A country called Karain has withdrawn from the United Nations in protest of the new World government and launched an invasion of a neighboring country.
En la segunda OVA, un país llamado Karain ha declarado la guerra contra los Estados Unidos, quien envía un barco llamado Alexandria a destruir dicho país. La historia gira alrededor de una joven doctora llamada Myra, quién es encargada de cuidar de Elaine, sin conocer los poderes psíquicos de la pequeña. En el barco viaja también un equipo de científicos encabezados por el doctor Sakomizu, y transportan con ellos un arma biológica nueva, el Vajranoide. Esperan poder demostrar el poder del Vajranoide y así poder producirlos en masa como armas para luchar en la guerra. Sin embargo, el Vajranoide detecta la presencia de Elaine y se comporta de forma extraña durante las pruebas. Posteriormente, Elaine y el Vajranoide se enfrentarán en una primera lucha, durante la cual la doctora Myra notará la ausencia de la pequeña, y recorrerá todo el barco buscándola, hasta dar con la sala donde Elaine, transformada como el Genocyber, lucha contra el Vajranoide. Sin embargo, cuando logran abrir la sala, Elaine ya ha derrotado al monstruo, y ninguno sospecha que ha sido ella.
Um país chamado Karain retira-se das Nações Unidas em protesto contra o novo governo mundial e lança uma invasão ao país vizinho.
ジェノサイバー＝エレインは、爆発の衝撃により10年後にタイムスリップしていた。一方、アメリカ国防総省は正体不明のジェノサイバーに対抗すべく九竜グループに支援を依頼。彼らのテスト兵器“ヴァジュラノイド”は、ジェノサイバーを自らの敵と認め、戦いを挑む。禁断の超生命体と超兵器の壮絶な死闘が開始された！
