時は1924年、長く荘厳な歴史を誇る西欧の小国・ソヴュール王国。貴族の子弟たちが通う名門、聖マルグリット学園にやってきた、東洋の島国からの留学生・久城一弥。ある日、一弥は学園の図書館塔の一番上にある植物園で、人形のように美しい一人の少女と出会う――。
占い師ロクサーヌ宛の招待状を持って、船上パーティ『箱庭の夕べ』にやってきた一弥とヴィクトリカ。ディナーに舌鼓を打っていた2人は、知らず知らずのうちに眠りに誘われてしまう。そして、目覚めると招待客たちのなかで、ある変化が起こっていることに気づいたのだが･･･。
自分たちの乗っている船が、10年前の＜QueenBerry号＞事件を再現したものだと気づいたヴィクトリカたち。いつ殺されるか分からないというギリギリの状況の中、生き残った者たちがお互いに疑心暗鬼になっていた時、イギリス人の俳優ネッドが突然、一弥たちの目の前で倒れる――！？
ある朝、一弥が村への道を歩いていると、そこに一台のバイクが通り過ぎた。次の瞬間、運転手の首が宙に舞い、それを目撃した一弥は殺人の疑いをかけらてしまう。一方、学園にはイギリスからの留学生アブリルがやってきた。そして、長いあいだ使われていなかった納骨堂から、騎士の姿をしたミイラが発見される･･･！？
ミイラが発見されたとき、アブリルがそこにあった紫の本を手に取っていたことが気になる一弥。ヴィクトリカに相談すると、あっさり本は見つかった。なぜ、アブリルはこれを隠したのだろうか？一方、そのころ村では世紀の大怪盗クィアランの二代目があらわれるという噂が立っていた――。
怪談好きのアブリルは、人間の言葉を操る灰色狼の噂を一弥に話す。そんな中、２人は訪れていたのみの市で、ドレスデン皿の盗難事件に立ち会う。ヴィクトリカはすぐにその事件の謎を解いてみせるが、新聞に事件解決の報はない。その代わり、来る夏至祭に灰色狼の村へといざなう広告が載せられていた･･･！！
灰色狼の村に辿り着いた一弥とヴィクトリカ。そこで、村の人々はコルデリア・ギャロというメイドが、前の村長シオドアを殺した事件を語る。村を追放されたコルデリアの代わりに、無実を晴らそうとするヴィクトリカは、一弥と共に彼女の住んでいた家へと向かう――。
夏至祭の最中、村にやってきたよそ者２人が殺された。その死の謎を解くヴィクトリカ。しかし、村長は「ここはソヴュールではない」と、犯人を裁くことを許さない。そして、ヴィクトリカは一弥とともに、20年前のコルデリア・ギャロの無実も証そうとするのだった･･･。
故郷の姉からおつかいを頼まれ、首都ソヴレムのデパート・ジャンタンに向かう一弥。買い物リストには、行方不明になっている王室のブルーダイヤモンド「青い薔薇」を模した一品も入っている。一方その頃、風邪をひいたヴィクトリカは一人で留守番をし、ブロワは首都で起こる美術品密売事件を追っていた――。
ジャンタンの地下で、マネキンにまぎれて本物の少女がいるのを見つけた一弥は、何か事件が起こっていると考えて、ブロワたち警察に相談を持ちかける。しかし、証拠が見つからない。そこで、一弥は電話でヴィクトリカに助けを求め、街で出会ったルイジという少年とともに手がかりを追う･･･！？
学園に客人がやってきた。それは、先日ブロワと親しそうにしていた警視総監夫人のジャクリーヌだった。案内を任された一弥は、ついつい天真爛漫なジャクリーヌのペースに巻き込まれて図書館へ。そこで、ヴィクトリカに出会ったジャクリーヌは、数年前、殺人事件の容疑者にされたことを打ち明ける――。
夏休みの学園。生徒たちが避暑に出かけるなか、ヴィクトリカはひとり退屈そうに過ごしていた。一弥はアヴリルからの誘いを断り、日本から届いた荷物を持ってヴィクトリカの元を訪ねる。中には、彼女が一弥の次男に出題した謎解きの答えも。真夏の太陽の下、一弥は日本での日々に思いを馳せる･･･。
一弥のことが気になって、早めに学園に戻ってきたアヴリル。2人は一緒に映画に出かけ、そこにでてきたのとそっくりな時計塔が学園にあることに気づく。中には、錬金術師リヴァイアサンの工房があった。そのころ、図書館にいたヴィクトリカの頭上に金色の本が落ちて来る。それは、他でもないリヴァイアサンの手記だった･･･！！
時計台で殺人が起こった。ヴィクトリカは、リヴァイアサンの本に書かれた謎を調べるために、外に出てきたが、初対面のアヴリルとケンカしてしまう。事件の捜査に来たブロワは、学園はソヴュールの闇の歴史の眠る場所だとして、危ないことから手を引くよう一弥に警告する。そして、ヴィクトリカの背後に謎の男が迫る！
かつて王妃の寵愛を受けたリヴァイアサンの錬金術は、マスグレーブ男爵の策略により、国王の目前で全てを否定された。怒りのあまり、罪のない少年を殺してしまったリヴァイアサン。失脚したリヴァイアサンに、戦争のための人造人間、ホムンクルスを作らせようとある人物が近づいていく――。
ヴィクトリカが消えた･･･。ブロワ侯爵によって、「ベルゼブブの頭蓋 」と呼ばれる人里離れた修道院に移されてしまったヴィクトリカ。学園に残された一弥は心配で仕方がない。意を決して迎えに行くことにした一弥は、列車のなかで同じ行き先を目指す人々と出会う。彼らの目的は、そこで開かれる秘密の夜会、ファンタスマゴリアだというが･･･。
ヴィクトリカを無事見つけ出した一弥は、彼女の口からブロワ侯爵の目的が、コルデリアをおびき寄せることであると聞かされる。折しもファンタスマゴリアでは様々な「奇跡」が行われていた。ヴィクトリカはそのトリックをあっさりと見破ってしまうが、修道院の院長は強硬な姿勢を崩さない。やがてヴィクトリカたちの目の前で「奇跡」を装った殺人が行われる･･･！
ベルゼブブの頭蓋から逃げ出す人々を乗せた列車「オールドマスカレード号」。一弥とヴィクトリカは、孤児、かかし、木こり、騎士と名乗る者たちと乗り合わせた。しかし、その真の姿はオカルト省と科学アカデミーの手先。彼らは、かつてロスコーが修道院に隠した形見箱を手に入れようとしていたのだ。そんなとき、ヴィクトリカたちの客室が突然、暗闇となり――！
ソヴュールに来てはじめての雪にはしゃぐ一弥は、ヴィクトリカにプレゼントを買うためソヴレムに向かう。そこでは、舞台『ソヴレムの青い薔薇』が上演されようとしていた。かつてコルデリアが、踊り子として舞台に上がっていた場所でもある劇場"ファントム"。ヴィクトリカ誕生の秘密が、母・コルデリアの過去と共に幕を開ける――。
劇場ファントムで上演される『ソヴレムの青い薔薇』。それは、悲劇の王妃、ココ・ローズを描いたものだった。その王妃殺害事件の真相を暴くため、ブロワ侯爵によってヴィクトリカが劇場に連れてこられる。なぜ、彼らは王妃殺しの犯人を追うのか･･･？オカルト省の思惑が渦巻く場所で、ヴィクトリカに危機が迫る･･･！
一弥によって助け出されたヴィクトリカは、王妃殺しの真相を突き止めようと、決意も新たにかつて踊り子だった女性の墓を暴く。そこに眠っていたある重大な混沌の欠片を得たヴィクトリカは、今まさに上演されているものとは違う、もう一つの王妃ココ・ローズをめぐる物語を語り始めるのだった･･･。
学園では仮装クリスマスパーティが行われていた。一弥に着せようとセシルが屋根裏部屋から取り出した衣装は、ピンクのドレスとうさぎの着ぐるみ。それは「モンストル・シャルマン」という御伽噺のものだった。それぞれの衣装を身に着けたヴィクトリカと一弥は笑顔でパーティに向かう。しかし、2人の間には大きな風が吹き抜けようとしていた･･･。
オカルト省の地下に囚われたヴィクトリカ。折しも、ヨーロッパには2度目の世界大戦の嵐が吹き荒れ始めていた。戦争を望むブロワ侯爵は、ヴィクトリカをソヴュールの未来を占う「モンストル・シャルマン」として利用し、国王や民衆を操り動かしていく。ソヴュール、そして世界全体が戦いへと向かうなか、ヴィクトリカは一人、一弥に貰ったペンダントを握りしめ続けていた。
ロスコーと共に、ブロワ侯爵の追っ手から逃げ続けるヴィクトリカ。その姿にコルデリアを重ねたロスコーは、やがて心の丈を、過去を静かに語り始める･･･。いっぽう、兵士として前線に赴き戦っていた一弥は、離れた場所からもヴィクトリカのことを想い続けていた。歴史の大きな流れによって、離ればなれになってしまった２人。やがて時代は春を迎える――。
