Ryuko liegt im Koma, Satsuki in Ketten. Dunkle Zeiten brechen an und die Menschheit ächzt unter der Herrschaft der Revocs...
As the Covers start to kidnap citizens, including Mako, using their life force to power themselves, Satsuki triggers an explosion to allow Ryuko to escape. One month later, the Elite Four have joined up with Nudist Beach to fight against the Covers as they take over Japan, while Ryuko has remained in a coma since the battle. Meanwhile, Satsuki has been held captive by Ragyo, who explains that her father, Soichiro, had faked his own death and disguised himself as Isshin in order to raise Ryuko and prepare his revenge against her.
Une révélation stupéfiante vient bouleverser le monde de Ryuko, mais elle n'est pas la seule à se retrouver dans la tourmente.
Mentre le covers iniziano a rapire i cittadini, Mako inclusa, usando la loro essenza vitale per alimentarsi, Satsuki attiva un'esplosione per far scappare Ryuko. Un mese più tardi i quattro leader si uniscono ai Nudist Beach per combattere contro le covers, che stanno conquistando l'intero Giappone, mentre Ryuko è rimasta in coma sin dalla battaglia. Nel frattempo Satsuki è stata imprigionata da Ragyo, la quale le spiega che suo padre, Soichiro, ha messo in scena la propria morte e si è camuffato da Isshin per crescere Ryuko e preparare la sua vendetta contro di lei. Intanto i quattro leader prendono presto posizione contro le covers usando un nuovo strumento per salvare Mako. Appena le covers cominciano a fare rumori assordanti come meccanismo di difesa, Ryuko si risveglia dal sonno, distruggendole e salvando le persone da loro imprigionate con un solo colpo. Tuttavia si mostra ostile nei confronti di Senketsu, sentendo di essere se stessa un mostro disumano, e afferma che non lo indosserà mai più.
心臓を引き抜かれても、なお生きている自分に驚く流子。流子はその身体に生命戦維を組み込まれた、羅暁の実の娘であり、流子と皐月は姉妹だったのだ。流子は衝撃の真実に愕然とする。上空からカバーズに襲われた市民たち、そしてマコまでもがカバーズに吸収され本能字学園は羅暁と縫、カバーズらの手に渡ってしまう。大阪では逃げ延びた四天王はじめ生徒たちとヌーディストビーチが共にレジスタンスとしてカバーズと戦っていた。
눈을 뜨지 않는 류코와 라교에게 사로잡힌 사츠키, 커버즈에게 제압당한 전국의 학교들. 누디스트 비치는 사천왕들과 이 절망적인 상황을 타파하려고 하지만 커버즈와 싸우기엔 전력 차이가 심각했는데...
Когда КРЫШКИ захватывают граждан, в том числе Мако, Сацуки вызывает взрыв, разрушающий стадион. Месяц спустя Элитная Четверка объединилась с Нудистским пляжем, чтобы сражаться против ЗАЩИТЫ, захватившей Японию. Рюко остается в коме после битвы, в то время как Сацуки находится в плену у Рагио.
