Il generale Nero, stanco dei fallimenti dei suoi sottoposti e dei rimprover dell'Imperatore, decide di partecipare alla battaglia di prima persona. Un mostro guerriero attacca per mare ma Mazinga, quando interviene, rimane bloccato da una schiuma corrosiva. Il nemico si concentra sull'attacco alla Fortezza delle Scienze mentre Mikeros si occupa di un malridotto Mazinga, che riesce a malapena a tornare alla base per essere riparato. Nel frattempo un secondo mostro attacca la città, seminando morte e distruzione. Come al solito tocca a Boss Robot e Venus tamponare la situazione, con scarsi risultati. Il mostro marino intano danneggia irreparabilmente la nuova arma della Fortezza e il generale Nero minaccia il dottor Kabuto affinchè si arrenda, pena la distruzione.
Kabuto si arrende, ed è pronto a consegnare il Grande Mazinga: il Generale Nero assapora la prima vittoria!
「俺はもう負けては戻らぬと思え!」(暗黒大将軍) 暗黒大将軍が直々に戦場に乗り出してきた。もしも敗れたら生きて戻らぬという悲壮な覚悟を受け、ヤヌスは最高の戦闘獣を選び抜く。大将軍は研究所に攻め込むと、グレートマジンガーの射出口を潰しにかかり、迎撃に出て来たところに機械獣・ジュランの腐食液を浴びせて大ダメージを与える。作戦は成功したかに思えた…。