀬りく（さとうほなみ）は逃げずに料理対決の決勝に臨むことを決意。この一件で宮部新（竹内涼真）たち「二代目みやべ」のメンバーはさらに結束を強める一方、長屋茂（香川照之）は結果に不満を抱くも、龍二（鈴鹿央士）が行ったことを評価し、また楠木優香（新木優子）から龍二が会長に似ているという言葉を受け、不敵な笑みを浮かべる。そして後日、茂は長屋の幹部会議であることを皆に告げる。
長屋ホールディングスの臨時株主総会当日。これまで働き詰めだった麻宮葵（平手友梨奈）はとうとう体調を崩し、倒れてしまう。葵不在で長屋へ向かった宮部新（竹内涼真）は、すっかり変わり果てた長屋茂（香川照之）と再会。茂は新がやろうとしていることに礼を述べてきて、新は不気味さを感じる。そして迎えた開票の時--新はその結果に衝撃を受けることに…！
意識不明で病院に運ばれてきた宮部新（竹内涼真）だったが、やがて意識を回復。そのニュースを目にした長屋龍河（早乙女太一）は何かを企み、長屋茂（香川照之）に電話で麻宮葵（平手友梨奈）と長屋龍二（鈴鹿央士）の居場所を伝えた上で、「僕から最後に、父さんにプレゼントを贈るよ」と告げる。一方、龍河からあるメールを受け取った新は、涙ながらに訴える楠木優香（新木優子）の制止も振り切って、体を引きずりながら内山亮太（中尾明慶）と共に茂のもとへ向かう。龍二たちの居場所を聞く新に、この期に及んで茂は「この私に、土下座できるか？」と言い放ち…！