Die totgeglaubte Widerstands-Wissenschaftlerin Rayna erscheint Augur als Hologramm und erzählt dem Computerfreak Unglaubliches: Ihre DNA lebt in der geheimnisvollen Taelon-Sonde weiter, von der sie absorbiert wurde und die geheime Daten über die Widerstandsbewegung gesammelt hat, die von den Taelons jetzt entschlüsselt werden. Augur rekrutiert den Ex-Soldaten Michael Sloane, um mit ihm, Lili und Sahjit Jinnah, Raynas Verlobtem, das komplizierte Sicherheitssystem des Labors zu knacken, in dem die Sonde untersucht wird. Unterdessen kommt es zu Spannungen zwischen Sandoval und Joshua Doors, der zum Ersten Sekretär für die Beziehungen zwischen den Menschen und den Taelons ernannt wurde.
Während Joshua Doors sich an Bord des Taelon-Mutterschiffs mit Quo'on trifft, um die Wahrheit über die Sonde und den tödlichen Virus, den sie auf der Erde verbreitet hat, zu erfahren, arbeitet Rayna mit William Boone und seinen Freunden daran, das Waffensystem der Sonde von innen heraus zu manipulieren. Tatsächlich gelingt es ihnen, ein Computerprogramm zu aktivieren, durch das Rayna wieder menschliche Form annimmt. Aber als sie die Sonde zerstören wollen, greifen die Taelons an.
A holographic image of Rayna, who was consumed by an alien probe, tells Augur that the Taelons are dismantling the probe which will kill her, and they will learn about the Resistance's secrets. Hearing of Rayna's appearance, Sahjit is determined to bring her back. The Taelon lab is under intense security and Augur hires a special operative, Michael Sloane, to lead the resistance team to infiltrate the Taelon compound to destroy the alien probe.
La Résistance est en danger. En effet, les Taelons sont en train de télécharger les informations contenues dans la sonde. Ces dernières concernent le groupe de rebelles.
