La fortezza delle scienze subisce un attacco frontale da parte dell'Isola Vulcanica della Marchesa Yanus che riesce a isolare le comunicazioni della base grazie ad una particolare nebbia antiradar; contemporaneamente un mostro guerriero, affiancato da Mikenes, affrontano il Grande Mazinga uscito a difesa della base. Il combattimento si sposta sul fondo del mare e dopo una dura lotta Tetsuya riesce a prevalere. Nel frattempo un secondo mostro attacca la base, contrastato da Boss robot e Venus che come al solito non ottengono nulla di concreto. Mazinga riesce a tornare alla base per contrastare il nemico di turno ma nonostante la sconfitta di ques'ultimo Tetsuya sviene e Mikenes assedia la fortezza di Kabuto. Ma quando tutto sembra perduto il professore estrae un asso dalla manica: il Siluro spaziale atomico, sparato dal cilindro di lancio del Grande Mazinga che danneggia seriamente Mikenes e obbliga i nemici alla ritirata.
「科学要塞研究所は不滅だ。死の中から甦ってくるのを、今この目で見たんだ！」(鉄也) 科学要塞研究所の火山島要塞攻略作戦が開始された。しかし奇襲攻撃のつもりが、常に後手に回ってしまう。しかもその隙に、またもや攻撃を受けてしまう研究所。バリアはミケロスの攻撃で無力化、グレートマジンガーは戦闘獣と相討ちで動くことすらできない。万事休すの状況下、剣造所長は秘密兵器の使用を思いつく。
