SPがSPを射殺!? 疑惑のテロリスト銃撃戦…監禁されたマリコ
矛盾する発射タイミング!! 京都〜小豆島、逃げる女VS迫る狙撃者の謎
姿なきテロリストの罠奇妙な航路、不規則な数字の謎!? 音カメラが暴く迷走路
奇妙なタイヤ痕、飛沫血痕の罠!! 冤罪を生んだ鑑定ミス!? 父親に尋問されるマリコ！辞職を要求する元管理官！
死の爆風がマリコを襲う！廃墟の銃撃計画の裏を暴け!!
仕込まれた大量爆弾鑑定の謎！惨劇の法廷怒涛の完結編
毛髪鑑定を拒否する舞妓妻！ブラウス姿に日本髪の女の謎!!
ゴミ屋敷殺人事件！多過ぎる証拠品〜執念の科学鑑定の果てに
科学鑑定vs警察犬！殺害現場に国会議員の靴跡〜冤罪の罠!?
欲望の殺人実験室！リケジョと裏金の陰謀鑑定不能の粉末血液
間違った結婚の果てに…脳指紋検査が暴く記憶喪失男の謎！
最終章〜古都を襲った無差別テロ！解剖医による疑惑の鑑定!!
白昼の殺人雨！模倣犯による最悪の集団死マリコ路上に死す!?
防犯カメラに写らない女VS最新3D鑑定！ 追跡を阻む山荘爆破の罠…絶体絶命のマリコをハチの大群が救う!?
赤ちゃん誘拐発生！手口は24年前の事件と同じで… 被害者はその時の容疑者だった!? 時を超えた事件を最新科学捜査で追う2時間SP
プロゴルファー・矢吹伸太郎（柴木丈瑠）の遺体が自宅の庭で見つかった。遺体を調べたマリコ（沢口靖子）は、着衣の袖口から黄色い物質、右手首にかぶれと圧迫痕を発見しただけで他殺とは断定できない。が、「事件の匂いがする」などと調子のいい所轄の岩尾刑事（山本圭祐）は、“鬼嫁”と評判の伸太郎の妻、タレントの矢吹真由（沢井美優）が怪しいとにらむ。 その真由の証言などから伸太郎は脳に動脈硬化があり、脳梗塞を起こして死亡した可能性が高いことがわかった。岩尾は真由が夫の浮気を疑っていた事実を掴み、それを殺害動機だと言い張るが、伸太郎の右手首のかぶれと圧迫痕は死亡する3日前にできていたことが判明。伸太郎の死とは無関係のようだ。
兵庫、和歌山、大阪で計3人の女性を絞殺し、大阪府警に逮捕されたものの、弁護士との接見中に逃走した容疑者・荒木田修（ドランクドラゴン 鈴木拓）の姿が、京都駅の防犯カメラで発見された。京都府警にも捜査協力が命じられ、榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研でも防犯カメラ映像の分析を開始する。<br/> そんな中、京都市内の置屋で芸妓・鶴藤（浦まゆ）の遺体が発見された。首に索条痕があり、絞殺された可能性が高かったが、マリコは防御創がないことに疑問を抱く。ところが、思わぬ事実が判明！ 現場からなんと荒木田の下足痕が見つかったのだ。
榊マリコ（沢口靖子）に思いがけず“異動話”が舞い込んだ。警察庁で“刑事指導連絡室”室長を務める元夫・倉橋拓也（渡辺いっけい）が、刑事講習で科学捜査を教える専門指導官に、マリコを推薦したのだ。もし選ばれたら警察庁、つまり東京に出向となる…。科捜研の仕事を天職と思う一方、20年以上培ってきた科学捜査の経験を若い世代に伝えることにも価値があると考え、マリコは迷う。 その倉橋が突然、マリコに相談を持ちかけてきた。実は数日前、倉橋の同僚が京都出張中に雑居ビルの非常階段から転落死。事故として処理されたにもかかわらず、庁内には箝口令が敷かれたという。不審を抱いた倉橋は友人の死の真相を明らかにしたいと願うものの立場上、動くこともできず、マリコに捜査を頼みたいと話す。 科捜研所長・日野和正（斉藤暁）は正式な要請がない以上、協力できないと釘をさすが、マリコはさっそく土門薫（内藤剛志）刑事や蒲原勇樹（石井一彰）刑事を巻き込んで捜査を開始。蒲原が所轄署から入手した調書によると、倉橋の同僚は雑居ビル内にあるガールズバーを訪れ、トイレと間違えて非常階段のドアを開け、そのまま足を滑らせて転落したとされていた。また、遺体の所持品からスマートフォンが消えていたことが判明。正体不明の目撃者が公衆電話から119番通報していたこともわかった。 土門とマリコは被害者の元妻で、大学の准教授を務める水城和穂（沢城みゆき）のもとを訪れるが、和穂は元夫との関係を「ねじれの関係」と一蹴し、マリコ達を突き放す…。 一方、蒲原とともに転落現場を訪ねたマリコ。手がかりを求めて非常階段を調べたところ、わずかな繊維片を見つける。ところがその直後、マリコは怪しげな男たちに拉致されてしまい――!? はたして、マリコは警察庁キャリア官僚の死に潜む真相を暴くことができるのか!? そしてマリコは元夫・倉橋の誘いに乗って東京行きを決断するのか――!?
アパートの2階で、住人・佐々浦洋子（森口幸音）の刺殺体が見つかる。隣の部屋に住む北村沙織（奥山かずさ）が一緒に飲むため訪ねたところ、遺体を発見したという。土門薫（内藤剛志）刑事は通報時間が朝9時と早く、そんな時間から飲もうとしたのか尋ねる。さらに沙織が持参したワインボトルに洋子の指紋が大量に残っていたと告げると、沙織は顔をこわばらせ、仕事に行くと強引にその場を去ってしまう。土門は洋子の下の部屋に住む坪倉隆（竹下健人）にも話を聞く。死亡推定時刻は昨晩の9時から11時の間。言い争うような声がしたとの証言がある中、左官職人の坪倉は何も聞いていないと主張する。朝が早く、洋子の足音が聞こえないよう耳栓をして寝ていたというのだ。 榊マリコ（沢口靖子）は監察医の風丘早月（若村麻由美）から、洋子の死因が骨盤骨折で生じた大量の出血の可能性が高いと聞かされる。確かに現場の床には大量の血痕があったが、マリコは20代の洋子が部屋で転んだぐらいで骨盤骨折するのか疑問に思う。一方、土門は洋子が上司・新井典子（瑛蓮）のパワハラが原因で、先月会社を辞めていたことを突き止める。謹慎処分中の典子は土門にパワハラだけでなく、洋子の死への関与を否定。しかし、1人暮らしのため事件当日のアリバイは証明できなかった。 マリコは洋子が激しく抵抗した末、骨折した可能性があると考え、肉眼で見えない血液を探すため土門と洋子の部屋に向かう。すると、ゴーグルにマスク姿の特殊清掃員が部屋を清掃していた。マリコの制止を聞かず作業を進める清掃員。それは、世界規模で起きた連続殺人事件の捜査でマリコたちが関わった大学教授・加賀野亘（佐々木蔵之介）に心酔していた秦美穂子（佐津川愛美）だった。そこに、特殊清掃を請け負う会社の代表・阿武隈忠（谷田歩）が現われるが…。 助教だった美穂子との思わぬ再会に驚くマリコ。アパートの住人・沙織や坪倉、さらに元上司の典子など、不審な点やアリバイがはっきりしない者が次々と現われるこの難事件にどう挑むのか？
京都市内の路上で自転車が爆発し、乗っていた男性が死亡する事件が起きた。臨場した榊マリコ（沢口靖子）は、遺体を確認して驚く。被害者は大手IT企業社長・磐田誠一郎（西ノ園達大）で、マリコは先日、彼が主催する“スマホアプリコンテスト”を見学したばかりだったのだ。何者かが自転車に爆発物を仕掛けたようだったが、不可解なことにハンドルには7台ものスマートフォンがズラリと装着されていた。また、マリコは遺体の首筋から、金色に光る謎の物質を採取する。 土門薫刑事（内藤剛志）が捜査を進めた結果、強引な経営手法の磐田に恨みを持つ人物は多く、リスト化したところ100名もの人物が浮上。特に、彼が運営する飲食店人気ランキングアプリの影響で経営難に追い込まれた店主は、かなりの数にのぼることがわかる。 そんな中、遺体の首に付着していた物質が、割れた食器を修復する“金継ぎ”の素材と判明。コーヒーの成分もわずかに検出される。マリコは、リストの中から金継ぎの器でコーヒーを提供するカフェを発見。さっそく訪ねてみると、カフェはすでに閉店し、アプリ開発会社“ミラクル製作所”のオフィスと化していた。ミラクル製作所は、社長の越智弘基（松尾諭）や専務の溝口晴翔（兵頭功海）らたった4名の小所帯だったが、スマホアプリコンテストで、独特すぎる〝ダイエット″アプリを磐田に酷評された越智をはじめ、ほかの3人もそれぞれの理由で磐田を憎んでいて…!? やがて――マリコは事件当日の被害者の行動をたどるべく、磐田が起動していたアプリをもとに京都の街を自転車で疾走することに！ マリコが身体を張って確かめた真実とは…!? そして、古都の街並みを利用して犯人が仕組んだ、驚愕の爆破トリックとは…!?
寂れたビリヤードバーの店内で、経営者・横沢征（湯浅崇）が殺されているのが見つかった。横沢はあちこちで借金を重ねているらしく、遺体を発見したのも取り立てに来た金融業者だった。検視した榊マリコ（沢口靖子）は、横沢が薄汚れた身なりをしているにもかかわらず、靴だけがピカピカに磨き上げられていることに違和感を覚える。また、遺体の手のひらに油のようなものが付着していることにも気づく。 まもなく、被害者の手についていた油分は、革製品のツヤ出しにも使われる“木蝋（もくろう）”と判明。さらに、横沢はプロ野球選手の上杉栄太（梅原勇輝）と異父兄弟だったという事実がわかる。上杉は3年前、30代半ばの若さで病死したが、それまで横沢は度々、弟に金をせびっていたらしかった。 上杉の妻・明里（音月桂）が現在、靴磨き専門店を開いていると知ったマリコは、事件解決の糸口を求めて、土門薫刑事（内藤剛志）とともに彼女の店を訪問。明里は夫の死後、横沢とは交流がないといい、事件当日は常連客から持ち込まれた靴をずっと磨いていたと話す。しかも、仕上げに木蝋を使うこともないようだった。それらを聞いたマリコは何を思ったか、突然、彼女に靴磨きを教えてほしいと言い出して…!? ところがその後、明里の指紋が横沢の靴から検出されたものと一致！ 被害者の靴をピカピカにしたのは、明里だったのか!? 彼女のアリバイを確かめるため、マリコは事件の日に靴磨きを依頼した常連客・赤宮公達（ダンカン）宅を訪ねるが、明里が手入れを施したという靴から、さらに彼女の疑惑が深まる展開に…。はたして、磨き上げられた靴に隠されていた秘密とは!? マリコが科学で事件の真相に迫っていく…！
国際ピアノコンクールの日本最終予選の朝――。審査員長を務めるドイツ人女性の絞殺体が、会場のコンサートホールで見つかった。臨場した榊マリコ（沢口靖子）は、遺体の首に付着していた赤い微物を採取。また、遺体の歯の間に光る微物が挟まっているのを発見する。 死亡推定時刻は前日の夜8時から10時の間と思われたが、ホール支配人によると、事件当日は午後、出場者3名が練習に訪れ、最後に調律師の和田優（崎山つばさ）がピアノの調律を行ったという。だが、おかしなことに鍵盤からは複数の指紋が検出された。調律師は最後に鍵盤をきれいに拭くのが常らしく、指紋が残ることなどないはずだった…。 鑑定の結果、首から見つかった微物はフェルトの繊維と判明、凶器はヒモ状の赤いフェルトと思われた。さらに遺体の歯から採取した微物は、爪のかけらだとわかる。被害者の首を絞めたとき、犯人の爪が被害者の歯に当たって欠けたものと推測され、犯人は指をケガしている可能性が浮上する。 和田のもとを訪ねた土門薫刑事（内藤剛志）は彼が右手指にケガをしていることに気づくが、和田はクールな表情を崩すことなく、調律道具で引っかいた傷だと主張。昨夜はなぜ最後に鍵盤を拭かなかったのかという土門の問いにも、単に仕上げを忘れただけだと返答する。 その後、マリコと土門は事件当日、ホールで練習を行った出場者――山崎永太（山岸門人）、佐光真奈美（渋谷飛鳥）、戸村康介（川野直輝）――の3名に事情を聞くが、誰ひとりとして確たるアリバイを証明できなかった。しかしながら、やはり最後にホールを訪れた和田に疑いが集中。マリコは和田の指の傷が本当に仕事の道具によってできたものか鑑定したいと言い出すが…!?
繁華街の裏路地にあるバーの前で、店の常連客・横井友哉（松木賢三）の刺殺体が見つかった。臨場した榊マリコ（沢口靖子）たちは、遺体のポケットからかわいらしい僧侶のキャラクターがついたキーホルダーを発見。調べたところ、京都府中部に位置する“山田村”の公式キャラクターグッズだとわかる。 村の寺には、数々の奇跡を起こしたという奈良時代の僧“天空和尚”の作とされる観音菩薩像がまつられており、山田村では天空和尚をキャラクター化して盛り上げをはかっているらしかった。その仏像を鑑定したのは、イケメン美術鑑定士の一条礼司（元木聖也）。“鑑定王子”として人気の彼が国宝級の宝だと断言したのをきっかけに、村は一躍、人気観光地となり、ふるさと納税の寄付額も増えていた。 横井は事件の前、山田村を訪れたのだろうか!? マリコが土門薫刑事（内藤剛志）と村を訪ねたところ、横井は事件直前、村長・鈴森啓子（生田智子）のもとに現れ、仏像はもっと後の時代に作られたものではないかと因縁をつけてきたとわかる。村では２年前に年代鑑定を依頼、科学的にも奈良時代の仏像だと証明済みのはずだったが、寺の住職・松野光雲（町井祥真）は鑑定書を紛失したと言い張って見せようとしない。マリコと土門は、村が仏像の鑑定結果を隠匿し、その情報をつかんだ横井が村人のうちの誰かを脅迫していたのではないかと推測する。 そんな中、一条が山田村の出身だと発覚！ さらに事件発生直前、現場付近にいた一条の姿を防犯カメラがとらえていたことが判明する。一条は事件への関与を否定するとともに、自らの鑑定は正しいと主張。伝説の僧・天空和尚が彫った仏像は、科学では解明できないとマリコに告げるが――その矢先、横井とつるんでいた山田村出身の男・窪塚照之（岩井拳士朗）の存在が浮上して…!?
人気男性アイドルグループの追加メンバーを決めるオーディションの合宿場で、参加者の豊原輝（清水学）が額から血を流して死んでいるのが見つかった。臨場した榊マリコ（沢口靖子）は、被害者の口元にピンク色の繊維が数本、付着していることに気づく。また、遺体の付近には三角錐の形をした、謎のプラスチック片が転がっていた。 グループのプロデューサー・サニー（斉藤陽一郎）によると、このオーディション合宿に参加していたのは、輝を含め７人。すさんだ生き方を改めようと一念発起した最年長の努力家・松永大我（佐野岳）や、元子役でリーダーシップもある大橋剣人（松島庄汰）、すぐに涙を流す泣き虫の西尾ユズキ（川野快晴）など個性あふれるメンバーばかりだったが、防犯カメラの映像を確認した結果、事件発生後、誰も合宿所を出入りしていないことがわかる。ということは、犯人はこの中にいる誰かに違いない――。土門薫刑事（内藤剛志）は全員、合宿所に留まるよう指示する。 まもなく、輝の死因は額の傷ではなく、窒息死であることが判明。さらに、口に付着していたのはアクリル系繊維のフェイクファーと鑑定され、犯人はピンクのフェイクファーで輝の口と鼻を塞いで窒息させたものと考えられた。マリコたち科捜研メンバーが合宿所内を捜索したところ、殺された輝から度々嫌がらせを受けていたユズキが、ピンクのフェイクファーで作られたウエストポーチを隠していたことが発覚！ そればかりか、ほかの面々の所持品からフェイクファーアイテムが続々と見つかって…!? マリコはそれらの繊維を検証するが、やがて真犯人を絞り込むため、被疑者となったメンバーにある“テスト”を行うことに…!?
最新鋭のAI（人工知能）を研究する“京都AIセンター”のサーバールームで、ネットニュースの記者・高階浩也（野田晋市）の遺体が見つかり、榊マリコ（沢口靖子）たち科捜研に出動要請が入った。 火災通報があったため消防が急行して遺体を発見したのだが、火事の痕跡は現場にも遺体にもまったくなく、検視の結果、死因は二酸化炭素中毒と判明。現場には、二酸化炭素を放出して鎮火する二酸化炭素消火装置が設置されていた。 京都AIセンターのラボ責任者・宮越優真（美村里江）によると、センターのセキュリティーはすべて、彼女が開発したAI“UMAⅡ(ユマ・ツー)”が司っているという。 優真は、UMAⅡのように優れたAIは人間と同等の判断力を有し、常に最善の選択を行うと自信満々。UMAⅡはラボへの貢献度や友好度を判断して訪問者の入館を許可しているとも話し、職員でもない高階が深夜、サーバールームに侵入できたのも、UMAⅡが高階のことを好意的な記事を発信してくれる存在として認識し、入館を許したのではないかと分析する。 では、火災が発生していないのになぜ二酸化炭素消火装置が作動したのか――その問いに、優真はUMAⅡが何らかの理由から高階を自分にとって危険な存在と判断し、消火装置を作動させたのではないかと推測。つまり、AIが自らの判断で高階を排除したのではないかと話す。 AIによる殺人の可能性を示唆され、がく然とするマリコと土門薫刑事（内藤剛志）。だが、たとえAIが人を殺したとしても、犯罪が起きた現場には必ず証拠が残るはず。そう信じるマリコは徹底検証を開始するが、直後、戦慄の事態がマリコを襲う――！
榊マリコ（沢口靖子）と宇佐見裕也（風間トオル）は、和歌山県の山中に新設された警察病院を訪れていた。最近、遺体に捜査員のDNAが付着するなどのミスが全国的に相次いだため、開業前のその病院を借り、近畿５府県の科捜研から法医、化学の担当研究員を各１名ずつ集めて研修が行われることとなったのだ。 ところが、研修開始直前、大雨で土砂崩れが発生し、道路が寸断。宇佐見や兵庫県警・科捜研の堀日菜子（小島梨里杏）ら化学研究員たちは、“科警研”から派遣された講師・丸山紘一（長嶋一茂）のもと順調に研修を開始するが、もうひとりの講師の到着が遅れ、マリコをはじめとする法医研究員５人は自分たちだけで研修を進めることに。さっそく大阪府警科捜研の牧英子（寒川綾奈）が遺体役となり実習をはじめるが、英子の身体に触れたマリコは異変を察知。急いで脈を確認したところ、なんと死亡していることが判明！ 遺体役を演じている間に、英子は本当の遺体になってしまったのだ…。 わずか20分前までは普通に会話していた英子が、なぜ…!? 不可解な事態に一同はがく然。しかも、土砂崩れの影響で検視官も捜査員も臨場できない。ウェブ通話でつないだ和歌山県警の捜査員・峰岸賢（松澤一之）からは「室内にいた全員が容疑者だ」と制止されるが、マリコは一刻も早い検視の必要があると訴え、丸山を監視役につける条件でなんとか検視の許可をもらうことに成功する。 マリコの強引な仕切りのもと、各府県の科捜研研究員が協力して検視、鑑定を開始。医師免許を持つ奈良県警科捜研の椎名美幸（宮本真希）の執刀で解剖も行うが、その結果、導きだされたのは衝撃の死因だった！ 犯人はやはり研修メンバーの中にいるのか、不穏な空気が漂う中、新たに事件関係者が不審な死を遂げる事態も発生。第２の事件現場を調べた京都府警鑑識員・長谷川公子（大林素子）は意外な事実をマリコに告げるのだった。 真実を掴むため、マリコは元所長の宮前守（山崎一）を頼るが、そこで思いもよらぬ答えが返ってきて…!?
山中で、和楽器の鼓を抱えたスーツ姿の男性の遺体が見つかった。臨場した榊マリコ（沢口靖子）は、被害者の頭部に爪あとのような謎の引っかき傷が残されているのを発見する。 まもなく、被害者の身元は暴力団のフロント企業社員・才賀春樹（小堀正博）と判明。また、鼓は区民会館の備品であることがわかったほか、付着していた指紋から所轄署の生活安全課係長・高安順二（林家正蔵）が浮上する。 土門薫刑事（内藤剛志）らが高安を訪ねたところ、彼は署ではなく区民会館におり、羽織袴姿で傘回しを披露しながら、高齢者を相手に特殊詐欺被害などの注意を呼びかけていたからビックリ！ 高安はかつて組織犯罪対策部のやり手刑事だったが、10年前に所轄署の生活安全課に異動。現在は“防犯公演”と称して特技の神楽を披露しながら犯罪への注意喚起を行っているという。高安は、才賀とは面識などない、鼓もいつ触ったか覚えていないと主張。会館の館長・岩井綾香（高橋かおり）も才賀には見覚えがないと話す。 そんな中、胃の残留物から、才賀が事件直前、会館近くのサンドイッチ専門店の商品を食べていたことが判明。店のオーナー・間宮栞（吉住）に確認したところ、才賀は前夜、サンドイッチをテイクアウトしたとのことだったが…!? その後の才賀の足取りを追うため、マリコたちは京都市内にあるすべての防犯カメラをチェック。顔、歩容、骨格、服装の認証を組み合わせた“フルパターン認証”で捜索した結果、意外な立ち寄り先が判明し…!? やがて、調べを進めたマリコたちはフルパターン認証を最大限に活用するため、羽織袴姿になって“かくし芸鑑定”を行うことに…!?
新年早々、人通りのない寂しい公園で、後頭部を強打され絶命した舞子姿の女性の遺体が発見される。臨場した榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研メンバーは、被害者が身に着けている帯に二次元コードが印刷されているのに気づく。コードを読み取ったところ、「デジタル舞子」というサイトにつながったから驚く。 「デジタル舞子」は、アプリで手軽にオーダーできる、カジュアルなお座敷遊び風サービスらしく、被害者の身元はそのデジタル舞子のひとり、本条奈々（三澤紗千香）と判明する。「デジタル舞子」の代表・椎名美月（川津明日香）や、テクノロジー面をサポートしているIT会社社長・庄司直樹（南圭介）によると、彼女たちは全員、GPSの機能や歩数、心拍数まで計測できるウェアラブルセンサーを耳に装着しているという。だが、奈々の遺体にはセンサーが見当たらなかった。犯人が持ち去ったのだろうか…。 マリコたちは奈々が使用していたセンサーのGPS履歴を頼りに、彼女の事件当日の足取りを追跡。遺体の着物や帯、草履には花粉やイヌの毛、珪藻土、黄色い塗料などさまざまな微物が付着していた。マリコたちは彼女が立ち寄った営業先に該当するものがないか、ひとつひとつ確かめていくことに。しかし、草履の底に残されていた“黄色い塗料”だけはどこで付着したのかまったくわからず、マリコは同じ塗料を探し求め、京都の街を奔走することに…!? やがて、ひとりの男をめぐって、「デジタル舞子」内で愛憎が渦巻いていることが明らかになって…!?
とある百貨店の商品企画部オフィスで、側頭部を殴打され絶命した女性の遺体が発見される。臨場した榊マリコ（沢口靖子）は被害者の右手から、握られていた繊維片と、なにかベトベトとする謎の付着物を採取。早速、鑑定を始めるのだった。 一方で、第一発見者である企画部のスタッフに聞き込み捜査をする土門薫刑事（内藤剛志）。被害者は百貨店が推し進める、定額料金で服を借り放題できる“サブスクリプション（＝サブスク）”の責任者・三宅由莉（篠原真衣）で、一流ブランド「ミサヤマモト」の《女優コート》なる、３着限定の目玉商品を手掛けた功労者だった。やがて、３着のうちの１着が紛失していることが判明。犯人が奪っていったのだろうか…。 後日、マリコは、被害者の手についていたベトベトの付着物は接着剤によく使われる成分であること、そして、握っていた繊維片は《女優コート》のものである可能性が高いと分析。彼女はコートの現物を見たがるが、実は被害者と借主・島田茜（大久保桜子）との間で、《女優コート》の置引きをめぐるトラブルが生じていて…。マリコたちは《女優コート》のサンプルがあるかもしれないと、世界的なデザイナーの山本ミサ（藤真利子）のもとを訪れるのだが、彼女もまた、自身の手掛けるブランドをサブスクで手軽に展開されることに猛反対し、被害者とひと悶着があった張本人だった…。 その後、サブスクサービスのポスターにも登場する女優・川久保純（桃月なしこ）の私物である《女優コート》も窃盗被害に遭っていることを知るマリコたち。連続するコートの窃盗事件に、犯人の次のターゲットも《女優コート》の借主だと予測を立てるが、その“借主”が意外な人物で…!?
とあるキャンプ場で、頭部に傷を負い絶命している男性の遺体が発見される。被害者は、ソロキャンプ（＝ソロキャン）を楽しんでいた南郷朋親で、誰かに突き飛ばされ、後頭部を木に強打したことが死因らしい。また、被害者のそばにアウトドア用のコーヒーミルのハンドル部分が落ちており、ここから血液反応が…。被害者のものだろうか？ その時、木陰から遺体を検視する榊マリコ（沢口靖子）たちを見つめる、フードを目深にかぶった“魔法使い”のような出で立ちの人影が。科捜研のメンバー・橋口呂太（渡部秀）が追いかけ捕まえると、男は被害者と同じく、キャンプファイヤーの火の粉から身を守るポンチョをまとったソロキャンパー・黒石萬作（斉木しげる）だった。 マリコらは同じキャンプ場内でテントを張り、キャンプを行っていた黒石、彼のことを「クロちゃん」と親しげに呼ぶキャンプ仲間・森末未来也（藤田富）ら5人に接触。しかし、黒石と森末は被害者の姿は見ていないそうで…。 やがてマリコたちの執念の鑑定から、被害者のそばに落ちていたコーヒーミルのハンドル部分と、纏っていたポンチョに付着したふたつの《ある物質》が見つかる。はたして事件との関係は――!? また、被害者のテントに森末の、ハンドルに黒石の指紋が付いていたことも判明し…？ 黒石と森末が「被害者の姿は見ていない」と語ったのは、ウソだったのか!? マリコたちは再びキャンプ場に出向き、黒石のもとを訪ねる。《ある物質》の謎を解明するべく、火を起こす際に用いるキャンプ用品のひとつ「メタルマッチ」を借りようとするが、黒石からマリコにトンデモない要求が…!? そんな黒石の挑発を受け、マリコが生まれて初めての火起こし体験を…？ はたして事件当日、キャンプ場にいた5人の中に犯人はいるのだろうか――？
とある日の科捜研。橋口呂太（渡部秀）がにわかには信じられない様な話を始める。それは、知り合いの少年の元に、亡くなった父親の記憶を受け継いだという男が現れたというものだった。呂太に懇願され、榊マリコ（沢口靖子）は、その少年に会いに公園へと向かう。 少年の父親は、大学准教授の賀茂井健治。一ヵ月前にとある境内の階段から転落死したが、「臓器提供意思表示カード」を所持していたためドナーとなることになった。公園についたマリコらが目にしたのは、少年・賀茂井大翔（潤浩）に一人の中年男性・笠城覚士（橋本じゅん）が親しげに話しかける様子で、彼こそが賀茂井から臓器を提供してもらったレシピエント（移植を受けた人）だという。笠城は、「お父さんから腎臓をもらった時に、一緒にお父さんの記憶ももらった」と語り、「お父さんは殺された」と謎の発言を残して去ってゆく…。 賀茂井の死は単なる事故ではないと感じたマリコらは賀茂井の研究室に向かう。彼の大学での研究内容は“セルメモリー（細胞記憶）”で、記憶は生物の細胞そのものに蓄えられるというもの。その研究室では白衣姿の研究員・高平理香子（柳美稀）がマリコにセルメモリー研究の有用性、人間の記憶の神秘性を熱く語るが、マリコは彼女に驚きの質問を行って…!? マリコらはその足で賀茂井宅に向かい、彼の妻である恵美（遊井亮子）から事故当日の賀茂井のコートを入手。鑑定すると、本人と妻以外の指紋が検出された。やはり、賀茂井は誰かに突き飛ばされたのか…!? やがて、賀茂井准教授の関係者が殺害される事件が発生！その被害者の指紋が、賀茂井のコートについていた指紋と一致…！もしや、賀茂井の記憶を受け継いだ男が“復讐殺人”を行っているのか…!? 科学的に完全には解明されていないという《記憶のメカニズム》…果たして、本当に記憶は細胞を介して、受け継がれていくのか? ひとつしかない真実に、マリコたち科捜研メンバーが緻密な捜査と鑑定で挑むが…。
榊マリコ（沢口靖子）と涌田亜美（山本ひかる）は、ある山中で、動画投稿サイトで大人気のイケメン〝ハンドラー＜訓練士＞″の斯波しば健三（奥野壮）と救助犬・ゾイのコンビ《ゾイケン》と出会う。健三はゾイの言葉がわかるという触れ込みで注目を集め、これまで多くの救助をゾイとともに成功させていた。そんなゾイケンは、マリコの目の前で要救助者の男・野口栄斗を発見するが、すでに絶命。マリコの検視の結果、彼は事故ではなく殺人事件の可能性が…。健三は被害者を見たことがないと言うが…。 土門薫（内藤剛志）らの捜査によると、野口栄斗はかつて、遺体となって見つかった山を開発する大型リゾート会社に勤務していたものの、6年前のある悲しい事故の責任を負い解雇。しかし、その事故と健三とは、切っても切れない関係が――!? マリコは、健三がゾイと訓練を行っている救助犬訓練センターに出向く。マリコは、ゾイにしか心を開かない寡黙な健三の“世話係兼通訳”を担当する幼馴染の三池寧々子（里々佳）にあるトンデモナイお願いをするが…!? はたしてゾイと健三の《ゾイケン》は、なにかを隠しているのか…？
橋口呂太（渡部秀）の恩師・勝又潤子（大島さと子）が校長を務める小学校の「科学クラブ」に招かれ、特別講師として榊マリコ（沢口靖子）たち科捜研メンバーは、授業を行うことに。すると、まるで“ミニ・マリコ”のような「科学クラブ」の女子児童が、教卓の裏にテープで留められている、血液反応のある不審なハンマーを発見。担当教師は、前日、準備をしている時は見かけなかったと答えるが…。児童たちは体育館に憑りついているとウワサされる幽霊“体育館のハナコさん”の仕業の可能性も示唆。はたして、ハンマーは誰が張り付けたのだろうか？ やがて、マリコの鑑定の結果、付着していた血液は、6年前に体育館で殺害されていた同校の校長のものだと判明。学校に出入りしていた学校写真カメラマンの男が犯人として逮捕された事件だが、男は犯行を否認し続けながら、取り調べ中に心筋梗塞で急逝。被疑者死亡で、真相は藪の中となっていた…。もしや、ハンマーは6年前の凶器なのか――!? また、ハンマーが留められていたテープに付着した“メダカのエサ”から、学校でエサやりを担当している、教師に代わってプリントの印刷、児童の作品の掲示など行う“スクールサポートスタッフ”の古江美智流（三浦涼介）が浮上するが…!? 果たして、６年前の殺人事件の真相とは…!? そして “体育館のハナコさん”の正体とは…!? マリコが小学生に負けじと、科学の力で真相追及にあたる！
ある小さな町で、山の斜面から転がり落ちて息絶えた厚労省の医系技官・澤部保（小松利昌）の遺体が発見される。榊マリコ（沢口靖子）らが現場に駆け付けるが、藤倉刑事部長（金田明夫）から、遺体の解剖は、この町の診療所の先生に行ってもらうよう指示が。マリコは、過疎化の進んだ町に、法医認定医がいることに驚く。 医師の名前は4年前にこの町にやってきた、町唯一のドクターである椿木陽（藤井隆）。法医認定医の資格を5年前に大阪の名門医大で取得したエリートだが、気弱な性格で、自信がないと渋って…。やがて、集まった村人たちから背中を押されて、しぶしぶ請け負うことになるが――？ また、この町には産廃処分場誘致の計画があり、椿木の働く診察所が処分場の予定地となっていた。町と隣接する市を合併させ、診療所も遠く離れた大病院と統合するという話も持ち上がっているが、はたして厚労省の男の死となにか関係しているのだろうか…？ さらには土門刑事（内藤剛志）らの聞き込みで、町おこしの一環で《ジビエ料理》を有名にしようという動きがあるとの情報を、町唯一の猟師・我妻浩二（山田明郷）から得るが、我妻は遺体の第一発見者でもあり…。 やがて、マリコ、椿木らが行った遺体解剖の結果、前頭部の傷が死因の可能性があることが発覚。マリコはあることをひらめき、椿木にひとつお願いをするが…。 ブランクを感じさせないほどの解剖の腕を見せたほど優秀な椿木がこの小さな町にやってきた真相とは？ 町と市を合併し、町民を移住させて『コンパクトシティ』にする計画と事件の関係は――!? なんと、マリコと土門が“夫婦”を装って潜入捜査!? マリコが《ジビエ料理》に舌鼓を打ちつつ、真相に迫る!!
とある池で女性の溺死体が見つかり、榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研メンバーが現場に臨場する。被害者は、ある町の前町長で、背中の圧迫痕から誰かに突き飛ばされた可能性があることなどが判明。さらに捜査を進めると、インターネット上には、前町長が推し進めた堤防工事の計画の凍結にまつわる黒いウワサが書き込まれた《フェイクニュース》であふれ、すごい勢いで拡散されていた。実は、数年前にこの町で起こった水害で多数の被害者が出ており、堤防工事が中止にならなければ悲劇は起きなかったと非難されていたのだ。水害が犯行の動機だとしたら、その遺族が犯人の可能性も…!? 人気コメンテーターでもある社会学者の山神芳彦（久保田悠来）は、この前町長の事件はネット上の《フェイクニュース》によって誘発されたものだとテレビでコメントするが…。 やがて、マリコはSNSに書き込まれた見覚えのあるハッシュタグから、AI“UMAⅡ（ユマ・ツー）”を操った殺人事件の疑惑が残る研究者・宮越優真（美村里江）を思い出し、土門刑事（内藤剛志）に報告するのだった。 しばらくすると、ある大学の学長が、学内で転落死する事件が発生。それが、前町長殺害の経緯と類似しており…。事件は連鎖し、さらなる被害者が…！現場から採取されたDNAから前科のある若者・深野拓実（柾木玲弥）が浮上するが…!? 事件の背後に見え隠れするAI“UMAⅡ”の存在…優真の真の狙いとは…!?やがて、マリコの身に、史上最悪の危機が迫って…!?
“公園で男性が焼死した”という知らせが科捜研に入った。駆けつけた榊マリコ（沢口靖子）に、京都府警刑事・土門薫（内藤剛志）が驚きの事実を告げる。目撃者によると、被害者は歩きながらスマートフォンで通話していたが、ベンチに座った瞬間、身体から火が噴き出したというのだ。しかも、そのまま微動だにせず燃え続けたらしい。周囲にまったく火の気がなかったことから、いったいなぜこんな事態が起きたのか、マリコたちも戸惑いを隠せない…。 マリコが検視をはじめたところ、ひとりの男が現れ、被害者を見て驚きの声を上げる。彼はその日、科捜研に着任した新たな物理研究員・君嶋直樹（小池徹平）。君嶋によると、被害者は彼の前職場“京都環境生態研究センター”、通称“環生研”の所長・奥崎譲（小宮孝泰）に違いないという。 まもなく、奥崎が死の直前に電話していた先が、環生研内の“環境DNA研究室”の固定電話だったことが判明。この研究室は君嶋もつい最近まで在籍していたところで、奥崎の独断で閉鎖が決まったばかりだった。そのため、所属していた科学者たち、古久沢明（石黒賢）、才川隆文（正名僕蔵）、設楽勉（水橋研二）、由井沙織（高田里穂）――は奥崎に強い恨みを抱いていた。特に、物理学者の古久沢は「自分たちの研究は未来の人類のため。それを阻む奥崎は人類にとって害悪で排除されるべき存在だ」とまで口にする。 そんな中、君嶋は、彼が事件関係者と同僚だったことを知った藤倉甚一刑事部長（金田明夫）から鑑定に加わることを禁じられてしまう。加入していきなり仕事ができなくなってしまった君嶋は、鑑定が許されないながらも科捜研のミーティングに参加。世界各地で報告されている“人体自然発火現象”の可能性を指摘するが…!?
ある朝、榊マリコ（沢口靖子）は刑事部長・藤倉甚一（金田明夫）から緊急呼び出しを受けた。京都府内の大学の化学研究室のサーバーがハッキングされ、危険な毒ガスの製法データが盗まれたという。犯人はウェブ通話での交渉を要求、警察関係者でもいいから信頼できる第三者を交渉役に立てるよう伝えてきたらしい。藤倉は、その交渉役をマリコたち科捜研に依頼したいという。 土門薫刑事（内藤剛志）は警察の介入を許す恐喝犯など聞いたことがないと訝しむが、前代未聞なのはそれだけではなかった。犯人は“兵働耕春（森崎ウィン）”と、堂々と自身の名を明かしてきたのだ。兵働はかつてAI研究で名を馳せた天才プログラマーだったが、25年前、研究費用に行き詰まってオンライン巨額詐欺に手を染め、国外逃亡した先で謎の焼死を遂げたはずだった。ということは、別人が兵働の名をかたって今回の事件を引き起こしているのだろうか…。 まもなく犯人が指定した交渉時刻になり、ウェブ通話をつないだマリコたちはハッとする。モニターの向こう側に現れたのは――25年前の兵働そのものだったのだ。生きていれば彼は50歳になっているはずだが、いったいどういうことなのか!? 顔認証や声紋鑑定も兵働本人と完全に一致したその謎の男は、マリコにゲームをしようと持ちかける。自分が出したクイズに完璧に答えることができたら製造した毒ガスや製法データを破棄するが、不正解の場合は国内のあちこちに毒ガスをばらまくという。物理研究員の君嶋直樹（小池徹平）は画面上の兵働のある不自然な動きから、一つの可能性を示唆する。それは、画面の前にいる兵働は、彼の思考や個人情報が詰め込まれた“AI”なのではないかというもので…!?わずかにキャッチしたノイズから彼の居場所を割り出したマリコたちは急行するも、そこで新たな事件に遭遇！ さらに、現場には「この犯罪の５Ｗ１Ｈをすべて答えろ」というクイズが残されていて――。
大学理工学部の学部長・兼平政則（山崎銀之丞）が、大学内の自室で死んでいるのが見つかった。臨場した榊マリコ（沢口靖子）は遺体の手指に赤い発疹があることに気づき、アレルギーを疑う。 まもなく、マリコの推測どおり、兼平はラテックス（天然ゴム）アレルギーで、過去にアナフィラキシーショックを起こしたことがあると判明。今回は２度目のショックを起こして重篤化し、死に至ったものと思われた。だが不思議なことにラテックス製品は室内に何ひとつないばかりか、遺体が発見されるまで部屋には誰も出入りしておらず、密室だったことがわかる。 土門薫刑事（内藤剛志）は、兼平に脅迫メールが多数、届いていたことを突き止める。実は、優秀な研究者が海外に多く流出していることに危機感を抱いた兼平は最近、複数の国内企業と組んでシンクタンクを設立したのだが、それを面白く思わない人物も多かったようだ。また、そのシンクタンクは、兼平の愛人とウワサされる准教授・三浦葵（鳴海唯）を優遇するためのものとも揶揄されていた。 やがて、兼平が死の直前、10年前まで研究室に在籍していた奥居秀俊（福士誠治）に電話をかけていたことがわかる。奥居は現在、日本の科学者を海外に紹介して大金を得る“科学者専門の人材ブローカー”として暗躍している人物。マリコの経歴も調べ上げているらしく、「あなたになら最高の転職先を紹介できる」と名刺を渡してきたばかりか、密室の外からアナフィラキシーを発症させる方法を突き止めて優秀な科学者であることを実証してみせろと言い放ち…!? そんな中、君嶋直樹（小池徹平）の娘が“おたふく風邪”にかかり、君嶋は自宅からリモートでミーティングに参加するが…。
漁港の廃棄物集積所に捨てられていた発泡スチロール箱の中から、人骨が見つかった。榊マリコ（沢口靖子）たち科捜研が鑑定にあたったところ、20代男性のものとわかった。肩甲骨の背面側に傷が残っていたため、鋭利な刃物で背中を切りつけられ、殺害されたものと思われた。 白骨が入っていた発泡スチロール箱から、養殖業者の存在が浮上。土門薫刑事（内藤剛志）とともにその会社を訪ねたマリコは、経営者・連城友孝（谷口高史）の甥で、養殖場に住み込みで働く源（濱田龍臣）と出会う。 彼の部屋に足を踏み入れたマリコと土門は、驚愕！ 源は仕事のかたわら、魚の透明骨格標本を作るアーティストとして活動しているらしく、部屋中、幻想的な骨格標本がズラリと並んでいたのだ…！ 源からいきなり「あなたの骨、バランスがとれている。あなたを透明標本にしたらきれいだろうなぁ」と告げられたマリコはギョッとする。 そんな中、マリコの“復顔”作業がきっかけとなって、白骨の身元が判明。源とつながりのある、“ある人物”とわかる。もしや、魚では飽き足らなくなった源が、人間まで骨格標本にしようとして断念し、遺体を遺棄したのだろうか…!? さらに、被害者は白骨遺体が見つかる20日前まで、確かに生存していた事実も発覚。通常、わずか20日間で遺体が白骨化することは考えられない…。そんなにも短期間に犯人はどうやって遺体を白骨化させたのか――マリコたちは難題に突き当たるが、海外の研究結果を調べた物理研究員・君嶋直樹（小池徹平）がマリコにひとつの可能性を提示して…!?
大学の“動物音声学研究室”に所属する助教・園山隆（佐伯新）が、研究用に飼育しているサルのケージの前で絶命しているのが見つかった。臨場した榊マリコ（沢口靖子）は、遺体の後頭部と前頭部にそれぞれ傷があることに気づく。おそらく何者かに正面から切りつけられ、その衝撃で転倒。後頭部を打ちつけたことが、致命傷になったものと思われた。 死亡推定時刻は深夜１時～３時ごろとわかるが、事件当夜の“泊まり番”だった大学院生の岩城達夫（西銘駿）は仮眠室で寝ていたため、事件には気づかなかったと話す。さらに、当該時刻の研究室の防犯カメラ映像が何者かに消去されていたことも判明。つまり犯人の姿を目撃したのは、ケージの中のサルだけという状況だった…。 事件を調べはじめたマリコたちは、背後にちらつく不穏な影に気づく。その影とは――“連続人体発火事件”で犯人を知りながらも科学の発展のため隠避した天才物理学者・古久沢明（石黒賢）。殺された園山はかつて古久沢の研究室に在籍していたが、古久沢の“アカハラ”を受けて大学院を移ったらしく、彼のSNSの裏アカウントには古久沢への恨み言が綴られていたのだ。事情を聴きにやって来た土門薫刑事（内藤剛志）から園山について問われた古久沢は、「彼はこの世界には必要のない科学者だった」と辛辣に語る。 そんな中、マリコは、君嶋直樹（小池徹平）の以前の同僚であり、“連続人体発火事件”のときにアドバイスをもらった生物学者・由井沙織（高田里穂）が現場付近を走り回っているのを見かけるが…!?
システム開発会社の社長・梶谷亮一（鈴之助）が、石段の下で転落死しているのが見つかった。榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研が鑑定したところ、何者かに突き落とされたものと思われた。 付近の防犯カメラを確認したところ、意外な人物が映っていることが明らかになった。その人物とは…京都府警捜査第三課の篠宮小菊（松下由樹）。彼女は所轄時代から窃盗事件を追い続けてきた、いわゆる“盗犯”ひと筋のたたき上げで、本来は部下の教育係であるにもかかわらず、いまだに自ら街に出て万引きや置き引きを単独で摘発していた。周囲からは、窃盗犯を検挙するためには規律違反ギリギリのことも平気でやると思われている"猛者"だった。 実は、被害者の梶谷はAIで人間の感情をパターン化する“犯罪予測システム”を開発しており、府警本部総務部長の漆原修次（風見しんご）と組んで刑事部への導入を画策していた。小菊はそんな梶谷に対し、「刑事の仕事には長年の経験で培った”目”が必要。AIには、そのかわりは務まらない」などと猛反発していた。小菊にとって、犯罪予測システムは自らの仕事の領域を侵食する存在にほかならない。もしや彼女が、目障りな存在である梶谷を殺害したのか…!? そんな中、小菊を直撃したマリコは、彼女がスーツとは不似合いな外国製の登山靴を愛用していることに気がつく。梶谷の殺害現場には海外製らしき靴の痕跡が残されており、被害者の手首には登山靴の防水に使うワックススプレーが付着していたことから、マリコは小菊が何かを隠しているのではないかとにらむが…!?
乗馬ファームの厩舎の前で、馬主の吉川耕造（吉田輝生）が死んでいるのが発見された。榊マリコ（沢口靖子）が検視したところ、遺体の後頭部と前頭部に外傷が残されていることが判明。また、吉川が所有する馬“ウィンター号”が行方不明になっていることもわかる。 ファームのスタッフによると、ウィンター号は元競走馬で、現在は乗馬体験や撮影などで活躍していたという。もしや、ウィンター号が被害者を蹴って逃走したのだろうか…。 直後、思わぬ場所でウィンター号が見つかった。現場から数百メートル離れた映画撮影所に迷い込んでいたのだ。後脚に血液が付着しているのに気づいたマリコらは“ALSライト”を当てようとするが、突如現れた女性に「勝手な真似をしないで！」と制止される。彼女は、動物行動学を専門とする准教授・生駒遥夏(石井杏奈)。撮影所から馬に過剰な負担を強いていないかコンプライアンスチェックを任されている人物で、遥夏はALSライトが馬にとって安全なのか、マリコに問いかけるとともに、馬は凶器や証拠などの“モノ”ではなく、感情を持った“ひとつの命”だと訴える。さらに遥夏は、馬は優れた記憶力を持ち、人間の顔を覚えることができるとも話す。 まもなく、君嶋直樹（小池徹平）の鑑定により、ウィンター号の蹄鉄と被害者の傷口の形状は一致しないことが断定され、殺人事件であることが明らかになった。脚に血痕が付着していたということは、ウィンター号は殺害時に現場にいて犯行を見ていたに違いない…。 そんな中、疑惑の人物として、新人俳優・潮田純哉（富樫慧士）が浮上。遥夏の言葉を思い出したマリコは、ウィンター号による”面通し”実験を思いつくが…!?
イチョウの木の下で都内在住の船井文治（尾崎右宗）という男性の遺体が見つかった。着用していた装備から、ロープを使って木に登るアクティビティ“ツリークライミング”に興じていて不注意で落下したものと思われたが、臨場した榊マリコ（沢口靖子）は疑問を抱く。現場には多数の銀杏が落ちているにもかかわらず、被害者のスニーカーの底に銀杏を踏んだ痕跡がなかったのだ。 単なる事故死ではないとにらんだマリコたちが鑑定したところ、被害者の着衣からイチョウとは違う樹皮が見つかり、彼が登っていたのは別の樹木だったことが判明。さらに、現場に残された車輪の跡から、遺体がリヤカーで運ばれてきた事実も浮上した。 着衣から採取した樹皮にアカカビが付着していたことをヒントに、マリコは近くの雑木林に向かう。その林には最近、SNSで“血を流す木”として話題になっている樹木があり、巷では13年前に殺された女性の怨念が憑りついた木などといわれていたが、血を流す、つまりアカカビの影響により、幹から不気味な樹液が流れ出しているのではないかとにらんだのだ。雑木林を整備している樹木医・曽根くるみ（真飛聖）に案内してもらったところ、マリコ予想どおり周辺から血液反応が見つかり、やはり被害者の船井は血を流す木に登り、そこから落下し首を骨折して死亡したことが明らかになる。 だが、雑木林からイチョウの木の下まで、犯人はなぜ遺体を運んだのか!? そしてそもそもなぜ船井はこの木に登っていたのか!? 疑問を明らかにするため、君嶋直樹（小池徹平）が”ある検証実験”に乗り出す。すると、思いもよらぬ真実が浮かび上がって…!?
京都市内のビルの一室で、女性の遺体が発見された。臨場した榊マリコ（沢口靖子）は、驚愕する。現場のビルは、つい最近まで古久沢明（石黒賢）がひそかに属していた“シャドーラボ”が存在した場所だったのだ。そのシャドーラボは、海外の機関が日本人科学者を秘密裏に研究に従事させ、その成果を本国へ持ち帰るための“闇”の施設だった。 検視したマリコは、遺体が凍死の所見を示していることに気づく。現場のビルは全館空室で電気も止まっていたが、気密性が高く、夜でも10度前後の気温は保っているはずだった。10度前後のビルで凍死することなど、通常ではあり得ないはずだ…。 まもなく被害者の牧村美優（篠原真衣）が以前、マリコと対峙した“科学者専門の人材ブローカー”奥居秀俊（福士誠治）と同様、科学者に研究環境を紹介する“イントロデューサー”として活動していたことがわかる。調べたところ、奥居は事件直後に突如、出国していた事実が判明！ 土門薫刑事（内藤剛志）は、彼の行動を怪しむが…!? そんな中、凍死の謎を追っていたマリコや君嶋直樹（小池徹平）は、“ある仮説”にたどり着く。そしてその仮説の殺人方法を可能にするには、古久沢が研究開発を進めてきた最新技術が必要不可欠だとわかる。マリコは、またしても事件の背後に古久沢の影を感じるのだが…!? ついに”最強の敵・古久沢”との最終決戦！ その衝撃の結末とは…!? マリコに史上最大のピンチが襲いかかる――!?
インテリアショップの経営者宅に２人組の覆面強盗が押し入り、鉢合わせした主人が殺害される事件が起きた。榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研メンバーは遺留品の鑑定のほか、認証技術を駆使して容疑者の追跡を開始。土門薫（内藤剛志）は、所轄の刑事・阿久津誠也（徳重聡）と組んで捜査に乗り出すが、被害者の妻に事情を聴いたところ、事件の夜は夫婦そろって旅行に出かける予定だったとわかる。夫が発熱したため急きょキャンセルしたというが、犯人は留守にする情報を入手し狙っていたのだろうか…!? そんな中、マリコは犯人が残した手袋から指紋の採取に成功。それが２年前に起きた未解決の“警察官かたり詐欺事件”の容疑者と一致する。この詐欺事件は、京都府警捜査二課刑事の母親が警察官を名乗る詐欺犯にだまされて現金を奪われたというもので、被害に遭ったのはほかでもない阿久津の母・敏子（市毛良枝）だった。阿久津はかつて特殊詐欺などを扱う二課の敏腕刑事だったが、敏子が遭遇した被害が二課の一員としてあるまじき失態ととらえられたのか、事件直後、所轄署への異動を命じられたという。 マリコと君嶋直樹（小池徹平）は、手袋を残した犯人が２年前の詐欺師と同一人物か確認するため敏子のもとを訪問。しかし、敏子は詐欺に遭った恐怖から疑い深くなっており、マリコたちを詐欺師の仲間と勘違いして大騒ぎして…!? その後、事件を追うマリコの目の前で爆破事件が発生し、第二の被害者が…！ すべては謎の指示役“X”の仕業なのか…!? マリコと土門は事件の背後に見え隠れする黒幕Xを追うが…!?
香道“宝居流”の家元・宝居茅子（浅野ゆう子）の孫娘で大学生の麗華（中尾百合音）が誘拐され、５億円を用意しろという脅迫メールが届いた。麗華は10年前に事故で両親を失い、以来、茅子が宝居流の跡取りとして彼女を育てていたらしい。メールには薄暗い室内で監禁され、ぐったりしている麗華の様子を映した動画が添付されていた。 榊マリコ（沢口靖子）たち科捜研メンバーは、麗華が連れ去られたモーターボートの中を調べる。実はその日、麗華は家庭教師の南雲郁也（大塚宣幸）からクルージングに誘われていたのだが、南雲が出航前に一瞬、船を離れた隙に何者かがボートを操縦して彼女を連れ去ってしまったのだ。マリコは川岸に乗り捨てられていたボートから小さな金属製の”輪”を見つけるが、それが何なのかわからず…。 一方、君嶋直樹（小池徹平）は麗華の監禁場所を突き止めるべく、動画の背景音を調査。だが、カラスの鳴き声が抽出されただけで場所の特定にはつながらなかった。このまま犯人が麗華に水分を与えなかった場合、彼女は脱水状態となり衰弱死してしまいかねない。そのタイムリミットは72時間…。マリコたちは一刻も早く麗華を発見しなければと焦る。 そんな中、茅子の長男、つまり麗華の伯父にあたる雅臣（庄野崎謙）の存在が浮かぶ。雅臣は野鳥写真家を志し家元を継ぐことを拒否したため、15年前に茅子から勘当された存在だった。手がかりを求め、マリコは雅臣を訪ねるが、その矢先、驚きの身代金受け渡し方法を指示する新たなメールが届き…!? はたしてマリコたちは麗華の監禁場所を特定し救い出すことができるのか!? そして彼女を誘拐した卑劣な犯人は誰なのか!?
住宅街の公園で若い女性の遺体が見つかり、榊マリコ（沢口靖子）たちは臨場する。被害者は昨夜、帰宅途中に何者かに刃物で背中を切りつけられ、その拍子に頭を打ちつけて死亡したようだった。捜査をはじめた土門薫（内藤剛志）は、６年前から断続的に起きている４件の通り魔傷害事件と手口が酷似していることに気がつく。 その４件すべてで任意聴取を受けていたのが、カフェ経営者・栗城明良（玉城裕規）。だが4件とも犯人は証拠を残しておらず、自白も得られなかったため逮捕には至らなかったらしい。 そして栗城を毎回、聴取していたのが、定年を目前に控えた土門の先輩刑事・郡司武士（長谷川初範）だった。郡司は現在、京都府警捜査一課の一員だが、６年前は最初の通り魔傷害事件が起きた所轄署におり、その後、同じ手口の事件が起きる度、管轄外の署にも乗り込んで栗城を聴取していたという。土門は今回の事件の捜査にも協力してほしいと頼むが、郡司は栗城の犯行を直感しながらも逮捕できなかった自分は刑事失格だといい、首を縦に振らない。彼とバディを組む部下・木立麻美（三戸なつめ）は、そんな郡司の姿に歯がゆさを感じていて…!? その頃、科捜研ではマリコが“地理的プロファイリング”で過去の事件を検証、君嶋直樹（小池徹平）が新たな音声技術で栗城の供述を分析しようと試みていたが…その新技術で浮かび上がる衝撃の真実とは…!?
高架橋の下でイベント会社社長・矢田部誠治（越村友一）の遺体が見つかり、榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研メンバーは臨場する。マリコたちの鑑定の結果、後頭部を特殊な形状の凶器で殴打されたことが死因と判明。胃の内容物からは“鰻”、“すっぽん”、“鱧”など25品目もの高級食材が検出される。 そんな中、捜査三課刑事・篠宮小菊（松下由樹）が久しぶりに科捜研に現れる。小菊は窃盗常習犯・根津吉次（吉岡睦雄）が所持していたバッグを調べてほしいという。 実はその日の朝、小菊は根津の置き引き未遂現場に遭遇。偶然、居合わせた科捜研の物理担当研究員・君嶋直樹（小池徹平）とともに根津を追いかけたものの逃してしまったのだ。逃げる途中、根津が隠すように捨てたバッグの中には京料理の名店を紹介するガイド本が入っていたが、なんとその本に付着していた血痕が殺された矢田部と一致。もしや根津が矢田部を殺害したのか…!? 調べを進めたところ、矢田部は京料理を集めたフードイベントを開催するべく、有名割烹などと交渉を進めていたとわかる。事件の夜、矢田部は出店先を探すべく本を見ながら京料理の店を訪れたのだろうか!? しかし、25品目を網羅する食事を提供する店は見つからず…。一方、小菊は単独で根津の行方を追っていたが、君嶋は聞き込みに同行させてくれと言いだして…!?
朝、血のついたナイフを持った男が京都府警に出頭、時を同じくして京都市内の植物園で若い男性の刺殺体が見つかった。2つの知らせを同時に受け取った榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研メンバーは驚く。 鑑定の結果、ナイフが殺人に使われたことは間違いなかったが、出頭してきた植物園の職員・佐向祥太（小越勇輝）は何を聞いても無反応で様子がおかしい。科捜研で“ポリグラフ検査”を行ったところ、佐向は昨夜から今朝にかけての記憶を喪失しており、自分の犯行すら覚えていないとわかる。 一方、被害男性の身元は依然として不明のままだったが、解剖の結果、事件の１時間前に”トレニア”や“メランポジウム”などの“花”だけを食べていたことが発覚した。 マリコたちが気になったのは事件の朝、植物園内にある“実験植物園”の防犯カメラだけが作動していなかったこと。その実験植物園は二条院大学植物学研究室准教授・菅原香奈枝（朝夏まなと）が管理しており、部外者は立ち入り禁止となっていた。香奈枝は、植物は人間には聞こえない超音波を発し、他の植物や昆虫などと“会話”しているのではないかという仮説を立てて、実験しているらしい。 その矢先、心理カウンセラー・井手誠人（小松和重）からの情報で被害者の身元が浮上する。殺されたのは井手のカウンセリングを受けていた二条院大の元学生・土橋春樹（小南光司）で、彼はかつて香奈枝の研究室で学び、佐向とは友人関係にあったとわかる。捜査が行き詰まる中、井手は”ある心理療法”で佐向の記憶を探りたいと申し出るが…!?
総合商社部長・大倉大輔(弓削智久)が、山中の川のほとりで遺体となって見つかった。知らせを受けた榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研メンバーは臨場する。 検視の結果、死因は鈍器で頭部を殴られたことによる脳内出血と判明。衣服の足のほうが湿っていたが、川で濡れたわけではなく原因は不明だった。また、遺体のかたわらには携帯浄水器とマグネシウム充電器が落ちていた。 まもなく大倉は、中学時代の同級生で“防災アドバイザーまもるん”としてSNSを中心に活動する徳永衛（前野朋哉）をコーチ役に、ログハウスに宿泊しながら“避難体験”に参加していたとわかる。避難体験とは、被災してライフラインを絶たれたという想定のもと、防災グッズだけで３日間過ごすという試みで、今回は徳永、大倉のほか中学時代天文部の仲間だった石岡健太（宮下雄也）、関口麻子（杉本有美）らも参加していた。 徳永によると、今回の避難体験は3カ月前、同窓会で石岡らと再会したのがきっかけとなって開催することになったという。しかし大倉は避難体験に参加することを周囲の誰にも知らせておらず、被害者の居場所を知っていたのは避難体験メンバーだけだったと判明する。 さらに、徳永たち天文クラブメンバーの”悲しい過去”も浮上して…!?
遊歩道脇の斜面下でプリンターメーカー営業員・香取孝史郎（吉田ウーロン太）の遺体が見つかり、榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研メンバーは臨場する。斜面の途中には自転車が転がっており、一見、走行中にあやまって転落した事故と思われたが、マリコはヘルメットをかぶっているにもかかわらず頭部の打撲痕がひどいことに疑問を抱き、遺体を洛北医大に送ることに。 遺体と対面した解剖医・風丘早月（若村麻由美）は驚く。なんと香取は３日前、医大の廊下で風丘に声をかけ、「自分が死んだら解剖して下さい」と唐突に奇妙な依頼をしてきた人物だったのだ。彼は「証拠は身体の中に残しておくので」と告げて去っていったが、風丘は「まさか本当に解剖することになるとは…」とがく然。もしや香取には何者かに殺される予感があったのだろうか!? また、香取のポケットから“粘性のある白い物体”が見つかったのも謎だった…。 解剖の結果、香取の死因は硬膜外血腫と判明。自転車で転倒する前に何者かに突き飛ばされ頭部を強打し、その衝撃で硬膜外血腫ができ、脳がじわじわと圧迫され死に至ったとわかる。しかし、風丘やマリコが遺体をくまなく調べても、胃の中に未消化の食べものが残っていただけで“証拠”らしきものは見当たらなかった。 そんな中、香取の仕事は再生医療分野で使われるバイオ３Dプリンターの営業担当で、事件当日は機器のメンテナンスのため、“培養肉”を研究開発するベンチャー企業を訪れていたとわかる。さらにその後、ベジタリアン向けレストランに立ち寄っていたことも判明。その店主・伊東暁代（野波麻帆）は、かつて香取とつきあっていたようで…!? いったい彼が体内に残した証拠とは…!? そして白い物体の正体とは…!?
京都市内の川で強盗殺人事件の被疑者・葛木陽一の遺体が浮いているのが発見され、榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研メンバーは現場に駆けつける。状況から別の場所で刺殺され、川に落とされたものと思われた。 葛木は1週間前、滋賀県大津市で高齢女性の家に押し入った末、家主を殺害。滋賀県警刑事・八木下大輔（須賀健太）が追い詰めるも、振り切って逃走していた。 京都府警と滋賀県警は、すぐに合同捜査を開始。葛木の足取りを追うため、セキュリティー企業エンジニア・板東亮太（金井勇太）の協力を得て、大津市から遺体発見現場まで防犯カメラによるリレー捜査に乗り出す。 マリコたちは遺体の傷や着衣などの鑑定を進めるが、そこへ強盗殺人の鑑定資料を持って滋賀県警の科捜研法医担当・芦名瑞希（羽瀬川なぎ）が訪ねてきた。彼女は高校生の頃からマリコに憧れ、母・真知子（中田喜子）の反対を押し切って科捜研への就職を希望。念願かなって滋賀県警に採用されたという。瑞希は、マリコのように危険を顧みずに事件を解決する鑑定がしたいと夢を語り、マリコたちの鑑定にも参加する。 ところがその直後、マリコをがく然とさせる、新たな事件が発生！ 大ショックを受けるマリコに非難の声が浴びせられ、マリコはシリーズ史上最も深く打ちのめされることに…!?
榊マリコ（沢口靖子）ら京都府警科捜研に、京都市役所からの人事交流で会計係・加瀬淳平（加藤諒）が派遣されてきた。加瀬は科捜研がどんな鑑定をして、どれほど予算を使うのか興味津々な様子で…。 そんなある夜、京都市内のビジネスホテルで客や従業員、計30人以上が嘔吐、苦悶し次々と倒れる事態が発生、マリコたち科捜研メンバーも応援要請を受けて臨場する。 現場のホテルには天然温泉施設が併設されていたことから、支配人・大月裕子（大塚寧々）はもちろん、最初に駆けつけた交番巡査・新開颯太（鈴木福）も真っ先に硫化水素中毒を疑ったようだった。だが、消防の高度救助隊隊長・佐藤剛（津田寛治）が検知器で調べたところ、原因は硫化水素ではなく、何らかの毒物だとわかる。まもなく病院に搬送された被害者のうち、ホテルスタッフの男性が死亡。もしや何者かが毒物を使って無差別大量殺人を企てたのか――!? 土門薫（内藤剛志）ら捜査一課の刑事たちも捜査に乗りだす。 その後、毒物を気体にしてホテル内に充満させた可能性を考えたマリコは、事件の１週間前にホテルの排気設備を点検した設備配管工・島木陽菜（豊島心桜）のもとへ。彼女によると現場のホテルは全館一括空調を採用しており、犯人は給排気管を悪用した疑いが濃厚となるが…!? そんな中、颯太と亡くなった被害者はかつて友人関係にあり、“確執”も抱えていた事実が判明。さらに、事件現場にいた“ある人物”と被害男性の意外な関係も明らかに…。しかも、大規模イベント会場で毒物がばらまかれる恐れがあることが発覚！ マリコたちは戦慄の事態を防ぐことはできるのか!? そして京都を揺るがす無差別大量殺傷事件の真実とは――!?
食品加工会社社員・門脇卓（真丸）の遺体が公園の石段の下で見つかり、榊マリコ（沢口靖子）たち科捜研メンバーは臨場。所持していたはずのスマートフォンが見当たらなかったことから、事件性を疑った捜査一課刑事・土門薫（内藤剛志）たちは捜査を開始する。 事件の夜、門脇は“あかぞら食堂”という飲食店に寄ると言いのこして退社したことが判明、食堂を訪ねたマリコたちは店主の新倉初美（西尾まり）が“もう一度食べたい思い出の料理”を再現するサービスを行っていることを知る。そんな初美の取り組みは、編集者・成瀬若葉（小西桜子）の目に留まり、“思い出料理人”として雑誌に連載されていた。死んだ門脇は昨年、閉店した人気ラーメン店の味をカップ麺として復活させるプロジェクトを手がけており、初美はそのラーメン店の味の再現を頼まれていたという。だが、初美は事件の夜、門脇が店に顔を出したかよく覚えていないと曖昧な証言しか語らない。 その矢先、初美には前科があることが発覚。20年前、言い寄って来た職場の上司を歩道橋の上から突き飛ばし、傷害罪で逮捕された過去があったのだ。しかも、門脇のスーツに付着した油脂の成分が、初美が使っているハンドクリームと一致。初美が20年前と同じく、門脇を突き落とし殺害したのではないかという疑惑が深まって…。
“城南市”まで証拠品の返却に赴いた榊マリコ（沢口靖子）は、階段を駆け下りようとした女性がよろけて転落する場面に遭遇。驚いて駆け寄った瞬間、マリコは彼女から甘い匂いが漂うのを感じ取ったほか、「ぼろの中に…」とつぶやくのを耳にする。マリコがすぐに救急要請したため彼女は一命をとりとめたが、意識は戻らず、予断を許さない状況が続いていた。 翌日、城南市職員・紅林治彦（山本圭祐）の遺体が廃工場で見つかった。遺体の首には薄いストールが巻かれたままで、そのストールで絞殺されたものと思われた。臨場したマリコは、遺体から、前日に助けた女性と同じ甘い匂いがすることに気づく。 まもなくマリコが助けた女性は城南市長・長峰志郎（尾美としのり）の娘で、市役所の“ファシリティマネジメント部”に勤務する千沙都（山田愛奈）と判明。なんと、紅林の部下だったこともわかる。紅林は市長の娘である彼女を疎んで仕事から外すこともあったらしく、それを聞いた科捜研の会計係・加瀬淳平（加藤諒）は千沙都が紅林を殺害して逃げる途中、階段から落ちたのではと推理する。 しかし、どうしても匂いが気になったマリコは臭気分析を実施！ すると、２人は“ある有毒ガス”を浴びた可能性が浮上する。２人はいったいどこで有毒ガスにさらされたというのか!? そして「ぼろの中に」とはどういう意味なのか!? 捜査を進めるマリコに長峰市長が突然、「見せたいものがある」と声をかけてくるが…!?
榊マリコ（沢口靖子）は京都府警本部長・佐伯志信（西田健）の依頼で、今、ネットで“幽霊屋敷”と話題をよんでいる廃屋を調べることになった。噂のせいで不法侵入が止まず、警察にも苦情が相次いでいることから、“心霊現象など存在しない”と科学で証明してほしいというのだ。深夜、涌田亜美（山本ひかる）、加瀬淳平（加藤諒）とともに幽霊屋敷に乗り込んだマリコは、心霊現象を次々と科学で解明。その検証動画を京都府警のサイトで発信する。 ところが、マリコたちが撮影した動画に霊や人魂が映っているというコメントが相次ぎ、幽霊屋敷はさらに注目を浴びてしまう。しかもその直後、廃屋の元住人・屋敷隆（ムラサトシ）が敷地内で遺体となって見つかるという事件が起きる。屋敷の遺体は目、耳、鼻から流血していたが首を絞められた痕はなく、後頭部には打撲創が残されているなど、謎だらけだった…。 廃屋を管理している不動産業者・渡会美咲（倉嶋かれん）によると、彼は３年前まで幽霊屋敷に母、妹・真奈美（森脇英理子）と暮らしていたという。しかし、母が他界し、真奈美も結婚したのを機に、ひとりで住むには広すぎるからとアパートに引っ越したらしい。アパートの大家・大河原修三（宇梶剛士）に聞くと、家賃も滞納気味だったようだが…。 その後、屋敷の変死事件は“呪われた死体”としてまたしてもネットで話題となり、彼の遺体を調べた科捜研メンバーにも恐るべき事態がふりかかることに…!? はたして幽霊屋敷で起きた事件の真相は…!?
大手商社が手がけるサツマイモの貯蔵倉庫で若手社員・星野昴（中尾聡）の刺殺体が見つかり、榊マリコ（沢口靖子）は臨場する。その商社では焼き芋用のサツマイモを扱う新規事業を立ち上げており、被害者が所属していた“焼き芋事業部”では、農家から仕入れたサツマイモを倉庫で寝かせて熟成させ、食品工場に送る業務を担っていた。 第一発見者の派遣社員・仲村寿里（池田朱那）によると、サツマイモの甘さを引き出すため、倉庫は常に温度も湿度も一定に保たれているらしく、それを考慮すると死後30～40時間経過しているものと思われた。また、現場に血痕が少ないことから、被害者はどこか別の場所で殺害され、倉庫に運び込まれたようだった。 上司である焼き芋事業部部長・奥寺幸太郎（岩谷健司）に事情を聴いたところ、星野は仕事に前向きで、一昨日から休暇を取っていたと話す。しかし、実は星野は業務に嫌気がさし、退職を決めていたことが発覚。土門薫（内藤剛志）はその事実を隠していた奥寺を怪しむが、彼には死亡推定時刻の夜、台湾に出張していたという鉄壁のアリバイがあった。 やがて、被害者の靴底から奥寺たちが扱っていない新種のサツマイモで作った焼き芋のかけらが見つかって…。さらに、奥寺には部下にパワハラした過去があるとわかり…!?
工業機械メーカー社員・山川郁夫（内野謙太）の遺体が神社の石段下で見つかり、榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研メンバーは臨場する。山川は石段の上で何者かに凶器で頭部を殴られ、よろめいて転落したようだった。 ALSライトで血痕をたどっていたマリコは、現場に残された被害者の自転車に、ライトを当てると浮かび上がるインクで謎のマークがつけられていることに気づく。このマークは何を意味するものなのか!? 不審に思ったマリコたちは被害者の住まいや職場を調べるが、ほかに同じマークは見つからなかった。そして、山川は存在感が薄い人物だったという事実も浮上する。 ところが、なんと君嶋のカバンにも、同じインクで同じマークが描かれていたことが発覚！ やがてそのマークには君嶋直樹（小池徹平）の娘・莉子（伴心菜）と彼女の学童仲間・猪俣奈菜（永尾柚乃）らが結成した“放課後スパイクラブ”が関わっていることが判明、なんと彼女たちの調査ターゲットが山川だったことが明らかとなる。 いったいなぜ、奈菜たちは警察顔負けの調査活動を行い、山川を調べていたのか!? その理由には、奈菜の母・明日香（前田亜季）がからんでいるらしく…。また、スパイクラブには学童指導員・馬場信彦（大高洋夫）が協力していることもわかり…。
身元不明の20代女性が、意識不明の状態で倒れているのが発見された。傷の状態から、事件性があると見たマリコ（沢口靖子）たち科捜研は鑑定に乗り出す。 彼女が着用していたブルゾンには“ペロブスカイト太陽電池”が付けられており、そのブルゾンは2年前、“ソリスラボ”という太陽電池開発ベンチャー企業が開いたイベント“ソーラーフェス”のために作られたものだとわかる。 マリコたちはすぐにソリスラボを訪ねるが、CEOの花澤樹（前川泰之）は多忙で取り付く島もない。研究員の平田まどか（ゆいかれん）によると、そのブルゾンは花澤とともに会社を立ち上げた研究者・辻堂祥太（池田鉄洋）がイベント後にすべて回収したはずだという。しかし、彼は花澤と対立しすでにソリスラボを辞めていた。 やがて被害者の身元が保険会社勤務の契約社員・白崎美玖（大出菜々子）と判明。事件直前、クラウドファンディングでだまされたと周囲にもらしていたことがわかる。そのクラウドファンディングは花澤の名を悪用した詐欺のようだったが、もしや辻堂が花澤への恨みからクラウドファンディング詐欺を働き、美玖に追及されて彼女を殺害しようとしたのか!? 辻堂への疑惑が深まるが、彼は「復讐はしたが罪は犯していない」と言い張って…。
金属加工工場の社長・向井浩（浅田祐二）の遺体が石段の下で見つかった。打撲痕から転落事故のようにも見えたが、手のひらがまったく汚れておらず、マリコ（沢口靖子）は不審を抱く。 規制線の外に出たとき、野次馬の中から「榊師匠！」とマリコを呼ぶ声が…！ 声の主は、解剖医・風丘早月（若村麻由美）の娘・亜矢（染野有来）で、マリコを“師匠”として慕う彼女は医大を卒業し現在、近くの病院で研修医として勤務しているという。 その後、頭部の打撲痕が現場の階段とは一致せず、向井の下足痕が現場にひとつも残されていなかったことが判明。どこかで殺害され遺体を遺棄された可能性が浮上する。 工場では前夜、新入社員・松井陸（羽谷勝太）らの歓迎会が開かれたが、向井は急用ができたと言って欠席していたことが判明。工場長・林健一（大堀こういち）によると向井は最近、近所の草木染職人・椛山卓司（片桐仁）や病院事務長・須黒正明（肥後克広）ともめていたことがわかる。向井の工場では冷却水用に井戸を掘ったのだが、その影響なのか草木染工房と病院、それぞれが使っていた井戸の水質が変わり、苦情が寄せられたという。 土門薫（内藤剛志）が事情を聴くと、椛山は死亡推定時刻、染液の調合をしていたと話すが、弟子の長谷部拓海（庄司浩平）によれば、そのアリバイは嘘だった。また、須黒のもとも訪ねるが、彼のアリバイを証明したのは奇しくも亜矢で…。
精密機械メーカー研究員・保岡一隆（田村健太郎）が撲殺されているのが見つかり、榊マリコ（沢口靖子）たち科捜研メンバーは臨場する。凶器の石にはなぜか微量のニッケル合金が付着していたほか、保岡の胃の中には未消化のクッキーが残っていた…。 付近の防犯カメラを確認した結果、驚きの事実が浮上。事件直前、京都府警捜査三課の篠宮小菊（松下由樹）が保岡に接触していたことがわかったのだ…！ 彼女は“盗犯”ひと筋のたたき上げ刑事で、深夜、現場近くの自転車置き場で窃盗の警戒にあたっていたところ、保岡を見かけたという。ところが職務質問をかけようとしたとき、自転車窃盗の現行犯に遭遇。そちらを追跡したため、結局、保岡からは何も聞くことができず、その直後に彼は何者かに殺害されたものと思われた。死の直前、保岡は自転車置き場で何をしようとしていたのか…!? また、妻・実梨（瀬戸さおり）の証言で、保岡があやしい男につきまとわれていたことが発覚。最先端の半導体回路を開発している保岡の勤務先では３週間前、機密情報の流出未遂事件が起きてネットニュースになったばかりで、その男も情報流出について探っていたようだった。その後、マリコは保岡の上司・浦井文久（半田周平）や同期の研究員・根岸徳男（渋谷謙人）から事情を聴くが、やはり情報流出を警戒しているらしく入退館のセキュリティーは超厳重だった…。 その矢先、保岡こそが情報流出の首謀者であり、産業スパイに違いないとする書き込みがSNSに氾濫！ その情報はどんどん拡散されていき…!? そんな中、小菊は保岡と接触した際の様子を思い出し、マリコと君嶋直樹（小池徹平）を”ある場所”に連れて行くが…!?
雑居ビルの前で、転落死と思われる男性の遺体が見つかり、榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研メンバーは臨場する。ビル屋上には彼の靴が残されていたが、その靴には彼自身の血痕が付着しており、自殺を装って殺害された可能性が濃厚となる。 まもなく遺体の身元は、傷害致死の前科を持つ木本吉春だと判明。木本には11年前、兵庫県内で些細なトラブルを起こし、相手男性を殴って死亡させた過去があったのだ。当時、懲役５年の判決が下り、損害賠償命令も出たはずだったが、賠償金は10年間一度も支払っていないようだった。 土門薫（内藤剛志）が11年前の事件の被害者の娘・福原楓（山谷花純）を訪ねたところ、木本は出所後すぐに行方をくらましたため、結局、賠償金は時効になってしまったと話す。その木本が殺されたことを伝えると、彼女は「ありがたいですね」という謎の言葉を口にする。 そんな中、事件を追う土門とマリコの前に、数カ月前の事件で知り合った九条署の交番巡査・新開颯太（鈴木福）が現れる。颯太は楓とは幼なじみであることを打ち明け、彼女の力になりたいと訴え、捜査本部はどこまで真実に近づいているのか教えてほしいと頼みこんで来るが―!? ところがその矢先、土門とマリコが木本の妹・沙友里（手塚真生）から事情を聴いていると、そこに楓が出現！ 突然、「あなたの兄・木本吉春を殺しました」と沙友里に告げて…!? その後、楓を救いたい颯太は、鑑定に情を持ち込まないマリコと対立することに――!?
涙と執念のDNA型鑑定！ 東京〜大阪1100キロの大捜査！ 繁華街の大爆破 迫る女探偵の罠〜マリコの過去が明白に!!
京都〜日本海を結ぶ奇妙な手紙！わらべ唄通りに連続殺人が!! 鑑定が告げる壮絶な真実
犯人は…“魔女"!? 誘拐！殺人！詐欺！ 止まらぬ凶行はマリコをも襲い…!? 完全犯罪トリックを科捜研が暴くノンストップ2時間SP!!
土門、最後の事件へ…マリコVS連続爆弾犯 予測不能の起爆装置とマイナス10℃の殺意！衝撃クライマックス 京都府がカジノを含む統合型リゾート(IR)誘致に立候補する中、山中で爆発事件が発生し男性が死亡。元刑事ながら人事交流で京都府庁に異動した巽(宅麻伸)によると、現場はIR用の道路用地で、所有者を長年にわたり探していたという。一方、被害者はIR道路の工事関係者・一之瀬廉と判明。廉の弟で発破技士の駿(上島竜兵)は、兄は発破の下見のため車で現場に行ったと言うが、車は消えていた。犯人が逃亡に使ったのか?
