双子の姉妹エレインとダイアナは、生体エネルギー“ヴァジュラ”の力を秘めていた。科学者ケネスは、そのパワーを利用した生体戦闘兵器の開発を進めていたが、エレインはそれを拒否して逃亡する。ダイアナはエレインを追跡し、サイキックバトルを展開。だが、未知なるパワーが対峠した時、2人は超生命体へと変身した!!
ジェノサイバー＝エレインは、爆発の衝撃により10年後にタイムスリップしていた。一方、アメリカ国防総省は正体不明のジェノサイバーに対抗すべく九竜グループに支援を依頼。彼らのテスト兵器“ヴァジュラノイド”は、ジェノサイバーを自らの敵と認め、戦いを挑む。禁断の超生命体と超兵器の壮絶な死闘が開始された！
半世紀にわたったジェノサイバーとの戦いは、九竜グループの壊滅と共に人類側の敗北で終わった。集合都市国家アークド・グランは一見平和な街だったが、市長グリムソンによる独裁国家であった。いわれなき罪をかぶせられて地下街へと逃亡したリュウとメル。行き場を無くした2人の怒りがジェノサイバーを呼び覚ます!!
