特務自衛隊は豪和インスツルメンツと共同で、極秘のうちに二足歩行型兵器TA（タクティカルアーマー）の開発を進めていた。TA開発から戻った豪和家の四男ユウシロウは、観測機器が見守る中で豪和家に伝わる能の演目『ガサラの舞』を演じ、一人の少女と精神接触する。
核査察を拒否した中央アジアの小国ベギルスタンに多国籍軍が派遣される。しかし、予想を超えたベギルスタン側の反撃に多国籍軍は苦戦。豪和家の三男清春は、ベギルスタン側に二足歩行兵器があると推測し、豪和家は特自のTAをベギルスタンに派遣しようと動き出す。
特自のベギルスタン派遣に反対していた法務大臣が事故死し、派遣に向けての動きが加速する。豪和家はTAに使用されている適応型人工筋肉“マイル1”の情報を解析するためユウシロウをベギルスタン派遣に参加させようとするが、妹の美鈴だけはユウシロウの身を案じる。
ベギルスタンに到着した特自TA中隊は、大量破壊兵器の実験が行われたとされる“神殿の丘”の制圧を命じられる。TA中隊は瞬く間に敵部隊を降伏に追い込み“神殿の丘”を制圧。丘からなにかを感じ取ったユウシロウは、突然TAを降りて『ガサラの舞』を演じ始める。
特自TA中隊は超国家組織“シンボル”の二足歩行型兵器、MF（メタルフェイク）部隊の攻撃を受ける。ユウシロウはすずらんをあしらった一機のMFからなにかを感じ取り、味方の指示を無視して突っ込んで行く。戦闘は砂嵐により終結するが、TA中隊にMF捕獲の命令が下る。
ベギルスタンでクーデーターが勃発し多国籍軍との停戦が成立、アメリカは査察団の派遣に乗じてTAの情報を入手しようとする。TA中隊の撤退が急がれる中、ユウシロウはテレビに映ったアクラの石窟教会の映像に石舞台で精神接触した少女ミハルの姿を発見し、教会へと向かう。
シンボルの追っ手に囲まれたユウシロウとミハルだったが、謎の男に救われる。ユウシロウは部隊へと戻り、TA中隊を乗せた輸送機が離陸しようとするが、シンボルの意向を受けたアメリカの妨害を受ける。輸送機は強行離陸するが、所属不明の戦闘機から攻撃を受ける。
帰国したTA中隊は、ユウシロウを除き軟禁状態に置かれる。一清は豪和家当主の乃三郎にベギルスタンでの一件を報告した後、特自の広川中佐の仲介で国学者の西田と対面する。西田たちは退廃した日本を立て直すために、日本の軍事的支配を計画していた。
豪和総研をシンボルのMF部隊が襲撃し、豪和が持つ人工筋肉のオリジナルを奪取しようとする。一方、ミハルからの連絡で、豪和憂四郎という人物が8年前に死んでいたことを知ったユウシロウは、母親の雪乃に自分は何者なのかと問いただす。
真実を知るため石舞台にある古い蔵に入ったユウシロウだが、そこに二機のMFがやって来る。ミハルが操縦するMFは蔵に侵入し、巨大な鎧武者のような物体“骨嵬”を発見する。ユウシロウはなにかに取り憑かれたように能を舞い始め、それに釣られるように骨嵬が動き出す。
実験中の新型TAのうち一機が暴走し、軟禁中のTA中隊に捕獲指令が下される。そのころ、ユウシロウとミハルは、さまざまな謎の答えを得るために、渡辺という土地を目指していた。そこに美鈴とTA中隊を抜け出した安宅も合流するが、ユウシロウたちを捜す特自のヘリが迫る。
ユウシロウたち四人は捕らえられ、ミハルの身は一清に預けられることとなる。さらに、一度は沈黙した暴走TAは再び暴走を始め、ユウシロウに捕獲の命令が下る。命令に従う代わりに「自分は何者なのか？」と問うユウシロウに、一清は「お前は“嵬”だ」と答える。
安宅は“骨嵬”のことを速川隊長に話し、生体兵器ではないかとの推測を述べる。一方、一清の独断専行を懸念する乃三郎は、息子たち全員を呼び集めた上で一清に真意を問う。ここに至って、一清は自らの野望をあきらかにし、豪和家当主の座を賭けて乃三郎と対決する。
豪和の実権を得た一清は、再び西田たちと会談する。その席で、西田は豪和一族しか知り得ないはずのガサラキについての伝承を語り始め、一清を驚かせる。一方、ユウシロウと共に渡辺の地へと向かうミハルは、シンボルが“絶対の無”を呼び出すためにMFを作ったのだと話す。
渡辺の地にたどり着いたユウシロウとミハルは一人の老人と出会う。老人に促されて骨嵬の像に手を触れた二人に古からの記憶がよみがえり、意識は平安時代へと遡る。その時代、影で朝廷を支えてきた渡辺党は、骨嵬を差し出せという朝廷からの命令を巡り内紛状態になっていた。
朝廷に反旗を翻す綱が渡辺党の実権を握り、憂四郎と美晴も渡辺党の一員として戦わざるを得なくなる。二人が振るう骨嵬の力に多くの兵士が殺され、戦場となった鳥部野に屍が満ちる。あまりの惨状に二人が耐えかね、骨嵬が動きを止めたそのとき、鳥部野の地に異変が発生する。
ミハルは前世で兄を殺していたことを思い出し、心を喪ってしまった。関西のアジアン静脈瘤に向かったユウシロウとミハルは、王（ワン）という男の組織に匿われることになる。一方、一清はアメリカの穀物輸出停止に伴う混乱と暴動の発生を予想し、西田と対応を協議する。
世界的な穀物の不作が徐々にあきらかになり始め、日本国内の治安状況は一気に悪化する。この事態を予想していた西田たちは、首相を動かして特自部隊を治安維持のために配置。関西のアジアン静脈瘤で発生した暴動にTAを投入し、それに乗じてユウシロウを捕らえようとする。
西田は速川隊長を呼び、来るべき事態に備えたTA中隊の協力を要請する。速川も西田に真意を問いただし、夜を徹した話し合いが続く。王は東京へ向かう船を手配し、ユウシロウとミハルを逃がそうとするが、シンボルの意向を受けたアメリカ海兵隊がミハル奪還に動き出す。
西田に協力するという速川の決断を受けて、TA中隊の隊員たちもそれぞれの選択が迫られる。結局、全員速川について行くことを決め、高山と北沢が搭乗するTAが群衆鎮圧に投入される。しかし、高山と北沢が群衆に銃を向けたことで、群衆はパニック状態となる。
ユウシロウは安宅と鏑木に連絡を取り、横田基地に連れ去られたミハルの奪還に協力を依頼する。鏑木は村井を通じて米軍にニセの情報を流し、首相狙撃犯が侵入したとの口実で基地に進入する。ユウシロウは鏑木たちが輸送していたTAを借り、ミハルを奪還すべく突入する。
ミハルの奪還は失敗に終わった。横田基地襲撃の責任を巡って、鏑木と安宅、そして速川は自分が責任を引き受けようとする。一方、一清に渡辺綱と同じ野望を見たユウシロウは今一度一清と対峙する。また、西田はシンボルのCEO“ファントム”との交渉に臨む。
西田は対外資産の一斉放出によりアメリカ経済を破綻に追い込もうと計画していた。ファントムはMFの投入をアメリカに働きかけ、ミハルが搭乗したMFを市ヶ谷駐屯地に降下させる。駐屯地守備隊からの攻撃を受けてミハルの心拍数は急上昇し、ガサラキが招き寄せられる。
日本の中枢が豪和本社であることを突き止めたアメリカは、MF部隊に豪和本社を急襲させる。警戒に当たっていたTA中隊がMF部隊に応戦するが、火力に勝るMFの前に苦戦。それでもどうにかMFの侵入を阻止し、西田と米国大統領の間で話し合いがもたれるが……。
一清は美鈴に嵬の素質があることを知り、骨嵬のオリジナルを再生するのに利用しようとする。ミハルとユウシロウが駆けつけるが美鈴は嵬の力に目覚める。美鈴とユウシロウ、ミハル、一清、ファントムは異空間へと吸い込まれ、そこでかつて栄えた知的生命の意識と接触する。