Nachdem die Wahrheit über den Lebensfaden enthüllt wurde und sich Satsuki gegen ihre eigene Familie stellt, entbrennt ein mörderischer Kampf auf Leben und Tod.
After freeing all the trapped students and citizens from the Life Fibers, the Elite Four fight against Nui while Mako helps with the evacuation.Meanwhile, Satsuki reveals how Ragyo had used her in Life Fiber experiments, along with her newborn sister, who was discarded by Ragyo when the experiment allegedly failed. However, Ragyo, who is able to heal her injuries, breaks free and takes control of the students, turning them into her personal army.
Le grand festival de l'Académie Honnôji prend brusquement fin, et Ryuko doit déterminer qui sont ses amis et ses ennemis.
Una volta liberati tutti gli studenti e cittadini intrappolati dalle biofibre, i quattro leader combattono contro Nui mentre Mako dà una mano con l'evacuazione. Nel frattempo Satsuki rivela come Ragyo l'aveva usata per i suoi esperimenti con le biofibre, così come aveva sfruttato sua sorella neonata, abbandonata da Ragyo dopo aver fallito un test. Tuttavia Ragyo, la quale è in grado di rigenerarsi le ferite, si libera e prende il controllo degli studenti, trasformandoli nel suo esercito personale. Mentre Aikuro e Tsumugu li affrontano, Ragyo assume il controllo di Ryuko, mandandola contro Satsuki, ma Ryuko riesce a riprendersi con la forza di volontà. Subito dopo Ryuko combatte contro Nui mentre Satsuki affronta Ragyo, tagliandole la testa. Tuttavia Ragyo sopravvive grazie a una biofibra rimasta intatta, annientando completamente Satsuki e rubandole Junketsu. Mentre un esercito di covers appare nel cielo, Ragyo estrae il cuore di Ryuko, ricoperto di biofibre, rivelandole di essere la sua presunta figlia deceduta.
すべては羅暁に裏切りを気取られないための芝居、本能字学園は羅暁並びに生命戦維との戦闘に備え築かれた戦闘部隊だと明かす皐月。幼い頃に死んだ父の志を継ぎ、羅暁の計画を阻止するために長きに渡り画策してきたのだ。原初生命戦維の活動も停止させ、その場を治めるかに見えた皐月だが、羅暁は人間を越えた不死身の肉体を手に入れていた…。
어머니에게 반기를 든 사츠키의 행동을 보고 누디스트 비치와 류코는 잠깐 혼란에 빠진다. 라교는 사츠키의 칼에 찔렸음에도 아무렇지도 않게 다시 본 모습으로 돌아가 혼노지 학원을 제압하기 시작하는데...
После освобождения всех захваченных в ловушку студентов и граждан от волокон жизни, Элитная четверка сражается против Нуи, а Мако помогает с эвакуацией. Между тем, Сацуки рассказывает, как Рагио использовал ее в экспериментах с жизненным волокном вместе со своей новорожденной сестрой, которую Рагио отверг, когда эксперимент якобы провалился.