本作品はWとディケイドのそれぞれのエピソード2編＋最終エピソード1編の計3編で構成されており、『ディケイド』⇒『W』⇒『MOVIE大戦』の順で上映される。監督の田﨑は本作品の構成を「カレーライスとカツ丼が出された後に、さらにカツカレーが出されたようなもの」と評している。それぞれが1つの映画として制作されているため、東映の企業ロゴが各冒頭に計3回流される。これは2010年に公開された『仮面ライダー×仮面ライダー オーズ&ダブル feat.スカル MOVIE大戦CORE』も同様。 従来の劇場版と同様に、劇場版初登場ライダー（仮面ライダースカルと仮面ライダーキバーラ）と、劇場版限定フォーム（仮面ライダーディケイド 激情態、仮面ライダーディケイド 最強コンプリートフォーム、仮面ライダーW サイクロンサイクロン&ジョーカージョーカー）が登場する。また本作品以降、放送中の番組の主役ライダーの新フォーム（本作品では仮面ライダーW ファングジョーカー）の先行登場、テレビシリーズに先駆けて新たな仮面ライダーの登場（本作品では照井竜 / 仮面ライダーアクセル）が恒例となる。
風都名物のラーメン屋・風麺を襲うドーパントの秘密を探るため、翔太郎、照井、亜樹子はドンブリ対決をすることに。
風都を震撼させる大事件が勃発する。街にばらまかれた、AからZまでの26個の次世代ガイアメモリ。しかし、その中で“E”＝エターナルのメモリだけは、凶悪なテロリスト集団「NEVER」の隊長・大道克己がいち早く手に入れていた。「NEVER」の目的は風都を占領し、支配すること。翔太郎たちは、国際特務調査機関員・マリアの協力を得て、街の危機を救うべく、行動を開始した。美しきマリアに、自分の母の面影を重ねるフィリップ――。そして始まった、残る25個のメモリの争奪戦。だがＷの前に、大道克己が変身した最凶の仮面ライダーエターナルが立ち塞がる。エターナルのメモリに秘められた、恐るべき能力。ついに訪れる、仮面ライダーW最期の日!? 巨大な陰謀が渦巻く中、次々と明かされていく衝撃の事実。みんなの祈りを胸に、熱い友情の絆を武器に――Wよ、今こそ大旋風を巻き起こせ！
〈仮面ライダーオーズ ノブナガの欲望〉 織田信長のミイラが発見された。鴻上の蘇生実験で人造人間となったノブナガ。その面倒を映司はみることになるが、ノブナガは尽きぬ欲望と復讐心に満たされていた。映司の心配をよそに、ノブナガはその2つの心を解き放っていく！ 〈仮面ライダースカル メッセージforダブル〉 竜との結婚を前にマリッジブルーの亜樹子は、式直前にあらわれたプテラノドンヤミーが持つガイアメモリの力で、鳴海荘吉の過去を垣間見ることに･･･。舞台は風都で最初に起きたドーパント事件。なぜ荘吉が仮面ライダースカルになったのか？その謎が明かされる。 〈MOVIE大戦CORE〉 過去の仮面ライダーの記憶を利用した巨大なエネルギー体の仮面ライダーCOREが登場！ その力を止めるためにオーズとダブルが力を合わせて地球の奥深くにむかう！
亜希子との新婚生活をスタートさせた照井竜。そんな時に発生した連続スリ殺人事件。ドーパント犯罪と睨み捜査を開始した竜率いる超常現象捜査課だったが、その最中に刃野刑事が凶弾に倒れた!そして、なんと竜が容疑者に!事件の鍵を握る女スリ・葛木葵と、捜査の手の逃れ独自に事件を追う竜だが、アクセルメモリが奪われ変身もできない！さらに、女と逃亡を知り激怒した亜樹子とは離婚危機に!?次々と襲い掛かるピンチを竜は振りきることができるのか!?
試作品ガイアメモリでドーパント化した一般市民が暴走する事件を解決した仮面ライダーW。そこに突如、謎の美女があらわれた。彼女の名はミーナ。Wに深い恨みを持ち復讐に燃える彼女は、超能力を使い襲い掛かってきた!彼女の攻撃をかわし、なんとか仕留めたW。なぜ恨みを持っているのか聞きだしたところ彼女から意外な言葉が…。なんと、風都を存亡の危機にさらした史上最悪の犯罪者、大道克己＝仮面ライダーエターナルが、彼女を地獄から救った英雄だというのだ!ミーナから語られる意外な事実。テロリスト集団「NEVER」、そして仮面ライダーエターナル誕生の秘話、“悪魔（エターナル）”の真実が明らかになる！
Jの追究／もう1つの切り札 所長A／パパッと止めるタイマー Eが呼ぶ危機／永遠を盗んだ男 Sの選択／名探偵のオススメ 現われたO／ヤツの名はオーズ 博士がよろこぶB／今、モグモグの中で Kが寝ぼけたもの／あくまでも実験 デレデレでQ／狙われたクイーン Yの喜劇／カレーを探す男 Uのは謎！／輪舞 Cな妹／ミステリー・クレイドール 帰ってこないT／死に切れない男 Wの牽制／婿の座はひとつ Pの悪戯／ミックは手くせが悪い さけべNよ！／災難は加頭と共に Fの蛮行／強風なんだ！ Mに手を出すわ／お絵描きで勝負 Gは不可能／バッドピクチャーパラダイス Rの方へ／全てを描き切れ 画伯X／ミュージアムの絵の下に 悪夢なのH／絵心王子は誰だ？ Iがたまらない／奇人ドクターの流儀 口直しにLを／変わり種はおまえだ 肉球のV／筋肉獣 Zが来たゼーーッ！／井坂、大いに笑う Dが来ていた／変幻マジカルボディ
