街を壊した罰で魔法学校へ囚われていた少年ガリバー。しかし突如、何かに導かれるように不思議な力に目覚め、故郷のベニスに戻るべく魔法学校を抜け出して走り出す。そのころ、悪名高きイスパニアの皇帝ジュドーが自ら軍勢を率いてベニスの街に攻め込んでいた。ガリバーの父パパ・トスカーニは、戦いを止めようとするが…。
父を亡くし失意に沈むガリバーだが、脳裏に浮かぶ不思議なイメージに心を奪われ、そこに現れる少女・ミスティのことが気になり始める。一方、ジュドーの命令でミスティを探すことになった満月男爵は、部下のブドーマッスルをベニスの街に送り込む。逃げるミスティは、ついにガリバーと運命の出会いを果たす!
突然の洪水でベニスの街は水没。これを見たジュドーはイスパニア軍を撤退させる。平穏を取り戻したベニスの街の人々。そんな時、父の親友だったロレンスが、ガリバーのもとにやって来る。ロレンスが手渡してくれたのは、古文書と鍵。それは古代文明の力を解き放つ重要なアイテムだった。
ガリバーたちは獅子の洞窟の奥で、古代アトランティス文明が残した船を見つける。艦内に入ると、機械が突然動き出した。シ―ライオンという名のこの船は、江戸っ子と呼ばれるコンピューターに制御されていたのだ。ガリバーはシ―ライオンに乗って、たった一人でイスパニアに向かおうと決める。
リー10倍の弟子・ハンマーイーグルを訪ねるため、ガリバーたちはシーライオンでローマ大帝国に向かう。だが、すでにローマはジュドー配下の三兄弟、トリオ・デ・イスパニアの支配下にあった。そうとは知らないガリバーたちは、シーライオンごと捕まってしまう。そして、三兄弟の長男であるエロイカは…。
ハンマーイーグルと戦ったガリバーは、魔拳マインダーの力でかろうじて勝利を収める。その力を見たエロイカは、次はアトランティスの遺産である魔神を動かせるかどうか試させる。起動は成功。喜びに震えるエロイカだったが、三男マルチスはガリバーに対して嫉妬の炎を燃え上がらせていた!
マルスはエロイカの手によって改造されたサイボーグだった。正体を表したマルチスに苦戦するものの、ガリバーは魔拳マインダーで勝利する。ホッとしたのも束の間、今度は愛する弟を失い、怒りに震える次男ゴルゴスが戦いを挑んできた! 魔神の乗り手であるゴルゴスに対し、ガリバーはいまだ満足に動かせず…。
ハンマーイーグルからもらったイーグルマインダーで、ガリバーは辛くもゴルゴスの魔神に勝利。弟を失ったエロイカだが、何故かガリバーに賞賛の声を送る。ガリバーの力を使ってジュドーを倒し、自らが支配者になろうと考えているのだ。それを実行しようとしたエロイカの取った行動は…結婚すること!?
伝説の青い石を求めて、ガリバーたちはシチリアにやって来た。到着早々、青マフィアと赤マフィアの抗争に巻き込まれ、赤マフィアのボスであるニキータのもとへと転がり込むことに。本来ならニキータと青マフィアのボスであるマーロンが婚約したことで、抗争は収まるはずだったのだが…。
青い石の情報を手に入れたガリバーは、砂漠の国アルジェへ向かう。到着したガリバーたちは英雄として迎えられるが、すべてはこの国の幼い王・ジェームズ二世を影から操る満月男爵の罠だった。満月男爵はミスティの持つ月の首飾りで青い石を手に入れようと、遺跡へと向かう。一方、ガリバーとエジソンは…。
勇気を出したジェームズ二世により牢獄から救い出されたガリバーとエジソンは、シーライオンに乗ってミスティたちの後を追う。その頃、満月男爵はアトランティスの遺跡を発見。だが、罠により先には進めずにいた。苛立つ男爵が砂漠戦車隊で遺跡を破壊しようとしたその時、ガリバーがミスティを助けに現れる!