香港で開催される世界的なファッションショー「東京ガーリーモード」のメインモデルが行方不明になり、モデルと瓜二つの美雪（川口春奈）に代役の依頼が舞い込むことから物語は始まる。 香港に降り立った金田一一（山田涼介）、佐木竜二（有岡大貴）らはショーまでの間に香港での観光を楽しむが、その最中に美雪が誘拐されてしまい、直後、携帯に「けいさつにいえばおんなのいのちはない」とメッセージが届く。メールには美雪の写真が添付され、しばらくすると血まみれの死体の写真に変わった。そして画面には「毒龍」という文字が…。その後、一（はじめ）たちは凄惨な連続殺人事件に巻き込まれていく…。 事件の裏には20年前に消えた“九龍財宝”が関わっているのか？ 果たして事件の真相は？ 一は無事、美雪を助け出すことが出来るのか？
スパルタで有名な「獄門予備校」――。進級スレスレのはじめは、美雪達に連れられその予備校の門をくぐるが、そこで不可解な怪死事件に遭遇。それは、世界をまたにかけて暗躍する天才犯罪プロデューサー・高遠遙一からはじめへの挑戦状だった――。高遠の企みを暴くために、マレーシアでの合宿授業に参加したはじめをあざ笑うかのように、生徒たちが次々と消えてゆく…。「殺人者スパロウの正体は必ず俺が暴いてみせる！ジッチャンの名にかけて！」
金田一一 (道枝駿佑) の通う高校に学園七不思議と呼ばれる謎があった。七瀬美雪 (上白石萌歌) の所属するミステリー研究会がその謎を探ることに。ある夜、一と美雪は生物室で首を吊る部長の桜樹 (大友花恋) を目撃。「放課後の魔術師」らしき仮面の人物が見えたが、中へ踏み込むともぬけの殻で、翌日桜樹の遺体が発見された。剣持警部 (沢村一樹) が捜査を始め…。奇怪な密室殺人事件の謎に隠された、壮絶な哀しい真実とは…!?
剣持警部(沢村一樹)の趣味のフィッシングツアーに、一(道枝駿佑)と美雪(上白石萌歌)、そして佐木(岩﨑大昇)も参加することになった。向かった先は不気味な音が鳴り響く聖恋島。それは、ギリシャ神話に登場する海の怪物『セイレーン』の哭き声だといわれているらしい。『セイレーン』はその声に惑わされた人間を海に引きずり込んで食い殺すという。その夜、ツアー客全員が、参加者の一人、寒野医師(髙橋ユウ)から呼び出しの手紙をうけとる。彼女は同じ病院勤務の影尾教授(佃典彦)や、医療機器の営業マンである伊豆丸(小市慢太郎)達と一緒に来ていた。ツアー担当の凪田(吉谷彩子)は以前からその病院の医師達を知っていたようだが、なぜか避けるような態度を見せていて...。指定された時間となり、全員が集合場所にやって来る。次の瞬間、寒野医師は海から飛んできた矢が眉間に刺さって絶命。さらに翌日、釣りに行った参加者が海の中へ引きずり込まれ...。果たしてこれらは『セイレーン』の仕業なのか!？一たちは、島の唯一の住人、霧声(余貴美子)から、戦時中に聖恋島が背負うこととなった悲運の史実を聞くが...。
連続殺人事件が起きた聖恋島の荒天がおさまり、参加者全員があす帰れることになったと剣持警部(沢村一樹)から知らされる一(道枝駿佑)。その矢先、医師仲間を二人失っていた影尾教授(佃典彦)が行方不明になる。捜索に出た一達は、舟着小屋の明かりに気づいて駆けつけるが、開いてるはずのドアには鍵が。仕方なく反対側のドアに回りこみ、窓から中を覗くと誰かが中で倒れていた。すると、突然小屋の明かりが消え、今度は小屋から逃げていく光が！「あれは犯人か？」何者かに翻弄されるように光を追いかけたその先で、影尾教授の遺体が発見された。この時、一は、島にいる者がその場に揃っていることに気づく。これまでも事件発生時のアリバイが全員にあったことを不自然に感じるが、佐木(岩﨑大昇)が撮影した現場の映像に何かを発見して...。そんな中、凪田(吉谷彩子)が、殺された医師達についてのある事実を告白する。一方、眠らずに推理に没頭する一の事が心配の美雪(上白石萌歌)は、自分なりのアシストをしようと考えて...。哀しい哭き声が響く孤島での連続殺人事件。真犯人の正体がついに明かされる...!
家族で旅行中の一(道枝駿佑)と美雪(上白石萌歌)は、とある殺人事件の犯人を追う剣持警部(沢村一樹)と遭遇する。訪れた白蛇村は、旅館の女将、鏡花(りょう)によると、白い蛇を神様の使いとして崇めているという。合流した3人は、怪しげに顔をマスクで隠した男が隣接する酒造に入っていくのを目撃する。そこは白神家が代々営む造り酒屋『白蛇酒造』で、今は音松(小野武彦)が社長として酒蔵を守っていた。 男はその家の二男、蓮月といい、5年前の火事により行方不明だったものの、失った記憶が戻り2か月前に帰宅。火事の後遺症で顔や声は変わったが、DNA鑑定で血縁関係は証明済みらしい。身元がはっきりした事で、とりあえず引き下がった一達は、杜氏見習いの鷺森(岡山天音)の案内で、職人の黒鷹(寺島進)達が作業する酒蔵を見学することに。 しかし、その先で樽の中に浮かぶ蓮月の死体を発見して…。 殺されたとみられる時間に唯一蔵の中にいた長男の左紺(吉田悟朗)が疑われるも、その姿は消え、次なる悲劇が…！ 「白蛇様の天罰だ！」次々と息子を失い取り乱す音松。 事件の謎を探る一だったが、そこには愛憎渦巻く白神家一族の真実が隠されていた…。
佐木 (岩﨑大昇) に誘われ、民宿を訪れた一 (道枝駿佑) と美雪 (上白石萌歌) は、居合わせた合宿中の美大生達と肝試しをすることに。舞台となった病院のトイレには、患者だった『花子』の霊がいるらしい。クジの順番通り花子さんの個室を訪れる中、最後に向かった伊能 (中川大輔) の姿が消える。床には花子さんの墓まで続く血の跡があったが、インクだと判明し、伊能によるイタズラだと思われた。しかし、翌日死体が発見されて…。
有名ノンフィクション作家の橘(勝矢)のパーティーで、隠してある新作原稿のありかを導く暗号問題が出された。 原稿には、とある出席者の犯罪が実名で暴かれているといい、手に入れられれば大ヒット間違いないと、パーティの参加者達（渡辺大・戸塚祥太・山西惇・宮澤エマ・今井隆文・ゆきぽよ）は必死になる。 そんな中、一はゲストのグラビアアイドル、桂木湯里奈(ゆきぽよ)が、酒に酔った橘に絡まれているのを助けるが橘ははじめに激怒、謝罪に向かった一の帰りが遅いのを心配して、後を追った佐木達が目にしたのは、なんと橘の死体の横で、血の付いた凶器を手に佇む一の姿だった…！ 無罪を主張する一だったが、参加者に追い詰められ警察が駆け付けた時、一はすでに姿を消していて…。 「容疑者の少年は金田一一17歳！」 追い詰める警察の包囲網が固まり、一の逃走劇が始まった。 暗号の答えを探るべく参加者の元を訪れる一。しかしその先々で彼らは殺されて…。 被せられた罪がどんどん重くなる一は、姿の見えない敵と戦っていくが…。
殺人犯の疑いをかけられた一(道枝駿佑)は、今や警官を負傷させて拳銃を奪った凶悪な連続殺人事件の容疑者にされていた。 それでも佐木(岩﨑大昇)から美雪(上白石萌歌)が心配していると告げられ、必ず自分で真犯人を捕まえてみせるとの思いを強くする。橘(勝矢)は、新作原稿をかけた暗号ゲームで、参加者達にバトンリレーのように伝言を残していた。そしてその伝言を託されたものは、次々と死を遂げている。 3人目のの被害者、桂木優里奈(ゆきぽよ)が託されていた伝言から次のターゲットが野中(宮澤エマ)だと察した一は、彼女の元を訪れる。そこで新たに伝言を聞いて「重要なのは伝言の内容ではない」ことに気づく。しかし野中も犠牲者となってしまい、またもや追われる身となった一は完全に包囲され、屋上で警察相手に銃で立ち向かう。 剣持警部(沢村一樹)が説得するが…。 「なんで信じてくれないんだよ。捕まるぐらいなら死んだ方がマシだ！」 次の瞬間、屋上に銃声が響き、血を流した一が倒れていく…！ ついに、明かされる未発表原稿に書かれていた驚愕の事実と、一に罪をかぶせ続けた見えざる敵の正体。追い詰められた一が逃亡の先に見たものとは…！？
剣持警部(沢村一樹)の幼なじみで、由緒ある巽家に嫁いだ紫乃(仙道敦子)の元に脅迫状が届いた。剣持警部は、一(道枝駿佑)と美雪(上白石萌歌)を連れ、巽家のあるくちなし村に向かうが、そこで見た鎧武者姿の男達に戸惑う。巽家使用人の猿彦(田鍋謙一郎)によると、昔、巽家に首を斬られた落ち武者の霊を鎮める生首祭での仮装だという。 「祭りの明ける明後日までに巽家の次の当主の生首頂戴しに参上つかまつり候」 脅迫状は、“首狩り武者”を名乗る人物からで、巽家に恨みを持つ者からと思われたが…。 紫乃の亡き夫は、財産と家督を先妻との子である長男の龍之介(吉村界人)ではなく、連れ子の二男、征丸(福山翔太)に継ぐと遺していた。そのため兄弟の仲は劣悪で、脅迫は龍之介の仕業だと疑う征丸。 そんな中、亡き夫の友人だと名乗る客人の赤沼が、脅迫状の送り主を教えるからと、一をからくり部屋に呼び出す。行ってみると、回転扉の先に首のない赤沼の姿が！ さらに、生首祭を訪れた一と美雪の前に“首狩り武者”が姿を現し、新たな首が転がり…。 紫乃のために剣持警部が立ち上がる。「一のじっちゃんの名にかけて！」 旧家の血をめぐる驚愕の秘密が明らかになるが…。
一(道枝駿佑)達が、舞台“オペラ座の怪人”を見るため、音楽家の響(霧島れいか)がオーナーをつとめるオペラ座館へとやってきた。ヒロイン役の人気女優、湖月レオナ(山本舞香)に会えることもあり美雪(上白石萌歌)も佐木(岩﨑大昇)も大喜び。 関係者によるレセプションの中、劇団を辞めた氷森(七瀬公)がレオナに接近するが、劇団員の三鬼谷(六角慎司)に激しく拒まれる。他の劇団員、いずみ(石川萌香)や城(増田昇太)も、レオナの引き抜きを異常に警戒していた。 やがてリハーサルが始まり、演出家の影島(コング桑田)の指示で、いずみがステージの中央に立つ。しかし次の瞬間、シャンデリアが落下し、いずみが絶命する…！ ライターの白神(戸塚純貴)は、館に潜むファントムという怪人の仕業だと言う。その影は、剣持警部(沢村一樹)やレオナの前にも現れ、新たな惨劇が起こってゆく…。 実は3年前、この劇団には火事で顔に大やけどを負いつつも、ファントムを熱演した天才俳優、霧生(古川雄大)がいた。後の不幸な運命から彼はファントムと呼ばれていて…。全ては嫉妬に身を焦がしファントムと化した霧生の仕業なのかと怯える劇団員。 オペラ座館の地下迷宮で一が見たものとは…！？
怪人ファントムの仕業を匂わせる殺人が続く中、湖月レオナ(山本舞香)を襲った犯人が被っていた仮面と同じものが、劇団員の城(増田昇太)の部屋から見つかった。 犯人の疑いをかけられた城は、覚えがないと否定。しかし、身の潔白を証明するため、白神(戸塚純貴)の提案で、一人で鍵のかかった劇場にこもることになる。「城さんが襲われる危険はないし、もし城さんがファントムなら俺たちが安全だ」という白神。 そして劇場の鍵は、持ち出す人が現れぬよう、交代で鍵置き場を見張ることに。 しかし、一（道枝駿佑）と佐木(岩﨑大昇)が、レオナと一緒に食事を持って劇場の中へ入った時、すでに城は、何者かに殺されていて…。 完全な密室殺人の謎が解けず、悔しい思いの一。しかし、生還した剣持警部(沢村一樹)がファントムに襲われた“離れの塔”を改めて歩いた時に、あることに気が付く。 「三人を殺した真犯人・ファントムの正体を必ず暴いてみせる。ジッチャンの名にかけて！」 オペラ座の怪人をなぞるような一連の犯行。それらは全て、ファントムと呼ばれ、行方をくらましている俳優、霧生 (古川雄大)による復讐だったのか…？ 愛に狂った殺人鬼ファントムの恐るべき真の正体が明らかになっていくが…。
